，诸将纷纷劝阻，刘裕不但不听，反而暴怒异常，非上不可。太尉主簿谢晦上前抱住他，使刘裕无法行动，刘裕抽出剑来，指着谢晦说：“再不放手，我杀了你”。谢晦死死抱住他说：“天下可无谢晦，不可无公“。刘裕无奈，只得作罢。但他一眼看见建武将军胡藩带领游兵在渡口附近，便令他带领士兵登岸，见胡藩面有难色，便命人将其抓来斩首，胡藩一急之下，死命攻上陡岸，兵士随后一拥而上，大破敌军。五月，刘裕攻克江陵。司马休之、鲁宗之等北逃投奔后秦。王镇恶等追到边境，不敢穷追，只好退兵。此次遭到诛杀的晋室宗族还有司马珍之、司马珣之等。经过一系列的诛杀，刘裕在国内的异己势力基本被剪除干净，于是他任命长弟刘道怜为荆州刺史，控制长江上游；长子刘义符为兖州刺史，控制北府兵；自己则以宰相之职控制扬州和朝廷。这样，刘裕在东晋的统治地位得到了进一步巩固。
当刘裕在国内清除异己的时候，占据关陇地区的后秦不断派兵侵扰荆楚。416年正月，后秦派鲁轨带兵攻击襄阳，打算切断东晋长江上、下游和杨、益之间的交通，但被雍州刺史赵伦之击退。后秦的不断骚扰成为东晋大患，国内要求北伐的呼声日渐高涨。恰在此时，后秦国主姚兴病死，其子姚泓继为。刘裕决定趁后秦国主新丧，王室内部斗争激烈，政局不稳的机会进行第二次北伐，灭掉后秦。当时，东晋许多朝臣担心北伐失败，偏安之局难保，纷纷进言劝阻。刘裕不顾群臣反对，毅然宣布北伐。8月，刘裕亲率大军北上，此次北伐声势浩大，刘裕将军队分为四路，一路由将军王镇恶、檀道济率步兵自淮水、淝水进攻洛阳、许昌；一路由刘裕的族弟彭城内史刘遵考、将军沈林子率水军由汴水经荥阳石门入黄河西征；一路由冀州刺史王中得率水军由淮河桓公渎转入泗水、济水、清水入黄河西进；一路由将军沈田子、傅弘之率步兵直趋武关（今陕西丹凤）。四路大军水陆并进，所到之处，后秦军队望风而降，中原百姓也积极支援，他们“竟送义粟“，为北伐军提供粮草。不到两个月，王镇恶、檀道济一路便攻下了项城、许昌、成皇（今河南荥阳上广镇），后秦洛阳守将姚洸投降，晋军占领了洛阳。第二年初，刘裕率主力自洛阳由水路溯黄河西上，进军关中。7月，刘裕命王镇恶率水军从渭水上溯黄河直趋长安。王镇恶到了渭桥（西安市东北），他让将士们吃饱以后，便弃船登岸，然后让所乘船舰随水漂走，它对将士们说：“诸位的家都在江南，这里是长安城北门外，离家万里。现在船只、食粮已随流而去，我们没有求生之计，唯有死战，可以立大功，不然谁也别想活着回去”！众人听了，无不踊跃争先，后秦军队一触即溃，后秦国主姚泓单骑逃回宫中。随后，王镇恶攻下长安，姚泓带着妻子、群臣投降，关中大片土地重新归到东晋的版图之中。9月，刘裕进入长安，刘裕下令将姚泓送到建康斩首，又亲自拜谒汉高祖陵，在未央宫大会文武。11月，刘裕收到留在京城掌理朝政的心腹大臣刘穆之病故的消息，惊恸哀惋，多日不解。刘穆之死后，京城空虚，刘裕怕大权旁落，再加上将士久役思归，所以决意东归。流寓关中的陇右流民，本来盼望他继续出兵收复陇右，听说他要收兵南归，都大失所望。三秦父老流泪挽留，对他说：“残民不沾王化，至今有百年了，今日得见王师，人人相贺。公是汉家子孙，长安十陵，是公家的坟墓，咸阳宫殿，是公家室宅，你舍去这些，要到哪里去呀”。刘裕心中也有些不忍，但为了保证自己的利益，最后只能让关中父老失望了。
刘裕退兵前，让次子，年仅12岁的刘义真为安西将军，镇守长安；以王修为安西长史，辅佐刘义真；王镇恶为安西司马；沈田子、毛德祖为安西中军参军，率军万余留守关中。沈田子、傅弘之素与王镇恶不和，多次向刘裕状告王镇恶性贪，收敛钱财，但刘裕对这种危险情绪未加及时引导，就匆匆赶回建康。刘裕仓促撤兵后，夏主赫连勃勃迅速调兵遣将，争夺关中。大敌当前，沈田子轻信谣言，杀死了王镇恶。长史王修责备沈田子专戮节将，征的刘义真同意后杀了沈田子。后来刘义真又听信左右谗言，杀了王修。王修一死，晋军军心大乱，刘义镇只好调回渭北的所有驻军，集中防守长安。刘裕北伐时收复的关中郡县逐渐被赫连勃勃攻占，长安也被包围。刘裕得知长安被围的消息，急忙派蒯恩前去保护刘义真东归，并派朱龄石为雍州刺史，代镇长安，还嘱咐他们，要刘义真轻装速发；如陇右不可守，可与刘义真一起回来。刘义真撤离长安时，纵将士大肆抢掠，车上满载宝货子女，一天不过行进十数里，夏军追至，蒯恩、傅弘之断后，力战数日，到青泥（今陕西蓝田）时全军覆没，二将力疲被俘，刘义真单骑逃出，藏于草丛之中。刘裕听到青泥大败的消息，，不知刘义真的死活，急得团团转，下令即日北伐。侍中谢晦全道：“士卒疲劳，北伐之事可待来年”。刘裕不听，其他大臣也上表劝阻，正好又得知刘义真已逃脱性命，刘裕也就不提再次北伐的事了。北伐的再度胜利，使刘裕功高盖世，418年6月，刘裕受封为相国、宋公，加九锡。加九锡是皇帝禅位之前的一种荣典，但他没有马上称帝。因为他相信昌明之后还有二帝的谶语。12月，刘裕指使中书侍郎王韶之害死了白痴皇帝司马德宗，随后奉司马德宗的同母弟、琅琊王司马德文为帝。419年正月，司马德文下令进刘裕为半王，这虽然是刘裕梦寐以求的，但他还是假意推辞。到七7才受进爵之命。12月，刘裕加殊礼，冕有十二旈，建天子旌旗，出警入跸，乘金银车，驾六马，备五时副车等。4月，皇帝下诏，刘裕进京。6月，恭帝司马德文禅位于刘裕。刘裕改国号为宋，建元永初。422年5月，刘裕病危，亲自写诏：“后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝”。命司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济为顾命大臣，辅佐幼主，而后去世。刘宋盛时的疆域北以秦岭、黄河与北魏为界；西至四川大雪山；西南占有云南；南与越南横山、林邑接壤；东、南抵海。
刘裕死后，太子刘义符继位。刘义符自幼不爱读书，喜欢骑马射箭，颇有勇力，而且他结交的都是一些被正人君子所不齿的小人，刘裕又整日忙于建功立业，代晋称帝，无暇顾及对儿子的教育，再加上刘裕本身就是个不大爱读书的人，所以对刘义符采取了放任的态度。刘义符的所作所为，引起了大臣的不满和忧虑，领军将军谢晦对刘裕说：“陛下春秋既高，宜思江山社稷存万事，深器至重，不可交给非才之人”。言下之意是指刘义符没有帝王之才。刘裕虽认真听取了谢晦的意见，却一直没有下重立太子的决心。刘裕新丧，刘义符理应为父亲灵尽哀，但他却在后园与随从们练武习阵。随着时间的推移，几位顾命大臣对刘义符越来越失望，于是便密谋废帝另立。424年4月，檀道济、谢晦引兵领先，徐羡之等继其后，将刘义符抓捕。6月，邢安泰等人用门闩将刘义符活活打死。随后，徐羡之又将刘义符的弟弟刘义真杀死在历阳，奉刘裕的第三子刘义隆为主。由于刘裕在废立太子问题上犹豫不决，故而导致了刘宋王朝君臣父子兄弟之间的互相残杀，当时，民间流传这样一首歌谣：“遥望建康城，小江逆流萦。前见子杀父，后见弟杀兄”。先是刘义隆的太子刘劭杀死了父亲，即皇帝位。后刘劭的弟弟武陵王、南中郎将、江州刺史刘骏在太子步兵校尉沈庆之的帮助下杀死了哥哥，自立为帝。刘骏即位后不久，就派兵攻杀了同他一起起兵讨伐刘邵，后又起兵谋反的五叔刘义宣和对他皇位威胁最大的六弟竟陵王刘诞。以后又陆续杀害了自己的四弟司空刘铄、十弟武昌王刘混、十四弟海陵王刘休茂等诸王。刘骏在位的10几年中，没有做下什么政绩。刘骏在为藩王时，便荒淫好色，做了皇帝以后，很快暴露了他的劣性。他后宫妾姬成群，总共生了28个儿子，8个女儿，这些儿女他自己也认不清楚了。就这他还不满足，甚至连自己的亲叔叔刘义宣的几个女儿也奸淫了，刘义宣的谋反这也是原因之一。刘义宣被杀后，刘骏索性把几个堂姐妹全部召进宫去做了他的妾姬。其中一个特别娇冶迷人的堂妹还给他生了一个儿子，叫刘子鸾，是刘骏的第8个儿子。为了掩人耳目，他对外称这个堂妹姓殷，并被拜为淑仪，宠冠后宫。
刘子业是刘骏的长子，字法师。孝武帝刘骏即位那年，453年4月被立为太子。史载刘子业少时爱读书，尤好历史，对历代兴衰替代颇为熟悉。但他生性急躁，常惹父亲不满，后殷淑仪的入宫，生下刘子鸾后，连生母王皇后也得不到刘骏的宠爱了。后来刘骏欲废刘子业，另立刘子鸾为太子，被侍中袁凯谏阻才打消了念头。为此，刘子业对父亲和八弟刘子鸾一直耿耿于怀。464年5月，刘骏病卒，16岁的太子刘子业继位。刘子业自出生后的10几年间，耳闻目睹的都是些骨肉相残，君臣仇杀的事情。所以，刘子业即位不久，就开始对父亲和弟弟刘子鸾进行报复。首先，它废除了父亲在位时所立的各种制度。然后，开始杀戮父亲为他安排的几位辅政大臣，太宰刘义恭、尚书令柳元景及沈庆之、颜师伯、王玄谟等。颜师伯是刘骏重用的大臣，多年居权要之职，骄奢淫恣，目空一切，深遭衣冠之族的忌恨。刘子业先拿他开刀，下诏免去了他卫尉卿、丹阳尹之职，改任尚书左仆射，使其有职无权；内臣戴法兴、员外散骑侍郎奚显度是刘骏时的亲信重臣，他们对民众特别苛刻，经常毒打被劳役的百姓，戴法兴还随意裁减刘骏赏给大臣们的财物，人们对他们切齿痛恨，刘子业先将奚显度斩首，然后将戴法兴赐死。刘子业杀害戴法兴等，举朝震惊，诸大臣各自不安，颜师伯也开始惧怕起来，于是他与柳元景密谋，打算废掉刘子业，另立刘义恭。因柳元景久未定夺，颜师伯又去找沈庆之讨主意。沈庆之送走颜师伯后，心想自己与刘义恭关系一直不好，立刘义恭为帝不是自找死路吗。而且刘骏临终前遗诏也让沈庆之参决大事，但颜师伯却专断朝政，经过考虑，沈庆之断然向刘子业告发了颜、柳二人的密谋。接到沈庆之的告发，刘子业马上亲率羽林军抓捕刘义恭，斩其首，断其肢，掏出肠胃，挑出眼球用密汁浸泡，称之为“鬼目粽”。刘义恭的四个儿子也同时被杀。在捕杀刘义恭的同时，刘子业又派人召柳元景、颜师伯入朝，并派全副武装的士兵随后赶到，柳元景从容受戮，他的八个儿子，六个弟弟及诸侄也惨遭杀害。颜师伯在来朝的路上被抓，被立即斩首，他的六个儿子也同时被杀。沈庆之、王玄谟后因屡次规谏刘子业，沈庆之被赐死，王玄谟忧惧而死。父亲在位时的亲信大臣基本清除完了，刘子业派人去赐父亲一度宠爱的八弟刘子鸾死，年仅7岁的刘子鸾临死时，悲愤地对左右说：“愿我来世不要再生于帝王之家”。刘子鸾的同母弟，6岁的南海王刘子师和同母妹也同时遇害。不仅如此�