为东西德团结的标志。德梅齐埃向他推荐了默克尔。但这与科尔想象中的人选完全不一样。德梅齐埃说服科尔相信，默克尔“有智慧，擅长组织工作，有能力领导一个政府”。这样，科尔终于接受了默克尔。
也有另一种说法。据《默克尔传》作者说，科尔与默克尔第一次相识并非偶然，而是默克尔安排的。基民盟在1990年10月初在汉堡召开“统一党代会”。默克尔作为合并入基民盟的“民主觉醒”三名代表中的一名，请求一位同仁把她介绍给科尔。这样，在党代会召开的前一天晚上，默克尔与科尔第一次晤面。二人谈了很长时间，这次谈话显然给科尔留下了深刻印象，因为科尔邀请默克尔在全德大选之前前往波恩联邦总理府。默克尔回忆说：“我还记得，我到了波恩，先在科尔的秘书韦伯的办公室等候，一直到被接见。我们聊了一些关于选举的事，科尔显然对这次谈话很满意。”
凭着女性的直觉，默克尔知道一旦科尔当选，她一定会被启用，但具体会担任什么职务，她心里没底。结果，在新政府内阁名单中，她被任命为妇女与青年部部长。对这一任命，默克尔坦承：“事情的发生使人不知所措。”不过，她没有任何犹豫就接受了。1991年1月18日，默克尔宣誓就任这一她政治生涯中第一个重要职务，而这距她成为基民盟党员也只有几个月！距她投身政治也才一年多时间。默克尔在政坛上可谓是火箭式上升。人们常爱说：机遇偏爱有准备的头脑。人们也常说：成功需要贵人相助。默克尔这两条都占全了。
科尔显然对默克尔很偏爱。在内阁开会时，他经常会大声地问：“我们的小姑娘来了吗？”他指的就是默克尔。因此，默克尔也有了一个外号：“科尔的小姑娘”。
对于自己的青云直上，默克尔也保持着清醒。她像分析物理实验结果一样分析说：“我自己清楚，为什么会有这样的安排——我来自东部，是个女人，年纪又轻，我代表了党内三种少数群体。”
初入仕途的默克尔在波恩政界并不被人看好。《斯图加特日报》形容默克尔“有时候目光显得疲倦，偏爱下摆过于宽大的裙子和花色土里土气的衬衫，不喜欢擦脂抹粉，这让善于观察人的男士很快得出‘灰耗子’的结论”。《法兰克福汇报》甚至说她“一点没有部长的举止”，还发现“她在公共场合吸烟”！内阁里有人把默克尔视作“实习生”，对她毫不尊重。一次，一个老资格的内阁成员倚老卖老，当着记者的面，非要和默克尔坐在一张椅子上照相。面对这种过于亲昵的举动，默克尔只好尴尬地接受。
不少人认为默克尔当上部长，完全是科尔一手提上去的。这让默克尔十分恼火。她说：“如果一个人总被看作是另一个人派生出来的身影，真够让人伤脑筋的。我必须从开始就为自己成为一个独立的人而奋斗，不是让科尔，而是让其他人这样看我。从一开始起，整个舆论就干扰着我……我很想做些事情，但在我的位置上很难马上动手。”她甚至说：“我走过波恩城就在想，如果我不再是部长，谁还会向我打招呼？”尽管遭遇“欺生”，但默克尔也不气馁。她鼓励自己：你能解开数学中的整数，你就能和布吕姆（德国劳动部长）谈话。
科尔的爱落泪的“小姑娘”（2）
默克尔开始以自己的方式开展工作，并为自己赢得人们的尊重。她毫不客气地先后撤了几个她不满意的下属的职。她想把急剧下降的妇女就业问题作为重点来解决。当下属说相关的调查研究要到1994年才能完成时，新部长勃然大怒：“新联邦州的妇女们等不到1994年！”她与各方面的专家座谈，以了解广泛的政治和社会问题。她谈话时神情专注，搞清了一个问题，马上就转入下一个。一位同事说：“默克尔在和同事讨论复杂的政治问题时就像‘政治动物’，有着本能的直觉，总能神奇般地指出立论的缺陷。”
默克尔很快适应了政界生活，在部长职位上变得游刃有余。在她任职期间，德国出台了一系列有利家庭和儿童的法规，例如新法律规定，3岁以上的孩子都有权利进入幼儿园，即德国的幼儿园必须为每个3岁以上的儿童提供入园位置。这看起来是件小事，但关乎千家万户，默克尔认为这是她当妇女与青年部长时取得的最大成就。
在对《德国刑法典》第218条有关堕胎规定的争论中，默克尔将法规政治上的可行性置于自己的信念之上。作为政府部长，她倾向于保护未出世的生命，禁止堕胎。但最终形成的法律草案是“同意有条件的堕胎”。在表决时，默克尔投了弃权票。这个法案与她的信念不符，她不赞同；但作为部长，也不反对这个违背她信念的法案通过。
默克尔在主持妇女与青年部时，于1992年1月制定了持续三年的100多项反暴力攻击项目。其中一项建议是默克尔针对当时青少年中不断增多的攻击外国人的暴力行为提出的。默克尔建议为学生开设“人类文化学”课程，要求电视台限制播出有暴力内容的节目。她还积极推动反对虐待儿童的运动。
1994年9月1日，男女平等法生效。这是默克尔克服重重阻力促成的。这个法律改善了在国家机构工作的妇女的工作条件，使她们能更好地处理工作和家庭的关系，有效保护了在工作岗位上受到性骚扰的妇女。
1994年，基民盟、基社盟再次在大选中获胜，科尔在组阁时，任命默克尔为联邦环境、自然保护和核安全部部长。环保部所要处理的问题比妇女和青年部要复杂、棘手得多。物理学家出身的默克尔并不畏惧新职务的挑战。她说：“……环保部涉及一系列自然科学问题，这正是我的强项。”她于11月17日宣誓就职。
在新职位上，默克尔这个“科尔的小姑娘”再次显示了她的强硬的一面。上任三个月，她就让一位德高望重的国务秘书提前退休。面对人们的质疑，她干脆利落地回答：“在我的部里，我有权制定基本方针。”
每年运送核发电厂的核废料时，都会引发环保人士和沿线居民的抗议。有的人甚至卧轨阻拦。身为核安全方面的政府领导人的默克尔让防暴警察来护送核废料的运输。抗议人士和警察之间有时会发生激烈冲突。而默克尔毫不妥协。她顶着巨大压力走到抗议人群中，向示威者解释政府的核能政策。她斩钉截铁地说：“如果大部分人不喜欢这个法律，我们可以更改法律。但不能因为有人抗议就让步，更不能在暴力面前退缩。”默克尔为自己确立了“核工业支持者”的声名。在当时出现的一系列核泄漏事件中，她还学会了如何应付政治危机和丑闻。
“科尔的小姑娘”有着坚硬如铁的一面，但有时也会表现出“软弱”的一面。1995年上半年的一次内阁会议，讨论默克尔提出的限制夏季废气排量和机动车车速的规定。但建议遭多数成员反对，科尔也站到了默克尔的对立面，认为默克尔的提议欠考虑。默克尔深感在内阁中的孤立无援，竟无法克制地痛哭流涕。默克尔这一哭，举座皆惊。不管默克尔的哭泣是来自她的不懂掩饰的率真，还是有意博取同情，事实是默克尔的泪水最终推动了夏季废气规定的出台。
其实，默克尔这不是第一次落泪。还在任妇女和青年部部长时，有一次她和另两位政府男性高官去以色列访问。按照礼宾惯例，默克尔应该排在两位男士之前，但在机场，以方欢迎代表、德方大使以及记者，都涌到那两位身边，将她晾在了一边。默克尔受此冷遇，眼泪不禁流了下来……
当上环保部长后，联合国气候峰会在柏林召开。默克尔作为东道国环保部长主持这次会议。由于意见分歧，直到会议快结束前，似乎都很难达成一个共同协议。默克尔身心俱疲，在一次夜间会议上，默克尔又落泪了……这时她的一个同事低声鼓励她：“你一定要振作起来！”默克尔这才擦干眼泪，坚持把会开完。这次会议最终使130多个国家的代表达成了大家能接受的“柏林议定书”，默克尔后来把柏林气候峰会的成功视为自己的“最好的业绩之一”。也正是有了这个峰会的基础，1997年11月，在日本京都世界气候会议上，通过了“京都议定书”。默克尔参加了这次会议，在达成“京都议定书”中也自有一份功劳。
在就任环保部长时，默克尔极力想引入一个新税种，即环境税。但在她任期内，没有做到这一点。后来社民党上台，也想引入环境税，却遭到了默克尔的极力反对。默克尔何以如此“出尔反尔”？分析家指出，这说明默克尔越来越成为一个更多地从党团利益出发考虑问题的政治家，与她早期的理想主义倾向越来越远了。
在任环保部长期间，默克尔遇到了一个强硬对手，这就是后来与她争夺总理宝座的施罗德。当时施罗德是下萨克森州州长。他与默克尔在国家能源政策方面有一次正面交锋，默克尔未占上风。默克尔怒气冲冲地对施罗德说，总有一天，她会把施罗德“逼到墙角去”！——当然，默克尔需要更多的时间等待，尽管她是那么迫不及待……
基民盟的女统帅（1）
有人说，默克尔涉足政治的偶然性就像那个时代的一个玩笑。但作为默克尔，从涉足政治那一刻起，就没有把它当作是一个玩笑。美国《新政治家》杂志这样探究默克尔：“她的本能，她对男人的不信任，她对阴谋的嗅觉，在她35岁东德解体之际就已经形成了。甚至连她的事业似乎都遵循着一个非常个人化的五年计划。”
也许默克尔真的有这样一个个人的政治计划？
默克尔在成为基民盟党员后，曾这样解释自己表现积极的动机：“我只是想推动重建……对我来说，有三件事在德国统一后变得清晰起来——我想要进入议会；我希望看到德国迅速团结；我支持发展自由市场经济。”
从她自述的这三件事可以看出，默克尔渴望着权力，以实现她的政治理想。1990年12月，默克尔当选为联邦议员。她做到了自己想做的第一件事。但这只是她个人计划的第一步。她知道，要想在政界有所作为，必须首先在自己的党团内赢得最高权力，然后才可能通过大选，进而获得政府权力。所以我们看到，即便后来已经在科尔的政府里担任了部长，默克尔也没有停止她在基民盟党内的攀升努力——虽然她在这个党内的资历是那么浅。
默克尔的“个人计划”进展神速。在加入基民盟一年后，1991年12月，默克尔就当选为联邦基民盟唯一的一位副主席。这里面有她的不动声色的努力，也有着机遇：前任基民盟副主席德梅齐埃因为与前东德安全部门的关系问题被迫辞职，基民盟主席科尔对他的“小姑娘”的认可和厚爱。
1993年6月，默克尔又当选为梅克伦堡…前波莫瑞州基民盟主席，从而拥有了真正的地方实力。
1998年，社会民主党和绿党组成的“红绿联盟”赢得大选，科尔和基民盟对德国长达16年的统治结束了，而默克尔也失去了联邦环保部长的职位，但在党内，她却赢得了新职位：同年年底，默克尔当选为基民盟的总秘书长。她之所以能得到这个重要的党内职位，是�