一位开明的法律家、战士和政治家，名叫吉·德·富克（Guy deFoulques）的，对于培根在巴黎的工作发生了兴趣。他后来被举为教皇，改名克力门四世（Clement Ⅳ）。培根写信给他，克力门不顾教长的禁令与教团的章程，立即答应了他的正式请求，命令这个小僧侣把他的研究成果写出来。不知什么缘故，教皇还命令他保守秘密。这就增加了罗吉尔的困难。他既是托钵僧，自然没有钱，但是他向朋友借贷，凑足了购买写作材料的费用，经过十五或十八个月，他就在1267年送了三部书给克力门：一部叫《大著作》（Opus Ma－jus），详述他全部见解，一部叫《小著作》（Opus Minor）是一种概要，一部叫《第三著作》（Opus Tertium），是因为怕前两部遗失而补送的。我们了解培根的工作主要是靠了这几部著作，虽然还有一些著作，但始终是手稿。
克力门不久就死了，培根既没有人保护，就在1277年被原任方济各会会督、后为教皇尼古拉斯四世（NicholasⅣ）的阿斯科里的杰罗姆（Jerome of Ascoli）处以监禁之刑，而且不许申诉。大概，直到1292年尼古拉斯死后，培根才获得释放。那年他写了一本小册子名《神学概要》（pendium Theologiae），从此以后，就再没有这位伟大修士的消息了。
培根虽然具有比较进步的眼光，他的心理态度大半还是中世纪的。一个人不管愿意不愿意，总是当代思想界大军的一分子，他只可能比这支大军的行列走得稍微远一点。培根自然也以为宇宙周围绕有充满恒星的天球，大地则居于宇宙中心。他接受了圣经的绝对权威——如果圣经的真正原本可以重新找到的话——和当时基督教的武断神学的整个体系。尤其有害的成见是：他虽然在其他方面猛烈地攻击经院哲学，但是却赞同经院哲学的这样一个见解：一切科学与哲学的目的，都是为了解释与装饰至高无上的神学。在他的著作中随处可见的一部分混乱和矛盾就是由此产生的。这种混乱和矛盾总是和走在他的时代前面，甚至走在以后三百年前面的创见和远见混杂在一起。他虽然竭力挣扎，但总不能摆脱中世纪的心理习惯。
培根的卓见之一就是，他认识到学习数学不论作为一种教育训练或作为其他科学的基础都是十分重要的。那时已有从阿拉伯语译出的数学论著。里面常常有一些把数学应用到占星术上的例子。占星术是宿命论或决定论的一种形式，和基督教的自由意志论是不相容的，而且研究数学与占星术的大半是伊斯兰教徒及犹太人；因此这两种学科都得到恶名，被人同“黑术”联系起来。但是培根凭着他的自信的勇气，宣布数学与光学（他叫透视学）是其他学术的基础。他说这两种科学是林肯郡的罗伯特所了解的。数学的表格与仪器虽然费用多而且容易毁坏，却是必要的。他指出当时历法有误差，每130年便多一天。他把当时知道的世界各国详细加以叙述，估计了世界的大小，赞成大地是球状的学说。他在这一点上影响了哥伦布。
他对于光似乎特别感到兴趣，也许由于他学习了阿拉伯物理学家伊本…阿尔…黑森的著作的拉丁译本的缘故。培根叙述了光的反射定律和一般的折射现象。他懂得反射镜、透镜并且谈到望远镜，虽然他似乎并没有制造过一部望远镜。他提出一种红的理论，作为归纳推理的一个例子。他批评了当时医生的谬误。
他叙述了许多机械的发明，有些是他实际见过的，有些是未来可能发明出来的，如机械推进的车船与飞行的机器等。他谈到了魔术镜、取火镜、火药、希腊火、磁石、人造金、点金石等，——这里面有事实、有预言、有道听途说，应有尽有。在《炼金术之镜》（Mirrorof Alchemy）一文里，他仍保持着亚历山大里亚派的学说，认为凡物都向提高方面努力。他说：“自然不断地走向完善——那就是黄金。”
我们在对培根工作加以评价时决不能忘记，如果教皇克力门不命令他写出书来，他的名声只好依靠民间关于他的魔术的传说了。毫无疑问，培根之外也还有别人感到同样的兴趣，只可惜没有留下直接的痕迹罢了。就是在培根自己的著作中，也可以找到这种人的工作的反映。他说，“当今只有两位很好的数学家，即伦敦的约翰先生与皮卡人马汉…丘里亚的彼得先生”。培根讨论实验时又提到了彼得先生。
他说，有一种科学，比其他科学都完善，要证明其他科学，就需要它，那便是实验科学；实验科学胜过各种依靠论证的科学，因为无论推理如何有力，这些科学都不可能提供确定性，除非有实验证明它们的结论。只有实验科学才能决定自然可以造成什么效果、人工可以造成什么效果、欺骗可以造成什么效果。只有它才能告诉我们怎样去判断魔术家的愚妄，正如逻辑可以用来检验论证一样。这种实验方法，除了彼得先生之外无人懂得，他真可以称得起是实验大师，但他不愿发表他的工作成果，也不在乎由此得来的名誉与财富（也许还有危险）。
不管培根所说的这些虚幻人物是不是实有其人，有一件事情是明白的：培根自己在精神上是一位科学家和一位科学的哲学家。他出世过早，常常不自觉地和自己狭窄的眼界的局限性发生冲突，正象他常常和他一再公开加以抨击的外界障碍发生冲突一样，他是实验时代的真正先锋，索默塞特、牛津与英国有了他是很可以自豪的。
经院哲学的衰落
罗吉尔·培根对于阿奎那的经院哲学的批评，从现代观点看，虽然是正确的，但和当时存在的时代精神却有些格格不入，所以不能发生多少影响。
对于经院哲学的更富于摧毁性的攻击是哲学界的攻击。这场攻击开始于十三世纪的末期。邓斯·司各脱（Duns Scotus，约1265－I308年）在伦敦与巴黎教过书，他扩大了连阿奎那也认为是理性所不能说明的神学地盘。他把主要的基督教义都建立在神的独断意志的基础上，并且认为自由意志是人的基本属性，地位远在理性之上。这是反抗经院哲学所追求的哲学与宗教的融合的开始。当时人本以为托马斯·阿奎那已经最后确凿无误地完成了这种融合。但是，这时，二元论又复活了，虽然从本质上来说仍然是不完备的，不能令人满意的，但是要想使哲学从“神学的婢女”的束缚中解放出来，以致可以自由地与实验结合，而产生科学，这却是一个必经的阶段。十三世纪之末与十四世纪之初，托马斯派与司各脱派平分了哲学与神学的天下，同时在文学方面，一个反抗权威桎梏的运动，也在意大利出现了。
邓斯·司各脱所开始的过程，到威廉·奥卡姆（William of Oc…earn，卒于1347年）的著作中有了更大进展。这位萨里（Surrey）人否认神学教义可以用理性证明，并举出许多教会教义是不合理的。他攻击教皇是至高无上的极端理论，并领导方济各会修士反抗教皇约翰二十二世。他因为著文为这一行动辩护而被指为异端，受到裁判，监禁于法国阿维尼翁（Avignon）。后来他逃出监狱，求巴瓦里亚的路易皇帝（Louis of Bavaria）保护，并帮助这位君主与教皇长久争辩。
这一真理的双重性的原则——一方面凭借信仰接受教会的教义，另一方面凭借理性研究哲学问题——是与唯名论的复活有密切关系的。唯名论相信个体是唯一的实在，并且认为普遍性的观念只不过是名称或心理概念而已；这种见解的主要倡导者是巴黎的让·布里丹（Jean Buridan，约在1350年）。唯实论派为了从普遍中导出个别，总是在一个又一个抽象观念中绕圈子。对这种把问题复杂化的做法，奥卡姆用他的有名的警句——所谓“奥卡姆的剃刀”——加以批判：“不要增加超过需要的实体”。这是现代人反对不必要的假设的先声。由于唯名论的复活，人们就对直接感官知觉的对象重视起来，这种精神打破了人们对抽象观念的信仰，因而最后也就促进了直接的观察与实验，促进了归纳研究。
这种新唯名论遭到教会的反对与禁制，巴黎大学谴责了奥卡姆的著作，直到1473年还企图强迫推行唯实论。但唯名论以不可抵抗之势传布开来，几年以后阻力使绝迹了。大学校长、教会主教都成了唯名论者，马丁·路德的学说也有很大一部分是从奥卡姆的著作中得来的。最后，罗马才回到修改后的亚里斯多德的唯实论，1879年，教皇列奥十三世（Le ⅩⅠⅠⅠ）下了一道通谕，重新规定圣托马斯·阿奎那的学说是法定的罗马哲学。
尽管这样，奥卡姆的工作仍然标志着经院哲学独霸中世纪的局面的结束。从此以后，哲学就更可以自由地进行探讨，不一定非要达到神学预定的结论不可了，同时宗教也暂时脱离了唯理论，可以来发展它那些同样重要的情感和神秘方面了。因此在十四、十五世纪就出现一种新神秘主义（特别在德国）和许多类型的宗教经验。这些宗教经验至今仍然为人们所知，而且是有价值的。
另外一位帮助推翻经院哲学的著名教士，是库萨的尼古拉（Nicholas of Cusa，1401－1464年）主教。他认为人类的一切知识都只不过是猜测而已，虽然人们可以凭神秘的直觉去领会神，而神也囊括了一切存在物。尼古拉由此形成的见解后来成为一种泛神论，而为布鲁诺（Bruno）所采纳。不管他对于知识的看法怎样，尼古拉在数学和物理学方面却有显著的贡献。他用天平证明生长着的植物从空气里吸取了一些有重量的东西。他提议改良历法，认真地尝试把圆化为面积相等的正方形，并且抛弃了托勒密体系，拥护地球自转的理论，成为哥白尼的先驱。尼古拉、布鲁诺与天文学家诺瓦腊（Novara）都认为运动是相对的，只有数才是绝对的，这样也就在哲学方面，为哥白尼铺平了道路。威尼斯的马可·波罗（Marco Polo，1254－1324年）在亚洲内陆的旅行，也增进了地理知识。
中世纪的任务已经完成了；以人文主义、艺术、实际的发现和自然科学的开始为其特有的光荣的文艺复兴的道路扫清了，经院哲学的时代过去了，历史展开了新的一页。
在科学历史学家眼中，中世纪是现代的摇篮。阿拉伯学派保存了希腊学术，而且对于自然界的知识有不少独创性的贡献。在阿拉伯与西欧，实用技术慢慢地兴起，只是对一般的思想还没有什么影响。从十二世纪以后才有人进行蒸馏，在1300年左右才出现了用于制造眼镜和其他用途的凸透镜（主要在威尼斯），两百年后才有凹透镜。工业制出了化学试剂，如硫酸与硝酸。但是有系统的实验却没有什么进步，可以说，在罗吉尔·培根提出实验科学以前，西方学术界本来并没有自己的实验科学。后来又出了几位数学家。著名的有斯杯因谢德（Richard Swineshead，活动于1350年）与霍耳布鲁克（John Holbrook，卒于1437年）。但研究欧洲中世纪思想时最有趣的一件事，是追溯不断变化的人类心理态度怎样从一种似乎不可能产生科学的状态，转到另外一个状态，以致使得�
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