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然而这般为新教条战斗的人们，既然同时要将自己建成个“教会”，很快便认识到那个旧教会当局早已熟悉的道理——以长远计，没有武力，就保不住权力。结果，为避免那迟早难免的决定，路德提出了一项妥协，企图将“异端”与“煽动”、“抗议者”与“叛乱者”区别开来——他之所谓“抗议者”，指的是单单在精神与宗教事务方面与改革派教会意见不合；而所谓“叛乱者”，便真正“扰乱了和平”，他们向既定的宗教秩序提出挑战，还企图变革社会的秩序。对后者，诸如他之以为倾向公有的再浸礼派，他便主张官方动用暴力来镇压。然而改革派教会的早期领袖，绝无一人肯走上决定性的一步，把任何持不同意见的自由思想家委诸刽子手。当宗教革命家们为着信念与教皇和帝王展开战斗，他们便宣称自己是在为人最神圣的权利而战，这还不过是昨天的事情——于是起初，仿佛难以想象竟会建立新教的宗教法庭。
然而当加尔文烧杀了塞尔维特，他便走出了划时代的一步。宗教改革曾经为“Freiheit des Christenmenschen”（基督教徒的自由）战斗，却给他迅即结束了性命。千百年来，如若单单因为坚持自己对基督教义的解释便将人活活烧杀，天主教会为着自己的荣誉，本也往往是踌躇不决，难以下手；加尔文却比天主教会走得更远。他的个人统治才不过二十年，便靠烧杀敌手建起自己的精神暴政；从道德观点观之，这行为或可比托圭马达的所有罪行更令人憎恶。塞尔维特之被杀，非因他是个无神论者，因为他从来不是这样的人；他遭到牺牲，只因他拒绝了加尔文的一些论点。几百年后，日内瓦的自由市民为自由思想家塞尔维特建立了纪念碑，于是靠把塞尔维特说成“时代的牺牲者”来替加尔文开脱，只能是徒劳无益。蒙田便处于那个时代，卡斯特利奥也处于那个时代。绝非彼时的盲目愚昧，把塞尔维特送上了火刑柱，而全因加尔文的个人暴政。愚昧迷信，缺乏诚信，或许称得上某一时代的表征；然而对一件特定的不端，却要由他自己对这桩罪行负责任。
塞尔维特刚遭牺牲，义愤的情绪便迅速增长起来。甚至加尔文的官方辩护士德？贝采也要承认：“那可怜人尸骨未寒，是否应该惩罚异端的刻毒争论便开始出现。有些人认为，他们自应镇压，但不宜处死。还有人认为，应将他们委诸上帝的惩罚。”可见德？贝采，平素对加尔文的所作所为本是称颂有加，对此也不免沉吟难言，则加尔文的其他朋友，势必更加犹疑不决。梅兰克森自己便曾对塞尔维特破口大骂，现在也给他“亲爱的兄弟”这样写：“教会感谢你，以后也将感谢你。日内瓦的官员处死这渎神者，堪称义举。”甚至还有个狂热的学者，名唤马斯库勒斯的，竟适时地写了首赞歌——一遍遍唱什么“trahison des clercs（此等教士搞背叛）”。然而衷心的赞扬惟此而已。苏黎世、沙夫豪森以及其它的宗教会议，远较日内瓦的希望来得缺乏热情。从原则上讲，他们固然会觉得，那般“过于狂热的”分裂派合该恐吓；绝无疑问，他们也会兴高采烈，因这是第一次新教的“信仰之举”，第一次消灭不信奉国教者，况且又不发生在他们的土地上，而要由约翰？加尔文承担这可怕决定的恶名。
但是，且莫说这般相同信仰的人除去怯懦的赞美而外便一事无成——他们很快便听到了反对的声音。当时最杰出的法理家弗朗索瓦？博杜安明确表示道：“我以为，加尔文无权对宗教教义的问题，开一个刑事诉讼的先例。”还不仅整个欧洲自由思想的人文主义者义愤填膺，许多新教教士也公然宣称自己的反对。沃特距离日内瓦大门不过一小时之遥，却因伯尔尼霸主的保护得免加尔文的奴役；于是这里的教士便在布道台上声称，加尔文对塞尔维特的处置，既反宗教，又违法律。而在日内瓦，加尔文也只能动用警察之助消弭批评。一位妇女公开宣称塞尔维特乃是为耶稣基督的缘故殉难的烈士，因而遭到监禁；另有个印刷商坚称市政当局判决塞尔维特，是出于一个独夫的意志和愿望，他因此也遭监禁。一些外籍的著名学者索性愤然离开日内瓦，因这城市既然建立了专制暴政，威胁了思想的自由，他们再不能感到安全，只好尽快逃离该城。没过多久，加尔文便不能不认识到，塞尔维特的殉难，对独裁统治而言，要比之那西班牙学者的生命和著作更其危险。
加尔文对任何形式的抵触都颇为敏感。尽管在他的统治之下，日内瓦人唯谨唯慎，然而透过钥匙孔和紧闭的窗户，依然有抱怨传了出来，叫这独裁者发现，他的自由民们已经绝难抑制自己的愤怒。然而错已筑下，便是全能的上帝也无法挽救。既然逃避行为的后果已绝不可能，在加尔文，顶好挺身而出面对此事，公开说出他自己的责任。起初他的攻势何其带劲；而今不觉之间，却不能不退居守势。朋友们众口一词，认定既然塞尔维特已经付之一炬，加尔文总该替他那“信仰之举”找些理由才是。于是他勉强上阵，决计用塞尔维特事件给世界“启蒙”，便为烧死那异端写了一篇辩护辞。
然而在塞尔维特事件当中，加尔文感到理亏；而人若理亏，纵然他强词夺理，也难免理不直气不壮。因此非常自然，他那本名叫《捍卫三位一体的真正信仰，反对塞尔维特的可怕错误》的书，给卡斯特利奥说成这独裁者“在双手还滴着塞尔维特鲜血的时候”写就，便成了他的著作当中最软弱无力的一本。加尔文自己也承认，他写这书时“tumultuarie（心烦意乱）”——那是说，正是紧张不安，仓促草成。他召集日内瓦的全体教士，跟他一道在宣言上签名，好叫他们也分担些责任；这适足以表现出，在被迫采取守势的时刻，他只觉得自己的地位何其动摇不定。给人看做谋杀塞尔维特的教唆者，令他好不难堪，于是在这声明当中，便拙劣地把两种相反的观点揉在了一起。一方面，加尔文既受到普遍不满的警告，希望将责任推给“当局”；另一方面，他又要证明市行政会完全有权消灭像那西班牙人一样的“魔鬼”。他仿佛个最温文尔雅的人，对一切暴力都坚决反对，于是他那书里满是在谴责天主教宗教法庭的残酷，说它们判决真正信徒时也不提供辩护的机会，而后便用最野蛮的方式将他们处死。（“那末你又怎样？”后来卡斯特利奥质问他道。“你又指定过谁替塞尔维特辩护？”）叫人目瞪口呆的是他竟说，他曾私下里尽力令到塞尔维特心境高尚。（“Je n'ai pas cessé de faire mon possible； en secret； pour le ramener à des sentiments plus saints。＇我私下里不断努力，尽量引导他的情感走向崇高。＇”）他声称，实际上是市行政会不理睬他要求宽大的意愿，坚持判处死刑，还坚持如此残酷的处决方式。然而加尔文自称替塞尔维特所做的努力，一个杀人凶手替他的牺牲者所做的努力，是“如此的私下”，竟无人相信这纯属虚构的故事。卡斯特利奥便轻蔑地列举了下面的事实：“首先是你的‘规劝’彻头彻尾的就是谩骂；其次，你把塞尔维特投入监狱，那西班牙人直到被送上火刑柱活活烧死，也未曾离开监狱一步。”
这样，加尔文既要洗净塞尔维特殉难一事上他个人的责任，同时又必得炮制出尽可能最好的证据，好开脱“当局”的罪责。和平时一样，若是为镇压进行辩解，加尔文总是能言善辩。他坚称，容许每个人有自由畅所欲言，这是最不聪明的事情（“la liberté à chacun de dire ce qu'il voudrait”），因这样一来，享乐主义者、无神论者跟蔑视上帝的人都将要由衷高兴。必得宣示给人的，只有那真正的教条——或换言之，便是日内瓦的教条。这样的审查制度，绝不意味着对自由的限制。（不容异说的暴君们永远乞灵于同样的一套逻辑谬论。）“Ce n'est pas tyranniser l'Eglise que d'empêcher les écrivains mal intentionnés de répandre publiquement ce qui leur passe par la tête。（此非要对教会进行束缚，而是防止那般居心险恶的作家公开散布自己的想法。）”若我们还能相信加尔文和他那些应声虫的话，则谁说出与独裁者不同意见的权利遭到限制，他受的并不是什么强迫；他得到的待遇公平正当，这是要“为上帝更大的荣耀”立一个榜样。
加尔文必得对自己弱点进行的捍卫，还没有包含镇压异端的问题，因这样的做法，是很久以前新教从天主教手里抄来的东西。真正的问题在于，掌权的人是否有权利杀害观点不同的人。在塞尔维特案中，加尔文自始便坚持这一权利，如今他的任务便是替这一行动辩解。他自然要在《圣经》当中找理由，竭力表明他的行为乃依从着“更高委任”的规定，服从于“神圣诫命”。便是这更高委任，便是这神圣诫命，引导他将塞尔维特从世上翦除掉。然而他从《圣经》里找不到可靠的例证，因《圣经》从未谈过“异端”的问题，而只是提及“渎神者”。可塞尔维特，是在火焰当中也要不断呼告耶稣之名的，可见他从不信奉无神论。加尔文永远急于征引《圣经》里能为他所用的一切辞句，却宣称“当局”所拥有的“神圣义务”，便是根除所有持颠覆（他自己的）当局观点的人。“诚如一个平常人，遇见教堂遭人玷污，或他的好友忤逆了上帝，他若不拔剑相向，势必当受谴责。则一个王侯，遇见恶行加于宗教，若视同无睹，这样的怯懦何其恶劣！”当局手中的利剑，当用于“上帝的荣誉”。因为以“saint zèle（虔诚圣徒）”之名挺身而出，其正确性早经证明过。要捍卫正统的宗教，要捍卫真正的信仰，便只能中断血缘的维系，放弃仁慈的统治。当撒旦驱策着人们背弃“真正的”宗教，纵然他是你最接近的好友，也必得将他消灭。“On ne lui ＇Dieu＇ fait point l'honneur qu'on lui doit； si on ne préfère son service à tout regard humain； pour n'épargner ni parentage； ni sang； ni vie qui soit et qu'on mette en oubli toute humanité quand il est question de battre pour sa gloire（人若因他＇上帝＇的作为而自觉有负于他，便绝不欲喜悦关乎人性的一切。事关为他的光荣而战，人必绝不顾及亲朋、家庭与生命，放弃一切人道的温情）”——读到这样的文字，不禁令我们毛骨悚然。加尔文以其骇人的直截了当对我们讲，他眼里的虔诚，单单是为教义（他的教义！）的缘故压抑“tout regard humain（关乎人性的一切）”，这便是指所有