拜会旧金山市府，由旧金山代理市长、华裔市议员马世云接待，“双马”会面谈市政，马英九特别提及每年在市府厅举行北加州祭孔大典。谈到旧金山族群多元化，马英九还特别比了手语“台北市长”，用手语说明族群融合与包容。
在柏克莱加大时，有学生问，“三、一九枪击案”会不会在马英九身上发生？马英九答说，无法回答这个问题，但会试着让自己安全。可是，身为民主国家的政治人物，仍须和基层选民接触。在离开演讲会场前，马英九还学加州州长阿诺在过去主演热门“魔鬼终结者”电影中的口吻说：“我会再回来。我答应你们。”
到了史丹福大学，有人问马英九，可曾到访史大？他说，自己不是第一次到史大。早在 1971 年时，就以学生身分到加州，住在寄宿家庭时，到过史大。也曾申请史大法学院深造而被拒，后来申请到纽约大学、哈佛大学，只好选择就读被视为“东部史丹福大学”的哈佛大学就读。
不过，马英九也非有问必答。有关 2008 是否竞选总统议题，他总避重就轻不愿多谈。在史大也有段小插曲，有人问如何看待中共在台湾渗透等尖锐问题？马英九严肃以对，仅说此题应由国安局答复。
马英九抵达旧金山后，还拜会了史丹福大学胡佛研究所，参加史丹福大学胡佛研究所的国民党档案史料中央改造委员会党史公开仪式。另外受到各界瞩目的两蒋日记也在同一时间宣布，将于本月 31 日开始，正式部分开放给全球学者进行研究阅览。胡佛研究所与国民党关系深厚，最早可追溯到蒋经国时代，后来由胡佛研究所资深研究员马若孟（Ramon Myers ）亲自到台湾拜访前国民党主席连战，2003年在连战任内签约，胡佛与国民党双方正式开启合作关系，数位化国民党中央数以百万件史料。
期间，胡佛研究所派员并空运六部机器到台湾，协助国民党进行党史数位化及微卷处理，原始文件留在台湾，数位化微卷则由国民党、胡佛各有一份。马若孟指出，蒋介石在 1920 年代日记中，披露他将政治与军事重心由中国东南方转至中央，并订南京为首都的过程；蒋介石建立黄埔军校，以及有关中国现代化政策意见等。两蒋日记则是暂时由胡佛研究所典藏。此次开放部分为蒋介石日记 1917至 1931 年部分。蒋方智怡在会中受访时表示，考虑胡佛研究所学术专业，才选择胡佛研究所为典藏之处。
马英九是首位以主席身份访问此地的国民党领袖。在蒋介石的日记前，马英九特别弯下腰，仔细阅读日记内容。马英九有感而发，形容“蒋老‘总统’他的字，我觉得就有点像他的人，散发艰苦卓绝的味道”。马英九认为藉由第一手史料可还原历史，他也特别强调国民党与台湾的连结。马英九不回避国民党对‘2 、28’事件的责任，马英九说：“‘2 、28’这个悲惨的事件，国民党不当的处置，必须负责。”
马英九的访美行最后一程是洛杉矶，马英九抵达洛杉矶后，依旧马不停蹄，分别造访中国城和马氏宗亲会。只是体力和耐力都已经到达极限了，祭拜的冗长过程，让马英九忍不住眼皮沉重，显然是累坏了。或许就是如此的操兵，马英九体力耐力也已经濒临极限，拜访中华会馆过程冗长，台上来宾讲不完，马英九眼皮开始沉重。要这个时候睡着，可就太不给面子，马英九强打精神，硬撑着睁大眼睛。知道媒体在拍，稍后媒体追问，还得面不改色。自豪有铁人般体力的马英九都忍不住露出疲态，这趟美国行新闻份量又重，媒体也是人仰马翻，有人笑称，英九是马记者是铁，所以这一团，还真是名符其实的铁马团。
种种迹象显示，美国不只是把马英九视为台湾在野党领导人，更是台湾下任“总统”的最可能人选；此次以何种规格接待马英九、双方接触的收获，除了影响中美台三角关系未来两年的发展，华府“以马制扁”的对台新战略料也将逐渐成形。
除了以前台湾前“总统”李登辉、现“总统”陈水扁、前国民党主席连战，也都曾在美国留下身影。以往台湾政要要在美国发表演说，中国政府都会提出强烈抗议，这次对马英九却毫无杂音。这意味着什么？
中国外交部发言人秦刚在例行记者会上，有记者询问，美国对马英九的接待安排和方式是否违反了一个中国原则。秦刚回答说，中国政府以一个中国原则对待台湾的对外交往活动，对台湾同外国进行的民间性质的往来不持异议，但是坚决反对任何在国际上从事“两个中国”或“一中一台”的分裂活动。
而且，新华社还详细报道了马英九在华盛顿的午餐会演讲中提到国民党处理两岸关系的五点主张。
身系两岸命牵统独2006年 5月 8日，马英九在新加坡国立大学李光耀公共政策学院以“台湾新思维”为主题，以流畅的英语发表长达一个多小时的演说，并在接受观众及媒体提问时，表达上述看法。超过 500人出席该演讲。在演说中，马英九针对两岸议题再度提出了“五不”、“五要”的主张，并表明如果国民党在 2008 年重新执政，“台湾会做一个负责任的利益相关者，台湾不会搅乱区域的海水，台湾应该做一个和平缔造者，而不是麻烦制造者”。
“五不”包括：台湾不会宣布“独立”、不会变更“国旗”、“国号”、不会在“宪法”中列入所谓“国与国之间的特殊关系”、不会制造“统独”麻烦、不会有“废除国统会”的争议产生。“五要”是：一，在“一中原则”、“九二共识”基础上与大陆对话；二，与大陆和平谈判，谈判以和平为基础、避免军事竞赛；三，两岸建立共同市场，推动直航，帮助台湾企业提升竞争力；四，扩大台湾“国际参与”；五，强化两岸文化与教育交流。他在回答出席者的提问时也一再强调，两岸目前最迫切的是恢复以“九二共识”为基础的会谈、推动三通、讨论两岸成立共同市场；现在谈统一问题还太早，“因为条件和状况都不对，不只是台湾，中国大陆也还未准备好”。
当记者问道，身为国民党党主席及 2008 年可能的“总统”人选，他要如何在 2008 年之前防止台独及在 2008 年后防止一些政党搞台独时，马英九说，国民党目前是立法院最大政党，并主张维护“一个中国”为基础的“宪法”，台独不可能成为国民党的选项。台湾不可能走向独立，大多数的台湾人民，其实都支持维持现状。他认为，现在应该做的是扩大两岸交流，因为增进民间的互相来往，就能改变对彼此的想法。
但记者发现，和一年前相比，马英九自当上国民党主席，又领著国民党赢得了台湾地方县市长选举一役后，脸上明显写上了“辛劳”两个字，双眼下黑色的眼袋日见明显。作为台湾及两岸未来和平发展的重要政治人物，马英九的健康和安全令世人关注。 2006 年 1月 20 日，香港一位知名记者赴台湾参加世盟年会，组办单位安排来自世界各地四十多位嘉宾到国民党总部拜见主席马英九。与马英九握手后，这位记者拿出名片递上并作自我介绍，马英九说：“我们已见多次了吧。”出于礼貌，他也往口袋掏名片，结果拿出的是一张台北“市长”的名片，有些歉意地表示：“我只带着这张名片。”
拜访结束，记者又拿出马英九给的名片细看，想不到这张“台北市长马英九”的名片，背后写着字，记录着两件要办的事：“土林国小顶楼漏水严重，请即修缮（家长）。”“谢宜主任（实践大学社工系）可委托座谈演讲。”这张名片被当作“笔记本”，一定是马英九在接触民众时，有人反映情况，他要及时记录下来，身边没带纸，就拿自己的名片背面记录作备忘，也成为这位记者珍贵的纪念。
“笔记本名片”反映出了马英九的亲民和爱民作风。马英九深入民众，作风细腻且轻车简从，遇到学生家长的投诉，马英九没有简单交待随从人员负责去办理，却如此认真地记录了下来。一张名片正反两面的记录，反映马英九对民众要求的重视，真正体现了群众利益无小事。马英九身兼台北市“市长”和国民党主席的双重身份，工作之繁重外人难以想像。
香港台湾工商协会常务董事陈自创看过这张名片后说，这绝对是马英九的笔迹。陈自创受聘马英九任台北市香港事务的顾问，每个月都会给马英九写一份报告，陈自创是伦敦大学的法律博士，写报告很认真，但想不到哈佛法学博士的马英九比他更认真，每份报告都仔细阅读并给予回覆。陈自创专门准备了一个抽屉，存放给马英九的报告及马英九的回覆，陈自创告诉记者，马英九曾经对他说，他每天工作都在十六小时以上。马英九亲力亲为养成的细心倾听，仔细记录，亲自督办的亲民工作习惯令人感叹。
感叹之余陈自创又担忧起来，担忧马英九包括健康和人身的安全问题。马英九是为台湾未来操心的最大在野党主席，接见来自世界各地的外宾，不仅身边没有甚么随员，连党主席的名片都没有人为他准备，如果大小事都要自己做，一个再有作为的政治领袖也会被事务拖累拖垮。
2005年 9月 9日下午 4点半到 5点，马英九正在和新闻媒体茶叙，人好好的，网路谣言却开始发酵，雅虎奇摩网站下午 4点半被网友发现刊登马英九遭枪击的新闻，网路世界顿时谣言满天飞，bbs 站上互通讯息，有人说真的看到了，还有网友说，这招阿扁用过了呀，大家一片错愕，更有网友痛不欲生。马英九当时已经在前往彰化辅选的路上，一下车就被媒体团团包围。
马英九一头雾水，幕僚电话打到微软，总算雅虎奇摩正式道歉，承认因为系统错误，导致内部虚拟网页开放到外部，向马英九及读者致歉。被问起对枪击谣言的感想，马英九说：“我第一步就看看我的外套有没有子弹。”马英九表示愿意接受雅虎奇摩的道歉，倒是难以想像，自己有一天也成了枪击话题的续集人物。
在恐吓邮件曝光后，警员到马英九住家巡逻的频率提高了，防止有人搞破坏，再配合两名便衣刑警全天候监控，在马英九要求不要增加警卫人力的情况下，警方只能加强警戒层级，务求不让任何威胁恐吓发生。在此以前，保护马英九的随扈共有二位，其中一位还要兼任秘书工作，一共有两组人员轮替，另在其住家室外有便衣人员驻点维护；马英九到各县市辅选时，负责警卫工作的台北市保安大队，则另派一位警察随行，即马英九出外到各县市辅选，只有三位随扈随行。
台湾情治官员表示，台湾“国安局长”薛石民日前已要求台北市警察局加强马英九安全工作。他在台“立法院”特别说明，“国安局”内部曾进行机密调查报告，内容评估岛内重要人士的安危会影响“国家安全”，国民党主席马英九也在名单之列。
马英九外出或下乡，一般行程仍是轻车简从，这已经引起台湾安全系统的重视，对此，马英九强调，已受周密保护，除非是职业杀手，否则其他原因都可以克服。他说：“安全不是仅靠安全人员，有时与个人风格、政策及言行有关，总不能一直坐在坦克车或玻�