被二○二师军法处拘捕，随即亲自赶到綦江，向二○二师长罗泽辏а恃痪械那樾危堑１；指醋杂伞�
1945年因为费巩“失踪”案含冤入狱的浙大毕业生邵全声在《虎口脱险记》中回忆了“从九死一生的虎口中逃生出来”的那段经历，不禁泪眼模糊。特别是当他看到竺可桢日记，得知校长在日本投降的大喜日子中还惦念着他，感动之情难以言表（1945年8月14日竺可桢日记说，当日本投降的消息传来，“10日重庆狂欢”，“又知邵全声迄未释放”）。竺可桢自始就相信邵全声是清白的，认为费巩是否已被害虽不能断言，“殆非邵之所为，则可断言”。他一再与重庆卫戍司令王瓒绪联系“均不得复”，深知“营救亦非易事耳”，却从未放弃营救。而邵全声说自己在浙大读书时和校长很少个人往来，只是一个很普通的学生，并且当自己在重庆被捕囚禁时，已离开浙大先后在云南、重庆教书三年多，并非浙大在校学生。他永远忘不了在押期间竺可桢几次亲来探视的情景：“我凝望着他穿着棕灰色夹大衣，拿着手杖的背影，渐走渐远，转过围墙，终于看不见他了。”直到获释后回到浙江临海家中，邵全声才知竺可桢每次营救之后都把经过情形扼要地写信告诉他父亲，前后有十来封之多。信虽简短，但其中营救之艰难、曲折尽见。
1947年10月26日，竺可桢得知浙大学生于子三等四人被捕的消息，到处给有关当局及个人打电话：既有民政厅，又有警察局；既有省党部、保安司令家，又有省政府秘书长。他要求保安司令转告警察局：“四人如有重大嫌疑，应送法院，如无，则由余保释云云。”当天竺可桢赶到保安司令部、警察局各处交涉，要求保释未果。27日，他要求见被捕学生，当局以“恐泄漏秘密故不允”，他又郑重“要求早日引渡至法院，可用司法手续办理”。28日晚上十点半，竺可桢还打电话要求保安司令部将学生移交法院。29日上午，他打电话给保安司令部责怪他们“爽约”，尔后主持召开行政会议讨论营救方案，并劝说学生不要罢课。然而就在这天下午，于子三在狱中被害。竺可桢与医生李天助、学生代表二人立即赶到现场，拒绝在所谓于以玻璃自杀的验尸报告上签字证明，只在另一纸上写下“浙江大学学生于子三委实已死，到场看过。竺可桢卅六年十月廿九日夜十二时”几个字。由于连日奔波，日夜操劳，还要处理日常校务，吃睡都不正常，体力不支，加上心情难受，他竟当场昏晕了过去。11月5日，竺可桢在南京接受《申报》记者采访时说于子三“作为一个学生是一个好学生，此事将成千古奇冤”。“总之，学校的立场认为这是一法律事件，其最后结局，将判明政府法治精神的充分与否及保障人权意愿的有无。”他的仗义执言震惊全国。教育部长朱家骅要他在报纸上“更正”，他断然拒绝：“报载是事实，无法更正。”更难得的是，他曾在这一关键时刻公开表示：“一本过去理智态度、求是精神，决不畏难而退，不能以利害得失而放弃追求真理。”
11月20日，浙江省高等法院判处浙大学生陈建新、黄世民、郦伯瑾三人有期徒刑七年。竺可桢嫌判决过重，认为是法院屈从党政压力，“此案政治性重于法律性也”，亲自到南京向有关方面诉说不公，并以法律途径向高等法院上诉。
每次被捕学生家长去狱中探视，竺可桢也都尽力写信介绍。1948年8、9月，浙大学生吴大信、李雅卿先后被捕，竺可桢虽无力挽回他们被判刑的结局，但他每次都为保释学生争取尽可能公正的法律审判做了最大的努力。由于竺可桢始终站在爱护学生的立场上，当年12月12日，教育部转来的情报指控说：“自8月22日由此间会同特刑庭拘捕吴大信后，竺校长之态度即形转变，甚至包容奸伪匪谍学生之一切非法活动于不问不闻，而对于特刑庭之传讯则加以拒绝。”在列举了六项事实后又指出：“无怪社会人士认浙大为共匪之租界。总上各情，浙大当局包容匪谍学生之非法活动，实责不容辞。”竺可桢在日记中抄录了这份情报，认为所有指控都是子虚乌有。
苏步青也回忆说：“例如有个学生是地下党员，叫陈业荣，生着肺病，国民党要捉他。竺校长让他在学校里修养，将他保护起来，结果没有捉他。1949年2月，浙大的四个学生和一个助教还被关着。那时竺校长说：‘只要训导长去保一保，就可放出。’这时由张其昀先生陪着我一同去，由我打了手印，把他们保释出来。”
五
除了坚持教授治校外，竺可桢也主张学生自治。1940年12月2日他对学生说：“全体同学本着服务的自治的精神，爱护自治会。须知自治会是全体同学的事，并非几个代表、几个干事的。应当在自治会里练习服务人类、大公无私、为大众谋福利的精神。”竺可桢曾在著名的《求是精神与牺牲精神》演说中对学生说：“你们要做将来的领袖，不仅求得了一点专门的知识就足够，必须具有清醒而富有理智的头脑，明辨是非而不徇利害的气概，深思远虑，不肯盲从的习惯，而同时还要有健全的体格，肯吃苦耐劳，牺牲自己努力为公的精神。”他认为学生自治正是对他们各种品质、特别是牺牲为公的服从精神的自我训练。
但竺可桢对学生自治会的做法也不是一味认同、纵容。1945年12月5日，在遵义的浙大学生自治会要以全体浙大学生名义发表呼吁停战宣言，他认为用“全体”名称不妥，这样做必须通过代表大会。1947年11月2日，于子三被害几天后，浙大学生在群情激愤中举行自治会代表选举，他在日记中说：“此次为第一次普选制，代表九十一人已选出，其中左派占十分之七八……故料想反政府之行为必层出不穷也。”然而，当年11月27日，当教育部长朱家骅密电浙大解散学生自治会时，他在第二天召开的行政会议上只是决定劝学生复课，只字不提解散自治会一事。
对浙大“民主墙”——学生自治会办的生活壁报（后改名费巩壁报），他的态度也是如此。竺可桢不主张壁报办得政治气味过浓，但他认为只要学生真实姓名发表批评意见，认为这是言论自由，没有理由取消。遵义时期，他曾亲自书写“民主堡垒”四个大字贴在生活壁报上，允许学生可以用包括笔名在内发表意见、提出建议。据1941年考入浙大的林昭回忆说，学生在壁报上时常要发牢骚，甚至冷嘲热讽近乎漫骂，而“竺校长对学生个人从不非难，但从爱护全校同学出发，不给当局有可乘之机，造成当地军警来校搜捕学生的借口，所以要求言论应有所节制，大学自应以学习为主，政治活动宜退出学校，庶几使主持校政者可以据理力争，不致造成不可挽回的损失。而对于学术性的壁报或论文，则从各方面加以支持”。
从1945年1月9日起，不断有人向竺可桢反映学生在壁报上匿名攻击政府、个人，校方受到很大压力。5月14日他对学生说：“民主国家固有言论的自由，但言论应负责任，不可出以谩骂，更不应冒用他人的名义。今后生活壁报必须用真姓名如用笔名亦需以真姓名通知编者。”5月25日，教育部密函指控浙大的“自由堡垒”壁报、“今天”、“虹”、“生活”、“石榴花”等壁报“内容均极反动”。而竺可桢只是重申壁报发表文章要用真姓名。5月27日他说：“但无论如何，壁报上写真姓名是言论负责，此乃无可否认，决不能让步者也。”29日，他又对学生说：“以目前校中以言论自由而造成之危机，因外间均责难浙大包容反动分子，甚至有捕人之可能。特务所注目者为郑文炎、刘茂森等等。余不愿见有捕人之举，因此更不能不用审查制度，庶几言论自由校中可以酌定尺度，同时亦可以向外负责。”他对自治会代表讲：“目前学校因言论自由溢出范围已到危险时，故校中不能不将审查之权收回。”
即便到了1949年，浙大学生自治会出的《每日新闻》“全载共产党广播，为保安司令部所不满；且对外销售”，他也只是要求自治会“将《每日新闻》出版负责人或机关印出（《每日新闻》只有出版地址）。若欲向外发售，必须向市府登记”，并没有强行干预自治会的活动。
当学生自治与教授治校的精神发生冲突时，1948年6月12日，他对学生说：“目前之困难乃在有两种权力存在于学校，即自治会与校务会议。但校中最高权威只能以校务会议为依归，故学生壁报以及一切自治章则与校规及校务会议议案有所冲突即须修改。至于每个学生在校之自由，学校必须予以保护，如读书自由不能由自治会组织纠察以剥夺之，身体自由不能同学随意听信谣言、任意搜查。”
他曾对学生自治会代表说过：“自治会尽向余致敬、献旗，而从不听余之劝告，其矛盾极为显著。余素来以君子待人，故凡事均主张从宽办理，但如内部秩序不能维持，则外力自必侵入，我即不能为同人、同学作任何之保障。故校务会议之决议案必须执行，不得抗衡。自治会章则但保障骂人，迭次发生纠葛，故必须加以更正。”
另外，当年的浙大学子无不知道，他们的校长如何严格，若学生入学考试录取分数哪怕差一分，至亲好友甚至上司也绝不通融。1946年10月1日，浙江省主席沈鸿烈的女儿沈致平考浙大中文系时，“国文六十五分，但数学只二分，平均二十八点六”，浙江参议会议长张毅夫之子张国维，“考文学院一年级，国文五十九，而英文十二分，数学零分”。10月4日，省建设厅厅长皮作琼、省政府秘书长张协承等先后来说情，他坚决不同意，称：“因敷衍无限制，而一年级入学考试不能不严格执行。”
1949年2月7日，对浙大颇为关照的浙江省主席陈仪亲自出面说情，称有两个学生要到浙大借读，其中一个是暨南大学外文系三年级的郁飞，即被日本人杀害于印尼的著名作家郁达夫之子，当时住在陈家。竺可桢直率地表示：“余颇以为难，因欲来借读者人数甚多，且此二校均在上海南京继续开学，何必借读于浙大。”2月10日，陈仪再次问及郁达夫儿子来浙大借读的事，他又一次拒绝了。3月25日上午，北大法律系二年级学生华力带着胡适的信来，竺可桢表示“浙大开学已六星期，此时不能再收借读生”，只有等暑假再参加入学考试。对浙大教师子弟，甚至包括他自己的子女也决不徇私。吴耕民回忆说，他女儿竺梅投考浙大成绩不够理想，就没有从宽录取。他的大儿子抗战一开始就当兵抗日，从没听说要到浙大来开后门。即使有教师以不应聘相要挟，他也不为所动。竺可桢一再在日记中说：“降低程度收容乃是困难之事，因教职子女可收容，则弟妹亲戚均可收容，将来校中将无法拒绝一切外人之说情矣。”“若欲学校通融，则此门一开，以后效尤者不可胜数，从此浙大学生均可将考试不及格之学生入校矣。”
在内外交困的夹缝中，心力交瘁的竺可桢曾一次又一次产生辞职的念头，但面对师生的挽留，却又一次次留了下来。例如，1944年12月11日，学校接到教育�