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彼得还强化了对射击军的侦讯，这同胡须上的斗争以及和叶芙多基娅离婚案相比，具有更重要的意义。
彼得和射击军有一种特殊关系，而且每次新冲突都加深了沙皇和他们之间的猜疑和故意。但问题并不仅在于射击军缺乏应有的训练和战斗力，而在于它本身组织方面所暴露出来的旧时代的痕迹。
在彼得眼里，射击军“不配称为军队，而是一群乌合之众”，这首先因为这批人不仅再三寻衅滋事，心怀叵测，阻挠他即帝位，而且还有弒君之心。这就是为什么彼得对射击军的仇恨日深，终至恨不得寝其皮而食其肉。沙皇成了这场冲突的胜者，他的专横独裁导致了血腥的结局：千百万名射击军士兵遭到残杀，射击军实际上己名存实亡。彼得获悉射击军哗变的消息时，正滞留维也纳，他当即给罗莫达诺夫斯基发去一封简短的信。全文如下：“ 6月17日来函已复。来信提及先皇伊万·米哈伊洛维奇埋下之恶种业已萌发等节，朕特命卿等绝不可手软，舍此火势将不可收拾也”。
“刻吾等从事之有益事业功亏一篑，弃之可惜，鉴于上述原因，朕率众人尽速返回，想此事亦为卿等始料所不及也。”
这封信短短数行，但言简意赅，彼得说明了射击军骚动的概况（按沙皇的意见来说这是在1682年从伊万·米哈伊洛维奇·米洛斯拉夫斯基家族播下的种子发展起来的），目的在于进行残酷的镇压。复信的口气说明，沙皇对射击军的仇恨已达顶点，并暗示，一俟回到莫斯科就准备最后解决他们的命运。
在莫斯科，人们向沙皇禀报了射击军骚动和对它的镇压，他亲自研究审讯材料，他知之愈详，不满情绪就越大。他认为，侦讯还浮在表面，对暴动参与者的惩治过于手软，审讯人员未能查明被他称之为米洛斯拉夫斯基埋藏下的“恶种”参与其事的目的。最令他不满意的是把那些骚动的发起者匆匆处死了。彼得认为，他们一死，此事也就死无对证了。
经过一番寒暄之后，气氛有所缓和，但一下子彼得的牛性子又上来了。他怒不可遏，指责大元帅舍英不该受贿以权谋私，使不少人无功受禄，得到升迁。沙皇气冲冲跑出大厅，询问门口的卫兵有多少人得到了提升并被授予官衔，然后拔剑出鞘。走了回来，一边用剑敲着桌子，一边向舍英大声喝道：“我要砸碎你的团队，扒下你的皮，说到做到！”这时，罗莫达诺夫斯基公爵，佐托夫和列福尔特赶紧跑过去劝慰沙皇，请他息怒，可是他举起剑就打，佐托夫的头上挨了一记，罗莫达诺夫斯基的手指被剑锋划破，列福尔特的背部也给剑打了一下。只有缅希科夫好不容易才使盛怒的彼得平息下来。
不过，沙皇发怒的真正原因不在舍英提升无功的人，而是因为他过早处死了射击军哗变的罪魁祸首。
彼得决定重新审讯，这一次他要自己一手抓，“这次我要从严审讯”，他对戈登说。他首先命令将全部叛军押送京都。他们总数是一千零四十一人。
从1698年 9月中旬开始，除星期日和节日以外，审讯一直没有断过。被彼得吸收参加审问的有他的数名亲信：“恺撒大帝”罗莫达诺夫斯基，他曾以普列奥勃拉任斯科耶政厅总监身份从事政治审讯；还有姆·阿·切尔卡斯基公爵，弗·德·多尔戈鲁基公爵，普·伊·普罗佐夫斯基公爵及其他高官显贵。射击军全部官兵的命运早在审讯结束前就已由沙皇预先决定了。
经查明，索菲娅参与叛乱一事铁证如山。最后，受审者被分成两组：一组是射击军士兵，其中二十个受审的人忍受了最残忍的折磨，对他们动用拷问架、火烧、木棍等刑具逼供，让他们互相对质，还对死不认罪者进行反复拷问。刑讯室里一片哀嚎之声。在另一组审讯室里关进了两位公主——索菲娅·阿列克谢耶夫娜和玛尔法·阿列克谢耶夫娜，还有担当索菲娅和射击军之间牵线人的亲信。两位公主周围的人也遭到和射击军一样拷打。索菲娅公主也没逃脱审问，尽管没有动刑。彼得不是单独到新圣母修道院来的，还带来了阿尔秋什卡·马斯洛夫和士兵瓦西卡·伊格纳季耶夫，以及池们的口供，即索菲娅写给叛乱头目的信。
从1689年事变以后索菲娅被囚禁在修道院之日起，彼得已有九年时间没见到他姐姐了。在这些年里，公主在修道院斗室里的生活还比较自由，不必遵守严格的生活制度：她有机会和外界接触，身边有女仆侍候，亲戚也可以给她送吃的来。这些细微未节的小事也表现了彼得的个性－－他无心去打落水狗。对这些人的命运他听之任之。不仅对索菲娅如此，即令对他出家修道的发妻，也是如此。他有意网开一面，好让她继续过世俗的生活。
姐弟两个都是说一不二的倔脾气，见面就吵开了。这次会见既没有达到相互谅解，被告也始终没有悔意，对质也不能奈她何。
索菲娅心里明白，彼得手里还没有抓到真凭实据，所以她一口否认她和士兵之间有什么瓜葛。可想而知，这场谈话可是唇枪舌剑，杀 气腾腾，并且双方是处于不平等的地位——一个扮演原告的角色，另一个则驳斥原告的指控，竭力表明自己的清白。审讯记录行文谨严，白纸黑字。索菲娅·阿列克谢耶夫娜回答皇帝的指控说：“你 所说的在调查中发现的所谓公主写的那封信，并没有发给射击军兵团，至于那些士兵说什么请公主还朝执政这也不是事实。”彼得叫来的见证人还提起另外一件事，说在各团里曾传诵过一封索菲娅通过女乞丐转递的信。索菲娅断然否认有这么一件事。
另一个姐姐也是由彼得亲自审问的。玛尔法·阿列克谢耶夫娜公主和索菲娅过从甚密，她被指控充当索菲娅和士兵的中间人，就是说，姐姐通过她将信转寄给射击军。玛尔法·阿列克谢耶夫娜仅仅承认，她将射击军到达莫斯科的消息告诉了索菲娅，但她坚决不承认有所谓传递信件这一说。
审讯尚未结束，已经开始行刑了。第一队士兵，总数二百零一人于 9月30日被处以极刑。上百辆大车，一辆接一辆，从普列奥勃拉任斯科耶向莫斯科缓缓行进，每辆大本上坐着两个手拿点燃蜡烛的射击军士兵。在波克罗夫大门旁，当着彼得、高级官吏和外国使节人的面，向射击军士兵们宣读了沙皇的判决书：兹判处“窃贼、变节分子、内战的祸首和叛乱分子”以死刑。犯人被分别送到首都各区，全部处以绞刑。
第二次大批处决是在10月11日。这次绞杀射击军士兵不仅用专门制作的绞架，而且被吊在白城碉堡枪眼里的圆木上。所有这一组被处死刑是因为他们曾在参与叛乱的四个团中服过役。
在 9月末和10月份，总数达到七百九十九人的士兵被处以死刑。其中半数以上是没有经过预审就处决了的。只有年龄在十四到二十岁之间年轻士兵才得以幸免，在惩罚之后将他们流放外地去了。沙皇和他的亲信们都参加了行刑。当彼得看到大臣们动作迟钝、犹豫不决地砍下叛乱者的头颅时，他流露出不满的神情。
首都长时间处于大屠杀的血腥气氛中。被处绞刑和车裂的尸体在五个月内部没有收拾干净。三个死人在苏姗娜（索菲娅公主落发后的称号）的内修室窗前有节奏地摆动着。死者的手里攥着信纸，暗喻那封由这位修女寄给射击军的信。
有关彼得在审讯和处决射击军的紧张时刻的心绪，我们可从外国人的记述中见到一斑。表面上，彼得似乎行若无事，但他内心的惴惴不安之情时而溢于言表。
对射击军的审讯结束之后，彼得于10月23日前往沃罗涅什。这是因为他放不下造船厂的事。在前两年，从阿尔汉格尔斯克调到沃罗涅什的费多尔·马特维那维奇·阿普拉克辛一直主持军舰制造厂的工作。造船专家（沙皇这样自诩）急不可耐地要检查一下造船厂的工作：生产进度，军舰上的武器和装备情况等等。
10月31日，沙皇来到沃罗涅什。眼前一派兴旺景象：昔日安静的小城此刻变成了繁荣的造船工业中心。这里，生产搞得热火朝天，操俄语和世界各地语言的专家随处可见。
这样庞大的造船工业，技术上的困难可想而知。造船厂缺少有经验的师傅。“这里找不到一个真正的帮手”——沙皇在1698年12月的一封信中这样抱怨说。军舰是用没干透的木材建造的，往往用木钉代替铁钉，因此，已造好的大多数船舰的质量很差。彼得亲自领导军舰的验收委员会。他在接收典礼上指出：“这些军舰船舷和甲板过高。”所以，在水中不可能保持平衡。另一个由外国人组成的委员会也同样发现了造船的领班，“缺乏工艺技能”……
然而，沃罗涅什制造的船只毕竟开创了俄国海军的光荣历史。在沃罗涅什，俄国第一批造船家取得了经验，阿普拉克辛就是在这里第一次不用步兵而用海员充实了海军的编制。
翌年，即1699年，国内发生了许多重大事件。其中两件是沙皇直接参与的，但文献上并没有翔实的记载。这里所说的是卡尔洛维茨会议，在大会上反土耳其的盟员国和土耳其进行了停战谈判。杜马书记普罗克皮·沃兹尼岑在会上维护了俄国的利益；毫无疑问，彼得事前嘱咐了参加会议的大使，但是谈判过程中的全部文件都是使节政厅起草的。1699年 1月14日，沃兹尼岑和土耳其人缔结的不是和约，而是停战两年的协定。
在同年一月份，颁布了关于实行城市改革的敕令——建立城市管理机构：在莫斯科设立市政厅，在外省设立地方自治局。不用说这个改革措施是由沙皇亲自倡导的，但他本人并未出面主持。
一开始，政府想从改革中获得直接利益：授予自治权的必须缴纳双份直接税，自治制度只准备在市民接受这一条件的城市实行。当得知市民拒绝接受必须付出如此高昂代价的自治制度时，政府不得不收回成命，不再征收双份直接税，但所有的城市因此必须统统实行改革，一无例外。
政府指出实行改革同手工业、工业以及商业繁荣的密切关系，若干年后这几项事业将提高国家收入，并将保障国家军事力量和经济力量日趋强大，此外还可望得到另外一项好处，那就是，根据改革实施条例，市政自治机关和地方自治机关将成为关税和酒馆税的责任征收者，这些税款的征收由过去的行政长官负责，改由选举出商人办理。这么一改，政府可按时收到税款，而且为此政府无需掏腰包应付各类开销。
有关彼得在这一年内的作为，有关文献均作了明确的记载。 2月，在新落成的列福尔特宫邸举行了一次滑稽仪式——“醉鬼大会”。在盛宴上，彼得同宽袖长袍的传统服式展�