当然；艾略特对美国高等教育的最大贡献还是其在哈佛推出了选修课制度。 在艾略特之前，古典课程在美国各大学占主导地位，并且是千篇一律。它的特点是培养精神贵族，使学生在思维方式、行为习惯上得到训练。它的主要教科书就是《圣经》，以加强学生对基督教的虔诚。它还要弘扬古希腊、古罗马文化，也就是所谓的“西方文化”。它的教学方法主要是背诵和记忆。从19世纪初开始，由于工业革命、市场经济、都市化等方面的发展，美国的大学生在数量上和质量上都发生了明显的变化。社会对实用知识的需求越来越高。新的科学知识也越来越多。但传统势力在大学里十分强大，他们拒绝改革，反对新科学。艾略特的选修制在很大程度上是为了绕过这一阻力而实行的。由于学生可以自由选课，优胜劣汰，客观上扶植了新学科的成长和存在。 选修课的建立被认为是美国大学向现代化大学转变的最重要的标志。选修制使古典课程在哈佛的绝对权威地位一下在从天上落到了地下。优胜劣汰；物竞天择。学生从被动的教育接受者变成了主动参与者。艾略特认为；一所大学必须给学生3样东西——选择学习的自由；在单一学科领先突出的机会；对自己的习惯、行为负责任的纪律。艾略特的选修制被形容为“将大学像烙饼一样翻了个底朝天”。 到1901年，美国大学中，有35％的学校的课程几乎全部采用选修制；另外12％的学校的课程一半以上是采取选修制。现在，主要大学的课程目录就像是百货公司的邮购目录，列有二三千门课程，最多的达6000门。有的学校宣称课程数目比学生人数还多：50多万教授在3000多所大学的200多万个课堂里给1000多万攻读1500个不同学位的学生讲课。” 作为哈佛历史上最杰出的校长，艾略特还有一项丰功伟业。1909年，他倡议哈佛大学将对人类历史上浩如烟海的思想作品进行筛选，把最有价值和影响的著作整理出来，编辑成多卷本的学术丛书。其目的就是让哈佛大学的学生们能了解和把握这些伟大人物的思想精髓。在多数教授的努力下，这套书一年后编辑完成，共55卷，后人把这套书称为“哈佛经书”。其中精选了包括大卫•；休谟、爱默生、达尔文、艾尔桑德罗•；曼左尼、理查德•；亨利•；丹纳、密尔顿、博恩斯等人所有的作品。在艾略特校长看来，要真正理解这些思想家的作品内容，就必须全面系统地阅读作者一生所有的著作。因此密尔顿、博恩斯等人的诗作才有机会全部收入。这套书出版后在哈佛和学界产生了巨大的影响；总共卖出了1800万册；成为当时的超级畅销书。即使在今天，哈佛人仍然对这套宏著爱不释手。 艾略特一生共获得13个荣誉博士学位，以及法国、意大利、日本、普鲁士、英国、比利时、塞尔维亚等国的勋章、嘉奖。1969年，哈佛大学学生造反，占领了校长办公室。有人要砸毁普西校长的办公桌，一个人劝阻说，这个桌子曾被艾略特校长用过。结果，这个桌子幸免于难。艾略特在哈佛人心目中的地位由此可见。