张家长子自缢，饿死家人十余口的消息传到京城，舆论哗然。多数人还是有些恻隐之心的，申时行给湖广巡抚写信，要求网开一面，丘侍郎的上级、刑部尚书，也就是那位被张居正重用治理黄河卓有成效的潘季驯看不下去，上疏皇帝说“治居正狱太急”，“至于奄奄待毙之老母，茕茕无倚之诸孤，行道之人皆为怜悯。”皇帝看后不高兴，善于窥察的御史李植马上弹劾潘，潘季驯被削职为民。但对众大臣的求情，皇帝总得给个面子，恩准给张家留空宅一所，田十顷养老太太，几个还活着的儿子都充军“烟瘴地面”，不知道他是否还记得对张居正所说“看护先生的子孙”。目睹如此骨肉惨状，老太太哪有勇气活下去？一年后赵氏在悲伤中死去。
办大案要案有功的丘侍郎回京后升任左侍郎，从副部长变成常务副部长，不久后又升任南京吏部尚书，寿终正寝，赠太子太保，酷吏的下场很不错。
改革家的宿命
张居正到底没能挣脱改革家的宿命，和他的前辈商鞅、李斯的下场差不多。只不过商、李亲身遭遇惨祸，张居正报在子孙而已。
中国的帝制时代，改革者本人除非掌握最高权力，否则就难免被清算的命运。“良相”行改革之法，像曹操这样完全把皇帝当成手中的傀儡，而自己的儿子干脆篡位，才免于身首异处或身败名裂。其他的“良相”，不管自己手腕多强硬，见识多高远，权术多娴熟，只要是依靠皇帝而改革，很难善终，为何？因为改革得罪的人太多，既得利益集团的能量太大了。而支持他改革的最高统治者，个人态度太容易发生变化，改革不是由制度而是由帝王进行保驾护航，不可知的风险太大了。
改革总是利益分配的再次调整，会遭遇既得利益者的猛烈反对，试以张居正为例。
他实行考成法，提高了行政效率，控制了言路，得罪的是大多数文官特别是监察官员。黄仁宇对此评价极为中肯：“张居正把所有的文官摆在自己严格监视之下，并且凭个人的标准加以升迁和贬黜，因此严重地威胁了他们的安全感。”“张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身故，他的心血事业就随之付诸流水。”
他进行土地清仗和推广一条鞭法，得罪了大肆兼并土地却逃避赋税的大地主；他为了节省财政支出，规定外戚封爵不许世袭，及身而止，得罪了后宫和外戚，而且对皇室宗族的岁禄和田地进行整顿，得罪了宗室；他进行机构和人员精简，裁减冗员，得罪了底层官员；他整顿驿站，不许官员任意旅行时免费使用驿驰，得罪了大多数在任和致仕的官员；他严令不许滥增学额，对各县生员人数严格控制，不许私人开办书院。——就如日本幕府时代有无数不治产业的落魄武士一样，明帝国有许多当不了官的落魄文士。这是一个特殊的阶层，他们享受免赋税种种特权，如果不去做工、种地、经商，必定联合起来利用对知识的垄断，包揽词讼，左右地方的舆论，张居正的这项改革和天下的读书人作对。而且作为传统的制度培育出来的精英，张居正所要改革的正是促使他仕途成功的旧制度，这几乎是和自己的影子作战，所用的方式难免以毒攻毒，饮鸩止渴，诚如黄仁宇所说：“张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。”也就是说，他没法对根本的政治制度进行改革，那么大的政治构架下的行政、财政改革就必定人亡政息。
张居正改革所得罪的人，全是手中掌握政治、经济和舆论资源的人，他们有强大的能量。而谁是改革的受益者呢？当然是国家，可国家是一个很难人格化的政治概念，具体说来受益者，一是大多数被赋税压得透不过气来不得不抛家舍业去做流民的小老百姓，这是沉默的大多数，他们不能直接给张居正提供支持；还有一个最大的受益者是皇帝，改革能富国强兵，延续国祚。可皇帝个人是容易变脸的，张居正作为难免会伤害他的情感和尊严，前文已做过分析。所有被得罪的既得利益者，在观察皇帝，皇帝态度一变，他们就像马蜂一样群涌而上。王安石变法也是这样，比起张居正，王安石虽然被发配到金陵闲住，新法被废，但个人和家人的人身安全有保证，那是因为中国所有的王朝中，宋朝的皇帝为政最宽厚，张居正就没有这样的好运气了。
居正被清算后，几乎所有的新政都废除，大明又按老样子运转。崇祯在帝国即将崩溃时，想起了张居正，感叹一百个庸相抵不上一个救时宰相，可惜已经太晚了。曾经有一个这样的宰相给了大明，大明皇帝没有珍惜，上天不会再给他们机会了。
万历帝为啥给建文朝忠臣平反（1）
万历即位后，平反了一桩明王朝历史上最大的集体冤案，下诏为“靖难”中为建文帝尽忠而惨死的诸臣建庙祭祀，如徐达的长子徐辉祖、被诛杀十族的方孝孺以及卓敬、卢迥等人，并对他们的后裔给予抚恤。
终明一朝，总在不断地制造冤案然后平反，再制造冤案再平反循环。一般说来冤案平反的周期并不长，有些是制造冤案的皇帝自己“拨乱反正”，有的是先帝死后，新皇帝登基后，马上用平反来收拾人心，也就几十年左右。而建文朝诸忠烈被杀是十五世纪初，此时到万历平反，已是十六世纪末，将近两百年，时间也太长了点。
为什么经过这样长的时间才给他们平反？
大家都知道，明朝的帝系在明成祖朱棣那里拐了弯，发生变故，帝位从长房建文帝那里转移到第四房燕王朱棣那里。朱棣不起兵“靖难”夺了江山，他的后裔不可能当皇帝，万历也顶多是个饱食终日的藩王而已——明朝的历史一旦改写，有没有万历帝朱翊钧这个人存在还难说，万历帝当然要感谢自己祖宗起兵篡位。
朱棣当年以“靖难”、“清君侧”之类的名义造反，攻陷了南京城，建文帝化装成和尚远遁，朱棣谎称建文已经自焚致死，自己便坐了皇位。他如此做是想极力宣扬自己不是篡位，而是合理合法地继承皇位。这显然是在玩骗人的把戏，如果自己不想篡位，当时建文的儿子还在，为什么他不做辅佐成王的周公呢？而将人家儿子禁锢了半个多世纪。朱棣无论如何解释，也违反了明朝最重要的政治程序——帝位的嫡长继承制，用现在的话来说，是严重的违宪行为。所以刘伯温的儿子刘璟被朱棣抓获后，依然称朱棣为殿下而不是陛下，而且说：“殿下百世难逃一个篡字。”
因此对成祖朱棣来说，帝位继承的不合法是他一生最大的伤疤，谁揭这个伤疤将会得到最残酷的报复，由此也能说明他为什么要诛人家十族那样残忍。明末清初的张怡在《玉光剑气集》中说道：“文皇（朱棣谥号为“成祖文皇帝”）诛杀忠义，不遗余力，虽从来待帝国巨憝，未有若此者。”当时建文朝忠臣被杀后，儿孙或被杀或充军，妻女被发配到教坊司（主管特殊行业的机构）当妓女。张怡举例说，茅大芳的妻子在教坊司被凌辱致死后，朱棣御笔批示：“着锦衣卫分付上元县，抬去门外，着狗吃了。”黄子澄的四位女亲属，被二十几个汉子轮奸，怀了身孕，生了男孩令作妓院的小龟奴，生了女孩，朱棣亲批：“由他不得，长到大，便是一个淫贱材儿。”——这哪是文皇帝的作派，分明是厉皇帝、炀皇帝的作派。
如张怡所说，朱棣对这些忠臣比对敌国的大奸大恶还要狠毒，这也不是没有缘由的。和敌国战争，俘虏敌国君臣，这是大多数人都能接受甚至加以赞扬的壮举，当然可以对俘虏宽厚以示仁义。王朝更替也很好解释，就如朱元璋推翻元朝，可以说自己是天命所归，因为元政紊乱，元朝统治者贪婪残暴是事实，起义兵解万民于倒悬，是替天行道，所以没必要对俘虏那么凶狠。而自己闹家务事，叔叔篡了侄子的位，不能说天命已移，也不能说替天行道。只能说侄子被奸臣们蛊惑、左右做出傻事，起兵是为了保卫祖宗留下的社稷江山。
那么，要证明“造反有理”，自己不是篡位，要把罪过推到建文帝的臣子身上，是他们离间皇室骨肉，是他们搬弄是非，因此必须严酷镇压。
朱棣的篡位和对建文朝忠臣的残害，是留给他后代子孙最大的历史包袱。他的儿子、孙子、曾孙即位，都不能也不敢怀疑自己祖先对这一重大历史问题所作出的定性，否则的话就说明自己屁股下的龙椅来路不正，简而言之，当年造反有理不容怀疑。尽管包括皇帝在内心里都明白，那些被成祖残酷迫害的建文旧臣都是忠义之士。在最推崇道德礼法的大明朝，一群道义上最值得人尊重的士人，其冤屈却没人敢为其鸣冤。——因为这不是简单的刑事案件平反，亦非一般的政治案件翻案，而是直接动摇皇权合法性来源的根本性事件，包括皇帝在内没谁敢轻易作主。
万历帝为啥给建文朝忠臣平反（2）
但血迹总在时光中一点点被冲淡，对当时朱棣当皇帝的合法性质疑也一点点在冲淡，因此朝廷对建文君臣的看法悄悄地发生改变。先是英宗复辟后，想到自己被弟弟景帝囚禁的滋味，将心比心，释放了建文帝的儿子建庶人，由于长期与世隔绝，这位龙子凤孙分不清猪牛。但这只是人道主义关怀，对“靖难”的政治定性，都得小心翼翼回避，不能涉及。可是，有一个尴尬的现实是，方孝孺的人仍这样然蒙冤，似乎在向整天喊忠孝的文臣们昭示一个简单的道理：向胜利者低头，不要对失败者愚忠，造反只要成功就有天然的合法性。——这个结对朱棣以后的每个皇帝来说，解不开就有后遗症。比如武宗正德皇帝荒唐异常，不把祖宗江山当回事，野心勃勃的宁王朱宸濠在南昌造反，理由和当年朱棣相同，真是有样学样。如果不是王阳明及时剿灭，宁王真的坐了江山，谁敢说他是篡位呢？
到了万历帝时，距朱棣篡位已经近两百年了，皇帝这把龙椅，当年是骗来的，是抢来的还是合法继承来的，已经不重要了，时间让不合法变成了合法。这有点像一个人占有某份本不属于自己的财产，长期无人提出异议，最后相关民事法律认可他对该财产的所有权。帝国已进入暮年，当政者最大的希望是利益格局稳定下去不被人打破。此时，就得大力提倡方孝孺对建文帝的赤胆忠心，也需要一再强调曾被自己祖先朱棣破坏的程序法。也就是说，当年自己的老祖宗造反有理，现在造反有罪。如此，为方孝孺等建文朝忠臣平反并修纪念碑，既是一种政治需要，而且时机也成熟，对政局不会有负面影响。
万历帝本人对建文帝非常感兴趣，他登基后多次问张居正建文帝最终下落，是不是真的去当和尚了。而且让张居正将一首传为建文所写的七律抄录进呈。诗中说道：“沦落江湖数十秋，归来白发已盈头。乾坤有恨家何在，江汉无情水自流。”万历和建文性格有些相似，优柔寡断而文才出众，这大约也是为建文忠臣平反的一个原因，但不是主要原因，主要原因是政治需要。而恢复被朱棣削夺的建文年号，追谥建文为惠宗，也就是说恢复历史的本来面目