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当时中国舰船的设计是依照世界潮流的“船头对敌”设计的，首部火力较强。而法舰发动攻击的时间恰恰利用了潮水差，针对中国舰船火力较弱的舰艉进攻。其突袭获得了重大成功。福建船政水师毁沉战舰9艘和一批旧式师船，仅2舰负伤逃脱，官兵牺牲700余人，船厂也遭受了严重破坏。法舰仅亡6人，伤27人，数舰轻伤。福建船政水师管带、水手多为船政学堂学生，战斗极其英勇壮烈，各舰几乎都拼死抵抗到最后一刻。“振威”在即将沉没之前向“德斯丹”发起冲击，其壮烈堪与后来的“致远”相媲美，“扬武”遭受多舰围攻，舰体漫身大火，但就在其即将沉没之际，一位不知名的水兵爬上桅顶，高扬起崭新的龙旗，炮手向法舰反击了最后一炮……
马尾之败，后人多委责于张佩纶等人，这对于这位未曾一展大志即被迫下野的福建船政大臣委实颇为不公。应该说真正的败因是在北京，而不是福州。
首先，自恭亲王、李鸿藻等一班原军机大臣在1884年4月被全班开缺后，新上任的醇亲王等人能力较前一班人马相差很大。其主持的北京中枢先是对战和犹豫不决，对于违反国际法（当时国际惯例，外国军舰驶入别国口岸，数量不得超过2艘，时间不得超过2周）的孤拔舰队不知所措，居然让其深入到本国军事要地40余天，这是令人难以理解的。
其次，在危机已然到来之时，福州方面屡屡要求先发制人的情况下，居然还下令“如有蠢动，即行攻击”，实际上彻底限制了福州方面的战争决定权；张佩纶在21日闻知谈判破裂后立即请求速派南北洋新式兵船4—5艘于4日内抵达马尾才能阻止法国开战，而如此紧要的军情，军机处竟然在23日才向南北洋转寄求援电报。如此的昏聩，如此的迟疑，不败，可能么？
而此后更为可耻的是次年2月南洋舰队与法国分舰队的交战。5艘新式战舰对6艘敌舰，吨位几乎相当，火力上略略超过的南洋舰队在遭遇法国舰队后竟然立即转舵而逃，其“驭远”、“澄庆”速度较慢，被围困于石铺湾后，未发一炮即放水自沉，其怯战之心着实令人无法容忍。结果导致法国舰队攻占澎湖，切断了台湾与大陆之间的联系。而清军虽然在3月24日取得镇南关大捷，导致法国茹弗里内阁倒台，也无法利用这一战果获得更多外交成果。
4月4日，双方停战，6月9日，《中法天津条约》签订，中法战争正式宣告结束。
第一编 海权博弈朝鲜暗涌
在南方中法交战的同时，北方的朝鲜此时的政局也是暗流汹涌。亲日的开化党在日本公使竹添进一郎的支持下，于1884年12月4日发动政变，刺杀多名亲华的事大党官员，尔后，开化党伪称清军作乱，邀请日军开进汉城“保护”，并占领王宫，挟持国王，组织新政府，宣布废除对中国的朝贡关系。6日，清驻朝军由袁世凯率领，应朝鲜议政府右议政沈舜泽的请求，发兵攻入王宫，逐退日军，将朝鲜国王迎入清军营中，甲申政变失败。日本公使竹添放火烧毁日本使馆逃亡回国。日本随即利用此事在国内煽动反华情绪，政前大臣西乡从道在御前会议上提请对华宣战，借助中法战争的机会从北方进攻清军。一时间战云密布。
清政府随即作出反应。北洋舰队调回原南下开往台湾战区的“超勇”、“扬威”2舰，并增派“威远”载运方正祥军一营赴朝增援。
日本国内虽然非常希望“干涉朝鲜内政，务必予以并吞”，更借此发动战争击败中国，从而“永为东邦之盟主”。但政府主要阁员认为，两国在朝鲜发生战争，鉴于朝鲜对于中国更加重要和直接，必然导致清军主力北上驰援朝鲜，客观上为法国人侵占台湾火中取栗，而台湾则恰恰是日本在南方的战略目标，这是相当不合算的。而以山县有朋为代表的军方也明确表示，战争准备远远没有做好，开战不仅是轻率的，而且更是不可能的。因此，日本政府最终派井上馨为特命全权大使赴朝谈判。尽管清朝已经完全控制了汉城的局势，并派出吴大为钦差大臣，但最终还是默认了《朝日汉城条约》，没有追究日本责任，放弃了宗主国的权利，这显然是中法战争的影响造成的。
次年2月，日政府参议兼宫内卿伊藤博文来华，与李鸿章谈判，双方签订了《天津会议专条》，规定从朝鲜撤出中日双方的一切军队；劝促朝鲜建立自己的军队，中国人和日本人均不得担任教官；将来朝鲜有事，两国或一国要派兵，应先行知照对方，一俟目的达到，应立即撤回。李鸿章本以为这样就使得日本没有再次驻军朝鲜的借口，却没有想到这恰恰成为了甲午战争的根源。
中法战争结束后，慈禧太后召见了中越边界广西段划界大臣邓承修，说：“此番立约，实系草草了事，朝廷吃亏在无水师。”邓回答说：“无水师难决胜，不独马江之败为然，去岁刘永福之败，亦系江水暴涨，不能立脚，该国轮船驶入，遂败也。且基隆澎湖已失，声息不易通，军械不易运，危在旦夕，不得不作此收场。”
6月，签订和议后，上谕再次指出：“和局虽定，海防不可稍弛”，中法战争之败的教训正是“……上年法人寻衅，叠次开仗，陆路各军屡获大胜，尚能张我军威，如果水师得力，互相应援，何至处处牵制！”“当此事定之时，自以大治水师为主！”终于导致了海军建设的再一次发展。
9月，慈禧太后下旨再次开展海防讨论，史称第二次海防大筹议。此次讨论影响深远，范围广阔，不仅研究了建立海军衙门、发展海军的重点、落实海军军费、加强海军教育、强化军火、舰船的保养制造，更涉及近代工商业建设的大局。鉴于经费有限，总理衙门最后决定：“……然与其长驾远驭，难于成功，不如先练一军，以为之倡。此后分年筹款，次第兴办……查北洋屏蔽畿辅，地势最为扼要，现有船只亦较他处为多，拟请先从北洋开办精练水师一支。”自此，实现了恭亲王、李鸿章等先练北洋水师的夙愿，奠定了北洋水师改建为北洋海军，成为国家海军的根基。
10月24日，海军衙门正式建立，由醇亲王主理，奕、李鸿章会办，善庆、曾纪泽帮办。海军衙门刚刚建立即出现了一个不大和谐的插曲。
1886年1月20日，兵部左侍郎黄体芳上奏，指责李鸿章事务繁多，又拥兵自重，独擅海军大权。建议开去李鸿章会办差使，改由熟悉西洋事务的曾纪泽归国主持训练海军。黄与宝廷、张佩纶、张之洞并称“翰林四谏”，文笔老辣，词锋犀利，其“是水师并非中国沿海之水师，乃直隶天津之水师；非海军衙门之水师，乃李鸿章之水师！”、“再阅数年，兵权益盛，恐用之以御敌则不足，挟之以自重则有余”等语，更在士大夫中流传一时。黄虽然因此被连降两级，但也足以反映出朝廷内外各派系对李鸿章的仇视和警惕了。
然而，海军衙门虽然在名义上掌握着海军的军政军令大权，但事实上一直也没有能够实现。原因有二，一是始终没有能够明晰权责的分派，二是其实际权限仅限于军政，军令大权实际仍掌握在宫廷和军机处。集中资源的期望在现实运作中显然没有起到预期的作用。
但无论怎样，这次筹议和海军衙门的建立对于近代海军的建设还是起到了重大作用。首先即是海军教育的大发展。
1887年，中国近代第三所海军院校——昆明湖水操学堂开学。这一学堂的开学有两个目的，一是掩饰颐和园工程，二是造就满族海军人才。醇亲王校阅北洋海军后，深有感触，归来即大力推动军校建设，明确提出：“昆明习战，不过借一旧制，大题实则开都中风气。”其目的明确要造就满族海军人才，为更好地控制海军做人才上的准备。水操学堂全仿天津水师学堂，但因各种原因，学员不多，而甲午败后，水操学堂就停办了。
随着水操学堂的兴办，广东、江苏等地先后兴办了海军学校，也培养了不少近代人才，如鲁迅就在江南水师学堂学习过。但究其佼佼者，还应属天津水师学堂，而福州船政学堂进一步衰落，这与马江之败和清廷决定集中力量发展北洋海军应当是有决定关系的。天津水师学堂不仅成为各海军学校魁首和仿效的对象，更开办了天津水雷电报学堂、大沽鱼雷学堂和北洋医学堂，形成了比较完备的办学体系和规章制度，培养出了许多近代中国史上赫赫有名的人物。如黎元洪就是1888年毕业的管轮班第一届毕业生。除此之外，丁汝昌在1889年于刘公岛又兴建了威海行营海军学堂，后并入天津水师学堂。
自此，中国近代海军教育进入全盛时期。
然而，此时科举制度的根基依然牢固，进入新式学堂学习，甚至是出洋留学的“海归”，依然被视为杂途出身受到歧视，以至于不少学生依旧转投科举。
第一编 海权博弈关键词：颐和园
与此同时，又发生了一件后来一直被认为是甲午战败根源之一的事情——修造颐和园。第二次鸦片战争中，原来的京西林苑被毁，因此，同治末年，慈禧母子曾计划重修圆明园，但因恭亲王的激烈反对而告停，甚至引发了一场震动朝野的政治风波。
1885年，慈禧太后决定重新修建三海。三海工程包括殿宇、房屋、河流、池泊、假山、花园、堤坝等等，工程百余处，整个工程大修经费约600万两（叶志如、唐益年《光绪朝三海工程与北洋海军》）。奉宸苑工程处从光绪十一年四月至十六年十月共收银513万两。其经费来源主要包括官员捐修银、户部及内库帑银，各海关税及海军衙门和神机营的借拨银。其中海军衙门和神机营借拨银约230万两，海军衙门又借拨欠发厂商实银66万两左右，后在正常维修和太后祝寿中又挪借海军衙门141。5万两。10年兴建（1885—1895）共挪借海军经费约437万两左右。但这笔款项并非无偿占用，所借款项后来都制定专款归还。事实上，从财政角度讲，海军衙门在这里面起到的是一个调拨、调剂资金来源的作用，并非一般人所想慈禧太后是想如何使用就如何使用的。然而这种拆东墙补西墙的做法显然既不能保证新财源的开辟，也在一定程度上耽误了海军的购舰、训练计划，显然是不利的。
但如果说修建三海还只是挪垫的话，那修建颐和园就确确实实是挪用了。前面提到昆明水操学院的建立，实际上部分目的就是要掩饰重修颐和园的工程。重修颐和园仪式尚是秘密进行，但毕竟如此工程不可能不为人所知，一时间朝野清议沸扬。因此，1888年上谕索性公开进行，但1889年的火灾被清流充分利用，称为天意示警。加之朝野的普遍批评，工程规模大为萎缩。但其总造价目前尚未考证清楚。根据颐和园管理处的《颐和园》所记载，佛香阁等56处工程估价为318万两左右，而其他的工程似乎较之三海工