考虑到孙中山已经在日本形成的影响，又顾及本国在华利益，日本政府于是采取秘密赠送旅费的方式，并设宴为孙中山饯行。原本就计划南下组织起义的孙中山表示同意，东京的股票商人铃木久五郎听说这个消息，也赠送一万元，表达对中国革命的同情——孙中山万万没有料到，这会成为日后他经历的一个惊涛骇浪般的“倒孙风潮”的源头，此为后话。
在筹集经费方面，孙中山还有过两个比较有趣的小插曲。
1905年6月，孙中山准备结束欧洲之行从巴黎返回日本。留德学生会会长宾敏陔记述：孙中山从巴黎来信，让“速筹速汇”，以便启程。接函后，几个留德学生，“彼此切实核计，算二等船费若干，由巴黎至马赛二等车费若干，统计汇去佛郎二千元”。不料没几天接到汇款的孙中山来电训斥，说：“吾乃中国革命领袖，若以来函所云，车船以二等计算，有失中国革命家脸面，绝对不可，望再筹汇。”宾敏陔与其他几位留学生领袖都不是什么富人，平时也不敢同人讲革命二字，他只好将会金2000多马克（合3000法郎）汇去，孙中山才得以成行，宾敏陔在剩下的两年内省下饭费陆续归还了会金。
1906年冬，东京同盟会本部急需经费，孙中山想起了与他有一面之缘的一个朋友张静江。
当时任清驻法使馆商务随员兼巴黎通运公司经理张静江，在法国轮船上获悉孙中山同船，便拐着一条残足，主动走访孙中山。张静江对孙中山说：他深信非革命不能挽救中国，而自己在法经商，愿意助先生一臂之力。他把名片给孙说：“这上面有我在巴黎的地址，我必当尽其所能。孙先生需要多少，我就付多少！”孙中山十分高兴，与张静江约定了通电的暗号：即给张发去“ABCDE”五个英文字母中任何一个字母的电文。这些字母分别代表1、2、3、4、5万法郎。来电只写暗号，不必说出原因，他也会如数汇去。
当孙中山日后提出找张静江一试时，黄兴不信，但病急乱投医，还是让胡汉民按地址向巴黎发了一个只有“C”字母的电报。同盟会人听说此事，或笑孙幼稚可笑，或说孙滑稽荒唐，或跟孙打赌：“就凭一个C，能讨来三万法郎，岂非太阳从西边出？”不到20天，一纸三万法郎的汇票，从巴黎汇到东京的同盟会总部，令孙黄大喜过望。孙中山称赞他是同盟会时期“出资最勇而多者”。张静江与蔡元培、吴稚晖、李石曾后来被并称为“国民党四大元老”，当时像他这样一位政府随员和富商，也愿意资助孙中山的革命事业，确实是革命迅猛发展的一个重要信息。
风起云涌的六次起义
1907年3月，孙中山偕胡汉民、汪精卫等乘船离开横滨前往越南。在河内甘必达街61号设置了领导粤、桂、滇武装起义的总机关。这样，革命的大本营由东京转移到了河内。孙中山接受的日本捐款，除2000元交给《民报》，其余作为起义军费。
1907年初，同盟会会员许雪秋准备在潮州首先起义，起义定在正月初七。不巧，这一天风雨大作，气候恶劣，不利于军事行动，联络的会党行动不一致，起义被迫停止。
5月22日，黄冈两会党成员被巡逻的防勇逮捕。当地会党首领密商后，在当日晚向清军驻扎的协署发起进攻，1000多人加入起义队伍，第二天占领了黄冈。但在清军的围攻下，起义军因伤亡过重，接济缺乏，被迫解散。
按照孙中山原来的整体战略，由惠州、潮州和钦廉同时发动起义，以分散清军的兵力，所以在潮州黄冈筹备起义的同时，孙中山在新加坡派黄耀廷、邓子瑜和余绍卿三人到香港去做军事谋划。
孙中山原对黄耀廷寄予很大希望，但黄在香港后就被香港当局注意上了，无奈之下返回新加坡；而余绍卿去了内地后杳无音信。这样邓子瑜就担负起策划惠州起义之事。邓子瑜原来计划分3路起义，但最后只有七女湖一路起义了。七女湖起义有会党100多人响应，一举夺取清军防营枪械，周围各乡会党纷纷响应，一时声势大振。惠州清官吏赶紧向广州告急，两广总督调集惠州清军、水师前去镇压，起义军和清军鏖战十多天，终因寡不敌众而宣布解散。
1907年春，广东钦州、廉州两地人民反抗当地官吏实行糖捐制度，推出几十人作代表，向当地官府请愿，结果这些代表被扣押，引起了农民的愤怒，他们组织“万人会”进城，要求释放请愿代表。官吏向农民开枪，几十个人被打死。农民运动声势更加浩大，官府请粤都督派兵镇压，造成无数农民惨遭杀害，许多房屋毁于炮火。钦廉的百姓派两名代表到河内找到孙中山，寻求革命党的支援。当时孙中山正在河内与黄兴等人策划攻下广东、广西、云南3省，建立根据地。他派人先去了钦州，了解到当地民团也痛恨清官吏后，作出了在钦廉举兵起义的决策。
孙中山派黄兴、胡汉民和王和顺等人来到当地，做当地民团的策反工作。1907年9月1日，王和顺率领钦州王光山义军起义。起义军一路告捷，4天后就占领了防城，活捉并杀掉了知县。王和顺率军冒大雨行军一天一夜，直逼钦州城下，计划与已被策反的郭人漳里应外合。黄兴虽在军中，但郭人漳见革命力量薄弱，不敢举兵。义军不足500人，而城中却驻扎数千清军，不可硬拼，王和顺决定改道攻打灵山，取道入桂。但此时清军已有布防，久攻不下，革命军也弹尽粮绝，便退到了廉州，之前允诺响应起义的新军统领赵声也不敢贸然起义。最终王和顺带着20多人进入越南，其他人都解散了。历时半月的防城起义失败。
镇南关起义是孙中山亲临战场、向清军开炮的一次重要起义，也是孙中山被迫离开祖国12年后，第一次踏上自己的国土。
12月1日，在广西多年的黄明堂、关仁甫率乡勇和潘佩珠领导的越南光复会、菲律宾独立党等上百人，从镇南关背后小路向炮台迂回偷袭，内应守军配合，清军猝不及防，纷纷投降。义军乘胜占领镇南、镇中、镇北三座炮台。
此时，在河内坐镇指挥的孙中山，正在焦急地等待前方的信息。突见捷报传来，其喜悦心情难以言表。他立即与胡汉民、黄兴等乘越西线火车到同登。在车厢里，孙中山无限感慨地说：
祖国已有我立锥之地矣！我只有一个宿望，就是入中国帝国的镇南关，悬军万里，族旗堂堂，贯通中国帝国的中腹，而出中国帝国最北端的山海关。一出山海关，则即可送却爱新觉罗帝的末路了。盖战破满洲或彼遁窜，非脱出此重关门不可。今此宿望的前半，行将告成，其后半的成就，尚不知在于何日。
3日，当孙中山出现在战场并发表了一番即席讲话时，给义军以极大的鼓舞。起义军占领了右辅山炮台，与清军对抗，清军死伤60多人。但孙中山到镇中、镇南两炮台视察，发现情况并不乐观，每炮台有炮11门，但配件多不完备，也无标尺，还不如镇北炮台火力完备。
12月4日清晨，陆荣廷派军进攻义军。作战中，孙中山亲自发炮，还兴奋地说：“反对清政府20余年，此日始得亲自发炮击中清军耳！”黄兴后来回忆说：
孙先生和我们一道持枪作战。因为他是医生，当出现了伤员，就在附近进行抢救，他两者兼顾，忙得不可开交。加之这个炮台缺水，伤员要用的水，也由孙先生到隔几百公尺的溪谷里去取。所以，他是最忙的一个人。
战斗持续到10时左右，孙中山召集人员开会研究下一步部署。大家一致认为，革命军的形势不容乐观，力劝孙中山下山。孙中山激动地说：“我不愿意下去！我10多年没有踏过中国的土地，现在踏在这座山上，觉得很高兴，简直舍不得下去。我认为我们在这里总是有办法的。”
在黄兴和胡汉民的极力相劝下，孙中山当天夜里10点下了山回河内筹集武器。清军调动了4000人围攻镇南关革命军，黄明堂最终从毁炮台缺口退入越南。
镇南关起义后，孙中山在河内的行踪被清廷探知，他们要求法国当局将孙中山驱逐出越。1908年3月，孙中山离开河内，经西贡赴新加坡。又过起了“处处无家处处家”的海上漂流生活。
此后还有1908年3月的广东钦州、廉州和广西上思起义；4—6月的云南河口起义，加上前面的六次，粤、桂、滇八次起义都告失败。但孙中山从不为一时的失败而动摇自己的信念。他坚信：“吾党经一次失败即多一次进步。”而此时的清王朝已处于风雨飘摇之中，边疆和内陆的义举接二连三，遥相呼应；光绪皇帝在涵元殿卧床不起，病入膏肓；74岁的慈禧太后在革命炮火中，也感到自己的末日来临。8月，迫于形势，清政府公布了宪法大纲、议院选举法要领等，定预备立宪期为9年，但这已经无法挽回清廷日益临近的死亡。
继续论战保皇派
在孙中山为革命奔走的同时，康梁的保皇党也没有停止他们的活动。
1906年夏天，“保皇党”筹备改组政党，将组织定名为“帝国宪政会”，得到满清权贵的支助，后来闹了分裂。自同盟会成立以来，革命形势发展迅速，梁启超则意图筹组新党，与海外保皇会另成系统，杨度、张謇、郑孝胥、熊希龄等都是梁启超所物色的人选；袁世凯、端方、赵尔巽等满清权贵为其暗中赞助人，意欲拥戴载沣、载泽为正副总裁。梁启超认为，在革命党人已蔓延全国的情况下，他必须尽全力一争，甚至认为“今者我党与政府死战，犹是第二义，与革党死战，乃是第一义，有彼则无我，有我则无彼”。
梁启超在“保皇党”机关报《新民丛报》对孙中山提出的“民生主义”大事抨击。《民报》也立即与他展开论战，当时民报已出刊十号，梁启超痛感穷于应付，受梁之托的徐应奎于是前往游说《民报》主编章太炎，又拜访宋教仁，说梁“已改变方针，其保皇会已改为国民立宪会矣，君可与《民报》社相商，以后和平发言，不互相攻击。
宋教仁将此番话告知孙中山与胡汉民，但两人皆不以为然。因政见迥异，两派论战依旧如火如荼进行。
1907年10月17日梁启超等在东京成立“政闻社”，以配合清政府的“预备立宪”。举行成立仪式时，张继率领革命党员出席。当梁启超致词时提到朝廷下诏，实行君主立宪时，张继等人上前，将会议捣散。保皇派与革命派之间，已由文攻转为武斗了。
1908年9月11日，“保皇党”机关报《南洋总汇报》记者以“平实”的笔名，发表《论革命不可强为主张》的文章，提出革命不能行于今日，以及革命足以瓜分中国的看法。孙中山也以“南洋小学生”的笔名，在新加坡《中兴日报》上发表《平实开口便错》一文，指出：“时势者，纯乎人事之变迁也；革命者，大圣人大英雄能为，常人亦能为”。9月12日，孙中山再发表《论惧革命召瓜分者乃不识时务者也》一文，引土耳其、摩洛哥为证，指出革命决不招致瓜分。论战辨明了真理，最终就连新加坡保皇分会会长、侨商中向保皇党捐钱最多的邱菽园也与保皇党脱离了关系，并在报上批评康有为。
算起来，这已是革命党人与保皇党人的第3次论战，