保护、性爱、母爱、婴儿吮吸奶汁的本能。达尔文在仔细研究本能和智慧的相互关系时，和往常一样，列举了能说明这种相互关系的不同意见的各式各样的大量事实，他没有对这些意见作出千篇一律的解答，相反，正如在《物种起源》里所说的一样，他认为大多数复杂的本能，是在自然选择的影响下，从很简单的本能发展而来的，并不取决于智慧的发展。另一方面他认为，简单的、下意识的机械的动作有可能被特别的、经过深思熟虑的、有毅力的动作所代替，反之，他也认为由于经常的反复，深思熟虑过的动作也有可能变为本能的动作。
在《人类的起源》中，有一个句子非常有趣，它谈的是关于达尔文对当时复杂而又艰难的问题的唯物主义态度，对这个问题他在这里作了细致的研究。这句话是：“关于大脑的情况我们了解得很少，但是从智能能够达到很大的发展这个情况来看，我们有权认为大脑各部分之间存在着很细的连接线，很可能，由于这一缘故，每一个单独的部分，就能渐渐地丧失以某种单调的（即本能的）方式来对感觉和联想作出回答的能力”。
看来，达尔文想用这一点来给自己解释人以记忆、预见、思考和想象作为基础而发出的动作同动物完全类似的本能动作之间的差别。他说，人应该学会自己的工作，例如造出船只，制出石斧，如同蜘蛛能立刻巧妙地结出蛛网，海狸能构筑屏障物，鸟能筑巢一样。
然而在把最接近人的动物，特别是猴子的行为进行比较时，达尔文断定，不论是在本能（母爱）的表现方面，还是在智慧、情感、模仿、注意力、想象力、记忆力等等的表现方面，都有许多相似之外。
接着，达尔文极力反驳，或者至少是减弱各式各样的作者多次谈到的关于有无某种明显的分界线的意见，这些人认为，这种分界线在人和动物两者的智能之间是存在的。有人认为，只有人类才能日臻完善。达尔文反驳说，落入陷阱的经常是幼小的动物，可见动物也能学会谨慎小心。有人说，只有人才会使用工具。达尔文指出，黑猩猩会用石块砸碎核桃；猴子用棍棒作杠杆；象用长鼻子卷住树枝或棍棒，并用这些东西来驱赶苍蝇；许多猴子用核桃或树枝作为投射的武器；猩猩用树叶盖在身上过夜。
有人提出，只有人才能得出抽象的概念。达尔文举了一个有趣的例子反驳说：当一条狗看见远处有另一条狗，它就会做出敌视的动作，但当它接近那条狗，并认出它是自己的朋友时，这些敌视动作突然就变为另一种动作。显然，起初它看见的是所谓“抽象的”狗。达尔文指出，狗如果听到“去！”这个词，它就得出一个概念，就是要它去找野味，等等。有人断言，只有人才掌握语言。达尔文举了一些例子，说明某些动物也能在各种情况下发出各种声音，这些声音所表达的意思同样能为它的同伴们领会。
接着，达尔文又证明，人们表达清楚的语言常为狗所理解，鹦鹉能够清楚地发出一些单词。他把鸟唱歌跟人说话作了对照，并且断言，鸟本能地在练习发出多种声音的技巧。达尔文进一步把这种同语言发展有关的现象作了对照。他说：“一种鸟（例如引进的蒂罗尔金丝雀）学会了另一种鸟啼声，它们就把这些鸟啼声教给自己的雏鸟，这样，这些声音就代代遗传下去了。权威们认为，不同地方的同种鸟的鸟啼声中，有细微的自然差别，这种差别可以比作各个地方的方言的差别，而虽然不是同种但有亲缘关系的鸟的啼声，则可以比作各个不同人种的语言。”关于清晰语言的起源和发展问题，达尔文又引用权威人士的话，他认为语言的起源，无疑都是借助于符号和手势，模仿并改变了各种自然声音，模仿并改变其他动物的声音和人本身的本能叫喊声结果。各种语言不是单独的创造行为创造出来的，语言的根源同社会的动物发出的信号和声音没有区别。毫无疑问，达尔文语言的这一章节，也驳斥了华莱士。
达尔文也反驳了这样一种意见：只有人才有美的感觉（让我们回忆一下华莱士的意见吧！）。达尔文提醒人们注意雄鸟在雌鸟面前喜欢打扮的动作，注意装有华丽饰物的窝巢，园丁鸟科的雄鸟就是用这些华丽的窝巢来引诱雌鸟的。
许多作者，特别是宗教界的作者认为，人跟动物截然不同的特征是信仰上帝，因此他们认为，似乎任何人都有宗教信仰。达尔文认为，过去许多人种没有上帝的概念，甚至在他们的语言中也没有表达这一概念的词。他认为，宗教是在人类发展较晚的阶段中才产生的，而对在其它种族中普遍流传的对神的信仰，他解释为轻信，因为有了这种轻信，所以人们举出他们自己根据经验所熟悉的动机而发出的动作与动植物、无生命物和自然力中的动作和现象进行类比，由于对后者的动作和现象的原因人们无法解释，所以这些原因都归之为一种肉眼看不见的物体，就象狗看见篷子因风而飘动，它可能想象是某个活的东西使篷子在飘动，因而它开始狂吠起来一样。
最后，许多作者把道德感、责任感或良心的存在，当作人跟动物之间最明显的差别。达尔文也讨论了这一问题，因为“这个问题不能回避”，还因为“任何人都还没有专门从博物学的观点来分析这个问题（弗·恩格斯的经典著作《劳动在从猿到人转变过程中的作用》是一八八二年达尔文已经逝世之后才出版的。下面就是达尔文推论的结果：
一、任何社会动物都具有“共同的本能”，对同伴的同情心，并有给与他们帮助的热烈愿望和决心；
二、在智能增强的情况下，如果其他的本能暂时妨碍共同本能的表露，那么在共同本能得不到满足的情况下，社会动物应该感到强烈的不满（达尔文认为，良心就是由此而来）；
三、在言语发展的情况下，社会舆论依靠对自己人的本能的同情，对公共福利来说，应该成为衡量行为的最强有力的尺度；
四、这些共同本能和动机，为服从团体的愿望和意见这一习惯所巩固。
达尔文坚持，这些共同本能，人以及动物的这些同情心，最初只是对同一个群里的成员而不是对所有的人或所有这一类的个体发出的。正如指出人的其他特征一样，达尔文在指出历史上发展了的和进化了的所谓“绝对命令”的相对性时说：“就象当代外交史非常清楚地表明的那样，对自己的敌人撒谎未必算作不良作为”。
达尔文也反对当时普遍流行的一种思想，即道德的基础是利己主义，是爱自己或者是“最大幸福的法则”（边沁语），达尔文认为，后者可能是目的，但不是原因。达尔文把道德的基础并不当作是个人的享乐，而不经考虑就以一定的方式为公共福利去行动的“共同本能”才是道德的基础。
还在一八六四年，在一篇早期的关于人类的文章中，华莱士就说出了一个想法：自从人类发明了工具、获得食物的新方法，各种各样的保护手段、衣服、避难所和火以来，人类的进步不再反映在纯粹人体构造的体力变化上。达尔文同意他这一点，因为在达尔文看来，在那个时代，这一进步仅仅是通过技术、智力和精神才能的发展来进行的。这里我们不详细研究达尔文关于“自然选择和开化民族”的论断。在这些论断中有许多幼稚的错误的东西，因而十分清楚，甚至一个天才，要想高出自己阶级的意识形态之上，也是十分困难的，而某些词句，从第二次世界大战中发生的事件的角度来看，对于我们来说就是痛苦的讽刺。我们无需证实一切“开化”民族起源于“野蛮人”，因为我们不同意达尔文的观点：“高度文明的民族不象未开化的部落那样互相排挤，互相残杀”，或者我们会同意这些说法，不过这是说反话：我们看到，属于“高度文明的。民族的法西斯分子，不仅自己，而且还借助于别的民族，以未开化部落作梦也从未想到过的方式，来消灭别的民族……
现在我们来谈第六章，达尔文在这一章中，确定了人在动物体系中的位置。当然，他完全不同意象奥温和华莱士这些人的观点，因为他们准备仅仅在一个特征——人的大脑或精神上的能力特别发展——的基础上，把人从其他动物中硬行分出去。达尔文在一八六四年写信能华莱士，信中他谈到华莱士在《人类学评论》上发表的一篇文章时说：“不论一些蚂蚁的本能有多高，也不论另一些蚂蚁的本能有多低，我们不能把蚂蚁从其他膜翅目昆虫中分出去”。赫胥黎在更早的时候，（一八六三年）对这一问题写了一篇文章《人类在自然界中的地位》，而在另一部著作中（一八六九年）他把灵长目划分为人、猿和狐猴等亚目。
达尔文的研究则更为深入。他指出，人按其身体特征来说，是属于旧大陆狭鼻猿类的，因此，导致人类出现变化是在这一类中发生的，因此不应该把人归为一个完整的亚目，而是较小的等级，即科、甚至是亚科，达尔文认为，人类的故乡就象所有的狭鼻猿的故乡一样，应该在旧大陆寻找，但是，如果指的是人和大猩猩、黑猩猩的相似之处，那么更可能的是要在非洲寻找。人丧失毛被层，用果实来充饥，在任何情况下，都说明这是发生在热带地方。
至于谈到假想的人的系谱，达尔文说，人来源于狭鼻猿类，当时狭鼻猿类已经从阔鼻猿类中分了出来。根据赫胥黎的意见，猿来源于狐猴，狐猴来源于其他高级（有胎盘的）哺乳动物，而其他高级哺乳动物则来源于有袋亚纲。有袋亚纲则通过原兽亚纲（鸭咀兽和针鼹）来源于爬虫纲。达尔文附带声明说，就在人们试图彻底研究哺乳动物的系谱时，“我们沉浸于越来越模糊的科学领域”。并向那些愿意知道，“智慧和知识可以达到何种程度”的人们介绍赫克尔的《自然创造史》时，达尔文扼要地解释说，为什么可以设想所有的脊椎动物亚门彼此之间有血缘关系，并且来源于无颚类祖先。
在更早更原始的祖先中，达尔文列举了文昌鱼，即蛞蝓鱼，当时人们把它归为鱼类，或者看作是脊椎动物亚门中最原始的动物。后来他又转而研究海鞘的幼虫，一八三三年四月，还在福克兰群岛时，他就研究过这些幼虫，并借助放大镜把它们仔细地画了出来。他举了别人向他报告的亚·奥·科瓦列夫斯基的那波利的发现，即海鞘的幼虫，就其发展方式和神经系统的位置，就蛞蝓鱼和高级脊椎动物胚胎所固有的脊索的存在方面来说，是和脊椎动物亚门相似的。达尔文断定说：“因此，如果相信胚胎学（他在分类学中始终是最可靠的指导者），我们最终就会找到脊椎动物亚门起源的钥匙。我们现在有权认为，在以前极其遥远的时期，就存在过一类动物，他们在许多方面都与现在的海鞘幼虫相似，这一类动物分为两大分支，其中一支在发展①中变弱了，形成了现在的海鞘纲，另一分支则发展到动物界的高级阶段，奠定了脊椎动物亚门的基础②。
①由于不活动的生活方式。
②有趣的是，这一假设不久以前由洛曼重新