更重要的是：这时的慈禧太后在光绪帝的后妃中，更为偏爱珍嫔，在光绪帝妻妾争风中，她往往袒护得到了皇帝专宠的珍嫔。有一年夏天慈禧太后要往颐和园避暑，临走时甚至还特意点名带走了皇后与瑾嫔，任由光绪帝与珍嫔在紫禁城里自由自在。
光绪帝大婚亲政后相当长一段时间里，宫闱生活都在这样看起来一团和气的状态下维持着。这大概是因为此时的光绪帝与珍嫔都非常听话的缘故。
早在光绪帝大婚后的二月初三，慈禧太后在太和殿举行了归政仪式，正式撤帘。这一次她做得似乎很有诚意，不但举行了仪式，而且还驳回了御史屠仁守请她继续批阅奏折的折子，表态说要真正交权给皇帝。当然，这是因为她已经对光绪帝的孝顺深表满意。此时的光绪帝虽然已经亲政，军国大事仍然主动向“亲爸爸”请示批准，慈禧太后根本不必公开理政犯众怒。当然也就乐得见好就收图个“不恋权位”的名声。——既然光绪帝如此孝顺，珍嫔又年幼讨喜，虽有些小小过犯也还没有触及太后的底线，慈禧太后也就顺水推舟由他们恣意了。光绪二十年的时候，慈禧太后还在自己过六十大寿时循例将珍嫔晋封为妃。
然而这一切很快就结束了。
光绪帝年少气盛，渴望能中兴王朝的统治，在多数情况下，慈禧太后和光绪帝的想法还是一致的，然而在实际操作中却差之千里。在慈禧太后看来，什么国家大事都没有她自己的尊荣重要。光绪九年至十一年的中法战争中，她就曾经在中国军队大胜的情况下仍然坚持求和。
中法战争爆发时，光绪帝还是个孩子，对于这些军国大事不知所以，但是到光绪二十年（公元1894年）之际，慈禧太后与光绪帝两派在政见方面的不和，却因为中日甲午战争的爆发明显化。帝党主战，后党主和。在整个战争过程中，由于早已问题多多的清王朝各级官员为了保持自己的实力以及在整个对外作战过程中孜孜不忘派系斗争，更因为慈禧太后仍然掂记着自己要过六十大寿，不但不肯将自己庆寿的经费改做军用，还要从军费中克扣大笔钱粮用于庆寿。中国军队终于大败亏输。光绪二十一年三月二十三日（公元1895年4月17），全权大臣李鸿章在日本签下了《马关条约》，不但承认朝鲜成为日本殖民地，还将台湾、澎湖列岛、辽东半岛都割给日本，更向日本赔款两亿两。
甲午之战的大败，无论对光绪帝还是对慈禧太后，都是刺激。由于用玺盖印的是光绪帝本人，他的情绪就更为激烈。而国家的惨败给慈禧太后刺激，却远远没有她自认为尊荣受损来得重要——无处发泄的光绪帝在战争中途，曾经处分过李鸿章，给予其拔三眼花翎、褫黄马褂、革职留任等处分，又曾经提出要将慈禧太后的寿诞用款改做军用，慈禧太后却根本将自己的个人利益置于王朝国家利益之上，反而据此认为养子无视自己的权威，对自己不够孝顺，因此对光绪帝极度不满。决定给光绪帝一点颜色看看。
决定教训光绪帝的慈禧太后在珍妃的身上找到了突破。此时的珍妃，已经失去了慈禧太后的欢心。
起因当然还在于后妃争风。
据野史记载，光绪十八年夏天的时候，皇后与珍嫔不和，光绪帝因此与皇后也发生争执。皇后当然不懂得什么叫做母仪与隐忍，立即和皇帝吵闹起来。光绪帝不禁大怒，厉声斥责皇后。皇后当然不肯饶过偏心眼的丈夫，立即哭哭啼啼地跑去找慈禧太后告状。慈禧太后听了皇后一番添油加醋的控诉顿时火冒三丈说：“上吾所援立，乃忘恩至此耶？后吾亲侄，诟后是不啻我也，是何能容？”又劝皇后道，“汝无悲泣。胡斤斤焉恋此病夫为者？吾必有以处之。”
据说，慈禧太后此后不但逐渐看珍嫔不顺眼，与光绪帝母子失和亦有此因。皇后事后也知道自己做错了事不该告状，却也悔之晚矣。
除了后妃争风，珍嫔做为光绪帝的宠妃，与皇后及瑾妃更依顺太后相比，她则是旗帜鲜明地站在皇帝一边，也毫不掩饰地尽情展现皇帝对自己的宠爱，不给皇后留什么面子。这自然也就入不了慈禧太后的眼。慈禧太后越来越觉得珍妃任性反叛，对她的好感也荡然无存。
随着年龄的增长，光绪帝越来越觉得有必要培养真正只忠于自己的臣下，他先后提拔了许多这样的人，他的老师翁同龢也进入了军机处。对于光绪帝的心思，珍妃不但全力支持，还主动推荐了不少人选给光绪帝，其中也包括她儿时的老师文廷式、她的哥哥志锐。在珍妃的大力举荐下，光绪十九年的时候，文廷式不但官升得快，还当上江南乡试副主考。志锐则于甲午之战的当年正月直升礼部侍郎。
文廷式与志锐都是进士出身，提拔虽有私意，却也没什么明显的失当。但是珍妃在其它事情上的作法却使人有机可趁：卖官。
早在光绪十八年尚未失去慈禧欢心时，她就曾经将一个知县的缺儿卖给了文廷式的亲戚，此后由于得宠，珍妃卖官的规模也越来越大，成功率甚至比慈禧太后还高。
光绪二十年初，有个叫耿九的人贿赂慈禧太后身边的太监王长泰、聂德平，想买得粤海关道之缺。两个太监居然不求慈禧太后，反去求珍妃，很快将此事办成。慈禧太后得知，既怒且羞，将两个太监发配黑龙江并在途中杀掉，借此警告珍妃。
然而两个太监的死并没有警醒正沉溺于帝宠中的珍妃。不久，她居然将上海道兼管海关的肥缺卖给了一个从未踏足仕途的富商鲁伯阳，令朝臣侧目。光绪帝在此事上颇觉亏心，便打算在朝臣面前挽回些脸面。然而他的挽回方式却是在四月时坚决否定了养母慈禧许诺给木商玉铭的四川盐茶道官职。从大义上来讲，光绪帝否决玉铭是正确的，然而有鲁伯阳之事在前，对比之下慈禧太后遂再次羞怒交集。
同年十月，就在中日之战开始不久之际，珍妃因卖官之事又得罪了皇后。
原来皇后的舅舅想要谋个福建将军的职位，皇后自知帝宠不如珍妃，就拉下脸面去求珍妃帮忙。然而珍妃却回绝了这个百年难遇的后妃和解机会。原因是河南巡抚裕宽想升任四川总督，重金求到了珍妃这里。珍妃一心要办裕宽之事，不愿将机会分给皇后，不但拒绝了皇后的请求，据说态度也颇不恭敬。
皇后本来就不是什么好性子的女人，受了皇帝的冷遇和珍妃的气哪里还忍得，立即跑去向慈禧太后哭诉，并把珍妃卖官卖到总督一级之事也向慈禧太后兜了出来。
慈禧太后立即抓住了这个机会，决定深入追击。
十月二十八日，慈禧太后将珍妃召来，当众杖责，将她打得死去活来。第二天，慈禧太后召见军机大臣，颁布降珍妃姐妹为贵人的懿旨。——瑾妃受牵连的原因，据说是因为珍妃将卖官所得的银子也分了些给她使用。
十一月初一，慈禧太后明旨给予皇后打探光绪帝与嫔妃一切事宜并随时上报太后的权力。
十一月初二，慈禧太后再次召见军机大臣，严责光绪帝包庇宠妃，并将光绪帝及珍妃身边“涉案”的太监或杀或充军，死者达六十余人。
十一月初三，帝党重要成员、珍妃兄长志锐被调离京城，做了“乌里雅苏台参赞大臣”，珍妃另一位兄长志锜则因牵涉裕宽案逃亡上海。
帝党当然不甘示弱，珍妃虽然卖官，毕竟是帝党成员。十二月，帝党成员纷纷上书，要求恢复珍妃的妃位。为了激起光绪帝的反抗之心，帝党成员甚至对光绪帝说：“太后虽穆宗（同治帝）之母，实文宗（咸丰帝）之妾。皇上入继大统为文宗之后，无以妾为母之礼。本非母子，宜收揽大权。”
这番“离间母子”的话很快传开。本已收手的慈禧太后怒不可遏，立即对帝党官员进行围剿，文廷式革职、翁同龢革职、汪鸣鸾革职……前方甲午战争，后方党派纷争，国事一败涂地，真是不亦乐乎。
光绪二十一年，慈禧太后总算消了气，十月十五日（12月1日），她重新恢复了珍妃姐妹的妃子名位。然而这个仇，却是从此结得大了。
光绪帝的桃花运极其糟糕，他初选后妃时最后入围的五名秀女都没有丝毫母仪天下的资格。太后侄女当然不是好妻子，珍妃卖官之举也足以证明她也是个成事不足败事有余的女人，就连当初光绪帝曾一见钟情的德馨之女也如此——这对姐妹的父亲是个好色之徒，姐妹俩也学得风流浪荡，热衷看情戏还与戏子们眉来眼去，若是当真选进了宫中做了后妃，光绪帝头上的帽子恐怕就要有点发绿了。
光绪帝本人也并不具备皇帝应有的资质。依顺珍妃卖官是一例，他还曾经应珍妃之请，动用近万颗上等珍珠为珍妃串制披肩，其本人虽然节俭，但在宠妃身上花起钱来可真是不含糊。据说珍妃曾经问光绪帝：“你这样宠我，不怕别人妒恨吗？”初初亲政的光绪帝笑曰：“我是皇帝，谁敢说我半个不字？谁敢不听我的？”
光绪帝是这么想的，后来他也确实这么做了。
由于甲午大败，原本对儒家书典信服无比的光绪帝转而恨透了典籍，认为国事皆败于此。恰在此时，以康有为居首的举人们反对《马关条约》，“公车上书”事件发生，康有为成为政治新星。光绪二十四年四月二十三日（公元1898年6月11日），光绪帝采纳了康有为的建议，发布《明定国是诏》，宣布变法维新。
平心而论，光绪帝与变法书生们的本意是好的，但是整个变法过程却过急，激进得超过了极端的程度。他和康有为似乎当真认定只要是皇帝，谁就都得听他的。
在短短一百零三天的时间里，光绪帝在康有为等书生的鼓动下，一连发了二百多道谕旨，似乎想要在如此之短的时间内就将两千年的封建王国立马变成君主立宪的资本主义国家，也不管这些计划可行不可行。且不说看起来似乎必要的裁撤机关之类得罪官员，另一些实在毫无必要的变革更将举国上下都得罪了个七七八八。
其中最离奇的莫过于下令将所有的寺庙道观祠堂改为学校，连出家人和略有宗族意识的民众都得罪完了。
再如废八股科举，得罪了天下所有一辈子寒窗苦读的读书人，数不清的读书人因此自杀寻死，数不清的出身科场的读书人切齿痛恨。科举制度是清入关之后为笼络汉族读书人的选择，甚至还规定进士前三甲一定出自汉族书生，因此巩固了王朝的统治，很多读书人为了求得功名，也就此放下了民族之争。如今既然没了仕途出身之路，满汉之分的老帐又开始算了起来，清王朝的统治越发摇摇欲坠。
除此之外，光绪帝还急于起草宪法，建立“制度局”，实际上就是想要重新成立一个新政府，将后党的所有势力一扫而光。
然而古人有云：欲速则不达，更遑论此时的军权还掌握在后党人马手中……
八月初六，慈禧太后突然带着大队人马从颐和园赶往紫禁城中和殿，发动“戊戍政变”，将光绪帝囚禁在瀛台之中。慈禧太后再次“训政”。康有为在英国保护下逃往香港，梁启超在日本保护（！！）下逃往横滨，谭嗣同、林旭、刘光第、杨锐、杨深秀、康广仁则被杀，称“六君子”。新政则被陆续废止�