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这天下午，施剑翘也来到了居士林。此前的三期道会，她每一次都参加了，每一次也都做好了充分的准备，可是因为与会的居士众多，场面混乱，不便下手。今天，施剑翘身穿青色大衣，青色长裙，再次神态自若地坐在居士林里。因为下雨天冷，今天赶来的居士比以前少了许多，往日热闹的居士林也显得冷清和空旷了一些。施剑翘看在眼里，心中暗自欢喜。她眼看孙传芳身穿僧袍，走进居士林，心想，他活不了多久了，且看他神气什么？
这天，富明法师领诵《大佛顶首楞严经》。施剑翘本来坐在后面，离孙传芳较远，后来，她借口后面的炉火太热而转移到前面。当众居士跟着富明法师齐声奉诵的时候，孙传芳也闭目盘坐在前排的蒲团上一起吟诵。施剑翘看到机会来临，就悄悄地从皮包里取出勃朗宁手枪，小心翼翼地打开保险，然后，抬起手来，对准孙传芳的脑袋迅速地扣动扳机。随着“砰砰砰”三声枪响，孙传芳的脑髓和血浆四溅，立即毙命。众居士被这突如其来的枪声吓得魂飞魄散，一个个面无人色地瘫坐在原地，竟然没人想到往寺外奔逃。施剑翘倏地站起身，大声疾呼：“各位朋友不要怕，我为父亲报仇，决不会伤及无辜！孙传芳是我打死的，一人做事一人当，不会连累大家。”说完这话，她从小包里掏出一大把已经准备好的传单，散发给大家，只见上面写道：
各位先生注意：一、今天施剑翘（原名谷兰）打死孙传芳，是为先父施从滨报仇。二、详细情形请看我的告国人书。三、大仇已报，我即向法院自首。四、血溅佛堂，惊骇各位，谨以至诚向居士林及各位先生表示歉意。
报仇女施剑翘谨启（红色手印）
传单的背面并非空白，还有两首绝句，在诗中施剑翘表明了她为父报仇的心迹：
父仇未敢片时忘，更痛萱堂两鬓霜。
纵怕重伤慈母意，时机不许再延长。
不堪回首十年前，物自依然景自迁。
常到林中非拜佛，剑翘求死不求仙。
和传单一起分发的还有《告国人书》和一张身穿将校服的军官照片，照片上的人就是施剑翘的父亲施从滨。
众居士看了传单，顿时议论纷纷。施剑翘用电话给家中报告了大功告成的喜讯后，便找到寺中的知客僧东海和尚，让他去通知警察局赶快来人，自己决意自首，不想趁乱逃脱。
这时孙传芳的随从也跑了进来，见孙传芳已经气绝身亡，施剑翘手持手枪大义凛然地站在原地，也不敢唐突行动。警察来后，问明情况，即迅速将施剑翘带走。然后，富明法师披上法衣，对孙传芳的遗体作了一个“送往生”的仪式，孙传芳的随从向居士林借了两床棉被，将尸体包裹后，用汽车送回家中。
当天下午六时，《新天津报》发出号外，标题是：《居士林内昨日骇人惨案：施从滨有女复仇，孙传芳佛堂毙命》。次日，天津、北平、上海各报都以头号字标题刊载了这一消息，全国轰动。
无罪释放
施剑翘刺杀孙传芳一案，迅速被当时的全国各大媒体报道，引起了强烈的轰动和广泛的关注。
第二天，案件被移送到天津地方法院检察处。在侦讯中，施剑翘不讳事实，直陈杀人经过和原因：
我父亲施从滨，原任山东省军务帮办兼第二军军长。1925年，孙传芳为扩张地盘，兴兵北犯。父亲奉督办张宗昌命令迎击孙部，因孤军深入，断了后援而被俘。孙传芳下令枭首示众，将人头悬挂多日。当时人已二十，闻讯痛入肺腑，决心为父报仇。
就在今年，我得知孙传芳兵败下台寓居天津，我毅然只身离开太原回到天津，伺机报仇。农历九月十七日是我父亲十年忌辰，我一早就到观音寺去为亡父烧纸、念经。和尚见我念经后仍跪哭不止，就劝我说：“善女节哀，亲人故去，哭也无益。不如皈依佛门，多念经以超度亡灵。你看靳云鹏、孙传芳这些名人，不是都信佛了吗？”听到这里，我急忙追问下去，得知靳、孙都是天津佛教居士林的居士，孙还是该林的理事长。第二天，我化名“董慧”，经一位姓张的女居士介绍入了林。此后，我就通过各种途径了解孙的身貌、口音、汽车号和活动规律，知道他每周三、六必到居士林听经，随即做了刺杀他的具体安排。我让弟弟将母亲接到了南京。我买来油印机，写印出《告国人书》等传单。11月13日星期三，是我预定下手的日子，但一早就阴雨绵绵，直到午饭后还未停止。我估计孙传芳可能不去听经了，便空手前往观察，果然未见孙到来。后来我正与别人谈话时，忽然见孙身披袈裟走进佛堂入座。我租了一辆小汽车赶回家，取出手枪、传单等物，返回居士林。少坐片刻，心神稍定，见孙传芳的座位距我很远，便向看堂人说：“我的座位离火炉太近，烤的难受。前面有些空位，可不可以往前挪一下？”得到许可后，我缓步走向孙传芳座后，掏出手枪，对准他的左耳开了一枪，紧接着又向他后脑和背后各开一枪。这便是全部的经过。
当人们听完施剑翘的陈述后，无不感慨万分，并为她的勇气和毅力赞赏不已。但是，人们也提出了一些迷惑：施剑翘哪里来的枪？跟谁学的射击技术？有没有共犯和更深的犯罪背景？对于这些问题，法庭进行了详细的追问，施剑翘面对询问，从容不迫地一一答对。她说：“我为父报仇，蓄谋已久，并没有、也不可能有什么别的背景。父亲如果战死在两军阵前，我不能拿孙传芳做仇人。他残杀俘虏，死后悬头，我才与他不共戴天。我的本家兄弟和我丈夫都是有枪有势的人，却忘恩负义，不肯为我父亲报仇，我不可能再去找别人。再说，要刺杀像孙传芳这样的人，关系极为重大，如果不小心谨慎，连我的命也会搭上。所以买油印机，刻写印刷品，都只能由我一人担任，连母亲也不知道。手枪就由太原我丈夫那里带来的。至于射击技术，我在幼小时就常拿父亲枕头下的手枪玩，很知道如何装子弹，怎样放枪。”检查官再传讯当时在现场的证人，都不能证明行凶时有第三者介入，于是就向地方法院提起诉讼。
检查官却认为：“所谓自首，应是被告犯罪事实在未经发觉前或无人知情时，由其本人向有关侦察或审批的机关的人员主动陈明、承认，方能成立。本案被告杀人于大庭广众之中，在众目睽睽之下，虽然直陈犯罪事实，但这只能说是自白，不能算自首。”孙传芳家属也宣扬和状告施从滨军队纪律极坏，危害地方，孙传芳是为民除害，施剑翘预谋杀人，应从重处罚。于是，孙、施两家代表在法庭上展开“法”、“理”辩论，数月之后仍未了结。
当时的天津地方法院一审判决施剑翘为有期徒刑十年，经辩护律师代为申诉，念其事出有因，天津高级法院的二审判决改为有期徒刑七年。
关于施剑翘行刺一案的议论，当时，社会各界较为一致的说法是，施剑翘刺杀罪恶累累、劣迹斑斑的大军阀孙传芳，其志可嘉，其情可悯。对于有人提出的关于孙传芳已经皈依佛门、理应既往不咎的说法，当时的《大众生活》杂志曾经在1935年11月23日发表文章进行反驳。文章说：
中国许多军阀官僚们在屠杀了一阵人命刮饱了民脂民膏以后，往往跑上念佛学禅的一条路上去，这自然有两重意义：一是想仗佛力来洗脱染满身上的血迹，二是想藏在佛幡后面来进行各种卑劣的卖国分赃的阴谋，中国有一句俗话：“放下屠刀，立地成佛”，这是很可以为许多“屠户”们解解嘲的。不过另外也有一句跟这针锋相对的俗话，是“黑心人念阿弥陀佛”，这话是很有心理学上的和事实上的根据的。例如有人一面念佛吃素，一面作践女人（玩弄了一阵之后，便马上一甩）；一面做和尚，一面当间谍（替帝国主义当鹰狗）；一面入空门，一面做强盗。至于那些在野的“屠户”们更不消说了，他们今天可以“放下屠刀，立地成佛”，明天也可以“放下佛经，立地复屠”，“有刀则屠，无刀成佛”，是很可以替这些寓公们写照的。孙传芳就是这当中的典型屠户。大家当然不会忘却他从前做五省联帅的时候，屠杀了许多青年，制造了无数炮灰，到后来一败涂地，便卷了大量的民脂民膏到天津租界当寓公，兴致一来，又要坐汽车到“居士林”学佛听禅。然而他积欠下来的血账是一笔一笔写在老百姓的心头的。
当时的全国妇女会，江宁、扬州、江都妇女会，旅京安徽学会，安徽省立徽州师范等团体则尤其同情施剑翘，纷纷通电呼吁，希望最高法院能对施剑翘援例特赦。电文中有“况孙传芳曾南拒革命之师，又北窥齐鲁之境，今施剑翘之事，直接以复父仇，间接即除国憝”的话，深入人心。另外，此案还惊动了大名鼎鼎的冯玉祥将军。冯玉祥不认识施剑翘，但辛亥革命时期，冯玉祥曾与施剑翘的生父施从云一起奋勇战斗。他闻讯后立刻联合民国元勋李烈钧、张继等人，呈请南京政府特赦为父报仇的孝女、为民除害的侠女施剑翘，以敦化人伦，弘扬正气。有的报纸还披露了冯玉祥曾单独向蒋介石请求特赦施剑翘的消息。
结果，在施剑翘入狱不到一年的时候，也就是在1936年10月14日，国民政府主席林森向全国发表公告，决定赦免施剑翘。此后，由中华民国最高法院下达特赦令，将其特赦释放，重获自由。
但是，也有人认为，蒋介石接受了冯玉祥等人的请求，以南京政府的名义，将施剑翘特赦了。这只是表面现象。实际上孙传芳早就是蒋介石想要杀掉的人，而施剑翘刺杀孙传芳正中其下怀，因此，蒋介石乐得对冯玉祥卖个人情，将施剑翘特赦了。
那么，蒋介石为什么要杀孙传芳呢？据说，这和孙传芳密谋勾结日本人策动北平驻军叛变一事有关。1933年5月7日，当时的军统局北平站站长陈恭澍、天津站站长王天木伙同军统局北平站工作人员白世维，将曾任湖南督军的张敬尧刺杀于北平东交民巷六国饭店。
多年以后，陈恭澍在回忆中透露：刺杀张敬尧，是执行当时北平军分会代理委员长何应钦的制裁令，因为张敬尧受日本人坂垣、土肥原的指使潜入北平，策动驻军叛变，妄图制造暴乱，而和张敬尧一起策划这次叛乱的，据说就有孙传芳。因此，孙传芳当时虽然逃脱，但是也早已经成为蒋介石的眼中钉和迟早被清除的对象。只是，因为孙传芳发现了自己的危险处境，故此深藏于天津租界内，闭门不出，韬光养晦，暂停汉奸活动，蒋介石才没有急于下手，使他又多活了两年。
施剑翘被赦免不久，抗日战争爆发。施剑翘随即奔赴南方，先后辗转到长沙、重庆等地，筹措慰劳品，并兴办小学，做了不少有益于国家、人民的工作。新中国建立后，施剑翘于1952年因病移居北京，病愈后一直以居士身份在碧云寺修行。1957年，施剑翘还当选为北京市政协委员会特邀委员，直到1973年病逝