对于南方少数民族地区和地方土司，朱元璋则恩威并施。
一是不吝封赐。对于土司酋长封以官位。允许其有一定的辖地和土民，利用他们倾心内向，维持地方秩序，发展生产，征缴赋税。土司衙门有宣抚司宣慰司招讨司等，封官可以世袭。
二是实现“改土归流”。“土”即“土官 ”，指当地部族酋长，土司长官；“流”即“流官 ”， 指由朝廷派任的一定任期的非世袭的地方官。实际上也就是用流官监视土官，将其政治经济行为尽力纳入朝廷规范。对于极边远的地区，朝廷采取放任自流的愚民政策，只要土司肯听话，军政大事全凭其定夺。在内地则取积极的同化政策， 如派流官协同治理， 开设官路驿道，选拔土族子弟到国子监读书，如此潜移默化，逐步将其改建为朝廷直接治理的州县。
治理西北羌族等少数民族也有两种办法：一是用其酋长为卫所长官，世代承袭；一种因其土俗，建设寺院并赐与蕃僧封号，利用宗教来统治边民。羌族力量分化，兵力分散，西边的国防就可高枕无忧了。现在的西藏和西康当时都是喇嘛教中心，僧侣兼管政事，明廷仍袭元制，封其长老为国师法王，令其抚安蕃民，定期朝贡。为了永图入贡和通商利益，就得世代保持袭官和受封的权利，因此僧侣法王都表现得服服贴贴，尊奉朝廷。明朝三百年，西部羌族大体平静，没有发生什么大的变乱。
二 改组军队 扼守长城固国防
洪武二十年，随着辽东平定，江山一统；同时，对少数民族的分化治理也取得一定成效。国泰民安，似乎可以高枕无忧了！然而，由于帝国规模的扩大，军事形势的发展，国防和国都问题也就愈显突出。
基于自然环境的限制，从辽东到广东，沿海几千里的海岸线的暴露，时时都处于被倭寇侵掠的危险境地；长城以外是蒙古的势力，元帝北走沙漠，仍有强大军力，如不在险要处屯兵，则铁骑奔驰，黄河以北便不可守。可是若把边塞重兵军权托付诸将，又怕尾大不掉，拥兵自重，造成藩镇割据，如以重兵直隶中央，则国都必须扼驻国防前线，才能收统辖指挥的功效。东南是全国的经济中心，北方又必然是全国的军事中心。国都如建设在东南，依附经济中心，则北边空虚，无法堵住蒙古人的入侵；若建在北方与军事中心合一，则粮食军需仍需靠东南大量供给，劳民伤财，极不划算。
能不能找到一种两全其美的方法呢？通过对历史的比较借鉴，朱元璋找到了一个确实可行的折衷办法：建都于东南财富之区，封子弟于北边国防据点和全国军略重地。以此确保江山永固，社稷安定。
明初定都应天，主要是经济原因。第一是江浙富庶，“财富出于东南， 而金陵为其会”。 第二是吴王时代所奠定的宫阙，不忍放弃；若忍痛割爱，必然又是一番劳费。第三是从属将士大都是江淮子弟，不愿离乡别土。洪武元年攻取汴梁后，朱元璋曾亲往视察，觉其虽位置适中，但无险可守，四面受敌，还不如应天。但为了西北的军事进攻，必须有一个军饷和军力的补充基地，遂仿古代两京制，八月以应天为南京，开封（汴梁）为北京。
次年八月陕西平定，北方全入版图，形势改变，帝都问题再度提出。朱元璋力排众议：据南京形胜之地，虎踞龙盘，足以立国。且临濠前临长江后倚淮水，地势险要，运输方便。遂决定以临濠为中都，动兵修筑城池宫阙，从洪武二年九月到八年四月，经刘基坚决反对，才不得不放弃了建都的打算。洪武十一年才改南京为京师，正式定都。
京都虽然确定，朱元璋并未放弃迁都西北的雄心，选定的地点仍是长安和洛阳。洪武二十四年八月，特派皇子巡视西北，比较两地形胜。太子回朝后，晋献陕西地图，提出自己的意见主张。不料第二年四月，太子薨逝， 迁都大事遂至搁浅。 这时朱元璋已６５岁，从此不再轻谈迁都之事。
分封诸王的制度，决定于洪武二年的四月初颁发《皇明祖训》的时候。三年四月封皇二子到十子为亲王。但是亲王就藩，实际在洪武十一年定鼎京师之后，第二子秦王建国西安， 三子晋王建国太原； 十三年，四子燕王建国北平；十四年五子周王建国开封，六子楚王出藩武昌？？以后其他幼王逐一成年，先后就国，星罗棋布，分驻全国各军事要地，形成了可靠坚实的国防网络。
就军事形势而论，诸王国的建立可划为前方线和后方线。第一线意在防止蒙古入侵，凭藉天然险要，沿长城线散布，建立军事据点，有塞王之称。前线又可分外内二线：外线东度榆关，跨辽东，南制朝鲜，北联开原，控扼东北诸夷，以广宁为中心，建辽国；经渔阳庐龙，出喜峰口，切断蒙古南侵之路，以大宁为中心，建宁国；北平天险为元朝故都，建燕国；出居庸，敝雁门，以谷王驻宣府，代王驻大同；逾河而西，北保宁夏，倚贺兰山，以庆王守宁夏；又西控河西走廓，扃嘉峪，护西域诸国，建肃国。从开原到瓜州，联成一气。内线为太原的晋国和西安的秦国。后方诸名城则有开封周王，武昌楚王，青州齐王，长沙潭王，兖州鲁王，成都蜀王，荆州湘王等。
诸王允许在封地建立王府，设置官属。亲王仅比皇帝低一等，公侯大臣都得俯首称臣，不得均礼；但没有土地，不得干预民政。官府以外，悉归朝廷管治。
年俸一万石。有设置护卫的特权，少者３０００人，多者达９０００人。平时守镇兵由常选指挥统领，护卫兵从王调度；遇有军情危急时，并皆从王调度。然而守镇兵的调发，除御宝文书外，还必需藩王令旨，二者缺一不可。这里，亲王实际成了地方守军的监视人，是皇帝在地方的军权代表，严防地方守军轻举妄动犯上作乱。塞王每年秋天都要勒兵巡边，把蒙古部族赶得远远的，叫肃清沙漠。尤以晋燕二王多次将兵出塞，筑城屯田，屡立战功。
南征北伐，江山一统，靠的是军队；巩固国防，江山永固，还得要靠军队。军队是立国之本，是皇权利益的根本保证。朱元璋非常重视军队的建设，建立健全了一整套完整的军事制度。
朱元璋在攻克集庆以后，与刘基一起研究比较了古代各种军事制度的优劣，确立了民军一体的卫所制。朱元璋的兵力来源有四种：一是从征人员，即郭子兴旧部；一是归降的士兵；一是因罪被贬的谪军，也叫恩军；一是垛集，也叫征兵，即按人口比例，五丁或三丁出一军。为了维持兵员的稳定，军人都是世袭的。
军人有特殊的社会身份，有与户籍匠籍相平行的军籍隶属于兵部。民有一丁为军，可优免一丁徭役以为优恤。军士到卫所报到时，由家族治装。日常生活概由政府就屯粮支给，按月发放。马军月米二石，步军总旗为一石五斗，小旗一石二斗，步军一石。恩军家四口以上一石，三口以下六斗，无家口的四斗，衣服岁给等都由政府供给。
军队组织为卫所两级：大致以５６００人为卫，设卫指挥使。卫辖５个千户所，每所１１２０人，设千户长。每千户所设１０个百户所，每所１２０人，设百户长。百户下有总旗二，小旗十；总旗领小旗五，小旗领军十人。卫所依地理军事险要而设；小据点设所，关联几个据点设卫，聚合一个军区的若干卫所设立都指挥使司，为军区最高军事机构，长管为都指挥使。洪武二十五年，全国共有１７个都指挥使司，内外卫３２９个，守御千户所６５个。全国１７个都指挥使司又分别隶属于五军都督府。
军需粮饷大部靠屯垦自给。先在边区开展，后普及到内地卫所。以每军受田５０亩为一分，由官府供给耕牛、农具。一般开头免纳税租，到地熟以后每亩收税一斗。规定边地守军七分屯种三分守备，内地八分屯种二分守备。
除军屯外，也有商屯，这主要是为了减轻边地守军的粮食供给和运输压力。开始是让商人运粮到边地，拿到收据再到政府领到等价的盐，允许自由贩卖，获取重利，也叫开中法。后来商人们干脆雇人在边地屯垦，供给军队粮食，然后换取政府的食盐。这样一来，既解决了军粮所需，增加了政府收入，繁荣了边区经济；商人又减少了几倍的运输费用，获利更丰，对整个国民经济的发展起到了积极的作用。
军队统率权归五军都督府，军令则由兵部号令。
平时，军人在卫所屯粮练兵，战时动员令一下，各地卫所集合为军，由都督府指派官员充任统军总兵官，统带出征。战事结束，军士立即复员到原来卫所，将军要交回印绶，仍回原任。将不专军，军无私将。唐宋以来的藩镇大将拥兵割据的弊端得到有效防治。朱元璋对于战争进行往往都要进行具体指导，诸军统帅只能在一些细枝末节上灵活处置，大的原则一般是不容改变的。如吴元年四月八日给徐达的手令，在处分军事正文之后，又说 ：“我的见识只是如此，你每见得高处强处便当处，随着你的意见行着，休执着我的言语，恐怕见不到处，想难行事 。”怕将帅束缚手脚，也同时给予一些鼓励，不要拘泥于教条，须审势度时，灵活处置。
三 严酷训导 官僚新成国子监
朱元璋依靠强大的军事力量统一全国平定天下，但是要治理统治这个国家，需要一大批治国安邦的人才和各级政府官僚。从朝廷到地方，从部院到州县，少说也要十几万人，白手起家的朱元璋，去哪里寻找这么些忠实于新王朝，愿意赤胆忠心为新政权鞠躬尽瘁的服务文人呢？
至于元朝的旧官吏，非贪即奸，干净的没几个。有能力有眼光的早来投效了，剩下的不是老朽不堪，就是隐迹不露。用不了也不能用。
还有一些做过官的读书人，他们大部分对元朝怀有旧情，对新政权患得患失，又以为“两河兵合尽红巾，岂有桃源可避秦？马上短衣多楚客，城中高髻半淮人”；加上严酷的法律， 稍有差失，即自取其辱，不是不得已，又谁敢做官？
任用地主做官，亦称举荐。有富户耆民孝弟力田税户人才等，有一出来就做朝廷和地方大官的，最多一次达３７００多人。但是，这还远远不够，再说这些地主官僚的行为思想，也不完全符合新朝的要求。千思万想，倒不如自我培养大量忠实的新兴的官僚人才。于是国子监应运而生。
国子监的教职员，从祭酒司业博士助教学正到监丞。都是朝廷命官，任免出于吏部。政治和教育一体，官僚和师儒合一。祭酒虽是衙门校长，只起严立规矩，表率属官的作用，并无任免教官的权利。监丞品位虽低，却参领监事，凡教官怠于师训，生员有戾规矩，课业不精，并从纠举。学校办公处叫绳愆厅，特备有行刑红凳二条， 拨有直厅皂隶二名，专事“教刑”。监丞立有集愆册一本，各堂生员敢有不遵学规，即便究治。初犯记录，再犯打篦五下，三犯打篦十下，四犯发遣安置。监丞对监生有生杀予夺之权，监生决无申诉反抗之理。膳夫由朝廷拨死囚充任。有三遍不听使令，即处斩刑。
生源分官生和民生两类。官生是由朝廷指派分发的，一等是品官子弟，一等是外夷子弟；民生是由�