险；于是，袁世凯复出，总揽大权并养寇自重，意在逼帝去位。可见，革命军对清帝退位的作用是间接的，而袁世凯才是直接的。
武昌起义后不久，南北之间形成一个僵局：南方革命军攻占南京，则北洋军收复汉口，在军事上务必维持均势；革命军进攻力愈强，则朝廷压力愈大，而袁世凯愈喜，在政治上呈现一边倒的趋势。袁世凯之所以要铲除欲在北方起事的吴禄贞，正是生怕其破坏这一均势。袁世凯用的是借力打力、借刀杀人之计，他的天下打得太过轻松了！也许正因如此，后来也就不甚珍惜。
当时奉命征剿武昌革命军的北洋军，乘火车抵达孝感前线后开始盘桓不进，总指挥官荫昌莫如之何。朝廷闻讯大惊，摄政王明白，湖北到北京不过两三日的车程，如果北洋军反扑京城，则是亡国之祸。于是，10月27日，摄政王逊退，袁世凯复出，总揽军政大权，且直接赴湖北督战，不曾入京叩谢。果然，北洋军突然声威大振，一日之内收复汉口。前军主帅冯国璋战到酣处，把政治因素浑然忘却，一意要直捣武昌，创立曾国藩那样的赫赫功勋。袁世凯十分不满，乃临阵换将，以段祺瑞替换冯国璋为第一军总统，并署理湖广总督，主持前线军事。
其实袁世凯刚复出时，对冯国璋并无偏见，因此，他最初只是把段祺瑞从江北提督调任第二军总统，折往山西镇压党人起义。但一个月后，袁世凯便无法容忍冯国璋的迟钝，乃以段祺瑞代之，驻湖北前线与革命军对垒。冯国璋曾纵容第一军在汉口纵火烧屋，破坏严重，民愤极大。袁世凯以段祺瑞取代冯国璋，不仅支开了冯国璋，也保护了冯国璋，且可给冯国璋总结自省的时间，为日后收服禁卫军埋下了伏笔；而将段祺瑞从革命军的另一个主攻方向江苏调开，坐镇革命军已被严重削弱的湖北，这样就既保护了段，又给段祺瑞以机会。一进一退之间，形势即大有改观，袁世凯用人的高明之处即在于此。
不久前，袁世凯避祸林田的时候，冯国璋和段祺瑞都与他联系密切，一样的幕后密语，段祺瑞却显然更得要领。果然，他一到汉口，即下令停战，大谈和平。之后，又秘密派亲信廖宇春到上海与革命党代表顾忠琛、俞仲达谈判并达成协议，约定若确定共和政体，则先推翻清室者为大总统。这正是袁世凯朝思暮想而口不能言者，幸有“政治觉悟”如此之高的段祺瑞，日后才得以心想事成。
次年元月26日，段祺瑞领衔姜桂题、张勋、何宗莲、段芝贵、倪嗣冲、王占元、曹锟、陈光远、吴鼎元、李纯、潘矩楹、孟恩远、马金叙、谢宝胜、靳云鹏、吴光新、曾毓隽、陶云鹤、徐树铮、蒋廷梓、朱泮藻、王金镜、鲍贵卿、卢永祥、陈文运、李厚基、何丰林、张树元、马继增、周符麟、萧广传、聂汝清、张锡元、张士钰、袁乃宽、王汝贤、洪自成、高文贵、刘金标、赵倜、仇俊恺、周德启、刘洪顺、柴得贵、施从滨、萧安国等47名高级将领，发出致内阁代奏电，原文如下：
隆裕太后与太监
内阁军咨陆军并各王大臣钧鉴：为痛陈利害，恳请立定共和政体，以巩皇位而奠大局，谨请代奏事。窃维停战以来，议和两月，传闻官廷俯鉴舆情，已定议立改共和政体，其皇室尊荣及满、蒙、回、藏生计权限各条件，曰大清皇帝永传不废；曰优定大清皇帝岁俸，不得少于400万两；曰筹定八旗生计，蠲除满、蒙、回、藏一切限制；曰满、蒙、回、藏，与汉人一律平等；曰王公世爵，概仍其旧；曰保护一切私产，民军代表伍廷芳承认，列于正式公文，交万国平和会立案云云。电驰报纸，海宇闻风，率土臣民，罔不额手称庆，以为事机至顺，皇位从此永保，结果之良，轶越古今，真国家无疆之休也。想望懿旨，不遑朝夜，乃闻为辅国公载泽、恭亲王溥伟等一二亲贵所尼，事遂中沮，政体仍待国会公决，祺瑞自应力修战备，静候新政之成。惟念事变以来，累次懿旨，莫不轸念民依，惟国利民福是求，惟涂炭生灵是惧；既颁十九信条，誓之太庙，又允召集国会，政体付之公决；又见民为国本，宫廷洞鉴，具征民视民听之所在，决不难降心相从。兹既一再停战，民军仍坚持不下，恐决难待国会之集，姑无论牵延数月，有兵溃民乱、盗贼蜂起之忧，寰宇糜烂，必无完土。瓜分惨祸，迫在目前。即此停战两月间，民军筹饷增兵，布满各境，我军皆无后援，力太单弱，加以兼顾数路，势益孤危。彼则到处勾结土匪，勒捐助饷，四出煽扰，散布诱惑。且于山东之烟台，安徽之颍、寿境界，江北之徐州以南，河南之光山、商城、固始，湖北之宜城、襄、樊、枣阳等处，均已分兵前逼。而我皆困守一隅，寸筹莫展，彼进一步，则我之东皖、豫即不自保。虽祺瑞等公贞自励，死生敢保无他，而饷源告匮，兵气动摇，大势所趋，将心不固，一旦决裂，何所恃以为战？深恐丧师之后，宗社随倾，彼时皇室尊荣，宗藩生计，必均难求满志。即拟南北分立，勉强支持，而以人心论，则西北骚动，形既内溃；以地理论，则江海尽失，势成坐亡。祺瑞等治军无状，一死何惜，特捐躯自效，徒殉愚忠，而君国永沦，追悔何及？甚非所以报知遇之恩也。况召集国会之后，所公决者尚不知为何项政体？而默察人心趋向，恐仍不免出于共和之一途，彼时万难反汗，是徒以数月水火之患，贻害民生，何如预行裁定，示天下以至公？使食毛践土之伦，歌舞圣明，零涕感激，咸谓唐虞至治，今古同揆，不亦伟哉！祺瑞受国厚恩，何敢不以大局为念？故敢比较利害，冒死陈言，恳请涣汗大号，明降谕旨，宣示中外，立定共和政体，以现在内阁及国务大臣等，暂时代表政府，担任条约国债及交涉未完各事项，再行召集国会，组织共和政府，俾中外人民，咸与维新，以期妥奠群生，速复地方秩序，然后振刷民气，力图自强，中国前途，实维幸甚，不胜激切待命之至，谨请代奏！
这篇电文将隆裕太后吓得面如土色，从此食不甘味。她念念不忘的不过是“大清皇帝永传不废”、“皇帝岁俸不得少于四百万两”、“王公世爵概仍其旧”等条款，早把什么老祖宗“退保关内”的走为上之计忘在九霄云外了。但是，许多朝廷亲贵并不相信这么多人会一同造反，坚持认为电文是伪造的。局势虽然越来越明朗，太后却仍然不知所措，无奈何处，干脆装聋作哑，捱得一天是一天。不料段祺瑞已等不下去，2月5日，又领衔第一军八名协统再次发出代奏电：
共和国体，原以致君于尧、舜，拯民于水火，乃因二三王公，迭次阻挠，以至恩旨不颁，万民受困。现在全局危迫，四面楚歌，颍州则沦陷于革军，徐州则小胜而大败，革舰由奉天中立地登岸，日人则许之，登州、黄县独立之影响，蔓延于全鲁，而且京、津两地，暗杀之党林立，稍疏防范，祸变即生。是陷九庙两宫于危险之地，此皆二三王公之咎也。三年以来，皇族之败坏大局，罪难发数，事至今日，乃并皇太后皇上欲求一安富尊荣之典，四万万人欲求一生活之路，而不见允，祖宗有知，能不恫乎？盖国体一日不决，则百姓之困兵燹冻饿，死于非命者，日何啻数万。瑞等不忍宇内有此败类也，岂敢坐视乘舆之危而不救乎？谨率全军将士入京，与王公痛陈利害，祖宗神明，实式凭之。挥泪登车，昧死上达。请代奏。
他威胁“率全军将士入京”，便是毫不客气的逼宫了；所谓“败坏大局，罪难发数”，对皇族也不再有丝毫客气。他明指“二三王公”，实批“太后皇上”，如此电文，犹胜十万貔貅，应该是20世纪最重要的电文之一了。果然，2月12日，隆裕太后再也捱不下去，乃以宣统皇帝名义下诏退位，去安享其400万两“岁俸”去了。
《三国演义》中，曹爽胸无大志，想做“富家翁”，结果造成曹氏被司马氏夷灭的惨剧。如今，隆裕太后妇人之见，甘愿领“遣散费”，结果造成清朝政权迅速瓦解的笑剧。两者的性质是一样的，然而清室却能保住身家性命，算是不幸中的万幸，也正是革命不彻底的表现。实际上，满清入关之初，就对统治中国很不自信，因此一直留有“退保关外”的后路。清帝退位时的东三省总督赵尔巽，即后来《清史稿》的主编，是个死忠的保皇派，他帐下的张作霖等将领，也是不折不扣的保守派。因此，如果隆裕有慈禧一半的手段，他庶几可以退出关外，依仗日本和东北地方的力量，维持一个小王国的。当然，这显然是逆历史潮流的。清帝没有退出关外，而是和平交出政权，避免了别生枝节，对中国而言是一件幸事。而段祺瑞在此重要时刻中，立场坚定，终至一锤定音，不仅为袁世凯立下头功，对民国的建立也可谓功勋卓著，这便是他的“一造共和”。
15日，袁世凯任临时大总统，以段祺瑞为陆军总长，从此他在这一职务上连任七届。陆军总长的实权，仅在总统、总理之下，因此，段祺瑞一入民国，便成为二人之下、万人之上的实权派了。事实上，他还在民国二年（1913年），暂代过两个月的国务总理，而更早些的总统选举，他与孙中山得票数相同，仅排在袁世凯、黎元洪、伍廷芳之下。
段祺瑞对袁世凯忠诚不贰。1913年2月，宋教仁遇刺，总理赵秉钧涉案辞职，段祺瑞代理总理，面对众议院国务委员的质询，傲然不答，显示了对国民党的轻视。不久，国民党人发起“二次革命”，他也参与了镇压。后来，他又以陆军总长兼署湖广都督，将黎元洪挤出湖北，为袁世凯除一大患。继之，他又兼任河南都督，参与镇压白朗起义。然而，他虽然参加了许多军事行动，但他在军事上并无太大建树，即便对白朗军这样装备简单的流民起义，也莫如之何。不过，由于他身居要职，且兼署较多，在北洋军中的势力却得以日益扩大，再加上他刚愎自用的性格，最终遭到了袁世凯的猜忌和不满。袁世凯另外编练模范军后，想让袁克定来负责，征求他的意见，被他一口拒绝。袁世凯很生气地说：“那么我自己来兼如何？”他才不好再说什么。由此可见他们的关系已不似当初那么亲密了。
独裁者都要独掌兵权，袁世凯对段祺瑞的忌惮是可以理解的。不久，袁世凯组建陆军大元帅统率办事处，将陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、海军司令萨镇冰、参谋次长陈宧、侍从武官荫昌和王士珍平列为高级办事员，轮流值班，而大事决于总统。这样一来，段祺瑞在军中的优势面临被褫夺的危险。他自知形势微妙，乃将陆军部的大小事务交与部秘书长徐树铮处理，自己则称病不出，颇似当年袁世凯归隐林田的样子。
袁世凯既是过来人，岂不知其用意！随着袁世凯称帝的步伐日渐促迫，他们的分歧也越来越大。当筹安会活动猖獗，全国上下纷纷劝进时，段祺瑞表达了完全相反的声音。他说：“项城帝制自为的迹象，已渐显露。我当年曾发出采取共和之电，如果又拥项城登基，将何以面对国人？恐怕二十四史中，找不出这样的人物吧！所以论公，我即使死也不�