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湘南衡州的建军练兵工作，紧锣密鼓地进行了四个月。曾国藩在此期间绞尽了脑汁，费尽了心力。他只是一名丁忧在籍的官员，严格说起来还算不上朝廷正式命官，上奏时自称“前礼部侍郎”，处于“非官非绅”的尴尬地位。他的这一支部队，也不是国家正式军队，官方文书上有“湘勇”、“楚勇”、“勇营”等多种称谓，属于既非团练又非官军的模糊性质。这种特殊性，虽有利于曾国藩放开手来创造，但要合“法”地取得清朝上下的承认、支持，尤其是获得军费，又是太难了。在当时一般官场人士的眼中，湘军只是一个怪胎。对它的非难以致刁难，从来没有停止过。
而曾国藩以他坚毅的性格，逐一克服来自清朝内部的种种困难，其目的，就是为了保住大清。
太平天国定都天京之后，又开始了英勇的北伐和西征。北伐军以精兵两万直指北京；西征军溯长江而上。
此时咸丰帝最最头痛的是手中无兵。南方各省可调之兵，除已溃散外，尽归于向荣之江南大营，北中国的部分兵力集中在琦善的江北大营。两大营的任务是攻克“发逆”巢穴，咸丰帝自然不能过分削弱。尽管从日后太平天国的发展来看，西征的意义重于北伐，但对咸丰帝来说，北伐的威胁大于西征。于是，他将北方各省精兵强将尽行用于对抗太平天国北伐军。至于西征一路，他找不到生力军，也未任命统兵大员，只是酌调些微兵弁命各省保全地方。
这是一个无可奈何的漏着。
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长江中下游各省清军，已被太平军扫荡过一次，地方官手中的兵力少得可怜。他们拼尽全力虽保住了南昌，但九江、安庆、庐州（今合肥）先后易手。太平军由此建立起皖赣根据地，并以一部兵力攻入湖北。
太平军在西战场上的胜利，使咸丰帝拿着放大镜遍地寻找可用之兵。曾国藩的部队引起了他的注意，接连三次让曾国藩率部出省作战。
第一次是增援湖北。
1853年10月29日，因武昌危急，咸丰帝命曾国藩“选派”练勇，随同湖南的绿营兵赴鄂。紧接着又于11月3日和5日，再次下旨命曾部出动。 此时湘军刚刚开到湘南整训，根本不具备远征作战的能力，数日之内的三道金牌着实使曾国藩犯难。好在此时太平军解围东归，武昌军情稍解。曾国藩便以形势有变为由而拒不从命。
咸丰帝命曾国藩部出援武昌，并不是认为其部足当大任，而是拣到篮中就是菜，以配合官军助攻。曾国藩的一番遁词也使咸丰帝很满意，朱批道：“汝能斟酌缓急，甚属可嘉。”
第二次是救援安徽。
1853年12月12日，咸丰帝听说曾国藩部已发展到六千人，赶紧命令其率部开赴安徽，收复安庆等地。为了防止曾国藩不肯听命，先给曾戴了一顶高帽子：
该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知。谅必能统筹全局，不负委任也。
曾国藩于12月23日收到此谕，正值湘军水师编练的关键时刻，船未造齐，炮未运到，若仓促轻试，难逃失败结局。于是他横下一条心来抗旨不遵，在奏折中强调若非船、炮、水勇一并办齐，所部无法开动。
曾国藩的这一篇奏折惹恼了咸丰帝，朱批中充满刻薄挖苦之语：
今观汝奏，直以数省军务，一身克当，试问汝之才力能乎？否乎？平日漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下？
咸丰帝此时是小看了曾国藩。而曾国藩奉此严斥，连忙再次上奏，详细说明了五条不能出战的理由。
第三次仍是出救湖北。
1854年2月25日，武昌危急，咸丰帝再次想到曾国藩的湘军，下旨“刻日开行”。为了堵住曾的口，谕旨中称：
现在已逾正月下旬（阴历），船、勇当早齐备，广东所购洋炮谅已陆续解到。
以此不让曾国藩再强调客观困难。 然而，也就在这一天，曾国藩的湘军练成，共有陆师十营、水师十营，各类船艘四百余只，火炮四百余位，官兵长夫水手共计一万七千人。他未待旨命，率部离开衡州向北开进。
这是一支强大的生力军。清王朝先前镇压太平天国时，还从未派出过如此军容整齐的部队。
咸丰帝调其出援的谕旨由北向南，曾国藩率军出征的奏折从南而北；身背公文的折差们两骑错过。双方各自收到文书的场景，今已无人知晓，时间的凑巧或许会使他们会心一笑。然而，曾国藩这一次又违旨了。他没有能救湖北，因为太平军已经攻入湖南。
最初攻入湖南的，是太平天国一支规模不大的部队。他们虽然在宁乡小挫新编成的湘军，但很快退走了。曾国藩立功心切，企图督军乘机杀进湖北，哪知在岳州遇到太平军主力而大败，只得退缩于长沙。长沙周围的湘阴、宁乡、靖港、湘潭一带，尽为太平军所据。
长沙本来就是曾国藩的逆旅。败师回城，谤议四起。曾国藩决心用胜利来洗刷一切。他遣湘军陆师进攻湘潭，自率水师及陆师一部进攻靖港。
1854年4月28日的靖港之战，是曾国藩一生最大的失败之一。湘军水师被太平军打得大败，增援的陆师又闻败而溃。恼羞成怒的曾国藩以文弱书生之躯亲自执刀督阵，置令旗于岸边，上书“过此旗者斩！”哪知溃逃的士兵绕旗而奔，局势变得不可收拾。心冷至极的曾国藩投水以图一死了之，被幕僚们救护回长沙。
真正救曾国藩性命的是湘潭传来了获胜的消息。4月27日至30日，湘军陆师连连获胜，迫该处太平军退出湖南。靖港获胜的太平军见局势不利亦退至岳州。已经买了棺材不饮不食写下遗书的曾国藩，闻知此讯似乎没有像旁人那样高兴，而是冷静分析胜败两方面的教训，整军于长沙。胜将扩军，败营遣散，为此他不认亲情，其弟曾国葆亦被裁之。曾国藩此后立下一条规矩，打胜仗可升官，打败仗立即滚蛋。这与溃而复集、集而复溃的清朝国家军队，正好形成了鲜明的对照。
长沙整军，使湘军缩减至四千余人。而两个月的休整补充，又扩至万人以上。是年7月，曾国藩率湘军北上，与太平军在岳州、城陵矶大战月余，将太平军全部赶出湖南。随即又水陆并进，连战皆捷，于10月14日攻克了被太平军占据16个月的湖北省城武昌。
这一系列的胜利，使咸丰帝惊呆了。
自太平军突围永安城之后，咸丰帝似乎已经习惯了失败。各级官员谎报的胜仗，他早有觉察，只不过是军情紧急，无法一一查明而已。当他获知湘军在湘潭获胜的消息之后，十分怀疑此即谎报，以遮盖曾国藩靖港大败之罪。一日，他召见湘潭籍的翰林院编修袁芳瑛，袁氏以家乡得到的消息详细告之。咸丰帝闻之大喜。而这位编修也在龙颜大悦之际占了点便宜，当日放了一个肥缺江苏松江知府。由于曾国藩因靖港之败自请处分，他也按惯例将其前礼部侍郎的底缺革去了。岳州、城陵矶获胜的消息传来，咸丰帝对曾国藩刮目相看。尽管曾氏当年出山时为显示其孝道，宣称守制期间不受议叙，咸丰帝仍授其三品顶戴。10月20日，他收到署理湖广总督（时在孝感杨店）用日行八百里的当时最快速度送来红旗捷报，称闻湘军已克复省城，他一时还不敢相信，旨命详细奏复。 整整六天之后，曾国藩的奏折递到了北京，这天大的喜讯使咸丰帝激动了，朱批道：
览奏感慰实深。获此大胜，殊非意料所及。朕惟兢业自恃，叩天速赦民劫也。
功绩卓著，立颁赏赉，这一点咸丰帝是从不含糊的，他当日授曾国藩二品顶戴，署理湖北巡抚，并赏戴花翎。
“署理”为暂时代理之意。以曾国藩的功绩，咸丰帝恐怕当时并非不肯实授此职，似乎为考虑另外两层原委。一是圣恩不可一日施尽，若曾国藩再立功绩，又加之何恩典？二是曾国藩以孝道自榜，上次给他三品顶戴都上奏推辞，若真实授，他必固辞不就，反为不美。守制期间任署理之官也是旗人的规矩，此时不妨效之。
但这“署理”，却给咸丰帝日后留下了余地。
沉浸在胜利喜悦之中的咸丰帝（他已很久没这么高兴了）向军机大臣说道：“不意曾国藩一书生，乃能建如此奇功。”一位军机大臣提醒咸丰帝：
曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳。匹夫居闾里，一呼蹶起，从之者万余人，恐非国家之福。
这位军机大臣的话，如一盆凉水浇来，咸丰帝默然变色良久。出了一个洪秀全，可不能再招来巨盗，历史上如曹操灭黄巾之类的故事一幕幕在脑中闪过。七天后，咸丰帝收回成命，改曾国藩为兵部侍郎衔，专办军务，不再署理湖北巡抚了；同时，命令曾国藩率军沿长江东下，进攻江西。
《苦命天子——咸丰皇帝奕裕贰〉谌糠挚鞯孟嫒嗽�4）
咸丰帝对曾国藩的猜忌，用当时的观念来看，完全是有道理的。清朝以少数民族入主中原，历来的传统是以汉人办事，以满人掌权。“满汉一例”的口号喊得越起劲，就越说明满汉之间的不平等，否则也就不必多说了。曾国藩是个汉人，他出师时的《讨粤匪檄》风行一时，可只称卫护性理名教，对“发逆”的“兴汉讨胡”一说却是细心地不置一词。不表态就是表态。他是否存有异心呢？
若仅如此，也就罢了。可曾国藩所带的部队，实质上是私家军队，除了曾国藩等少数湘籍将帅外，谁也指挥不动。历来的“兵为国有”的根本制度，到他那儿成了“兵为将有”。还不知他手下的将士们，心中除了曾大帅外，还有没有大清。咸丰帝越想越猜忌：此人不能不防。
咸丰帝又错了。他从来就缺乏知人善任的本事。后来的历史证明，曾国藩是挽救大清朝的天字第一号忠臣。
咸丰帝的态度转变，曾国藩很快便体会到了。
当他奉到署理湖北巡抚的任命后，立即上奏请辞，可收到的却是充满虚情假意的朱批：
朕料汝必辞，又念及整师东下，署抚空有其名，故已降旨令汝毋庸署湖北巡抚，赏给兵部侍郎衔。
巡抚与侍郎虽为同品，可一是实权，一是空衔，其间的区别，谁都看得出来。更让曾国藩吃惊的是，咸丰帝又以其请辞奏折中未书写“署抚”官衔之细故，无限上纲，称“违旨之罪甚大”，“严行申饬”。 看到这里，功臣的心凉了。
几个月后，那位军机的话语也传到曾国藩的耳边。曾的脸色一下子暗了下来，无精打采。他与密友谈起了东汉太尉杨震为权贵所逼在几阳亭自杀的故事，怆叹久之，开始为自己的命运担心了。
在许多时候，忠臣要比奸臣难当。
咸丰帝对曾国藩的态度转变，最终倒霉的当然是他自己。
按照一般的军事常识，湘军夺取湖北后应全力经营之，成为可靠的后方基地，稳扎稳打，逐渐向东进攻。而�