处死奥都剌合蛮，重新任用镇海等人贵由上台不久即处死了脱列哥那宠信的理财大臣奥都剌合蛮。《史集》记载，贵由给“奥都剌合蛮处了死刑，将汉地交给了撒希卜牙剌瓦赤（管理）”，并“恩赐了镇海，赐予他丞相之职”。《草原帝国》则说：奥都剌合蛮“因贪污而被诛，代之以马合谋牙剌瓦赤。克烈部景教徒镇海又重新被任命为丞相”。这里说明了奥都剌合蛮被处死刑的原因是“因贪污而被诛”。奥都剌合蛮地位的骤然上升，不单是因为他能给国库增加成倍的收入，还因为他是出身于穆斯林的著名商人，是由于脱列哥那皇后的亲信伊斯兰女巫法提玛极力推荐。丞相镇海虽然也曾经推荐奥都剌合蛮，但他毕竟是出身克烈部的景教信徒，毕竟是奥都剌合蛮推行回回教的一个障碍；而早已投靠了蒙古政权的牙剌瓦赤，信奉儒学和佛教的耶律楚材等更是脱列哥那和法提玛等人的绊脚石；这应该说是脱列哥那时期人事变动的主要原因之一。到了贵由时期，法提玛和奥都剌合蛮先后被处死，镇海等人重新被起用，这不仅与贵由企图加强汗权有关，而且与贵由的宗教倾向有很大关系。《草原帝国》也记载：“贵由表示对景教的关怀”，“他的主要大臣，他的教师合答黑和丞相克烈部人镇海都是景教徒”。法提玛和奥都剌合蛮的被处死，从某种意义上说正是蒙古汗廷汉法派、回回法派和景教、基督教派争夺汗廷权力、影响汗廷政策的一场尖锐的冲突与斗争。
干预察合台汗国的汗位继承成吉思汗西征前，在确定窝阔台为大汗继位人的同时，要求其诸弟、诸位亲王位下也要确定一位继位人。察合台位下的继位人是察合台的长子木阿秃干。但木阿秃干却死在了成吉思汗西征前线，察合台十分悲痛，仿照汉族的嫡长子继承制，确定木阿秃干的长子合剌旭烈兀为汗位继承人。1242年，察合台临死前明确表示将他的遗产交给长孙哈剌旭烈兀。贵由继位后却出面对察合台汗国的君位加以干涉：由于他与察合台的幼子也速蒙哥有情谊，“把察合台的（汗）位授予了也速蒙哥，并加强了他的权力”。正是这次汗位的调整，导致了后来察合台汗国长期的汗位之争。
元定宗贵由继承汗位，整顿纲纪（2）
整顿诸王贵族的违法行为在乃马真氏摄国时期，诸王贵族失去了大汗的约束，任意征敛，横行不法，造成了社会的混乱和百姓的灾难。贵由继位后立即着手对此进行整顿。不仅对当时普遍存在的违法乱纪行为进行了认真的追查和严厉批评，对于唆鲁禾帖尼母子遵法守纪的模范行为则给予了肯定与表彰，并重申了窝阔台可汗颁布的“一切法令”，这等于在混乱中重申了法律，恢复了秩序。
派遣各路统帅，加强对已征服地区的统治贵由也想以祖父成吉思汗为榜样，继续征服世界各地；而且坚持蒙古汗国内部的统一，不允许诸汗国已经出现的分立倾向。为实现自己的战略设想，“他派遣速别额台把阿秃儿和察罕率领无数军队前往汉地和蛮子地区附近，派遣额勒只带率领着指派的军队到西方去，并且下令从驻在伊朗地区的军队中，从每十个大食人中间抽出两个人参加远征，把敌对地区征服，首先要征服的是邪教徒们，他自己也决定随后也去（征服那里）”。八思巴文银圣旨牌（选自《成吉思汗》）“他还把突厥斯坦和河中交给了异密马思忽惕伯，并把呼罗珊、伊拉克、阿塞拜疆、设里汪、罗耳、起耳漫、谷儿只斯坦和忻都斯坦交给了异密阿儿浑阿合。对于他们每个人统辖之下的所有异密和篾力们，他都赏赐了诏书和牌子，他们都被委任了职务”。而对于其他被征服的地区，他也根据自己的意见和汗廷的需要，改变和调整了那里的国王和首领。但由于贵由在位时间只有两年而且体弱多病又酒色过度，他来不及继续成吉思汗时期的远征，此次四处派遣征服军的主帅，不过是加强对先前已经被征服地区的占领和统治，并由代表汗廷利益的将领前去掌握当地的军政大权而已。实际上另一个主要目的则是想对蒙古帝国内已经出现的各自为政和分立行为进行制止和约束。
元定宗贵由西凉会谈，吐蕃内附
10世纪初，吐蕃王朝在奴隶和平民大起义的打击下土崩瓦解。西藏地区出现了400年的割据混战，吐蕃进入所谓“黑暗时代”，更多的人皈依佛门，印度佛教进一步在吐蕃传播。经过与吐蕃原来本教的斗争、融合，逐步形成了喇嘛教即藏传佛教。各地僧人与领主相结合，“设道布教，各化一方”，“各树一帜”，出现了众多的宗门与流派。其中著名的宗派有萨迦派、噶举派、宁玛派、噶当派等，此外还有一些小的教派如觉朗、希解、觉域、夏鲁等，号称“四大八小”。因其僧服或寺院标志不同，分别被称为“花教”、“白教”、“红教”、“黑教”等。政治割据与宗教分裂进一步导致了吐蕃地区的混乱与贫困，使吐蕃百姓处于水深火热之中。窝阔台大汗即位之初，将原来西夏的部分地区分封给其二子阔端，令其率军经营河西走廊地区。太宗八年（1236），阔端奉命率西路军进攻宋朝的四川。后来又受命开府西凉，承制得专封拜，吐蕃自然成为其争夺的对象。
八思巴文金圣旨牌（选自《成吉思汗》）
13世纪初的蒙夏战争时期，正值西夏朝廷极力推崇藏传佛教，因而使藏传佛教在西夏区域内的地位高于佛教其他宗派，这就为蒙古上层提供了最早接触和接受藏传佛教的机会。从宗教形式上看，藏传佛教的某些仪轨与蒙古早期信仰的萨满教和信奉巫师的传统比较接近，二者易于沟通。从教义上看，藏传佛教宣扬“佛我一体”的理论对蒙古贵族推进统一战争、建立和巩固统治十分有利。在蒙古贵族上层的推崇下，藏传佛教继西夏之后又得到了新的保护，而且随着统一战争的步伐有了一个大力扩展的环境。各教派高僧得以云游各地，讲经传法，聚集弟子，并为诸王子弟将臣讲经说教，译释佛经、著书立说、修缮及兴建寺院、创新教派等宗教活动得以大力开展和推广。
窝阔台之子阔端，受命统治西夏故地为西凉王，于元太宗十一年（1239）命其部将进军吐蕃。元定宗二年（1247），迎藏传佛教高僧萨迦班智达叔侄3人前来商谈吐蕃降附事宜，并在蒙古传经，阔端首先接受藏传佛教及灌顶仪式。他曾经派拖雷的庶子、忽必烈之弟木哥亲王分兵由甘南进军，以老将按竺尔为先锋，先后攻破宕昌、阶州等地，攻克文州，由古阳平道进入四川。这一带一直是汉藏杂居地区，按竺尔招降了吐蕃酋长勘陋孟迦等10族。阔端任命一些吐蕃首领为边州长官。元太宗十一年（1239），阔端又派道尔达率本部人马进入前藏，负责侦察西藏的军事实力。道尔达的军队到达拉萨北面，遭到黑教寺院武装的小规模反抗。淮海等处义兵千户所铜印
（选自《成吉思汗》）道尔达以武力攻占了黑教的热振寺，杀死僧众数百人，继而又焚毁了杰拉康寺，准备向拉萨进发。萨迦四祖萨迦班智达及时派人秘密会见道尔达，希望他放弃武力征服政策。从此，道尔达在拉萨一带留驻两年之久，未与当地僧俗势力发生武装冲突。道尔达比较全面地了解了当地的各种情况后，给阔端写了一份报告，认为“萨迦班智达学富五明，具大法力，希望王爷遣使迎之”。这封信对吐蕃的归附起到了重大的作用。
阔端接到道尔达的报告后，决定迎请萨迦班智达前来凉州王府会晤。不久，道尔达率军回到凉州，进一步向阔端王爷介绍了吐蕃的情况。乃马真后三年（1244），阔端派出使者给萨迦班智达送去一封邀请信，称他为文殊菩萨的化身，希望他以蒙藏关系为重，毫不犹豫地前来凉州。如若拖延时日不肯前来，则将派大军进行杀戮。若为僧众及众生着想，尽快前来商讨吐蕃归属之事，将令其管领吐蕃僧众，并赏赐大批财物。萨迦班智达率年仅9岁的八思巴及其弟恰那多吉前往凉州，经过近两年的跋涉，终于在元定宗元年（1246）秋到达目的地。当时阔端前往和林参加贵由的称汗大会，留守凉州的道尔达等代表阔端对萨迦班智达叔侄进行了热情接待。
元定宗二年（1247）五月，阔端代表蒙古汗廷，萨班代表吐蕃地方，共同达成了吐蕃归附蒙古帝国的协议。阔端表示，今后不再对吐蕃用兵；萨班则同意吐蕃归附蒙古汗国。阔端表示萨迦派可以代管吐蕃政教事务，原当地官员的姓名及属下百姓户口数目，一律登记造册，一式三份，一份送阔端王府，一份交萨迦法王，一份由官员自存。愿归顺者保留官职，否则后果自负。双方还商定了贡赋形式和数量，各地长官负责征收，偕同萨迦金牌使者一起运到蒙古汗廷。在会谈过程中，八思巴以其聪明才智，一方面竭力促成吐蕃归附中央政权，另一方面也有理有节地为藏族争得了许多优惠政策。
錾花铜重甲（选自《成吉思汗》）
这次会谈后，萨班以个人名义写了一份《萨迦班智达致蕃人书》，指出：蒙古汗国军旅无算，目前金国、西夏、畏兀儿等均已成为其辖地，“顺彼者与彼共苦乐，心怀厌恶不遵功令而空言归顺则不许，且终有因而覆灭者”。并举例说：“畏兀儿主动归附，其境未遭涂炭而昌盛逾前，人畜由彼等自理，各级官吏也由彼等自任之。其他如金国、西夏等不遵功令，终遭覆灭，逃遁无门。最后还是不得不俯首归降。”他规劝西藏各地的领主和各派僧侣，“不要自以为部众剽悍，以为地险、人雄、兵众、甲坚就企图以战斗获胜，或者企图逃脱。这样做的结果只能导致最后覆亡”。文书承认吐蕃是蒙古汗国的属地，蒙古政权则承认吐蕃各地官员可以保有原来的地位，但要经过蒙古汗廷委任，并向汗廷呈报户口，接待蒙古使臣，遵行蒙古汗国统一的政策法令。这是一份非常重要的历史文献，是符合吐蕃人民和全国各族人民利益的。萨班、阔端和八思巴等顺应历史潮流，为我国统一的多民族国家的巩固和发展做出了突出贡献。
元定宗贵由四大汗国矛盾突起与大汗猝死之谜
元定宗二年（1247）冬，蒙古大汗贵由突然“病倒了”。“当新春到来时，他说：‘天气转暖了，叶密立的空气合乎我的天性，内蒙古科左中旗六家子鲜卑墓群
（选自《成吉思汗》）
那里的水也对我的病有利。’”于是其亲信到处散布大汗要率大军西巡，到其原来的潜邸叶密立（今新疆额敏附近）去休养，其大将野里只吉率十几万大军先行。唆鲁禾帖尼王妃和忽必烈兄弟得到密报，认为“他的仓促（出行）并非别无用意”，西巡的目的显然是要袭击其政敌、蒙古长王、钦察汗国的可汗拔都。于是唆鲁禾帖尼王妃立即派出密使向拔都通报了这一消息。拔都接到情报后，“守着边境，武装起来，准备与他作战”。
第二年三月，贵由大军到达横相乙儿之地（今新疆青河东南），溘然长逝，一场战争避免了。这一事件，实质上是维护蒙古帝国的统一和主张几大汗国的独立两条政治路