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恒常修习奢摩他，仅能暂伏烦恼，使之暂不现行而已。无空证智慧，无法断烦恼习气种子－－随眠。随眠分习气及种子二种。如果现在有蚊子叮你，嗔的随眠种子将会现起，觉得蚊子是障碍，为何会如此？因为有嗔心的随眠，遇到外缘就会现起。种子与种子之间有随眠，但没有外缘不会现起。阿罗汉有过去所留之善恶随眠习气，但恶随眠没有外缘可生起烦恼。外道宗义师修禅定，亦可达到非想非非想天，但无法减除烦恼根本，此无明是极错乱识。有一外道师人定好几年，出定后发觉长发已被鼠辈筑巢，而起了极大嗔心，顿时禅定功夫全退失，是故禅定力量，不能完全对治烦恼。因此必须先认识无我，安立无我之后，以奢摩他为助伴，再以善择诸法之智慧去辨别，方是涅槃果之因。除此，无其他寂静之因，也就是妙观慧之外，别无他途。长期串习空正见，使之日渐增强，无明自然减弱，甚至彻底断除。虽然慈悲心与菩提心，是成佛之因，但烦恼之正对治，除空正见别无其他。
《菩萨藏》亦云：「凡未闻此菩萨藏法数，未闻圣法毗奈耶，仅执三摩地以为足，随我慢势力，将堕我慢中，不能脱离生、老、病、死、哀伤、呻号、痛苦、忧愁、诤斗，、六道众生，不脱轮回，不能尽脱苦蕴。了知彼已，如来告曰，随顺由他闻，将由老死脱。」
轮回的痛苦，包括生老病死等苦蕴之因，皆由无明而产生，为业和烦恼所控制。六道众生，若不能脱离烦恼，就不能脱离轮回，应听闻善巧上师的空性教授，依此脱离轮回生死城。
以是故，欲断诸障碍，出生遍净慧，当住奢摩他，当修智慧。如《圣宝积经》亦告云：「住戒证得三摩地，得三摩地修智慧，以智获得清净慧，以清净慧戒圆满。」
以奢摩他为基础，再以证空毗钵舍那，断除诸障碍烦恼。由持清净戒而得定。由定产生慧。空证现量是真正的道谛。在家居士以五戒为基础，出家众以沙弥戒、比丘戒为基础。有了戒体就会遵守学处。接著以正念、正知判断有无违背学处，以正念警惕自己，以正知辨别善恶。如：伤害别人时，因为具正念而起警惕心。因为具正知而中止加行意乐。
及知即判断力，具有辨别是非之能力。正念是由随顺听闻正理、如理思维，忆念意识正确、不违背学处。譬如讲话或背诵时，靠先前意识之亿念，此乃正念的作用；另有一意识，辨别忆念有无错误，此意识是正知。正念正知随时存在，持守学处时，若有正念正知，能避免违背学处，因此很重要。有正念正知的警惕心，不至于放逸、懈怠，甚至梦中亦如是。长时串习正念正知，意识容易安住于所缘境。以正念持戒，再以正知辨别，意识有无持境，有无散乱。正知应当灵活，反应要快。学定时，虽然能安住于所缘境，但内心不专注、无力、空洞，此时仅有住分，缺乏明分与专分，专注力量不强，所缘境看不清楚。修禅定需具足三要件：（一）住分、（二）明分、（三）专分。透过戒体，不断串习正念正知，再以意识缘念，就容易专注于一境。
不遵守戒律很难学习禅定。因为无法得到标准的正念正知，放逸的人无法专注一境，内心会马上往外散乱，即使坚持坐下去也会很累，因此持戒是得定的基础。总之戒能远离向外散乱，定能远离内心散乱。证得奢摩他的殊胜功德，是身心相续能随意任运。证得著摩他及毗钵舍那时，想缘一境，马上可以任运安住所缘境；安住之后，也可以任运观察究竟性质，此乃止观双修之殊胜。如：水往地面散开流，力量不大，如果集中在一个水桶里，再往下倒，力量就大了。同理，目前我们的心是散乱的，若以奢摩他与毗钵舍那的力量，收摄内心并安住于一处，再以智慧辨别所缘境的性质，将会更清晰明了。是故，依戒生定、依定生慧，欲证胜义菩提心，需要奢摩他与毗钵舍那双修。
《圣大乘修信经》亦告云：「善男子！若未近主智，我不说诸菩萨信大乘，如何出生大乘。善男子！以此法数，如是，菩萨信于大乘，成为大乘，皆可也。当知彼一切，皆以无散心，正思义及法而出生。」唯以离奢摩他之毗钵舍那，瑜伽师之心境，将成涣散，如处风中灯，将
不坚稳。
倘若不了解空性，菩萨们无法对大乘产生坚固的信心。因此修学大乘的菩萨，不能散乱。若无止观双运的空正见，无法得到解脱，因为无法专注于所缘（空性），好比风中灯，不稳定、不坚固。
以是，不生极明智慧光。故当依似此二。彼故，《圣大涅槃经》亦告云：「诸声闻众，不见如来种，三摩地强烈故，智慧微劣故。诸菩萨众，虽见然不明。智慧强烈故，三摩地微劣故。如来遍照一切，奢摩他及毗钵舍那相应故。」以奢摩他势力，如灯不为风动，心不为妄分别心风所动摇。以毗钵舍那，尽断恶见垢，不为诸余所乖离。如《月楼经》所云：「以奢摩他势力无动摇，以毗钵舍那将如山般。」故当住彼二而行瑜伽。
必须依奢摩他和毗钵舍那，产生的空正见，才能正对治，轮回的根本无明。「如来种」，即如来佛性或佛的法身，如来遍照一切，即究竟法身。佛的智慧法身（究竟法身），唯有诸佛，才能以现量了解，不是菩萨的现量，可以了解的。智慧法身的现量，唯有诸佛具有。至于「如灯不为风动」的作用，是由奢摩他所产生．毗钵舍那的作用是，当智慧坚定后，再以奢摩他，「断尽恶见垢」，不曾被其他的逆缘，所干扰破坏。
以密教而言，分四部：事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部。一般瑜伽部以下认为，毗钵舍那是修观，但是宗大师说，无上瑜伽部是修止观。修无上瑜伽（深明不二智慧、空乐不二智慧），在深明不二智慧，或缘空三摩地时，唯有止观。但是显教及密宗瑜伽部以下认为，毗钵舍那属于修观。
于彼最初，一时，瑜伽师问：「其以安乐，迅速成办，奢摩他及毗钵舍那，当渐依奢摩他及毗钵舍那资粮。彼中，何为奢摩他资粮？」谓住随顺处、少欲、知足、尽断锗杂务、尸罗清净、尽断贪等妄念。
奢摩他和毗钵舍那需要双运，但是此二者的修行次第，首先是要证得奢摩他。而且奢摩他和毗钵舍那，是因缘和合而产生，因此因缘要齐全。住在不喧哗、安静的地方，个人要少欲、知足。所谓不满足，是有了还想要，断除不满足就是知足。
彼中，当知随顺处，是具五功德者，谓无劬劳能得衣食等故易得；人不凶恶，未住怨敌等故处所善；无病之地故地良善，友伴具戒见同故友伴善；日间无众多人故，又夜静声寂故具足善。
若问：何为少欲？谓无增上贪著众多、上好法衣等。若问：何为知足？谓仅得粗陋法衣等，常能知足。若问：何为尽断诸杂务？谓尽断买卖等恶事、与在家出家众太亲近、行医、星算等。若问：何为尸罗清净？谓于二戒，不违越其自性及遮制罪学处。放逸彼时，速速追悔，如法而行。
「二戒」，因为是大乘经典，所以指别解脱戒，以及菩萨戒。何谓「不违越其自性」呢？罪行分两种：一、无论有无受戒，只要造作恶行，就是造业。二、唯有受戒者才有的罪。由于放逸而破戒时，应速速追悔，马上以四力作忏悔。
有谓声闻戒中，他胜罪不准还净，然若彼亦具追海心，并具尔后不再犯之心，分别观察以何心造彼业，彼心无自性故，修一切法无自性故，当说其戒，唯是清净。由圣者未生怨之追悔清净，而当了知。是故，当精勤修无彼追悔者。
罪业本身是无自性，善业也是无自性，造业者也是无自性；以如此方式思维，是相当强而有力的忏悔。
作意贪等，其此世、俊世众过患，断寻思彼等。同样，轮回实事不论可爱或不可爱皆是，彼等一切，皆是坏灭法，毫不坚固。彼等一切，必然无长耽搁，终将舆我分离，我又何以于彼增上贪著等。思维而修故，断除一切寻思。
以贪而言，无论今生、后世、生生世世，部会受到伤害。此处主要指，贪今生的五欲，会使你的心散乱于世间的五欲中，对于修禅定是很大的障碍。不仅如此，还会破坏今生、后世……水久的一切利益。轮回等世间法，都是坏灭法。
「彼等一切………断除一切寻思。」是属于奢摩他的部份。
若问：何为毗钵舍那资粮？谓依圣士夫、遍寻多闻、如理思维。若问：于彼，当依何圣士夫？谓多闻、词明、具悲心、忍厌倦者。
圣土夫是具足多闻、词明、具悲心、忍厌倦者。「多闻」，学习大小乘教法，精通教理、遍寻多闻、如理思维。「词明」，善巧引导。「其悲心」，具有大悲心。因有大悲心，所以善巧地引导。「忍厌倦者」，已精通一切学识时，不可随己欲，想说法才说。
「若问：于彼，何为遍寻多闻？谓凡薄伽梵所宣之十二部契经，了义或不了义者，恭敬谛听。似此，《圣解深密经》告云：「随欲不闻圣者语，是毗钵舍那障。」
大乘认为佛陀所讲的经，分了义和不了义两种。但是小乘认为佛所说的经，一定是了义经。何谓不了义经？佛陀因为某些因缘、某种目的，善巧地引导众生，称为不了义经。唯识认为，能以词义安立的经典，就是了义经，不能以词义安立的经典，就是不了义经。但是中观认为，了义是空性之意，不了义是指世俗谛。因此讲空性道理的经典，就是了义经，讲世俗的经典，就是不了义经。局何世俗是不了义、空性是了义？世俗所见是一种假相，不包括本身究竟性质的涵意，实际上的性质，并非如眼识所看到的世俗相，因此是不了义。真正具足事物本身性质和涵意的，唯有空性。空性不是眼识所看得到的，它是属于胜义，是事物的究竟性质，所以称为了义。因此「所宣」，分为了义和不了义。同样地，「能宣」的经典，也分为了义经和不了义经。所宣空性了义的经典，称为了义经；所宣世俗不了义的经典，称为不了义经。「修次中篇」主要诠释中观，因此以中观的定义为准则。
彼经云：「毗钵舍那，是由闻思所成之清净见因出生。」《圣无爱子请问经》告云：「具闻生智慧，具慧息烦恼。」
在此毗钵舍那，是指证空现量的毗钵舍那，是由闻思空性，所成之清净见因而出生。
若问：何为如理思维？谓凡了义经藏，或不了义经藏等，当善抉择。如是，菩萨若无碍，于所修者，将得专一决定解。若非如是，则如乘车抵岔路口人，于疑处，不得专一决定解。
首先听闻，背诵科判，不一定全部背，但主要的科判要记住，才能了解大致上的架构。之后学习，先了解修行的大纲、重点，才会生起信心，也比较容易学习。为能了解佛法精髓，依止上师很重要。尚未依止前，先观察上师，是否精通教理？是否能讲出完整的