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孙眉的本意是将弟弟培养成经商方面的人才，但此时孙中山的种种言行让他觉得与自己的初衷相反；另一方面，他又怕家乡的父亲责怪他没有管好弟弟，他怒气未消，暗地里通报父亲，要把弟弟送回家，严加管教。
对于孙中山的宗教信仰，老革命家冯自由在他的《革命逸史》中有深刻的分析：“国父之信教，完全出于基督救世之宗旨。”“然其所信奉之教义，为进步的及革新的，与世俗之墨守旧章，思想陈腐者，迥然不同。”冯自由提到，他在日本及美洲与孙中山相处多年，见他除了借助基督教堂演讲革命外，很少进礼拜堂。冯自由也听过中西教士与孙中山讨论宗教问题，孙中山则旁征博引，经常列举新旧宗教历史及经典，分析得鞭辟入里，“殊非常人所矣”。
实际上，孙中山的确是借助基督教“平等”、“博爱”的精神，作为反封建的思想武器，把教堂当成了宣传反封建的讲坛；而孙中山后来建立的革命组织，也是受到基督教会的组织方式的启发，而他初期的革命活动，也曾获得基督教徒无私的帮助。
在檀香山，孙眉其实扮演了孙中山监护人的角色。所以虽然对中途辍学沮丧万分，但孙中山也不得不服从长兄安排。1883年7月，尚未满17周岁的孙中山就这样心有不甘地结束了自己第一次海外学生生涯，自檀香山启程回家乡，但这时候的他，再也不是几年前初出家门、以怯生生的目光好奇地打量着周围世界的那个乡村孩童了。
尤其值得一提的是，在檀香山接受的4年多的西方教育，已经在这个17岁少年的心灵深处，埋下了日后为民族前途而斗争的萌芽。
孙中山在夏威夷的同窗钟工宇在1932年向《纽约太阳报》记者戴维斯介绍了这样的情况：“我们在课外常用方言交谈，……他告诉我，他想知道，何以英美政府和人民相处得这样好？……有一天晚上，他问我：为什么满清皇帝自命天子，而我们是天子脚下的蚂蚁？这样对吗？我当时无法作答。”可以看出，虽然那时候的孙中山也并没有能力从深层次对自己所困惑的问题给一个解答，但毫无疑问，他已敏感地意识到导致我们这个民族积弱积贫的一些弊端。
从13岁到17岁，也正是一个少年价值观与世界观形成的最关键时期。1914年5月7日，孙中山在广州岭南学堂做题为《非学问无以建议》的讲演时，在提到这段经历时，这样描述：“忆吾幼年，从学私塾，仅识之无。不数年，得至檀香山，就傅西校，见其教法之善，远胜吾乡。故每于课暇，辄与周围同学诸人，相谈衷曲，而改良祖国，拯救同类之愿，于是乎生。当时所怀，一若必使我国人人皆免苦难，皆享福乐而后快。”这段经历，使孙中山从一个旧时的中国少年开始向以“天下命”的新人转变。
翠亨村的“反叛者”
在回乡途中的第一天，孙中山便遭遇了一件令他倍感痛心的事情。
孙中山先是从檀香山到香港，然后再改乘一中国沙船回到香山县金星港。当船进入中国海域后，船主特别提醒乘客，对上船来盘查收税的清政府官吏千万要毕恭毕敬，耐心等候，免得招惹麻烦。
果然，船一靠岸，就上来了一批税吏，为了减少麻烦，乘客们纷纷将一些礼品送给他们，这些人走后，大家以为检查完了，都松了一口气，赶紧收拾行李准备登陆。岂料，没多久又来了第二批、第三批检查官，各自打着收厘金和查鸦片的旗号，大家不敢有丝毫怠慢，一次又一次打开行李任其检查。直到来了第四批以查火油为名来勒索的官吏，孙中山再也忍无可忍，质问对方，并准备到港口时向官厅控诉。恼怒的官员遂将沙船扣留下来，直到第二天早上船主向官吏们行了贿才被放行。
“中国在这些腐败万恶的官吏掌握中，你们还坐视不救吗？”在船中，愤慨的孙中山对同行乘客开始了宣讲，列举了贪官污吏欺压百姓的种种恶行，宣传中国政治必须改造的道理，“一个好的政府应该给予人们平等的权利和自由”，孙中山后来的人生中曾作过无数次讲演，算起来，这或许应该是他的第一次政治演讲吧。
回到阔别几年的家乡，但乡村中依然是一成不变的旧习俗及乡人的愚昧、迷信，还有腐败而凶残的地方官吏。孙中山对乡亲们说：“他们拿了你们的钱，你们没有受着出钱的益处。一个政府应该替人民管理种种事情，正像家长应该注意到家中每一个人一样。你们既然出了税，他们应该每年做一些事情，如像建造学校、桥梁、马路等，但是他们只知道收税，一件事都没有做！你们出的钱哪里去了？到皇帝那里去了！”
这时候，孙中山已经是一个在资产阶级教育下成长起来的资产阶级知识分子。他所抱的理想，纯粹是西方资产阶级早年反抗封建主义束缚时的那种理想。他已不同于洪秀全等那一批农民革命的英雄们；也不同于康有为等那一批希望走改良主义道路的地主阶级知识分子。这正显示他是一种新兴的社会力量的代表者。但是，孙中山当时直接提出的，还只是一种资产阶级的地方自治的思想，这种思想在封建社会里自然是有着叛逆性的，可是并没有鲜明的革命性，这也说明：这种新兴的社会力量当时在政治上还是远不成熟的。
有一天，孙中山拿着一个铜钱问乡亲：“中国的元首是谁？”乡亲们不假思索地回答：“皇帝！”孙中山说：“可是，这皇帝是中国人吗？你们瞧这铜钱上的字，不是中国字，是满洲字，统治中国的，不是中国人，是满洲人！”这种新鲜的思想对那时的小乡村和那时的乡民来说无疑显得有些格格不入，这个时期的孙中山，已开始反思中国落后的根源，而因认识所限，他只是把“反清”作为反封建统治的具体目标。
孙中山努力把他在异域感受并学习到的先进思想和制度，在自己身边的环境中实施。这位从西洋回来的见识颇多、又热心于改造乡政的年轻人，很快赢得了老人们的信任和喜爱。当时翠亨村的主事者，每月有一次会议，出席者都是村中长老。孙中山这个少年也被邀出席，成了村中的“长老”。
与父亲及祖父沉溺于迷信不同，孙中山自始至终对此持强烈反对态度。他对那些敬者说：木偶无知，信奉无益。没多久，就因此惹了一场祸端。
有一天，孙中山和好友陆皓东等一些伙伴，一起进了村里的北帝庙，见到神像被粉刷一新，有人提出要向神像跪拜，可是孙中山却走近神像，把“玄天上帝”的中指折断了：“你们看，我把北帝的手指折断了，可它仍然在笑，这样的神道，岂能保护我们乡民？”陆皓东又用小刀刮掉了一个女神脸上的一块油彩。
这些“大逆不道”之举立即在村里引起轩然大波，村民们都认为这些年轻人亵渎了菩萨，翠亨村马上就要被神惩罚。乡绅们找到孙、陆两家，兴师问罪。为了平息村民们的激愤，孙达成只好应允拿出十两银子修复神像，又命孙中山暂时离乡去香港，以免再惹是非，而陆皓东去了上海读书。后来孙中山在谈及此事时，认为当时自己血气方刚，虽目的在于激人省悟，但这种做法也的确欠妥。
香港与檀香山之间
1883年11月，孙中山进入香港基督教圣公会的拔萃书院（Diocesan Home）读书，继续研读英文。课余时，他跟随道济会堂长区凤墀补习国文。区凤墀能文善辩，曾在德国柏林大学教授汉语。
区凤墀还给孙中山介绍了一位美国牧师喜嘉理（Rev Hagar），当年年底，孙中山和上海转来香港的好友陆皓东在这位牧师主持下，在香港必列者士街纲纪慎会堂正式接受洗礼，入教时孙中山在受洗登记册上署名为“孙日新”，来自《大学》：“苟日新，日日新，又日新”。而区凤墀则为孙中山取了“逸仙”这个号，寓意“自由神”，在孙中山伦敦蒙难后，“孙逸仙”这个名字传遍了世界。
1884年4月，孙中山以“孙帝象”之名转学香港中央书院（The Central School）就读。中央书院建于1862年，是香港第一所由英国当局所办的官立中学，也是一所新式英语学校，校长、教员均来自英国著名大学，思想开放。孙中山在学校认真学习各类课程和攻读中外文书籍，也加深了对西方科学、社会以及政治制度的认识，尤其是对英国国会的发展、王权与人民的斗争的经过，西方共和国的组织、法国大革命的故事以及19世纪欧洲的革命等都有深刻了解。勤学好问的孙中山被同学取了个“通天晓”的绰号。
一个月后的1884年5月26日（农历四月十三日），18岁的孙中山回翠亨村与同县另一个村卢耀显之女卢慕贞结婚。卢耀显少年读书，壮年后经商为业。卢慕贞生于1867年7月30日，比孙中山小一岁，卒于1952年9月7日，享年86岁。
这场婚礼让孙中山在家里住了三个月，之后又回香港读书。
此时，得到家书的孙眉，得知弟弟在家乡“亵渎神灵”以及在香港接受洗礼的情况，非常生气。孙眉给家里去了封信，佯称在檀香山的生意亏损，如今要扩充经营，要弟弟赴檀协助。11月，孙中山奉长兄之命，第二次赴檀香山。
在孙中山第一次回家乡时，孙眉特地将在檀香山财产的一部分给了弟弟，以此增添家族声望。兄弟两人这一次在茂宜岛的姑哈禄埠牧场见面后，深感“痛心疾首”的哥哥孙眉批评弟弟“任性妄为，贻家庭羞”。
1885年前后，也是孙眉去檀香山的第六年，他到达了创业的顶峰，不仅拥有1000多亩的牧场，还有数千头马、猪、牛，上万只鸡，全由雇工照顾。
像绝大多数中国传统家庭一样，孙中山的父母以及长兄孙眉都希望孙中山这位孙家的二儿子，走一条循规蹈矩，在大众看来“安分守己”的路。孙眉比弟弟大12岁，又很早就出洋闯荡，因此在“管教”弟弟的问题上，他感觉自己应该有更多的责任。深觉弟弟玷污孙家名誉的孙眉，要索回之前赠予的财产以示惩罚。出乎大哥意料之外，孙中山毫不迟疑地将那份财产归还给孙眉，并随同大哥到律师办事处办妥了退还手续，“财产不足以动我心”。
兄弟俩的矛盾一度继续激化。孙眉罚弟弟去锯木，还把他打了一顿；而少年气盛的孙中山也不示弱，跑到孙眉的书房里，把挂在墙上的关帝神像取下扔进厕所。虽然被哥哥留在店里帮做生意，但孙中山在侨民中继续谈论改变中国政治的话题，而学做生意也非他的本意，店里伙计也因孙中山被孙眉责打而看不起他。孙中山无法忍受这一切，几个月后，孙中山提出回香港继续上学，但孙眉拒绝给旅费。兄弟两人又吵了起来，孙中山一气之下，跑到火奴鲁鲁，原来的美籍教师芙兰蒂文资助其300美金作为回国旅费。
1885年4月，孙中山结束了在檀香山5个月的第二次生活，搭乘轮船回国，这一来一去，成为孙中山一生革命事业的关键，放大来说，也是影响中国近代史的一个里程碑——经过曲曲折折，孙中山终于清楚，实现自己对民族改良期望的最佳途径，是回到中国，改造中国，从事革命。临行前赠送《华盛顿�