法中，他把人跟所有其它的哺乳动物加以对比，把人区分出来，列入特殊的一个“哺乳类”的亚纲中。在这一点上，奥温依据的是人脑结构的几个特点（他认为只有人才具有这些特点），即依据下面三个存在：一、大脑半球中从上面盖住小脑的“第三部分”；二、侧脑室后角；三、所谓的小海马，即每一个脑半球的后叶室里的脑壁特别内陷。
赫胥黎对奥温提出了异议，他证明上述这些脑的特点不仅人有，而且类人猿也有。辩论持续了两年左右，直到一八六七年在剑桥召开的“英国科学协会”的一次代表大会上才结束。会上弗洛乌耶尔教授展示出解剖标本，证明高等无尾猿同人一样，也有人脑的那些特征。奥温的分类法实在荒唐，他把哺乳动物分为三个亚纲：哺乳类亚纲，他把人算作这一类；大量的其他哺乳动物，除了鸭嘴兽，都属于这一类；对鸭嘴兽他又提出了另一个概念。因此达尔文以讽刺的口吻指出：“我不能同意人区别于黑猩猩就象鸭嘴兽区别于马这种看法。那样的话，关于黑猩猩又会怎么说呢？”
一八六○年一月三日出版的《物种起源》第二版（印数三千册）也很快就销售一空。达尔文在爱沙·葛雷的帮助下开始准备另出一个“美国版（印数二千五百册）。他打算为美国版写一个历史性的序言，并想在序言里提到自己的那些先辈进化论者。促使达尔文这样作的是如下一种情况，即现在，当大家的注意力都集中到进化论和选择原理时，突然却出现了许多人，他们都妄想以首先发现这种理论和原理而自居。一八六○年四月，马太在一家园艺杂志上发表了一篇简讯，说他早在一八三一年就已经发表了二十年以后的今天达尔文先生想证明的一切。人们还向达尔文提出，法国植物学家诺丹在一八五二年时曾发表了一部书名为《关于物种的起源》的著作，其中也提出了选择的原理，人们曾运用这一原理来培植栽培作物的种子。最后，赖尔告诉达尔文说，德国人夏福浩森于一八五三年发表在德国一个省的协会杂志上的《关于物种的不变性和可变性》一文引起了他的注意，这篇论文发展了地球上的物种是由过去存在的物种变来的这一思想，还提到了中间类型的绝灭问题。所有这些作者达尔文决定在自己的序言中都要提到。例如，达尔文在提到马太的《论造船业和育树》这部著作时说，它是一部“作者清楚地看到了自然选择原理的意义”的著作。达尔文接着说：“不幸，马太先生对于这一观点的叙述非常简略，只是以片断的意见发表在阐述完全是另一个问题的一个著作的补遗中，因此没有为人们所注意。”当然，由于达尔文是一位规规矩矩的人，因此他才想在先驱者的名单中提到这些竞争者。但由于同他指出的那些人中一些人“在观点上的小小分歧”极端重要，所以显然不可能认真对待他们的主张。
总之，《物种起源》的出版是自然科学史上一个最重大的事件，因为它成了十九世纪绝大多数有学问的人改造世界观的开端。和其他任何改造一样，世界观的改造不能不经过残酷的斗争：正如我们已经指出的，应该把一个基本的主要的战士——《物种起源》一书本身放在首位，这本书紧接着一版再版，并很快被翻译成几种最主要的文字。这本书的性质，它的格调和结构以及作者非常诚恳的态度（预先提出理论中的一切难点，并尽可能客观地加以分析）——这一切都极大地帮助了这一斗争，使之取得胜利。这本书首先为自己争取了朋友，造就了象虎克、爱沙·葛雷、而特别是赫胥黎这样一些理论信徒，他们积极地参加了捍卫达尔文主义的斗争。这一斗争很快开展起来，并把广大的博物学者卷了进去。
达尔文传第十四章 达尔文的新著作：《兰花的传粉》、《同种花的不同形态》、《攀缘植物》、
《动物和植物在家养下的变异》。泛生论假说。继续为达尔文主义而斗争
第十四章 达尔文的新著作：《兰花的传粉》、《同种花的不同形态》、《攀缘植物》、
《动物和植物在家养下的变异》。泛生论假说。继续为达尔文主义而斗争
我们已经不止一次地强调指出，达尔文把《物种起源》看作是一部“巨著”的摘要。《物种起源》仿佛宣告了他的学说，并对他的学说的一些论点提供了说明和例子，但决没有证明它们，任何人都可以引证许多别的例子，那些例子单个地来说似乎可以驳倒这些论点。这里缺少达尔文在二十年间从事物种起源问题的研究所搜集的、并据此得出他的结论的大量材料。这就是为什么在六十年代，达尔文除了再版《物种起源》外，首先着意的是这样一些著作，这些著作能够详细证明他在《物种起源》中在他看来只是简单勾画出其轮廓的东西。于是，他的巨著之一《动物和植物在家养下的变异》就成了实现他早已梦寐以求的计划的开端，他计划把他的选择论和进化论连同各种说明“赞成”和“反对”他的理论的事实一并提出来。难怪亲自见过达尔文的俄国著名的古生物学家弗·奥·科瓦列夫斯基，在出版他的俄译本《动物和植物的变异》（还是根据达尔文寄给他的校样译出的）时，增加了英文原文没有的小标题：“《物种起源》，第一部”。这清楚地证明，达尔文想分许多册出版扩充了的《物种起源》，以详细研究他所搜集的各种材料。
另一方面，批评自然选择理论的人们，特别反对选择不能说明生物构造上很多他们以为毫无用处的细小的特征。因此，对达尔文来说，用一些例子表明极细小的器官的用处则是一项令人神往的任务。兰科植物的花给达尔文提供了这样的例子。他以极大的兴趣研究这些花和这些花凭借昆虫授粉的器官；他终于写成了一本小书，在一八六二年仍由穆瑞出版，书名是《兰花借助昆虫传粉的各种器官》。
曾引起十八世纪植物学家们兴趣的关于植物是否有性别的这一争论，到十九世纪初，这场争论才以承认花有雄性和雌性而宣告结束。但是，卡麦拉利斯认为，雌雄同体的花总是自花受粉的。而考尔鲁特在一七六一年最早主张，许多花只有凭借昆虫才能传粉，而且只有能变成蜜的花才能把昆虫吸引过来。
一位中学教师斯白伦格尔，在他的《在花的构造和授粉中揭示出来的一个自然秘密》（1793）一书中，对这个问题作了比较详细的研究。作者在该书中对花由昆虫传粉的各种器官进行了详细的描述。这本书当时没有引起注意。但是，英国大植物学家罗伯特·布朗知道有这本书，他还把它推荐给达尔文，虽然他自己认为斯白伦格尔的思想是空想的。达尔文早在一八三九年，甚至早在一八三八年夏天，就开始独立地观察花凭借昆虫进行异花传粉这一现象，因为“关于物种起源的想法”使他得出了一个结论：杂交在保持物种类型的稳定性上起着重要的作用。一八四一年；他以极大的兴趣读完了斯白伦格尔的书，认为该书充满了真理，虽然“有一部分是无稽之谈”。不管怎样，他对植物凭借昆虫传粉的问题所产生的浓厚兴趣早就有了，早在一八五七——一八五八年，他在《园艺者纪录报》上就发表过两篇关于这个问题的短文。就在那个时候，他得出结论：“有一些非常巧妙的器官来阻止柱头得到它自己的花粉，而且看来只有根据杂交比自花授粉有利益的理论才能对这种情况加以解释。”一八六○年夏天和一八六一年夏天及秋天，他开始兴致勃勃地研究花凭借昆虫进行传粉的器官，特别是兰花的传粉器官。
虽然考尔鲁特和斯白伦格尔都承认并观察花凭借昆虫进行异花传粉的现象，但是他们远远没有想到对花来说异花受精比自花受精要好。而达尔文一开始就产生了这种想法，这是因为雌雄同体的动物永远是异体受精，虽然看起来自体受精比较容易。他开始怀疑，在花的构造中会出现这样一些不仅对于把一朵花上的花粉传到另一朵花的柱头上有好处的器官，而且也会有阻止自花受精的器官。他从研究英国植物区系的花开始，进而研究许多热带兰科植物的花。物种凭借选择发生后天变异的思想是他的指导思想：所有兰科植物尽管有共同的特点，但是花的构造很不相同，而且所有这些特点，看来都是凭借昆虫进行异花受精和阻止自花受精的非常精巧的器官，在这里，自然选择的作用在他看来同样是勿庸置疑的，就象啄木鸟有着适应爬树干和吃针叶种子的器官一样。
他在一八六○年六月给虎克的信中写道：“您说，植物的这种器官是很少能看见的。不久前，我首次研究了一种普通的欧洲红门兰属，所以我说，我认为花的每一部分的器官是十分精致而明显的，甚至比啄木鸟的一些器官还要精致。
真是如此，我们就来研究一下这种普通的红门兰属的花吧。在它的构造方面，值得注意的是花冠的唇瓣，昆虫落在上面就力图钻入蜜腺中去。在花冠房的后面，紧挨着唇瓣的是柱头，而在柱头的正顶上是两簇变成所谓蕊喙的花药，花药几乎呈球形，稍微突出在柱头的上面。花药中的花粉囊由汇合成两根通向蕊喙的花梗的细丝联结在一起，在蕊喙处，两根花梗的末端就是由蕊喙底部一些带黏性物的块形成的花盘。这种粘性物被浸在液体里，并且外面被蕊喙的一层薄膜包着。只要用一种东西，例如铅笔轻轻触动一下，或者竭力钻入蜜腺的昆虫用头触动一下，蕊喙的薄膜就会按一定的线条破裂；那时，薄膜下面的小块就卷起来，粘盘就牢牢地粘住那个东西，而且很快就在空气中凝固，变得象水泥那样坚硬，如果把拨动的铅笔收回来，那么铅笔就会把花盘、花梗和花药一起带出来。
花药也同样会牢牢地粘住钻入蜜腺的蝴蝶的喙，外壳顺着蝴蝶的喙也会破袭，而露出一些花粉囊。刚刚粘上的大量花粉起初在花梗上垂直地附着花粉所附着的物的表面，但过了半分钟（这个时间对于昆虫飞到另一朵花上来说足够了）后，由于花梗的圈特别缩小，花梗上的花粉顺着蝴蝶的喙向前倾，并且必定会落在昆虫所要落在另一朵花的柱头上。
达尔文在该书中描写了各种红门兰属传粉的器官后，又描写了其他兰花科，如英国的和热带的兰花，传粉的器官很不相同。尽管这些花和他们的传粉器官大不一样，但是达尔文相信罗伯特·布朗提出的简单的示意图，是兰花的花的构造的基础。罗伯特·布朗教导说，由于兰花属于单子叶植物，所以它们的花是由三个萼片，三个花瓣，分成两个圈的六个花药和三个雌蕊组成的。虽然经常起作用的只是由外圈中的一个花药和两个（有时合成一个）雌蕊，但是，如果通过花的横剖面图上的螺旋状导管的分布情况来判断，雌蕊中有一个形成蕊喙，外面的花药中有两个同花冠下面的花瓣一起组成唇瓣，由内圈中的上面两个发育不全的花药构成柱头喙（或所谓的药床）等等。在这里，我们姑且不去深究其细节，而只根据达尔文举出的示意图就可看到，兰花的花是由他所指出的十五种器官组成的，即使这些器官