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小明王从称帝以后，实际上只是一个傀儡，凡事都由刘福通自作主张。几年来，红军虽然声势浩大，占领了大片国土；但因红军组织松散，各自为政，号令不一，加上狭隘的小农意识，军纪不振，人数虽多，战斗力并不强。这时大部红军已被察罕贴木儿和孛罗贴木儿两支地主军打垮了，仅剩下山东的一部军力翼护着小明王的帝都安丰，到益都被扩廓贴木儿包围以后，刘福通亲率大军往救，结果惨败而回。益都陷落，安丰成为一座孤城。
至正二十三年二月，张士诚的大将吕珍乘机围攻安丰。城内粮尽弹绝，外面的援助也运不进去，城里出现了人吃人，甚至吃腐尸和人油炸泥丸子的惨景。军情紧急，刘太保不得不派人请求朱元璋发兵解围。兵发与不发，城救与不救，又是一个艰难的抉择。若发兵往救，陈友谅在背后早已虎视耽耽，万一乘虚进攻，便进退无据；如若不救，万一安丰失守，应天将失去一面坚强的屏障，从军事观点看，又不能不救。对此，朱元璋与他的谋士们存在分歧。刘基就坚决主张按兵不动，不如让其厮杀，借吕珍之刀杀了小明王，落得省心；如果救出小明王，如何安置也是问题——名义上还是皇帝，三宫六院什么的总得像模像样，劳民伤财不说，还容易树大招风，引火烧身，——元顺帝不会允许另外一个与他并行的皇帝安安稳稳地存在下去，他会调集全力去消灭他的，实在得不偿失。但是朱元璋仍然固执己见，安丰不能不救！遂亲自统兵赴救。刘太保簇拥小明王趁月黑风高，大雨倾盆突围而出，刘福通在突围中被杀。元璋摆设金銮玉扇，迎小明王暂住滁州，临时创造宫殿，把皇宫左右宦侍都换成自己人，供养极丰防护极严。小明王名为皇帝，此时实际上已是俘虏，完全受朱元璋的胁制。怎么说，朱元璋也是救驾有功。三月十四日，小明王内降制书，封赠朱元璋祖宗三代。
正当朱元璋出兵安丰的时候，陈友谅果然趁机进攻，以大兵包围洪都，占领吉安、临江、无为等州。陈友谅特造大舰，高达数丈，新涂上朱红丹漆，上下三层，每层都有走马棚，上下层说话都听不见，载着家小百官，号称６０万大军，倾巢而来，誓要踏破应天，一雪仇怨。
洪都守将是朱元璋的亲外甥朱文正，与陈友谅展开了惨烈的攻防战斗。城墙几度攻破，敌兵蜂拥而进，却又多次被火铳击退，守军连夜赶修工事和被攻破的城墙。尸横遍野，血流成河，双方却都没有退让。激战８５天，洪都仍然坚如磐石，陈军一直未能越雷池半步。直到七月，朱元璋在滁州安顿好小明王后，亲率大军２０万回救洪都。陈友谅见久攻不克，士气低落，朱元璋援兵又至，再战无利，只好撤兵退回鄱阳湖。
朱元璋已先行封锁鄱阳湖到长江的出口，断敌退路关门打狗。两军对比：陈军号称６０万，虽然经过洪都之围，兵力并未大损，朱军只有２０万；陈军水兵装备有高船大舰船舰连绵十几里，气势宏伟，朱军只有小船木橹，相对渺小可怜。论军队数量和装备优劣，朱元璋都处于绝对劣势。但是，这两点并不是战争胜负的唯一决定因素。 就士气来说， 陈军在洪都（今南昌）久挫，锐气大减，朱元璋则千里救危，生死决战，气势如虹。就装备来说，虽说陈军舰船高大，数十舰串联一起，气势逼人，但行动不灵，调转不便；朱元璋虽然小船木橹，但进退自如，运转灵活。就军事指挥而论，朱元璋有经验丰富远见卓识的幕僚，一大批忠贞勇敢的将帅，军纪严明，将士一心；陈友谅则性情暴躁多疑，将士多有不和，军纪涣散，战斗力大打折扣。更重要的是补给，元璋军队数量少，有洪都和后方源源接济；友谅则退路被堵，粮食被截，粮尽士疲，军无斗志。
但是，以２０万战胜６０万，决非易事！这一战从七月一直打到八月，直杀得天昏地暗：天地为之哭泣，鬼神为之动容。其水战之规模也许是中国历史上最大的一次。两军主力苦战３６天，最后以陈友谅的彻底失败和朱元璋的巨大胜利而告终。朱元璋彻底击溃了最强劲的最危险的军事对手，从根本上解除了应天的军事威胁，稳固了霸业的基础。
鄱阳一战，朱元璋充分发挥了火攻的威力。陈军舰船高大，又数船连锁，一船失火，数船同劫，无能幸免。朱元璋采取了两条措施：一是用火药和芦苇装满几条船，由敢死队驶着冲入敌阵，点起火来，和敌方几百条战舰同归于尽。二是分水军为２０队，火铳长弓大弩分作几层，先发火铳，引燃敌舰，再射弓弩，最后趁其混乱冲上敌舰展开白刃战。短兵相接，杀声震天，战士们从这船跳到那船；头顶上火箭硝石乱飞，眼晴里一片火光闪耀，湖面上是漂流着的尸首和在挣扎着的伤兵。元璋激励将士拚死血战，多少次身边的将士都战死了，坐舰也被硝石打碎了，换了船又搁了浅动弹不得，亏得常遇春俞通海誓死捍卫，才免于被俘。
战斗进行得异常惨烈，直到最后，陈军已经弹尽粮绝，右金吾将军建议烧掉舰船，弃舰登陆，直走湖南；左金吾将军则主张血战到底，决不后退。在粮道已断，退路已绝的情况下，弃舟登陆，保存一点实力以图东山再起，实为上策；继续打下去，只会全军覆没死路一条。友谅遂决定登陆。左金吾将军以为前途末路，临阵反叛，率军投奔朱元璋；右金吾将军一见大势已去， 前途无望， 也跟着投降。 陈友谅大怒，“尽杀所获将士 ”，不得人心；“而太祖则悉还所俘，伤者傅以善药，善待其亲戚诸将阵亡者 ”，大得人心，并为进一步分化瓦解敌军起到了很好的宣传作用。这时，友谅军力益发削减，打算马上退兵，冲出湖口，不料迎面已有朱军把住，前后受敌，形势危急。陈友谅正待审度情势，决一死战，头刚伸出到窗外，“呼”地飞来一箭，正中面门，友谅随之亡命。友谅一死，军中无帅，大军狼狈溃逃。幸得友谅部将张定边保住尸首和太子陈理，连夜逃回武昌。
鄱阳湖一战，朱元璋从此中兴发达。细瞻此战前后，朱元璋实在胜得侥幸：朱元璋犯了一个战略错误，不该统率大军去救安丰，给一直对此虎视耽耽的陈友谅一捣应天的天赐良机；陈友谅则犯了一个更大的错误，良机不乘，应天不捣，却用几个月的时间去围攻地理政治经济条件都远不如应天的洪都，等于是自取灭亡。
运气总是这样眷顾着朱元璋。也许真正是“天命有归”了。先是怕察罕贴木儿的兵威，正在准备投降，察罕就被田丰刺死了，其子扩廓准备南征，却又与孛罗贴木儿打起内战，顾不了朱元璋。再是陈友谅第一次与张士诚夹攻朱元璋，却因张士诚狐疑不前误了大事。后是张士城围安丰，朱元璋统兵往救，应天空虚；陈友谅不取应天而围洪都，洪都不克，退走鄱阳湖，被流矢射死，除掉了朱元璋的心腹大患。
鄱阳一战后，应天的周边环境相对安定下来，朱元璋开始考虑称王的事了。这年九月，张士诚已自立为吴王。 第二年正月（至正二十四年），因应天正是三国孙权的吴国都城，所以朱元璋也自立为吴王：设置百官，以李善长为右相国，徐达为左相国，常遇春俞通海为平章正事，立长子标为世子，俨然一个小朝廷。但只称王不称帝，目的仍然是为了缩小目标，免得树大招风。发号施令，只用“皇帝圣旨，吴王令旨”的名义。两个吴王，朱为西吴，张为东吴。原来红军五颜六色的着装， 这时也被统一， 战袄战裙和战旗都用红色。着令军匠大量打制铁甲火药火铳石硝，武器数量迅速增加，性能质量不断提高。
正月刚过，二月份，朱元璋就亲率大军征剿武昌，来势汹汹，陈理望风而拜，被朱元璋封为湖广行中书省。到这年年底，友谅疆土，汉水以南，赣州以西，韶州以北，辰州以东，都为元璋所有，真可谓“广土众民”了。
三 挥师东征 势如破竹灭东吴
强敌陈友谅已除，西线无战事；南线元军已与红军战成两败俱伤，目前无力北犯；北边是浩浩长江以为屏障，并有俞家海军严阵以待，无人敢窥；唯有东线张士诚日渐强大，不断骚扰，对朱元璋构成严重威胁。“一山难容二虎 ”， 朱元璋不能容忍这世界上有两个“吴王”存在。这时的朱元璋经济发展稳定繁荣，政治清明深得人心，军力强大积极进取，遂于至正二十五年，也就是称王的第二年，全力准备挥师东征，一举扫灭张士诚。
元末群雄分为两个系统：一是红军系统；二是非红军系统。红军分东系和西系：东系以淮水流域为中心，尊奉小明王，郭子兴是濠泗滁和一带的头领；西系以汉水流域为中心，为彭莹玉号令，首推杜遵道，后令徐寿辉，再到陈友谅，并有寿辉部将明玉珍割据四川。非红军系有东吴张士诚，浙江方国珍。红军具有明确的政治目标和民族思想，与元政权形同水火势不两立。非红军系则纯以个人利益得失为进退，对元政权朝三暮四朝秦暮楚叛降濒繁反复无常。
张士诚尤为如此：至正十三年请降，元淮南江北行省授以民职，不久又反；十四年自称诚王，十七年八月又降，授官太尉，元朝招降士诚是为了解决大都运粮问题。几年来元浙江右丞相达识贴木儿，千方百计招降张士诚，一直到张士诚西线进攻为朱元璋所败，东边与苗军杨完者不和，两面受敌，张士诚才不得已而降。张士诚地产富庶，鱼盐丰聚；方国珍拥兵海上，运输安全方便。这样，由张士诚出粮，方国珍出船，运济元大都。但两者各怀心思，互相猜忌，一个怕贪没粮食，一个怕乘虚进攻，亏达识两面调解，从二十年到二十三年，每年他们向元大都运载了十几万石粮食。后因杨完者拥兵自重不听节制，达识与张士诚使计杀了他，全面接管苗军防地，并逐出淮西赵均用，拥有南到杭州绍兴，北到济宁，西达汝颖濠泗，东到海边，方圆二千余里的广大地区。至正二十三年九月张士诚自立为吴王，并毒杀达识贴木儿，拥兵自重，不再听从元朝节制。
张士诚于至正十六年起和朱元璋接壤，两下里时起战端，彼此攻伐，互有胜负。直到朱元璋两线得手，进剿武昌凯旋以后，得以集中兵力进攻东吴，其攻守大势胜负之态才发生根本变化。
朱元璋对张士诚的进攻，可分为三个阶段�