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1996年，李登辉终于如愿以偿，当选为第一任“民选总统”，此时，他第一个要对付的人，不再是那些国民党的元老级人物，而是那些令他极为不放心的中生代。连战、宋楚瑜、马英九这些崭露头角的人物一个个上了他的黑名单，成为他要对付的第一批。
首先是连战，他从政，深得其父真传。据说，他的父亲连震东曾向他面授机宜，告诉他，当官就像骑自行车，要不断地点头，又不断地用力蹬。所以，连战当官，禀承的恰恰是这两个要点。但是，并不等于说他就因此只是言听计从，他当过“外交部长”，又当过一任“台湾省主席”，现在让他当“行政院长”，却又不让他组阁，他自然不乐意，对于李登辉交给他的那一长串名单，他并没有照单全收。例如和李登辉关系极为密切的原“台北市长”黄大洲，竞选连任时输给了陈水扁，便有意要去“行政院”弄一个“部长”当当。李登辉也默许这件事，连战却说：“黄大洲和我是亲戚，现在用他不大好。”挡了驾。同时，他又在“行政院”内安插了几个自己的人。对此，李登辉心中，已经对他产生了不满。
再就是宋楚瑜，李登辉替他安排了一个好职位，让他去当“国防部长”，可是，宋楚瑜志不在此，他知道，一旦涉足军队，想出来不那么容易，而以后自己想在政界更上一层楼的时候，又会有军人不能干政的麻烦。他已经看中了“台湾省主席”这个位置。这件事，让李登辉对宋楚瑜的忠诚起了疑心。宋楚瑜虽然善于嘴巴冲锋陷阵，同时，也是个实干家，而且能力在所有中生代中，绝对属于第一。他当上“台湾省主席”之后，便一头扎进了基层，全省 309个乡镇，他一个不漏地走了一遍，有些乡镇，他甚至去过好几遍。一年多时间，他竟然干了这样一件事，马不停蹄地在乡下奔走，差不多每天就是一个乡镇。他一再宣称，“省主席”的办公室是在台湾省的每个角落。为了这次大巡回，他订了一辆 9人座位的福特旅行车，车上备有书报袋、传真机和电话，他在车内就可以随时与台湾当局、省府及地方人士联络。因为宋楚瑜在车上办公，全省范围内，任何一地出现紧急情况，他总是能够第一时间亲临现场指挥，一时间，到处可以见到宋楚瑜的身影，媒体每天都是他的消息，出镜率远远超过了当“总统”的李登辉。
宋楚瑜的影响力迅速扩大，直逼“总统”的李登辉。1994年 12 月首届“台湾省长”选举，他以 473万票当选。这个得票数，令李登辉大吃一惊，他突然想到，如果宋楚瑜竞选“总统”并且同样得到这么多票，那么，他的好日子便到头了。此时，他才真正意识到宋楚瑜想去当“台湾省主席”的真实意图所在。他被这件事吓了一大跳，开始考虑怎样制裁宋楚瑜了。
对付宋楚瑜，并不是太容易，毕竟，宋楚瑜是通过民选的“省长”，任期还没有到，不能轻易调任。结果，他想出一个绝妙的主意：“冻省”。台湾政权管辖仅仅一个省，还需要设立省一级政权吗？这明明就是机构重迭，对于这一问题，实际上，早几年就已经提出来了，只是由于种种原因，一直不曾提上议事日程，现在，他要扳倒宋楚瑜，这是最好的借口。
还是像从前一样，李登辉暗中指示手下人，先让媒体大造一番舆论，然后他又假惺惺地拿到“立法院”讨论。结果自然是很快通过了。于是，他立即宣布停止“省政府”以及“议会”等相应机构的运作。宋楚瑜这个当初捧李登辉上台的“英雄”，就这么轻而易举被干掉了。
对付马英九就更容易了。马英九扫黑，触动了很多人的利益，各种压力随即而来。对于马英九扫黑，李登辉是最恼火的人之一，他让马英九去当“法务部长”，原本是想让他去当“不管部长”的，没料到他生出如此之多的事来，那些有实力的黑道人士，人人自危，自然要向李登辉施加压力。李登辉是台湾黑金政治的总头子，他下面，徒子徒孙不知有多少，这些人利益一旦受到威胁，自然会找李登辉。何况，他早已不喜欢马英九了，现在见马英九成了整个“行政院”最受民众欢迎的一个官员，成了一个政治明星，他深感不安。 1995 年底，为了打击马英九，李登辉开始行动。李登辉要除掉某个人，最惯常的做法，就是釜底抽薪，让你当光杆司令，没有任何实权。李登辉越过马英九召集“高层治安会议”，这个会议开完之后，马英九才知道消息。在这次会议上，李登辉开始重用他自己的亲信廖正豪进入“法务部”分掌权利。
李登辉希望的结果是马英九像郝柏村一样，自动提出辞职。可马英九性子好，他明知道李登辉已经对自己极度不满，将自己的权夺走了，但既不吵，也不辞职，只要有机会就施展自己的权力和本事，让李登辉一时间也拿他无可奈何。李登辉没办法了，便一边抱怨他是窝囊废，一边考虑怎样搬走他。
时机终于让李登辉等来了。1996年，治安形势开始迅速恶化。新年钟声刚刚敲响两小时，一声枪响，屏东县“议员”林明顺差点命丧黄泉。接下来的一个月时间里，又发生了几起大案，民进党籍的“立法委员”萧瑞征在自家大楼遭人开枪打死，国民党籍“立法委员”陈涌源在竞选连任时被人开枪打成重伤，高雄“地检署检察官”张金涂遭枪击成重伤。这些大案，无一不与黑道有关，例如萧瑞征曾是“十信案”的风云人物，他将多位大员拉下马，自然有人会仇恨他。而张金涂则是马英九扫黑行动的锋头人物。
两个月后，民进党籍“立法委员”彭绍瑾又在家门口被人砍成重伤。岛内普遍认为，彭绍瑾是因为积极介入反黑金政治而遭报复。因为彭不仅自己介入以及支持马英九行动，而且，多次在“立法会”为马英九张目，公开支持马英九扫黑。这一连串案件的发生，马英九受到了朝野的责难。但实际上，此时的马英九，对于“法务部”已经失去了控制权。李登辉需要的正是这种效果，他当即以社会治安恶化为由，于 1996 年 6月调马英九任无职无权的“政务委员”，由廖正豪接任“法务部长”。廖正豪上任后，治安情况持续恶化。
有人怀疑 1996 年社会治安恶化是有“高人”在背后指点，此说只是一种怀疑，如果这种怀疑属实，不知是否与李登辉有关。现实是一连串的治安案件，使得连战“内阁”饱受非议，人们并不说这一切都是因为国民党腐败的结果或者是李登辉执行黑金政治的必然结局，而是归罪于连战，说是他领导无方，要求“内阁”集体辞职。恰在此时，发生了白晓燕案。
台湾著名电视节目主持人白冰冰的女儿白晓燕，上学途中遭人绑架勒索，白冰冰虽然准备了赎金，但最终还是遭撕票。此案引起台湾社会极大的轰动，各大媒体，每天都有大量篇幅报道此案的消息。此案发生后，民间对于“政府”的不满达到前所未有的程度，民众纷纷表示，现在“政府”连一个几岁的孩子都保护不了，这样的政府能相信吗？
对于这起案件，马英九内心深处的伤痛，似乎不比白冰冰弱，也不弱于社会上其它任何人，他甚至觉得，白晓燕之死，自己负有不可推卸的责任。当初，他担任“法务部长”原是想在社会治安方面有一番作为，他也确实在朝着这个方向努力。他甚至公开表态，除非自己被黑社会的子弹打倒，否则，他扫黑的决心不变。可他没有想到的是，自己没有被黑社会的枪子打倒，倒是被自己阵营内部的权力斗争打倒了。这件事，让他对当时的李登辉政府彻底失望。在他看来，如果仍然留在“法务部长”任上，如果扫黑行动没有“政府”方面的阻力，一直持续到现在，白晓燕案，很可能便不会发生。他觉得，白晓燕并不是黑道分子杀的，而是被这个无道的“政府”杀的。
因为对李登辉执政的极度失望，虽然白晓燕案与马英九已经没有丝毫关系，他还是毅然写了辞职信，是“行政院”中第一个为此提出辞职的官员。他在辞职信中说：“‘国内’接续发生重大事件，社会为之震惊，民怨为之沸腾，英九忝为内阁之一员，对此发展深感痛心、无力，为表负责，乃决定辞去现职。”这句话，真实体现了马英九当时的心情，他是因为感到无力，然后痛心，所以才决定以辞职的方式表达自己的不满，他才会觉得“改革阻力重重，人民积怨日深……若干情势之演变，令人困惑，基层已有‘为何而战’的质疑”。
他的辞职，迅速成为一件大事，许多记者竞相采访他。有一位记者对他说：“最近民众对政府的不满和你并没有什么关系，为什么做出这么大的决定？”马英九回答说：“有没有关系，我觉得是个人的感受问题。”
其实，也并非完全没有关系。这一事件发生后，便有人提出要清算马英九，原因是他在“法务部长”任内，放宽了假释尺度，使得很多罪犯因假释而出狱，此次参与绑架白晓燕的罪犯，便有假释出狱然后又作案的。因为要打击马英九，各方面便拿此说事，他们不谈马英九打击黑势力所取得的成就，也不谈他所顶住的巨大压力，所冒的生命危险，只是盯住了这一点，认为马英九要对白晓燕案负责，要对最近社会治安恶化负责。
但是，民众对马英九却是认同的，得知马英九辞职的消息后，很多人都觉得这是台湾“政府”的一大损失。民进党“立委”叶菊兰公开在“立法院”向马英九表示：“从政多年来，我从未公开赞美一个国民党党员，但今天是例外，我要公开赞美你。”
对于马英九来说，这确实是最高评价，因为这个评价，不是来自他的盟友，不是来自喜爱他的民众，而是来自他的政敌。
马英九的奇闻轶事马英九不仅工作起来兢兢业业，铁骨铮铮，刚正不阿，热心公益事业，也是岛内最具公益形象的政治人物。作为明星“市长”，马英九给别人颁奖的机会是非常之多的，当然，也有别人给他颁奖的机会，在他所受过的所有奖项中，有一项奖极其特别，即2004年他接受“中华捐血运动协会”所颁发的特别奖。他之所以能够获得这个奖项，是因为34年来，他总共捐血达146 次，平均每年捐血达4 次以上。
在这次颁奖仪式上，马英九照例发表了一番演讲，他说，捐血不分党派，这些年来，岛内引起了不少的纷争，他建议大家用捐血来化解这些纷争，还台湾一个安宁幸福的社会。同时，他也开玩笑说，血牛已经成为历史，他是“血马”一条。在台湾，捐血的纪录，并非由马英九来保持，而是一个名叫张国森的人，他在27年时间里，捐血805 次。
马英九说，勇于卷起袖子输送爱心的情操最能显现“骨肉同胞，血脉相连”的含义。也最让人感动。马英九还称，由于六十岁就不能再捐血，所以他要赶在有生之年“拼业绩”；他的器官捐赠卡“不知签了多少张”。死后的“臭皮囊”早就捐给“慈济”公德会，他幽默地笑着说，“全身没有一处是我的。都被预约光了”。
马英九个人生活很简朴，他说花多了钱会有罪恶感。马英九每天工作17个小时，不�