张居正死后被皇帝清算，利用权势为儿子在科举场上谋私利成为重要攻击点，南京刑科给事中阮子孝弹劾张居正三个儿子“滥登科第”，皇帝看完奏疏，下旨将张的几个儿子的官职、科名革除。——反正皇帝什么时候都有理，科场腐败在以前是一种酬劳元勋的礼物，几年后成了惩罚张家的理由。
感觉危机而骑虎难下（1）
张居正越来越老了，加上国务缠身和内宠过多，他的身体一天不如一天。而他辅佐的万历帝，一天天长大进入青年时期。
此时，张居正的权力和威望正处于鼎盛时期，尽管他对下僚越来越专横，但作为一个识穷天下、读通经史而又在宦海浮沉三十余年的首相，站在人生的顶峰，强烈地感觉到一种危机感。卸磨杀驴、鸟尽弓藏、功高震主，这类典故历史上不知有凡几，他不得不考虑自己和家族的未来。
万历六年他回家葬父时，皇帝担心他在家盘桓过久，一天之内下了三道诏书让他尽快回京，——如此急迫真如当年宋高宗十二道金牌令岳飞回京一样，只是张居正回来是辅政，岳飞回来是等死。如此旷代恩荣，张的门生、湖广巡按朱琏要在江陵建一个“三诏亭”以示纪念，张居正去信阻止，他很明白地对这位官员说，建三诏亭，情意甚厚，但是他日情势一变非同今天，高台倾覆，曲池填平，我的宅第也许都不存在了，这个亭子不过是五里铺上一个普通的接官亭，到那时谁能说见过所谓的一日三诏之事呢？
万历八年，皇帝已经虚岁十八了。张居正想到激流勇退，他上疏请求退休，恳切地说：“每自思维，高位不可以久窃，大权不可以久居”，然后解释自己以前因为时机未到，不敢突然乞休，现在中外安宁，皇帝已经大婚，也行了耕藉和谒陵大礼，圣志已定，圣德已新，朝廷忠贤济济，意思是皇帝完全可以自己亲自处理政事了。但张居正毕竟是张居正，内心自信而骄傲，尽管他明白功成身退的大道理，但言语中不由得流露出自己的个性，这种细节把握是最难的，他在这道奏折里说：“臣于是乃敢拜手稽首而归政焉。”
注意，张居正说的是“归政”而不是普通的“乞休”，他在万历初年厉行新政时，一个很重要的措施就是“核名实”，中国人讲究名实相符，讲究正名，因此特别喜欢在字眼上做文章。所谓归政就是把执政的权力还给皇帝，这就意味着他认为在此之前，他并不是普通地辅佐皇帝，而是代替皇上发号施令。万历年间的沈德符注意到这个细节，他说曾经有人当面奉承张居正的相业，张居正大咧咧地说，我非相，乃摄也。“相”是宰相辅佐帝王，“摄”就是行摄政之实。沈德符就此评论，千古至今，明确据摄政之位的只有周公姬旦和王莽，难道今天能有第三个？沈氏认为张居正自言“归政”，俨然把万历帝当成周成王。而张居正因骑虎难下，终于不免霍光和宇文护的下场。（《万历野获编》）霍光在西汉时辅佐年幼的汉昭帝，昭帝死后他又辅佐汉宣帝，执政二十余载。霍光死后，霍家被汉宣帝找个理由惩治，几乎灭门。宇文护先任西魏大将军，后拥立宇文觉建立北周，柄朝政数年，结果被皇帝所杀，全家下场很惨。
万历帝五岁就开始读书，在文学和书法上修养极高，成年的他不会不明白这个典故，心里能舒服么？我们知道姬旦以天子的叔父摄政，尚且不免“周公恐惧留言日”，而另一个摄政，“王莽谦逊未篡时”，到底是篡了女婿的帝位。明朝以后的清朝，也有过两位摄政王，一位是顺治的叔父多尔衮，多尔衮死后其家族的下场和张居正一样，还有一位是宣统皇帝的生父载沣。
尽管实质上张居正是“摄政”，但中国的许多事情，做得而说不得，他自己却说出来了！
张居正当权的时间太长了，皇帝还没有做好其“归政”的心理准备。也就是说，在政治上年轻的皇帝还没能“断乳”。第一次张居正请求退休时，皇帝明确拒绝。张居正接着再上第二道奏折，没有要求彻底淡出政坛，只希望暂时休息一下，内阁大权委以他人，“但乞数年之间，暂停鞭策，少休足力。”而且表示如果国家有大事需要效劳，自己还没死的话，皇帝尽可驱使。
十八岁的万历帝血气方刚，未必不想亲政，一展身手，如果张居正继续坚持退休，照万历的个人意思，很有可能同意。最后否决张居正退休要求的是万历帝的生母慈圣皇太后，这位在山西民间长大的女人，比起长在深宫之内的儿子对世态国情了解得多，她被选为宫女，没想到有机缘承恩，生了包括万历帝在内的两个儿子，那个年代妇女要有地位主要靠肚皮争气，而在三千佳丽充下陈的皇宫，一个宫女给皇帝生了个儿子，真是上天的眷顾。她看得出要治理好这个庞大的帝国，年轻的儿子比起炉火纯青的张居正来说差远了，张居正还有不可替代的价值。——而在明代的制度和文化约束下，不可能出现曹操那样的宰相，一个科甲出身的首辅取而代之的可能性极小，再威权震主也威胁不了自己儿子的皇位。至于张居正要退以自保的想法，对一心只希望儿子江山稳固的太后来说，实在算不了什么。
感觉危机而骑虎难下（2）
从这点来说，太后爱自己的儿子是最大的自私，自私到根本不考虑别人的安危。她明确地告诉万历帝，“与张先生说，各大典礼，虽是修举，内外一切政务，尔尚未能裁决，边事尤为紧要。张先生亲受先帝付托，岂忍言去！待辅尔到三十岁，那时再作商量。先生今后，再不必兴此念。”（《张文忠公全集》）让皇帝而立之年才亲政，未免有点太不相信自己的儿子了，但知子莫如母，张居正死后万历帝执政进退失据，把朝廷搞得一团糟证明太后的判断是正确。但这样的明确指示，长大的皇帝听后能高兴么？他对母亲没办法，就有可能迁怒于过于能干的首辅，怨恨的因子就这样一点点积累下来了。
太后这样说了，张居正没办法再坚持退休，拖着病躯继续打理国务。除了太后外，还有一批人不希望张居正这么早退休，这些人是他提拔、重用的官员们。在那个强人政治时代，张居正的进退决非个人的事情，而是牵一发而动全身。张居正退了，这些人就失去了政坛上的依靠。
早在张居正父亲死后，皇帝下诏夺情，张居正假装坚持回家丁忧。在自己备受门生吴中行、赵用贤参劾时，另一位门生就是那位要建“三诏亭”的朱琏和一帮人挽留他，而且说：“老师不听主上挽留，徇私负国，门生便入疏参老师矣。”（《万历野获编》）——这是更加高明的拍马屁，以国事的名义、诤谏的面目出现。回去守制尚且如此，这回要退休，更会有一帮利益相关者上疏挽留张居正。因此《万历野获编》评论道：“庚辰年，江陵已病，其求归甚恳，主上亦为心动矣。时大婚已三年，慈圣亦久归政回宫，圣龄将弱冠，正太阿在握之时。使其得请。可谓君臣终始，两无负矣。而大小九卿则吏部尚书王国光等，太常卿明武卿等各公疏留之，言路则吏科都给事中秦耀等，山西道御史帅祥等亦合衙门保留，何也？逾年后病不起，身后旋受大僇，亦岂非诸公再误之，使上有骖乘之萌乎！”——“骖乘”即和皇上同乘一辆车，汉制，天子大驾出巡，大将军骖乘。比喻权位震主，霍光因骖乘罹祸。
这些拍马屁的官员，考虑的是自己的利益，和太后的心思一样，最后害了张居正。
临终前的恩荣
张居正终于支撑不住了，万历九年（1581年）七月，他病倒了，看起来只是身体虚弱，而非大病，但病毒已经严重侵蚀了他的肌体。不久病愈，照常入阁办事，十一月，他任一品官满十二年（京官六年一考察），皇帝对他大加赏赐，亲笔敕谕：“卿亲受先帝遗嘱，辅朕十年，四海升平，外夷宾服。实赖卿匡弼之功，精忠大勋，朕言不能述，官不能酬。兹历时二年考绩，特于常典外，赐银一百两，坐蟒、蟒衣各一袭。岁加禄米二百石，薄示褒眷。先生其钦承之，勿辞。”（《神宗实录》）一百两银子、二百石米和两件外套对富冠全楚的相府来说，算不了什么，可出自钦赐，那是莫大的恩宠。
皇帝这样看重元勋，吏部当然要紧跟，便建议给张居正非常之赏，欣然同意，令给张居正支伯爵的俸禄，加上柱国，太傅，被张居正推辞掉。十年二月，病又发了，病灶在下体，痔疮痛得很厉害，但这非寻常的痔疮，乃是体内毒素无法排出的表症，割掉以后，身体更加虚弱。首相久病不起，正是考验各级官吏忠心的时候，那时候没有设高干病房的医院，官员们不能去医院送钱送物，——首相现在根本不缺钱。但可以采取更公开的方式表示对首相病情的关心，据王世贞《嘉靖以来首辅传》记载，部寺、科道、詹翰诸臣，纷纷于寺庙设斋醮，祈祷相爷早点康复。一些人抛掉政务，到处找人做法事，有的人为了表示自己心诚，暴晒在太阳底下，希望以此感动上苍。烧香祈祷的长篇祝福文章，用红纸或红锦抄录成副本，呈给张居正看，——这忠心不能白表，得让相爷知道呀。张居正深居家中养病，一般人见不着他，于是拍马者贿赂其家人，递进去希望张居正过目，夸赞一句或点头一笑，就会成为进献者夸耀于同僚的幸事。大家争相重金聘请枪手写这类祝福文章，估计那段时间京城内的马屁文章高手日子过得很爽。北京这样，紧接着南京和各省也开始效仿。
日后名满天下的东林人士领袖顾宪成此时刚中进士两年，还是个小小的户部主事，当时举朝凑钱在东岳庙祈祷，顾宪成没搭理这事，同事担心他因此得祸，好心代他在文后签名。他知道后，骑马到东岳庙，当着众人把自己的名字抹去。顾宪成此举固然表明他有操守，不谄媚。但大家都这样干，跟着留个名字又何妨，在官场上不和光同尘的人很难混，太过于爱惜羽毛也是个毛病，顾宪成日后的遭遇与此性格大有关系。
众官的祈祷没有起到任何作用，张居正的病一天天加重了，看来是回天无术。此时，皇帝给了他行将就木的老师最高的政治荣誉，进其为太师，加岁禄二百石，一个儿子升为世袭同知，快死的人这次没法推辞了。
太师、太傅、太保合称三公，正一品，为明朝文官最高级别。宣德朝后，“三公”的官衔，文臣没有谁生前得到，“文臣得加三公，惟张居正”（《明史·职官志》），只是这种待遇对马上要上黄泉路的张居正本人，究竟还有什么意义？
大明的参天大树倒了
万历十年（1582）六月二十日，太师、中极殿大学士、吏部尚书张居正在死于任上，终年五十七岁，用现在的话来说，是以身殉职，真正做到了春蚕到死丝方尽。大明最后一棵参天大树倒了，从此，王朝出现危局时，再也没有一个像张居正这样才识出众，有魄力而敢担当的宰相能出来力挽狂澜。死后，皇帝表示痛悼，辍朝一日，谥号文忠，赠上柱国，差四品京卿、锦衣卫堂上官、司里监太监护送灵柩回湖北江陵老家。二十三岁时，心怀凌云之志的张居正从老家启程，进京参加会试，从此把一生给了这个已暮气