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冯国璋虽然暂时失败，心理上却没有放弃，一度想竞选下一届总统，但段祺瑞已决不容许他死灰复燃。1918年9月4日，在国会的总统选举中，与会436人，徐世昌得425票当选新总统，余者段祺瑞5票，张謇、王士珍、王揖唐各1票，冯国璋一票也无。此国会号称“安福国会”，显然冯国璋是被挤下台的。冯当初以副总统接任总统，本来就不够完美，如今偏偏还要举行一个史无前例的总统交接仪式，实在欲哭无泪。要知之前的三位总统，孙中山是让位，袁世凯是暴死，黎元洪是流亡，都未有过正式的总统交接仪式，偏偏冯国璋赶上了。他本是一个政治俘虏，心有戚戚焉，如今当众献丑，体味着世态炎凉，确是戚戚惨惨，因此他发表的退位文告中有“人非木石，宁不痛心”之语。段祺瑞为持公平，也为了宽慰这位老朋友，乃同时宣布下野。按国际成例，无论总统制还是内阁制，一般来说，总统换了，总理也应随之换届的。因此，第二次府院之争对段祺瑞而言还有一大负面影响，即失去国务总理这一要职。所谓“不在其位，不谋其政”，他在政治上失去了有利位置。
徐世昌为宽慰段祺瑞，特任命他为参战督办，次年改称边防督办，负责组织编练西北边防军。他遂以“参战”和“边防”的名义，向日本大举外债，购买军械，加紧操练兵马，准备继续贯彻自己的武力统一政策。
然而府院之争虽已结束，其动因却依然存在。作为总统，徐世昌和黎元洪、冯国璋一样，希望和平统一，对国会顶礼膜拜。因为，惟有和平统一，总统才是完整的总统；而恢复国会，再通过法定的程序赢得选举，总统才符合民国的法律精神。段祺瑞则不这样想，一方面他是袁世凯的托孤之臣，要继承袁的遗志，以西南方面为叛逆；另一方面，他是北洋军的创业元勋，对北洋军有极强的自信，认为南方的军力不值一哂。然而，他同时也意识到北洋内部的不团结，因此，他编练新式的边防军，目的不仅在于西南方面，也在于北洋内部的异己分子。
袁世凯死后，北洋系开始自动裂变，根据将领们的籍贯属地、军学出身，甚或平日的交好程度，自然地形成诸多派系。段祺瑞和冯国璋素来在北洋系内有较高威望，在他俩的周围分别形成了皖系和直系，这也是最早形成的两个北洋派系。皖、直云云，是段祺瑞和冯国璋的籍贯，而其麾下的将领则未必如此。不久，张作霖在东北崛起，被称作奉系。皖、直、奉三系以及其他一些较独立的小军阀占据了除西南五省之外的大半个中国。
五四运动期间北京大学和清华大学的学生在街头演讲
冯国璋为了殉“和平混一”的道义，在政治上一败涂地，最后只剩下了长江三督权充羽翼，安徽倪嗣冲、山东张怀芝、福建李厚基、陕西陈树藩、甘肃张广建、浙江卢永祥、湖南张敬尧等均完全倒向段祺瑞，直隶曹锟等也一度反冯而从段。但是，冯国璋对曹锟并未深责，他以直隶同乡的名义与之接纳，不久，曹锟对段祺瑞的态度即突然转恶。曹锟之所以与段祺瑞为敌有三个原因：一是曹锟驻节保定，离北京太近，卧榻之畔岂容他人酣睡；二是曹锟的力量已足够对抗段祺瑞；三是曹锟身边那个诸葛亮式的人物吴佩孚，要贯彻自己的政治理想，直皖战争爆发前，曹锟这个老好人还一度想避免战争，可吴佩孚非打不可，他也莫可奈何！
段祺瑞对日大举外债，使全国人民愤怒不已。当时一战结束，巴黎和会上，外交的屈辱消息接踵而至，又无不与日本相关，因此五四运动将亲日的政府视为众矢之的。段祺瑞十分厌恶此类学生运动，主张严办。徐世昌则对学生的表现表示理解，对段祺瑞主张严办的请示采取了“拖”字诀，且支持外交代表团不在和约上签字。在政治上，段祺瑞又输了一笔。
他主张严办学生，话说得轻松。但是吴佩孚在湖南发出的通电，在他听来，却比学生的呐喊可怕多了。吴佩孚不仅是北洋系军事上的后起之秀，就政治上的清醒和开明程度而言，也在北洋一枝独秀。他的学历不过是个不入流的秀才，以及武备学堂测量科的普通学兵，乍闻学生请愿，却能热血沸腾。他不仅大力搭救被捕学生，还义无反顾地给徐树铮等人拍电报，痛斥曹汝霖、章宗祥、陆宗舆的卖国行径。他的电报越拍越多，也一次比一次激烈，不仅就事论事，还不惜抛出自己的政治理想，即取消《中日密约》、召开国民大会、反对签字和约、敦促南北和谈等。一时之间，国人视吴佩孚为民族救星，而在段祺瑞看来，吴却是不折不扣的叛徒。
吴佩孚的电报完全站在国家和人民的高度，与当时督军团的军人干政电报，正好黑白分明，高下立见。这些文字一方面宣告了一个英雄的崛起，另一方面也暴露了北洋人物的虚弱。虽然吴佩孚当时只是湖南前线的一个师长，却气宇轩昂，仿佛立于高山之上；段祺瑞虽然贵为全国公认的最大实力派，却吞声语塞，仿佛堕于深谷之中。吴佩孚能以气驭文，其通电一登报端，马上洛阳纸贵传遍天下。他敢于直接唾骂王揖唐、龚心湛、徐树铮，敢于不避嫌疑地跟敌营的谭延辏А⑻泛泼鳌⒛傩禄嵯喂猜睿罱蕴煜氯讼肼疃桓衣睿鼋蕴煜氯讼胱龆桓易觯虼思幢阍谖逅氖逼冢纳阋簿霾辉诔露佬恪⒑实任幕硕惹隆�
段祺瑞的政治资本被吴佩孚骂掉许多，但他却不敢将吴佩孚如何，首先，吴佩孚身处前线，若激怒了他，只怕他会开关延敌；其次，吴佩孚和曹锟不分彼此，而曹锟近在肘腋，在天津的冯国璋与曹锟也暗通消息；最后，段祺瑞自己的左膀右臂靳云鹏和徐树铮之间有矛盾，徐树铮要惩罚吴佩孚，而靳云鹏却抛出“软化曹吴”的主张。因此，段祺瑞这样一个声色俱厉之人，却不得不对吴佩孚这个无名小辈忍气吞声，先是让靳云鹏取代龚心湛任国务总理，又一度想用湖南督军的职位来贿赂吴佩孚。不过话说回来，吴佩孚还是给他了三分薄面，毕竟没有骂到他本人！
可是，倪嗣冲、张树元等仍强烈要求惩罚吴佩孚，他正在犹疑之间，不料吴佩孚竟然主动示好，拍电报恭贺靳云鹏荣任总理，于是大家在面子上扯平了。他知道嘴上功夫不算什么，要紧的还是实力，因此更加抓紧编练他的边防军。遑知吴佩孚也不复作口舌之争，而是直接要求撤防班师，北上抗日，仿佛知道了他的用意。吴佩孚一再要求撤防，都被中央拒绝。段祺瑞知道吴佩孚是名将之具，在前线足以御敌，回北方则必然给自己造成威胁，于是任凭吴佩孚一而再、再而三地电请，他只管来个充耳不闻。到了后来，吴佩孚终于忍无可忍，乃主动撤起防来，他的军队唱着他那富有民族主义精神的《满江红·登蓬莱阁歌》，一路过长沙、武汉、郑州而回到保定，段祺瑞在路上设置的人马无人敢撄其锋。曹锟和吴佩孚会合后，先是占据京汉铁路各据点，又虎视眈眈，大有直噬京师之意。段祺瑞大惊，忙召远在外蒙库伦的徐树铮返京。
1920年6月，徐树铮回到北京，段祺瑞心中为之一宽，乃电召直隶、奉天、江苏三省督军进京开会，这也正是最令他忌惮的三个地方实力派。直隶曹锟当然不会身入虎穴，江苏李纯则托言生病告假，只有奉天张作霖来了。张作霖不仅来了，还慨然以鲁仲连自居，他提出的调停手段是：一、取消中日《军事协定》；二、免去徐树铮的筹边使；三、靳云鹏辞职。段祺瑞原则上同意了，张作霖便拍着胸脯保证道：“这样的话仲珊（曹锟）若还不想来，我就亲自去保定请他。”但是段祺瑞的性格缺陷随即暴露，他终究按捺不住对吴佩孚的怒火。当张作霖从保定返京后，段祺瑞突然提出“吴佩孚和徐树铮同时免职”的交换条件，并要以擅离防守的罪名，褫夺吴佩孚的中将衔。张作霖自认为被段祺瑞玩弄，乃大怒而去，决心与曹锟合作。
当时的局势已如箭在弦上，双方压抑数月的口舌之争终于又爆发出来。段祺瑞悍然下令捉拿吴佩孚进京，着曹锟革职留任，并大肆表其三造共和与参战胜利之功。吴佩孚则不复指桑骂槐，毫不客气地痛斥段祺瑞为汉奸。通电原文如下：
各省督军、省长、省议会、各团体、各报馆均鉴：自古中国严中外之防，罪莫大于卖国，丑莫重于媚外，穷凶极恶，汉奸为极。段祺瑞再秉国政，认仇作父，始则盗卖国权，大借日款，以残同胞。继则假托参战，广练日军，以资敌国，终则导异国之人，用异国之钱，运异国之械，膏吾民之血，绝神黄之裔，实敌国之忠臣，民国之汉奸也。路线者国脉所在，而南起赣闽，北迄蒙满，要键无存者矣。军队者国本所托，而上自军官，下至下士，完全易汉帜矣。大逆不赦，中外所闻，斯而可忍，人心尽死。佩孚等束发受书，尝闻大义，治军而还以身许国。誓不与张邦昌、石敬塘、刘豫、吴三桂之徒，共戴一天。贼生则我死，我生则贼死。宁饮弹而瞑目，不为外奴以后亡。往者忧衷百结，以段祺瑞为军阀老辈，因尝眷念私交，不忍遽伸大义。但冀稍有悔悛，亦复不为己甚。故请惩从犯安福妖孽徐树铮等，以私曲获，此佩孚之私意，谅亦国人所矜察也。乃其日暮途穷，匪惟不悔，尤复倒行逆施，甘心举民国以送异族，躬为操莽，既一逐黄陂，再驱河间，今复威迫元首，失其自由，伪造乱命。暴戾阴狠，为振古所未闻；篡上卖国，尤中外所罕睹。夫共和主权在民，总统为民之公仆，元首袒贼以卖国，吾人尽忠报国亦当权衡轻重，况在失其自由被胁之乱命，佩孚等个人纵本末颠倒，不难伏首以就戮。为国家计，亦安能荒军人之天职，贻百载之笑骂。事变至此，惟有忍涕挥戈，以与卖国贼盗相周旋，但令悃悃血诚，为我四万万父老昆季所洞鉴。佩孚等虽死之日，犹生之年，刀锯斧钺，非所敢恤。世或不察，目为皖直之争，愚怀耿耿，窃所未平。南北本属一家，直皖岂容二致。今日之战，为讨贼救国而战，为中国民族而战，其幸不辱命，则佩孚等解甲归田，勉告无罪于同胞。其战而死，为国人争人格，死亦有荣无憾。诸公或握军符，或主清议，奋发讨贼，当有同情。若其眜中外之防，忘国家之义，坐令国土陷于异族，子孙沦为奴隶，千秋万世，自有公论，非佩孚等所敢闻矣。涕泣陈辞，伏惟公鉴。讨贼军前敌总司令吴佩孚率直军全体同叩。
督理东三省军务时的段芝贵
都说梁启超的笔下有“魅力”，吴佩孚又何尝不是，他在这几年中的通电，都是脍炙人口妇孺皆知的激扬文字。如这一篇，比段祺瑞为张邦昌、石敬塘、刘豫、吴三桂，而以岳飞自比，这便是吴佩孚一贯的行文风格。
当时，段祺瑞已将边防军改为定国军，自任总司令，以徐树铮为总参谋长，段芝贵为第一路总司令兼京师戒严总司令，曲同丰为第二路总司令兼前敌总司令，魏宗瀚为第三路总司令，刘询为第四路总司令。就边防军而言，在当时的中国，可谓精锐之师，不过它生不逢时，一者统帅段祺瑞政治上