孙中山对李大钊十分尊敬，宋庆龄记得“我们总是欢迎他到我们家里来。孙中山见到这样的客人后，常常说，他认为这些人，是他真正的革命同志，他知道在斗争中，他能依靠他们明确的思想和无畏的勇气。”据宋庆龄说：当时孙中山已经认识到，国民党正在堕落中死亡，“因此要救活他，就要新的血液。”根据《李大钊传》记载，也是在孙中山家中，孙中山谈到了希望李大钊加入中国国民党，李大钊说自己是第三国际的党员，孙中山说：“这不打紧，你尽管一面作第三国际党员，一面加入本党帮助我。”李大钊根据党的指示，同意了孙中山的提议。由张继作介绍人，由孙中山主盟，加入了国民党。这也为今后的共产党员加入国民党开了先河。陈独秀、蔡和森此后也先后加入。
中国共产党早期领导人张国焘对当时孙中山所处的环境及合作的过程也有很详细的记载：
陈炯明的叛变使孙中山先生一时似乎失掉了一切。当时孙先生的处境十分恶劣，陈炯明不仅是军事上的胜利者，而且获得一部分舆论的同情。北京在高唱孙中山与徐世昌同时下野的调子，北方的实力派吴佩孚和西南各省的联省自治派，都在或明或暗地支持陈炯明。国民党分子背离他的也不少，尤其是李石曾、蔡元培、吴稚晖、王宠惠等49人联名通电请他下野，这件事给他的打击更是不小。
这个时候，几乎只有中共向他表示好感。中共公开宣言要与孙先生合作，指斥陈炯明为反动；而且行动上不惜处分在广州支持陈炯明的少数中共党员。这些事使孙先生为之感动，认为中共确有诚意与他合作。
1922年夏，苏俄政府副外长越飞来中国与北京政府商谈外交、商务等事宜的同时，于下旬派遣代表来上海会见孙中山，代表在李大钊和林伯渠的陪同下会见孙中山。之后，孙中山和越飞直接通信，交换对中国国内革命情况和国际形势的看法。
1923年1月17日，越飞携夫人自北京来到上海。自18日开始，越飞在孙中山寓所和孙中山就苏俄与中国国民党的关系问题进行谈判。当时，孙中山和越飞的频繁会面引起了租界里的巡捕的怀疑和监视，孙中山只能派廖仲恺为代表和越飞在日本会谈，廖仲恺的哥哥廖凤书是当时北洋政府驻日公使，他们利用公使馆这一条件进行会谈。之后被特高课注意，大家又转到热海温泉会谈。在这样困难的条件下，双方商定了中国共产党加入国民党的问题，还探讨了中苏联合反对帝国主义，苏联帮助中国建立军校、打倒军阀等问题。
1923年1月26日，孙中山与越飞在上海签署了“联合宣言”：“中国当得俄国之最挚热之同情，且可以俄国援助为依赖。”“俄国政府准备且愿意根据俄国抛弃帝俄时代中俄条约之基础，另行开始中俄交涉。”这个宣言的发表标志了孙中山的联俄政策的正式确立。
得到苏俄的支持后，孙中山开始致力于收复革命根据地，他在1923年1月4号发表了讨伐陈炯明的电报，号召各路部队一起讨伐陈炯明。在强大的军事压力下，被赶出广州的陈炯明不得不通电下野。2月15日，孙中山与宋庆龄等离沪返粤。为了争取与北方的和平统一，孙中山决定不复任总统，以避免各方面的猜忌。1923年3月2日，一个特殊的党政军指挥机关——大元帅府在广州成立，孙中山就任大元帅。
改组国民党（1）
为了使国民党认清北伐的形势，提高党员素质，1923年起，孙中山再次着手整理党务。他先是在10月25日委任了包括孙科在内的9人临时中央执行委员会，委员会从成立之后，在近三个月时间里，讨论了400多个议案。当时共产党方面在西湖会议中确定了共产党员以个人身份加入国民党的政策，尽管中共党内关于加入国民党还有不同意见，但是加入并帮助国民党改组的工作仍然在发动和进行。
国民党内部也在为要不要实行联俄联共的政策而发生一场斗争，在改组过程中，一些党员极力反对孙的政策，给改组制造种种障碍。可孙中山还是向苏联靠拢了，1923年8月16日，孙中山派遣蒋介石为团长，率领沈定一、张太雷等人组成“孙逸仙博士代表团”，赴苏联考察政治、军事和党务工作，并商谈苏联援助等事项。商人打扮的蒋介石一行于8月16日秘密登上北的列车，一路颠簸，25日到达满洲里，9月2日到达莫斯科。
蒋介石一行在苏联考察了三个月，他对此次苏联之行有详细的记录，而苏联对当时的搞革命的中国人也确实有其吸引力，蒋也觉得“苏联各地均由少年共产党支部，集中青年力量，以充实改造基础，是其第一优良政策”。在参加十月革命纪念活动时，也对海军军官的革命经历“心颇感动”，但是他对苏俄外交部关于蒙古问题的会谈很不满，开始怀疑他们的诚意。
在苏联期间，蒋介石起草了一份《西北军事计划意见书》，提出希望苏联考虑W·库伦（即蒙古首都乌兰巴托）为进攻北洋军阀的首都北京的“临时基地”，同时以迪伦（今乌鲁木齐）为“永久基地”。但他的计划并没有得到对方的积极回应，时任苏联革命军事委员会主席的托洛茨基在接见蒋介石时说：“国民党可以从自己国家的本土而不是从蒙古发起军事行动。”蒋介石的“西北军事计划”也由此流产。回国后，蒋向孙汇报，建军等经验可用，但是两国关系还是有很多问题。孙中山认为他“未免顾虑过甚”，不以为然，蒋介石于是回了奉化溪口老家，迟迟不去广州。
1923年10月6日，鲍罗廷被苏联政府派遣来常驻广州。此后，鲍罗廷积极推动孙中山加快改组国民党的步伐。但国民党的改组并不顺利，国民党内部成员复杂，一些资深党员对孙中山改组国民党持怀疑甚至反对意见，他们集中攻击鲍罗廷。
11月29日，国民党右派邓泽如等11人以国民党广州支部名义上书孙中山，要弹劾共产党，反对改组。对这些意见，孙中山的态度很明确，他公开表示：“你们不赞成改组，可以退出国民党啊，你们若不赞成，我将来可以解散国民党，我一个人去加入共产党。”他还警告坚持反共立场的人，如不放弃自己的主张，便“开除你们的党籍”。国民党里，最支持孙中山联俄联共主张的，便是廖仲恺，“无论何人反对，我都不怕，就是击我杀我，也在所不惜”。
1924年1月20日上午，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开。除了国民党代表外，李大钊、毛泽东、张国焘、李立三、林伯渠等26名共产党员代表也参加了大会。
孙中山在大会开幕词中说：
我们革命党用了30年工夫，流了许多热烈的心血，牺牲无数的聪明才力，才推翻满清，变更国体。但在这30年中，我们在国内从没有机会开全国国民党大会；所以今天这个盛会，是本党开大会的第一次，也是中华民国的新纪元。
孙中山为大会的顺利进行倾注了全部心力，大会期间他作过八次重要讲话。大会于30日闭幕，除中央和地方党务报告外，通过了13项议案，其中最重要的议决案共有五项：（一）第一次全国代表大会宣言案；（二）组织国民政府之必要案；（三）中国国民党章程案：（四）选举中央执行委员候补委员案；（五）选举中央监察委员候补监察委员案。
中国国民党“一大”《宣言》被孙中山称为“会中所办重要的事”。国民党“一大”宣言，据周恩来的回忆，“是孙中山先生委托鲍罗廷起草，由瞿秋白翻译，汪精卫润色的”。张国焘的回忆基本相同。他说：鲍罗廷当时住在广州的东山，忙于起草大会的各种文件。瞿秋白同鲍氏住在一起，任鲍的助手和翻译。大会的宣言草案，就是由鲍罗廷与汪精卫、瞿秋白共同草拟的——也就是说，这个宣言是由中国国民党、中国共产党与共产国际的代表共同制订的。宣言从起草到定稿，都是由孙中山指定胡汉民、廖仲恺、汪精卫和鲍罗廷四人组成的委员会，经过反复的讨论、审议和修改才完成的。
《宣言》的起草也经历了一个激烈的争论过程。汪精卫不满意初稿中突出工农将成为反帝、反军阀的国民革命运动的中坚力量，要求用“群众”、“人民”等概念代表，对初稿中强调工农利益的政策，汪精卫也提出异议，认为改革工农生活是革命胜利以后的事。鲍罗廷则认为宣言必须体现国民党对工农利益的关心，改变轻视工农的陈腐观点和政策，并对汪精卫不懂得新生国内民主力量的错误思想进行了批评，将“耕地农有”的口号列入宣言草案。
共产党代表根据中央指示，为保证一大朝革命方向发展而每日磋商，海外华侨代表则“每晚聚集在一起”，他们反对在宣言中过分“刺激”帝国主义，也不赞成分给农民土地的“赤化”政策，他们经常见孙中山，要求用“建国大纲”来代替宣言，孙中山也曾一度发生动摇，企图撤回宣言草案，改为“建国大纲”以便大会通过，1月23日午后，他特地约见了鲍罗廷，征求意见，经过了鲍罗廷对他的长时间说服后，他放弃了原来的打算。在下午的会议上，当他将宣言付诸表决时，居然整个会场“欢呼若狂”，一个有历史性的政治文件顺利通过了。
“一大”《宣言》通过以后，孙中山很快发表关于三民主义的演说，公布《建国大纲》。这说明《三民主义》演讲、《建国大纲》更准确地代表了当时孙中山的思想。“一大”《宣言》则是国共两党以及各派政治家论争及妥协的产物。把“一大”《宣言》视为百分之百地反映孙中山思想的看法显然是不妥的。正如一位学者所言，“我们必须将他同时期在同类问题上所发表的思想观点与《宣言》进行认真比较，才能真切地了解孙中山，而不致曲解孙中山，以至把他放到了不适当的位置上。”
1月28日的会议上，国民党人方佑麟提出，要在党章中更改，规定“本党党员不得加入他党”，就是针对加入了国民党的共产党员，张继也在会上大闹，结果被孙中山软禁了一个晚上，并且要开除他的党籍，孙中山最后在闭幕词里说：以前奋斗不充分，才把全党拿来改组，而奋斗不充分的原因，是因为没有办法，“而从此以后，拿了好办法去革命，便可以勇往直前，有胜无败。”
改组国民党（2）
国民党“一大”以后，孙中山对民生主义中“平均地权”进行了深入分析，他认为苏俄政府“把全国的田地都分到一般农民，让耕者有其田。耕者有了田，只对国家纳税，另外便没有地主来收租钱，这是一种最公平的办法。我们现在革命，要仿效俄国这种公平法，也要耕者有其田，才算是彻底的革命；如果耕者没有田地，每年还要纳田税，那还是不彻底的革命”。“我们解决农民的痛苦，归根结底是要耕者有其田”。
实行“耕者有其田”，反映了孙中山晚年对民生主义的思考。但孙中山生前并没有尝试，仍将“耕者有其田”的规划看成是将来努力的方向。
但是孙中山扶助农工，支持工农运动的思想主张，对国共合作初期的反列强反军阀亦即反帝反封建运动起了积极的作用。
“联俄联共扶助农工