这个不吉利的说法不迳而走，宫人们又据此谈起另一种揣测：太子李贤根本就不是武后的亲生儿子，他的生母是韩国夫人。李贤被这两种说法搅得寝食不安，既疑且惧，加上母亲的权势重压，与武后之间迅速变得对立起来。
对儿子的态度，武后当然感觉得到。她先是撰写了《少阳政范》和《孝子传》送给李贤，提醒他为子为君之道。不过很显然这两本书对改进母子关系没有任何作用。武后也再不客气，多次给李贤写书信，直接指责他。李贤越发惶恐不安，想到大哥之死的各种流言，觉得自己也朝不保夕了。
不久，李贤写下了他唯一传世的诗篇《黄台瓜辞》：“种瓜黄台下，瓜熟子离离。一摘使瓜好，再摘使瓜稀，三摘尚自可，摘绝抱蔓归。”他希望这首诗歌能唤起母亲的舐犊之情，但是权力解不开芥蒂，武后越听越怒。
调露元年（公元680）五月，就在李贤出于韩国夫人之腹且无缘帝位的流言甚嚣尘上之际，说出李贤无福继位这话的明崇俨却被盗贼杀死在洛阳城。
好不容易才找到的神医宠臣竟然就这么不明不白地死了，高宗和武后看来都很伤心。明崇俨被追赠为侍中，谥“庄”，其子珪提拔为秘书郎。明崇俨除了预言李贤无帝王之命外，多数时候倒也广结良缘，加上医治高宗疾病的功劳，其子平安地度过了此后的纷乱年月，直到唐玄宗开元年间还在升官，为怀州刺史。
能通鬼神的高官死于非命，顿时哄动了唐王朝。皇家派御史中丞崔谧等人查勘此案，许多人都因此被抓入狱中，屈打成招。但是招来招去，也没招出个靠谱的。这离奇的案子使明崇俨的死因一时众说纷纭。有好事者认为，明崇俨为奉迎帝后，过于劳役鬼神，因此被鬼所杀。更多的人则认为明崇俨不该泄漏天机多嘴多舌，得罪了太子，被太子派人杀了。
李贤素好声色，明崇俨死后的第二年，他昵爱男宠赵道生的事情传得沸沸扬扬。为了表示宠爱，李贤还越制将太子宫中的许多金帛都送给了赵道生。对于这件事，司议郎韦承庆忧心忡忡地加以劝谏，李贤却置之不理。结果这消息很快就传到了武后耳中。武后遂派宰相薛元超、裴炎、高智周等人组成了一个专案组进入太子宫调查此事。
谁知这一查竟查出了意外发现：从马坊中搜出了数百副铠甲，远远超过太子府的定制。与此同时，李贤的男宠赵道生也交代说明崇俨之死是自己奉太子命所为。
面对“人证物证”，还有督办此案的宰相们，高宗目瞪口呆。出于对儿子的喜爱，何况铠甲也未曾派上用场，他仍然打算原谅李贤一次。然而武后坚决反对高宗的意见，说：“为人子怀逆谋，天地所不容；大义灭亲，何可赦也！”看情况几名宰相也都赞成武后——即使如戏剧中所演的那样，铠甲是武后事先派人藏在马坊中的，可也是通过几位宰相的手起出来的。假使太子不废，哥几个迟早死定了——结果只有一个：高宗的意见被否定了。
调露二年八月二十二日，太子李贤被废为庶人，幽禁别院；高宗与武后的第三子英王李显入主太子宫，改元永隆，大赦天下。
李贤被废后，查抄出的数百副铠甲被搬至天津桥南当众烧毁，他的住宅也被抄检了个底朝天。在抄检中发现了太子洗马刘讷言为李贤编写的《俳谐集》。这本书交到正为儿子纳男宠犯嘀咕的高宗手里，无异于火上浇油，大怒道：“以《六经》教人，犹恐不化，乃进俳谐鄙说，岂辅导之义邪！”当即下令将刘纳言流放振州（海南三亚）。
太子谋逆被废，可是塌天大祸。众人都变着法子向皇帝表态，由此又引出一桩血淋淋的伦理惨剧。
长孙无忌恢复名誉后，被同案牵连的其它家族也纷纷重振，这其中也包括长孙无忌的舅父高士廉一家。高士廉的孙子高政时任太子典膳丞，也牵扯在李贤谋反案中。高宗废太子就不太情愿，所以也不打算处理高政，而是交由其父右卫将军高真行管教。谁也没有料到，高家自经历了上一次灾祸之后，已经不复往日胆气，都以为皇帝此举是在试探自己。结果高政刚进家门，就被生父高真行刺喉、堂伯高审行刺腹，死后又被堂兄高璿斩首，尸身丢弃于道路。惨死在亲人手里。
听到这个消息的高宗怒火中烧，当即下令贬高真行为睦州刺史、高审行为渝州刺史，再一次赶出京城。
随后高宗又宽大处理了李贤的旧属，除左庶子同中书门下三品张大安降为普州刺史外，其它的僚属都不再做追究，而且官复原职。也算是死鬼高政的余泽。
开耀元年（公元681），是李显成为第四任太子的头一年。这一年，高宗与武后最心爱的小女儿太平公主出嫁了。几年来磕磕碰碰不断的大唐第一家庭，终于有了一件象样的喜事。
太平公主幼年时，曾经许做道士，但实际上一直居住宫中。自唐高宗龙朔年间开始，吐蕃与唐王朝间纠葛不断，时打时和。在这样的情形下，吐蕃多次派人入唐，请和亲公主。这样的事高宗坚决不干。为示拒婚之意，太平公主正式入道，出居太平观。此后吐蕃边求婚边挑衅，唐蕃间打得一团糊涂。由于吐蕃地处高原，有地形之利，国人对恶劣的高原气候早已习以为常，一向生长在平原的唐军却无此便利，需要仰攻，此外吐蕃将帅和睦，唐军中将帅却时起争斗，打到后来，吐蕃竟占了上风。太平公主也就在道观中一直住了下去。直到降唐的百济（朝鲜）将领黑齿常之领兵，战事才发生根本转变。
开耀元年五月，在黑齿常之的率领下，唐军取得了唐蕃战争中的一场大胜。从此扭转战局，从此吐蕃败绩连连，黑齿常之守边七年，吐蕃畏之不敢犯疆。
边疆平定了，太平公主也就可以离开道观出嫁了。经过层层筛选，光禄卿薛曜与太宗女城阳公主之子薛绍成为驸马。
武后对女儿的宠爱是很出格的。选定女婿后，她开始审查女婿的家庭成员，然后盯上了薛绍的哥哥薛顗薛绪之妻萧氏、成氏。她认为这两个女人出身不够高贵，根本没资格被自己的女儿呼之为嫂，说：“我的女儿怎么可以和乡下婆子做妯娌！”逼着薛顗薛绪离婚。世上哪有为弟弟娶媳妇使哥哥做鳏夫的道理？有人实在看不下去，出来劝说道：“你别看萧氏她家现在不起眼，算起来她还是隋炀帝萧皇后、唐太宗宰相萧瑀的侄孙，跟李家可是老亲戚了。”武后这才罢休。
开耀元年七月二十二日，太平公主与薛绍结成了夫妻。这时所有的人都不会想到薛家和太平公主未来的结局，高宗和武后只知道他们总算欢欢喜喜地看见女儿长大成人，而众人所能看见的，也只是那一场极尽奢华的婚礼。
太平公主新婚刚一个月，高宗就再一次犯了病，于是李显继两位同胞哥哥之后，也成了监国太子。与李显的春风得意相对照的，是废太子李贤被流放巴州。
高宗剩下的日子已经不多了，似乎脾气也变得比以前要好很多。自禇遂良、韩瑗等人抗言进谏触霉头以后，高宗说一不二，近二十年的时间里也再没有谁敢对高宗说什么不中听的话。这时却有一个李善感挺身而出，当面指摘起了高宗的过失。对于这些谏言，高宗虽然没有买帐，却也没有找李善感的麻烦。消息传出，天下人都为之喜悦，认为皇帝对臣下的态度大有转变，将此事誉为“凤鸣朝阳”。这件事似乎也从另一个侧面反映出，高宗绝不象传说中那样完全被武后控制。
弘道元年（公元683）正月，高宗带着武后最后一次登上了嵩山。七月，56岁的高宗李治风疾复发，病情越来越重。
病到后来，高宗的头疼痛无比，以至于目不能视。侍医秦鸣鹤诊断之后，认为只有一个办法可以缓解症状，那就是在皇帝的御头上扎针。帘内的武后一听这个大胆的建议，顿时大怒道：“这家伙可以拖出去斩了，居然想在天子头上动针！”做为病人的高宗实在是痛得没办法了，反而说：“但刺无妨，或者能有些效验。”秦鸣鹤连忙施出浑身解数，在高宗头顶百会、脑户二穴上行针，性命攸关也就格外超水平发挥，片刻工夫，高宗就觉得眼睛能清楚视物了。武后举手加额道：“谢天谢地！”额外赐给秦鸣鹤彩帛百匹。
——这次治疗过程被记载了下来，只是偏偏加了一句，认为武后第一次对秦鸣鹤发怒，是因为她“不欲上疾愈”。这一句评论实在令人感到滑稽。皇帝的头顶动针，在任何朝代都是难以想象的事情，武后的反应完全是正常的。如果连这都属于“不欲上疾愈”，那还不如直说你怀疑她要杀夫好了。
所有的治病方法都用尽之后，高宗下令改元弘道，大赦天下以祈福。然而这时他的病已经严重得连骑马登楼都支持不了。就在颁布大赦令的十二月初四当天晚上，高宗逝于洛阳贞观殿，留下了一道遗诏：“朕闻皇极者天下之至公，神器者域中之大宝，自非乾坤幽赞，历数在躬，则凤邸不易而临，龙图难可辄御。所以荥河绿错，彰得一之符；温洛丹书，著通三之表。缅稽前古，其道同归。朕之圣祖神宗，降星虹而禀枢电；乘时抚运，逢涣沸而属山鸣。濡足横流，振苍生之已溺；援手四岳，救赤县之将焚。重称九寰，止麟斗而清日月；再安八极，息龙战而荡风波。自彼迄今，六十六载。黎元无烽柝之警，区恣耕凿之欢。育子长孙，击壤鼓腹，遐迩交泰，谁之力欤？
朕以眇身，嗣膺鸿绪，钦若穹昊，肃雍清庙，顾讠是明命，载迪彝伦。嘉与贤士大夫，励精为政，勖已想蛟冰之惧，为善慕鸡鸣之勤。幸戎夏安，中外礻是福，亘月以覃正朔，匝日城而混车书。端拱无虞，垂衣有截，其天意也，岂人事乎。每导俗匡时，既宏之以礼让；恤刑薄罚，复跻之於仁寿。闻九农之或爽，则亏膳以共其忧；见一物之有违，则撤乐以同其戚。斯亦备诸耳目，非假一二言也。忧勤之至，庶有感於明灵；亭育之怀，谓无负於黔庶。就言薄德，遘疾弥留。往属先圣初崩，遂以哀毁染疾，久婴风瘵，疚与年侵。近者以来，忽焉大渐，翌日之瘳难冀，赐年之福罕邀。但存亡者人之晦明，生死者物之朝夕。常情所滞，唯圣能通，脱屣万方，无足多恨。皇太子哲，握哀履已，敦敏徇齐，早著天人之范，夙表皇帝之器。凡百王公卿佐，各竭乃诚，敬保元子，克隆大业，光我七百之基，副兹亿兆之愿。既终之後，七日便殡。天下至大，宗社至重，执契承祧，不可暂旷。皇太子可於枢前即皇帝位，其服纪轻重，宜依汉制。以日易月，於事为宜。园陵制度，务从节俭。军国大事有不决者，兼取天后进止。诸王各加封一百户，公主加五十户。内外文武，九品已上各加一阶，三品已下赐爵一级。就徽以来入军年五十者，并放出军。天下百姓年五十者，皆免课役，废万全、芳桂等宫。”
遗诏的内容十分丰富，但多数都可以忽略，只有两句却非常关键：“皇太子可於枢前即皇帝位，其服纪轻重，宜依汉制。”及“军国大事有不决者，兼取天后进止。”也就是说，皇帝是李显，只有当新皇帝遇到难以决断的军国大事，才考虑听取武后的意见。
然而这道遗诏并没有被照办。
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