脱脱被贬，在押送西行的路上，被鸩死于吐蕃境地。此元朝唯一一位有作为有威名的大将一死，元朝覆灭的命运也就彻底决定了。
滁州在战乱后，要维持这几万人大军的生存，已成为极其艰难的问题。若发生粮食危机，军心必乱。元璋建议南取和州，移兵就食。这时虹县人胡大海带全家来投，此人长身铁面，智力过人，朱元璋就任他作了前锋。
至正十五年正月，朱元璋占领和州。郭子兴闻讯大喜，升朱元璋为总兵官镇守和州，节制诸将。朱元璋时年２８岁。
朱元璋知道自己年轻，资格又浅，怕诸将心中不服，于是心生一计。
原来军中议事，大厅里都设公座，大家按官位年龄就坐，不敢有违。前一晚，朱元璋命人把公座撤去，只摆一排木凳子。次日五更议事，诸将先到，朱元璋后到，一看只留下左末一席（当时元人习惯以右手为尊）， 一声不响地坐了。到正式议事时，诸将噤若寒蝉，一句话也说不出来，像木偶般面面相觑；朱元璋则条分缕析，入情入理，诸将稍始心服。又与诸将商议修理城池，各人认定地位丈尺，限定三天完工。届时只有朱元璋负责的一段完工，其他均未修好。于是，朱元璋召集诸将，南面而坐，亮出郭子兴的令牌，严肃地说 ：“奉命总诸公兵， 今甓城皆后期， 如军法何 。”诸将惶恐，都不敢吭声。自此以后，朱元璋势威日盛，加上李善长极力从中调和，元璋的地位逐渐稳固。
一天，元璋出外，见一小儿在路旁啼哭，元璋见其可怜，问其父母安在，小儿啼告均在官人处。原来红军攻破和州后，各将大肆掳掠，并将满城男女充作军中杂役，闹得百姓妻离子散，家破人亡。元璋寻思不是久长之计。百姓是军队衣食父母，扰民劳民只能自取灭亡。立即召集诸将，说明“大军从滁州来此，人皆只身，并无妻小。今城破，凡有所得妇人女子，惟无夫未嫁者许之，有夫妇人不许擅有”。 第二天即令放还满城男女，让其父母子女家人团聚。此举深得民心，和州百姓拍手称快。
不久孙德崖因濠州缺粮，竟率大军来和州就食。孙军纵其掳掠，占着和州四乡民家，带领亲兵说要进城住些时日。孙军人多势众，元璋阻拦不住，也无法推脱，正在苦恼发愁。郭子兴听得消息，也从滁州赶来。怨家路窄，两个对头又挤在一起，苦煞了元璋这个小头目。
原来子兴为人虽刚直，但耳朵软，怕听闲话。开头有人报告说元璋多取妇女，强要三军财物，已然冒火；及至听说与孙德崖合伙，越发怒气冲天，连夜赶进城来。元璋来不及迎接，只得赔着小心，好歹先化去丈人的怒气， 再说形势紧张，“孙德崖在此，上回的事两人结下深仇，目前他的人多，怕会出事。大人得当心，安排一个万全之策”。 子兴还是将信将疑，把元璋喝退，独自喝酒解闷。
第二天，天还未亮，孙德崖派人来说 ：“你丈人来了，我得走了 。”元璋情知不妙，连忙去告知郭子兴，这边又来劝孙 ：“何必这样匆忙呢 ？”德崖说：“和你丈人相处不了 。”
元璋看他的神色，似乎还算平和，赶紧劝道：两军一城，须提防两下里有小动作。最好让部队先出发，元帅殿后好镇压。德崖答应了，元璋放下心，出来替孙军送行，越送越远。正要回来，后军传过话来，说是城里两军打了起来，死了许多人。元璋着急，连忙喊随从壮士耿炳文吴祯靠近，飞马奔回。孙军抽刀拦住去路，将朱元璋簇拥向前。朱元璋一路上见了许多将官，都是旧友，大家诉说，都以为城内火并，元璋一定知情。元璋有口难辩，趁其不备，勒马就逃。孙军数十人紧追不舍，枪箭齐下。朱元璋侥幸衣内披了连环甲，伤得并不太重。逃了十几里，还是被孙军擒获，披了枷锁。有人主张杀了他，但顾虑城里孙元帅的死活，未敢妄动。立时派人飞马进城，见孙德崖正锁着脖子和郭子兴对面喝酒呢，很有些英雄惜别的味道。郭子兴听得元璋被俘，情愿走马换将。但两下里都有顾忌，谁也不肯先放人，最后只好取其折衷：郭子兴先派徐达到孙军作人质，换回元璋；元璋回到城里再放回孙德崖，徐达最后被放还。总计元璋被孙军拘囚了三天，几次险遭毒手，幸有熟人保护，得以全身而退。
元至正十五年二月，红军统帅刘福通派人在砀山夹河访得韩林儿，并将他接到亳州，立为皇帝，又号小明王；建国为宋，年号龙凤。拆运鹿邑太清宫的上好木材，建立宫殿。小明王遵母杨氏为皇太后，以杜遵道盛文郁为丞相，刘福通罗文素为平章政事，福通弟刘六为知枢密院事。军旗上写着 ：“虎贲三千，直抵幽燕之地。龙飞九五，重开大宋之天 。”遵道得宠擅权，福通不服，暗地里埋伏甲士，把他杀了，自封为丞相，不久又改为太保。从此以后东系红军军政大权全掌握在他一人手中。
不久，郭子兴因深恨孙德崖，为着交换元璋又受了惊吓，忧闷成疾，竟致一病不起，三月间不治而死，一家人将其归葬滁州。军中不可一日无帅，大家公推子兴妇弟张天豪到亳都的小明王朝廷面议，并带回杜遵道的委任状：委任郭子兴之子郭天叙为都元帅，张天豪为右副元帅，朱元璋为左副元帅，军中文告都用龙凤年号。朱元璋愤然不受 ：“大丈夫宁能受制于人耶 。”“然念林儿势盛可倚藉，乃用其年号以令军中 。”依地位而言，郭天叙是统帅，朱元璋仅排第三位。
但由于郭无军事经验；张乃一介武夫，遇事没有决断；而朱不但有头脑会笼络人，且有大批勇猛善战死心踏地的贴身伙伴如徐达汤和等一批将领，有他自己系统的军队，郭军中由他亲自招降、训练、指挥的占了很大份量，更加上他有如李善长冯国用等舞文弄墨的好谋士善为筹谋，自然成了事实上能作主能办事能号令的主帅。
朱元璋纪律严明，所到之处秋毫无犯，并善于任用能人，为百姓所称道。英雄壮士纷纷投效。虹县人邓愈，１６岁就随父兄举兵，父母阵亡后，他就统率部队冲锋陷阵，常打胜仗，是个将材。怀远人常遇春，臂力过人，勇冠三军，性情刚直，又有智谋，作了些时强盗，看看没有出息，决心自找出路。两人同来投奔，邓愈有队伍，做了管军总兵官，常遇春作了前锋。这二人为朱元璋冲锋陷阵，立下赫赫战功。
和州东南靠近长江，城子小，要维持军队几万人的吃穿用度，有些力不从心；加上元兵几次围攻，粮用更加匮乏。元璋把眼光投向了江南岸的太平（今安徽当涂）。太平南靠芜湖，东北达集庆，东倚丹阳湖。湖周围的丹阳镇，高淳、宣城都是产米区。占领太平，既可解决部队给养，又可进逼集庆，然后以集庆为中心，妥为筹划，四面拓展，不愁霸业不成。然而浩浩长江，浪花起伏波涛汹涌，又没有水军船只，大军只能望洋兴叹。眼看成包成库的米粮，可就是分毫不能取用，只能干瞪眼。
正在一筹莫展时，恰好就有巢湖水军头领李扒头（李国胜）派代表联络来了。“吉人自有天相 ”， 朱元璋真是有如神助。
原来天下大乱以后，在巢湖一带的豪门望族俞家——俞廷玉、俞通海通源通渊父子，廖永安永忠兄弟，赵仲中仲康两兄弟，纠集地方武装，推举李扒头作头领，双刀赵（普胜）坐第二把交椅，屯泊巢湖，连结水砦，有千多条大小船只万多人的水军。因和庐州红军左君弼结下仇怨，吃了多次败仗，势单力孤奈何不得，又咽不下这口气，特派人来讨求救兵。
天赐良机，朱元璋大喜过望，亲到巢湖联络，鼓动三寸不烂之舌，苦劝与其死守挨打，不如结伙渡江，并许下若干好处。巢军心动，许以相助。时“元中丞蛮子海牙扼铜城闸、马场河诸隘，巢湖水师不得出”。正在无计可施，却赶上五月梅雨季节，大雨竟淅淅沥沥地下了二十天，河坑地凹处都给淹平了，河道广阔。不费吹灰之力，避开了元军防守，巢湖水师的大小船只悉数到达和州集结。
六月初一，水陆大军乘风渡江，直达采石，常遇春一马当先，奋戈杀向元军，诸军鼓勇续进，元兵望风披靡，缘江保垒， 不战而降。“诸将以和州饥，争取资量谋归”。 元璋与徐达商议 ：“渡江幸捷，若舍而归，江东非吾有也 。”于是下令将船缆砍断，把大小船只悉数放诸江流，自断退路，欲“置之死地而后生”。 诸将慌乱叫苦，元璋许以攻下太平，子女玉帛任其搬运。饱餐之后，大军马不停蹄直趋太平，军士个个奋勇当先，一鼓作气攻下太平。朱元璋虽许以“女子玉帛任其搬运 ”，但那是假的。他早已叫李善长写好禁约，一待攻下城池，即派人四处张贴宣讲：不许掳掠，违令者杀无赦。并调一排执法队巡行街头，正在抢劫的军士不得不罢手。有一小兵不信邪，立时被斩。太平一路的百姓才免了此劫。朱元璋因先前许愿的欺骗，怕军士不服，军心不稳，叫当地大地主赶快献出一些金银财帛，分赏将士，总算稳住了军心。从和州渡江是巢湖水军的功劳，朱元璋在船上为其摆洒庆功，趁机把李扒头灌醉，捆住手脚丢到江里喂鱼去了。双刀赵不服，逃归徐寿辉。巢湖水军失了核心，只得投降，朱元璋从此有了自己的水军。
攻下太平，又有当地地主儒士李习陶安来投。元璋问“以何道教之”？安亦劝元璋力戒剽掠，东取集庆，可成霸业。与当年冯国用投效元璋时所谋略同。元璋深以为然，留作帅府令史。改太平路为太平府，以李习为知府，置太平兴国翼元帅府，元璋为大元帅，李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，潘庭坚为帅府教授。着令乡下老百姓为民兵，居民蓄积，悉数运进城来，以备长期固守。
“时太平四面皆元兵。右丞阿鲁灰，中丞蛮子海牙等严师截姑熟口，陈野先水军帅康茂才以数万众攻城 ”，形势逼人。元璋亲帅徐达邓愈汤和等大将拚死抵抗，并不惜财物，尽出库中所有犒劳封赏有功将士；同时潜出一师，从敌人背后发起猛攻，前后夹击，元兵不知虚实，大败而溃，陈野先被俘。朱元璋劝其投降，宰白马乌牛，祭告天地，结为兄弟。第二天，野先全军归降，元将阿鲁灰引兵离去，元璋又与野先相约一同攻取集庆。
为防将士反叛，朱元璋常以其家属作人质。尤其于投降将领，朱元璋更是加倍防范。野先的妻子被留在太平，部下被张天豪领去攻打集庆，野先心里原本痛恨红军，不得已而投降元璋，用而见疑，心中更加有气。他暗地嘱咐部下：装装样子，出人不出力，并不真打，三两日自己脱身后就来攻打红军。这话给朱元璋心腹检校探知，元璋心里明白，却不告诉张天豪。大军来到集庆城下，元朝守将福寿力战拒守，张天豪只有少半人在打，大半人在看，焉有不败之理。元璋索性放了野先，让他统领旧部与郭天叙张天豪合军再攻集庆。野先早已与城内守将约定内外夹击，假邀天叙喝酒，就在席间把他杀了；生擒张天豪，把他送给福寿也被即行处死。元军会师反攻，红军大败，死伤二万多人。陈野先率军追到溧阳，马乏掉队，当地民兵不明底细，以为他投效红军，设伏把他杀了，部队由其从子兆�