昌就和其四兄周祜昌开始投入了实际的研究写作。在周汝昌于民国三十七年（ 1948 ）六月四日给胡适的信中，说到半年来都在致力于搜集曹家身世的文献资料，成绩小有可观，竟然起意要起草一本小册子，主旨在更清楚地明了雪芹的家世，才能更明了《 红楼梦 》。在九月十一日给胡适的信中则说到两月之间一力写《 红楼家世 》，完成了大部。这其实就是后来《〈 红楼梦 〉新证 》的雏形。
但胡适与周汝昌对《 红楼梦 》研究的学术认知却存在着根本的差异，这种差异从一开始就存在，到后来也没有取得共识，实际上越往后分歧越严重。
关于曹雪芹的生卒年问题，胡适曾一度赞同周汝昌提出的卒年癸未说，但后来又倒退回原来的观点，主张壬午说。生年则周汝昌主张雍正二年，胡适主张康熙五十六年。
不过生卒年的不同意见还只是一个考证的具体问题。更关键的问题，则是涉及对脂批本和程高本“两种《 红楼梦 》”文本文学价值的认知和评价。周汝昌兄弟一见脂批本就对程高本于原著的篡改感到极大震撼，胡适则一直缺少真切的感受。他虽然赞同周汝昌提出的需要搞出一个广集校勘的本子的意见，但只是从校勘学这一角度出发的，并没有深入到对两种文本的思想内容和艺术特色的文本方面。
周汝昌说：“胡先生对我写定一部真本芹书的意愿虽表赞成，但在评价程、高伪本上，在雪芹生卒年的考订上，却都与我发生了争议。我们之间的那种‘忘年’也‘忘位’之交虽然绝不可夸大说成是什么‘不欢而散’，终究宣告了彼此见解间的差距是无法苟同与迁就的了。”（《 我与胡适先生 》）
甲戌本《 脂砚斋重评石头记 》在胡适处已经多年，但胡适却始终没有对曹雪芹原著被程高本所篡乱的问题有所感受，更欠缺深入思考。1921年上海亚东图书馆铅印汪原放新式标点本，胡适作序，底本取的是程乙本，即高鹗和程伟元1792年第二次修订过的本子，对曹雪芹原著的篡改是最严重的。此后这个本子成了广为流行的大众读本。到1948年，已经是二十七年的漫长时光。周汝昌向胡适提出，不应该再替程乙本作宣传流布，胡适却不予接受，辩解说我并不是赞许程乙本，只是“校勘的性质”。
周汝昌在《 我与胡适先生 》中说：
我见胡先生这一点上确乎是不实事求是了，确有强辩之嫌了——因为他的序文并非如此。
我那时已然感觉分明：这位大学者对中华语文的品格高下优劣是如此缺少审美鉴赏力，这使我十分吃惊，也十分失望。
还是年轻之故，我对胡先生的答复不但不服气，出言更欠克制，确实让胡先生有些不愉快了——我寄给他一篇文稿，论析“白话化”并非雪芹笔墨的向往与“极则”，除了人物对话，其叙述文字并不像胡先生想象的那样“白话化”；雪芹著书，也没有“提倡白话文”与进入《 白话文学史 》的愿望！而假如我把这部伟著用今天的“白话”再来“加工”改动一番，胡先生是否还为之作序吹嘘，重排新版？
这实在是说话太不知轻重了，应该自责。胡先生读了这些有意气、带讽刺的话（《 白话文学史 》是他所著呀 ），当然不会高兴。他用紫色笔将这些话划了一个通页的大“十叉”，并于眉上批注。将文稿寄回来，说这文章无处发表。
在《 平生一面旧城东——纪念胡适之先生 》中则说：
在1982年以前的八十年的长时期，普通流行的“标准本”《 红楼梦 》就是胡先生自己珍藏的“程乙本”的“化身”，胡先生为之制序、考证，成为“经典”。但此本实是程、高之辈伪续而又篡改前八十回大量文字的一个最坏的本子——即去真最远的假“全本”。胡先生赏识此本而为之印制推广于天下，理由只是它改得“更白话化”了。至于文字的优劣美恶，情趣气味的高下雅俗，他就一概置之毋论，“一视同仁”了。
我对这一点，特别敏感而难以“忍受”——也许是天性吧？我对朋友个别谈心乃至在某种场合中，都不讳言这一点。我的骇俗（甚至伤众）的话是：一个人连雪芹的原手笔与程、高等人妄改伪加之文字的优劣都不能区辨，不能感受两者的巨大而深刻的云泥霄壤之别，则此人有无可能（资格水平）来研究汉语文的文学，从根本上就是一个问号。
难道大师如胡适之，竟会如此吗？
这个分歧是巨大的，深刻的。胡适与周汝昌存在着气质禀赋方面的鸿沟，其实是无法沟通的，这种差异又必然产生无法调和的不同学术见解。这个对曹雪芹原著和程高续改本“两种《 红楼梦 》”的认同参商之尖锐分歧，今后将继续困扰着《 红楼梦 》的研究界。这个分歧也将在《 红楼梦 》的广大读者中体现出来，并引起长久的激烈的争论。
这个分歧所潜隐的文化内涵是复杂的、邃远的，关系着中华文化和语言文字的精神命脉，涉及对“五四”以来白话文运动之功过是非长短的认识起伏，它将在整个20世纪的中国读书界反复发作，并旁及世界汉语文化圈，甚至必然要延续到21世纪。
2从“西语系”毕业
在《 我与胡适先生 》中，周汝昌这样回顾了他与胡适的最后因缘：
迤逦已到1949年，北平和平解放之前，局势很显紧张了，古都文化命运如何，那时议论纷纷，没人敢预卜。我想起“甲戌本”还在我手，担心若有失损，无法补偿，觉得应该归还物主才是道理。于是专程又来到东城东厂胡同一号胡府上，叩门求见。出来开门的是位中年人，问明是胡公长公子，说明来还书。他说父亲不在，书可交他。我就在门口间交付了书，便匆匆告辞了。
我与胡先生的来往关系，实际到此为止。
这里说1949年，可能记忆有误。胡适是在1948年12月15日离开北平的，行前只带走了两本书，一本是他父亲的手稿，另一本就是甲戌本《 脂砚斋重评石头记 》。可见，周汝昌到胡宅还书，应该在此前不久。岁尾年头，时间接近，那时又不通行公元纪年，是民国年号，所以误记成1949年。
周汝昌在最后时刻将甲戌本《 脂砚斋重评石头记 》送还了胡适，这当然也体现了中华传统礼教文化熏陶出来的人格光辉。对比后来“文革”时期红卫兵抄家，将他人财物中饱私囊的行径 —— 比如前面述到周汝昌的那方古砚台就被抄去后不知下落，不禁让人对传统文化在时代变迁中的失落感叹唏嘘不已。
从历史沧桑的宏观视角，北平围城内周汝昌与胡适通信论学的活动和当时血与火的生死搏斗形成一种颇为有趣而耐人寻味的对照。天翻地覆江山易主之际，仍然有痴情的书生专注于民族传统文化精魂的艰苦探索，沉溺于远离现实政治的学术研究的追求。
表面上，政治是那样强大有力，那样惊心动魄，学术是那样边缘化，那样渺小不足道，但从更本质更长远的视角来看，对一个民族的“慧命”（ 陈寅恪语 ）来说，铁血的政治与超越的学术，各自有其不可互代的价值、影响和魅力。
不过，现实的政治演变毕竟要影响书生的人生和命运。1949年4月20日深夜，中共中央发出《 向全国进军的命令 》，人民解放军百万大军开始强渡长江。23日，李宗仁与何应钦等逃出南京，当日深夜，人民解放军占领南京城。1949年9月21日，中国人民政治协商会议第一届全体会议在北平中南海怀仁堂召开，9月30日会议闭幕，10月1日中华人民共和国成立，北平也复名为北京，成为新中国的首都。
周汝昌这个尚未毕业的本科大学生，也从中华民国的国民变成了中华人民共和国的公民。
不管政治如何发生巨大变化，周汝昌仍然要过他普通人的生活。三女伦苓于1949年4月1日（ 阴历与周汝昌生日相同，皆为三月初四 ）出生，周汝昌成为四个孩子的父亲，家庭负担更加沉重。1949年秋，周汝昌虽然还没有大学毕业，但已经在燕京大学西语系做赵萝蕤教授的助手，兼任翻译课的教员，同时还担任教授美国留学生学汉语的工作，这自然也有了一份收入可以贴补家用。
与胡适，从此是“永别”了，但周汝昌并没有停止他对曹雪芹和《 红楼梦 》的研究工作。1949年9月5日，周祜昌用当职员所存的大账本把周汝昌所撰《 真本〈 石头记 〉之脂砚斋评 》横抄完毕，1949年12月第37期《 燕京学报 》予以发表。
脂砚斋等曹雪芹的亲友在《 石头记 》抄本上所作的批语，是理解曹雪芹创作《 红楼梦 》背景情况的重要资料，胡适和俞平伯在他们的红学著作中都曾经加以利用，但没有做专门的研究，此后长达三十年，这方面的情况一直乏人问津。周汝昌这篇文章的发表，是《 红楼梦 》研究史上第一次对脂批作专门研究，是他后来提出红学四分支的学术框架中“脂学”的铺路奠基。《 燕京学报 》能发表一个在读本科学生的文章，也是颇有眼力和魄力的。当时，古文字学家容庚的女儿容媛在学报编辑部工作，曾要周汝昌补写一个英文提要，周汝昌很快写好送去，过几日又碰见容媛，容媛对周汝昌说：“你的提要写得很好！别无其他意见。”
1950年夏，周汝昌从燕京大学西语系本科毕业。毕业论文作的是：“An Introduction to Lu Chi's Wen Fu”（《 英译陆机〈 文赋 〉之介绍 》）；“Ssu…K'nung Tu's《 24sty les of Poetry 》”（《 司空图廿四诗品之英译 》）；此外还有一篇翻译论文作品，译的是季羡林（ 1911年生，现为北京大学教授 ）所著“Lieh Tze of Budihist Sutra”（《 列子与佛经之关系 》）。
周汝昌学习外语颇有天资，早在上中学时就打下了良好的语言基础，前面已经叙述过。周夫人去世之前两三年，有一次笔者到周府拜访周先生，不知怎么说起外语来，周夫人对笔者情不自禁地说：“他（ 指周汝昌——引者 ）学外语实在是太聪明了！”赞叹之情洋溢满脸，眉飞色舞，而周先生听了老伴的赞扬，也颇有点自得地微笑了一下。此情此景，笔者至今印象深刻。
对外语的“修行”，周汝昌自己写有两三篇自述行状的回忆文章。他对英文发生兴趣，是受四哥祜昌的影响，也因当日家境窘迫，父亲希望儿子能学一点获取高薪的本事。那时海关的工作颇让人羡慕，当然英文好是到海关工作的必须条件了。周汝昌一度报考“津海关”，正是缘于此。
但周汝昌天生对商业英语不能发生亲和，连对自然科学、新闻媒体等实用性英文也兴趣不大，倒不是不会，而是觉得那不过是熟悉各一套的专门词汇和“腔调”的事，需要用的时候自然就会了。所以周汝昌学英文，投入和钻研的还是“文学”和语文学本身的习用，主要是靠自己下功夫，相对来说，感觉教室听课收效小又进步慢。他订阅了英文报刊，靠四哥帮助，买了牛津字典，简明（ concise ）和袖珍（ pocket ）两种。自己下决心，啃硬