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然而与郭家父子的前前后后，对于朱元璋本人来说，就是另一番滋味在心头了。想当初自己是如何全心全意地报效郭子兴？与自己对郭子兴曾有过的忠诚和功绩相比，自己的部属们还没谁能及。可那又如何？自己还不是变了么？还不是绝了郭家的后嗣，夺了郭家名份下的权力么？郭子兴在生时曾经多次想向自己下手，最后总是功亏一篑，要是他毫不顾虑地当真下了杀手，只怕郭氏兄弟最后也不会落得如斯下场。
这么一想之后，恐怕朱元璋在称帝后很容易就会得出一个结论：功臣元勋们都是有真本事的，若想要保住自己的儿孙不重蹈郭氏兄弟覆辙，唯一的办法就是把他们统统灭光。于是他顺理成章地效仿了自己祖籍沛县的老乡刘邦，不但在称帝后大封朱氏儿孙，还毫不手软地将开国元勋们一个个地消灭干净。
郭天爵死后，滁阳大军无论是名份还是在事实上，都彻底由朱元璋统辖了。在很短的时间内，他的军队先后攻克了江阴、常熟、宁国、扬州、池州、徽州等地，并采纳老儒朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，让自己打下的地盘有足够的时间休养生息，积蓄力量。接受了小明王韩林儿所封的“吴国公”爵位。
小明王韩林儿龙凤九年，朱元璋率领朱家军经过艰苦作战，付出三十五名大将阵亡、数万军士丧命的代价，击溃陈友谅的“大汉国”，丰饶的鄱阳湖平原就此成了他的势力范围。第二年（公元1364）正月，朱元璋在应天称吴王，韩林儿也只能默认。
吴王朱元璋为自己设置了下属百官（李善长为右相，徐达为左相，常遇春俞通海为平章政事）。
与此同时，和丈夫相濡以沫多年的马氏，也在她33岁这年成为“吴王妃”，她在战事颠沛中生下的长子朱标则当上了王世子。这一年，马氏已与朱元璋成婚十二年。
五、当上皇后
成为吴王后，朱元璋继续马不停蹄地四出征伐。随着势力越来越大，他与小明王韩林儿的决裂也势在必行。龙凤十二年（公元1366）五月，在声讨张士诚的檄文中，他公开宣称“……愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有……聚为烧香之众……妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵……”——“弥勒教”，就是白莲教，亦称明教，正是红巾军借以号召、韩林儿依此称帝的根据。——朱元璋的这番宣言表明他彻底脱离红巾军，决定另立码头的意愿。
然而依靠朱元璋维持局面的韩林儿却还被蒙在鼓里。就在朱元璋与他的最后一个对手张士诚作战已经胜利在望的时候，也就是龙凤十二年（公元1366）十二月，朱元璋派廖永忠去接小明王韩林儿“驾临”应天。雕梁画栋的“龙船”刚至瓜洲，就莫明其妙地沉进了江底，韩林儿当了十二年“宋皇帝”，就这么效法周昭王成了鱼虾之食。忠于韩林儿的红巾军也只能去向江水问答案了。由于这起“事故”，朱元璋对廖永忠“大发雷霆”，判他软禁数日，随后以“戴罪立功”为名再次重用。
韩林儿死后，龙凤纪年宣告终结，朱元璋下令改用“吴元年”纪事。
论起来，张士诚也是个“吴王”，而且称王的时间比朱元璋还早。为什么大家都称吴王？据记载说，元顺帝即位之初，民间便有童谣，说是：“富汉莫起楼，穷汉莫起屋，但看羊儿年，便是吴家国。”于是张士诚便在平江（今苏州）自封吴王。而朱元璋则是被韩林儿封为“吴国公”，也在随后称了“吴王”。为免混淆，史书遂将张士诚称为“东吴”，朱元璋称为“西吴”。
朱元璋的西吴元年（公元1368）九月，即元顺帝至正二十七年九月，“东吴王”张士诚所据守的苏州城终于在八个月围城之后被攻克。
张士诚的王妃刘氏与私盐贩子出身的剽悍丈夫倒真是天生一对，在得知城破的消息后，她将所有嫔妾都强行和自己一起统统锁入宫中齐云楼纵火自焚，张士诚本人则在巷战失利后自杀未遂被俘，又将西吴宰相李善长骂了个狗血淋头，最后被暴怒的朱元璋活活打死，并焚尸扬灰。一十四年帝王梦，顷刻之间化为乌有，哀哉！
“东吴王”张士诚败死，朱元璋遂于十月派徐达常遇春北伐中原，开始了真正推翻元王朝之战。
十一月，徐达攻占下邳、沂州、太平、济宁、益都、临淄、昌乐，常遇春攻占东昌，元王朝的大都城已指日可得。看到这样的局面，各路武装也只能赶紧向朱元璋俯首听命。浙东武装首领方国珍就是在此时投降的（明朝建立后官封广西行省左丞，只吃干俸不许上任）。
在这样的大好情势下，李善长率文武官员劝朱元璋称帝。在十二月十一日和十二日连续两天的劝进之后，朱元璋“勉为其难”地接受了大家的意见，并于八天后搬进了新建的皇宫。为了表示自己的诚意，他同时宣布，若上天果然应允自己称帝，则登基的正月初四日定当放晴。果然天从人愿，纷纷扬扬的雪花和阴沉的天色都在这天一扫而光，应天城（今南京）一片霁朗。朱元璋正式称帝，国号明，从此开始了洪武纪年（元年为公元1368）。
就在自己称帝的同一天，朱元璋册封发妻马秀英为皇后，嫡长子朱标为皇太子。而在追封朱家先祖的时候，他也没有忘记妻子的父母。洪武二年，连照面都没打过的岳父马公被追封为徐王，岳母郑氏为徐王夫人，在朱家太庙东向建祠祭祀。马皇后以“孝女”身份亲手将生身父母的灵牌捧入祠中供奉致祭。
洪武四年，朱元璋打听到马公夫妇葬于宿州，又派礼部尚书陶凯前去当地立庙，并亲自为马公夫妇写下了一篇祭文。
文曰：“朕惟古者创业之君，必得贤后以为内助，共定大业。及天下已安，必追崇外家，以报其德。惟外舅、外姑实生贤女，正位中宫。朕既追封外舅为徐王，外姑为王夫人，以王无继嗣，立庙京师，岁时致祭。然稽之古典，于礼未安。又念人生其土，魂魄必游故乡，故即茔所立庙，俾有司春秋奉祀。兹择吉辰，遣礼官奉安神主于新庙，灵其昭格，尚鉴在兹。”
“贤后”，这是朱元璋对妻子最真心诚意的赞誉。而马氏在明王朝建立后的所有言行，都显示着她确实无愧于“贤后”这个称号。
六、贤后举止
朱元璋生活节俭，马皇后在肃治内廷倡导俭朴方面，也与朱元璋互相配合。不但是平日自奉甚俭，遇到旱涝之年，还率举宫妃嫔蔬食；遇有战乱之年更是只吃粗粮野菜。做为皇后，她的日常服装不但毫无绣饰，质料也仅是粗丝所织，而且直穿到破旧时还不舍得更换。虽然自己如此节俭，她却命人织造被褥赐送孤寡及老年人，又让织工将剪裁所剩的原料残丝再次加工，织造成次等帛料赐给众王妃公主，警示她们当知百姓蚕桑艰难。
做为皇帝，朱元璋妃嫔众多。论起来他光是有名可查的妃嫔就有三四十人，总共为他生下了四十二名子女。对于这些分享了丈夫的女人和她们的孩子，马氏也都一一予以善待，在妃嫔面前她平等相待，在所有的儿女面前她都是一位慈母。没有象一般的妇人那样哭天抹泪地控诉“吃了一辈子苦，男人一发达就搞狐狸精”，她恪守了自己皇后的身份职责，对于孩子们，她不但关心宠爱，而且还格外重视他们的教育；对于朱家的亲眷，她也极其厚待，尽到了做主妇、做天下之母的义务。（再声明，请大家注意五百年前的道德标准和婚姻制度。我可不是在鼓励现在的男人出轨女人容忍，请不要给我上纲上线。）
关于马皇后教育子女的事，很多时候都有一个例子被举出来。说是朱元璋的儿子周王就藩，由于这个儿子脾性不好，马皇后对他很不放心，可是自己又不能随行管教，于是当周王来辞行时，她将自己身上的纰衣脱下交给江贵妃，派她随周王就藩，叮嘱她若是发现周王有过错，就披上皇后的衣服予以权责，周王若还不听话，江贵妃有权驰报朝廷。——只是在很多时候，这位“周王”被认为是朱元璋的第十五子朱植。然而朱植先为卫王后为辽王，离京就藩更要到洪武二十六年以后。而马皇后早在洪武十五年就去世了。所以按年代推算，故事中的“周王”应该是朱元璋的第五子周定王朱橚，他于洪武三年封吴王，十一年改封周王，十四年就藩开封，时间正好合缝。
对于自己的家族，马皇后严格要求。由于马公夫妇没有儿子，朱元璋不忍见老丈人就此绝后，不止一次曾经想要派人在民间搜寻马氏远支族人过继给马公，并继承马公的爵位。马皇后虽然终生思念父母，每当提及自己早逝的父母就要悲哀流涕，但对于丈夫的心意，她却坚决地推辞，并说：“爵禄私外家，非法。”不愿让大明王朝又增多一个可能会扰乱朝纲骚扰百姓的“后族”。有了她这样的以身作则，朱元璋的其它嫔妃家族、明王朝初期的各亲王郡王妃家族，都十分收敛。
如果仅仅是谨慎于妃嫔儿女与家族治理，只不过是尽到了一个皇家主妇的职司，还不足以被公认为“贤后”。
真正能显示马皇后贤德的，还在于她对待臣民的态度。
马皇后自奉节俭，对臣属却非常优遇。按制度百官早朝后由皇家供给饮食，马皇后亲自品尝官员的食物，觉得滋味一般，便特地向朱元璋进言道：“人主自奉欲薄，养贤宜厚。”官员的伙食从此大大改善。有一次朱元璋视察太学归来，告诉马皇后已有太学生数千之众。马皇后道：“太学人才济济固然是好事，但是太学生就读其间，只有本人能得到微薄的生活费，他们的妻子儿女靠什么养赡呢？”她就此设置了“红仓制度”，用以供养太学生的家眷。这一制度自马皇后手创以后，一直延续到明后期。马皇后此举不仅惠及读书人，而且推进了明朝的教育水准，实在是中国封建教育史上灿烂的一笔。
洪武二年（公元1368）年七月二十八日，元顺帝率后妃太子惶惶逃离大都（北京），奔往上都（今内蒙多伦县）。八月初二，徐达率部进入大都，终结了元王朝九十八年的统治历史。得胜而归的将领们带回了大量珠宝进献皇帝皇后。马皇后却对朱元璋说：“元有是而不能守，意者帝王自有宝欤。”朱元璋立即明白了妻子的话外之音，回答说：“我知道了，皇后你的意思是得贤才方为得宝。”马皇后立即向朱元璋行礼道：“诚如陛下言。妾与陛下起贫贱，至今日，恒恐骄纵生于奢侈，危亡起于细微，故愿得贤人共理天下。”又说，“法屡更必弊，法弊则奸生；民数扰必困，民困则乱生。”朱元璋对妻子适时的进谏虚心以纳，并感叹道：“真是至理之言！”命人记入史册。
七、皇帝丈夫的施政御下
论起来，朱元璋恐怕是中国所有皇帝中最俭朴最勤政的一位。据记载，在修建南京明皇宫时，他下令取消所有的华丽装饰，宫室墙壁上仅有少许彩绘，而且内容都非常正面：后妃宫室绘耕织图；太子宫室绘朱元璋开国事迹图；而他本人起居的宫室墙上更是连彩绘都没有，全是�