相通贯，殊失通史意义，遂提议由一人独讲，贯穿始终。通史课后改由钱穆一人承担，一学年讲完，没有间断。学校特为他专置一助教。此课为文学院新生必修课，加有高年级和其他院校学生旁听，每堂近三百人，坐立皆满。诸生聆听钱先生的课，感奋不已。此时，他在北大的课程改为上古史、秦汉史和通史三门。当年在北大，上课最叫座的教授，一说有二人，一说有三人，两说中都有钱先生，能与钱先生媲美的只有胡适一人。
相对于过去在中学任教，钱穆在北大期间，课余多暇、生活安定。他利用北京书籍资料借购的便利和学人之间切磋交流学问等缘会，潜心修订、增补《先秦诸子系年》，１９３３年秋得以完稿，１９３５年底由商务印书馆出版。全稿含考辨专文一百六十余篇，通考四篇，附表三张。前人考证诸子年世，多依据《史记》中的《六国年表》，然《六国年表》颇多缺误。钱穆通过研究汲冢之《竹书纪年》，厘订其今传世本的误讹，然后以此来订正《史记》中的伪误和注释的抵牾，同时又遍考诸子之书，参证诸子之行谊及六国政事、年代、山川地理等，定世排年，疏证细密。春秋战国之际的史料向来难以考徵，钱穆这一伟著使读者对复杂的先秦学术史、政治史有了明晰的认识。这是钱穆功力深厚的代表作之一。学界对这一杰作评价很高，陈寅恪推崇是书“极精湛”，“据《纪年》订《史记》之误，心得极多，至可佩服”。
１９３７年５月，钱穆的又一代表巨著《中国近三百年学术史》由商务印书馆出版。这是作者在北大上课之讲义的基础上修订而成的。是书批评近代学者把汉学与宋学截然对立起来的观点，指出不了解宋学，也就不能知道汉学，更无法评论汉宋之是非。他把清代学术的渊源上溯清初顾炎武、黄宗羲、王船山三大儒，乃至宋学，指出清代汉学诸家与宋代学术休戚相关。顾、黄、王开清代汉宋两流派，其中有交涉，有孤往。是书的另一个特点是，侧重论述每一代表人物的论学思想主旨，指出诸学者对于天下治乱用心之所在。过去学者论清代学术，只强调考证，钱穆不仅重考证，尤重义理致用和终极信念。特别是作者在“九．一八”事变之后讲授此课，借此而抒发民族意识和爱国热忱，批评全盘西化等似是而非之论。杨树达先生盛赞此书为“佳书”，肯定作者“注重实践”，“严夷夏之防”。
抗战前七年在北平，先生任教于北大，又兼清华、燕大、师大等学校的课。当时北平人文荟萃，钱穆有幸结识了许多学者。除顾颉刚、蒙文通、胡适前在苏州已相识外，新交有汤用彤、熊十力、梁漱溟、林宰平、冯友兰、陈寅恪、吴宓、贺麟、张荫麟、张孟劬、张东荪、吴承仕、陈垣、孟森、马衡、傅斯年、萧公权、刘文典、杨树达、余嘉锡、闻一多、周炳霖、容庚、容肇祖、向达、吴其昌、贺昌群及由南京来游者缪凤林、张其昀等数十人。而顾、汤、蒙与钱交谊最笃。这些学人各有所长，世局虽艰，而均能埋首著书，学业有成。在此期间，钱穆常去琉璃厂、隆福寺访寻故籍，自谓为平生一大快事。所得薪金，除菜米外，尽耗于此。他先后购书五万册，有不少秘笈，惜“七七”事变后无力迁藏，遂致散落。
１９３７年７月，抗战全面爆发。不久，北大文学院迁至南岳。１０月，钱穆与汤用彤、贺麟等由海路至香港，经广州、长沙抵南岳。钱穆居此常到山下南岳市图书馆读宋明诸家集。一度钱与吴宓、闻一多、沈有鼎合住一屋。冯友兰把《新理学》书稿送钱穆审读、批评。学校旋迁昆明，乃结队经桂林、南宁，过镇南关转赴昆明，旋南至蒙自。同事陈梦家曾选读钱穆通史课，力促通史教科书正式出版，以应时代、青年之需。时文学院复迁昆明，钱穆则借住宜良北山岩泉下寺一别墅，后移居寺中，撰著《国史大纲》。通史课程，前在北平讲授四年，迁来昆明后又两度讲授。每周四、六晚间开讲，二百余座的大教室挤得满满的，来自校内外的学生或席地，或依壁，或据窗台，或倚窗外，盛况又过北平时代。国人民族意识高涨，加上钱穆学养深厚、史识卓拔，才思敏捷，擅长讲演天才，感染力强，故讲者听者易引起共鸣，极一时之盛。
钱穆于１９３９年暑假携《国史大纲》书稿至香港交商务印书馆。当时规定，书籍著作要经政府审查后方可出版。钱穆这类书，要经审查并依指示修改后呈请再审查，才能付梓。钱穆坚持己见，最后几经周折才于１９４０年６月按原稿出版。是书引论被学林推重为“近世大文章”。引论指出中国传统文化、政治、社会、学术思想，有其独立发展之系统，与西方文化发展过程不同。他主张吸收、融合世界各国文化新精神以求变求新，但必同时致力于发掘中国文化系统的独特性，对中国文化的生命力抱有无比坚定的信心。他致力于重建中华人文精神，重建中国人对中华民族的感情和对中国历史的尊重，坚信中国文化调整和更新的动力与前景必来自先民所贻的文化系统的内部，希冀“能于国家民族之内部自身，求得其独特精神之所在”，作为“国家民族永久生命之泉源”。钱穆痛切警告：国人懒于探寻国史真谛，而一意据他人之说，肆意破坏，轻言改革，则自食其恶果。全书八编四十六章，共五十余万言，以民族文化意识贯通全书。其章节标题点醒各时代特征及变化，充溢着历史智慧与创识。“春秋战国民间自由学术之兴起”、“西汉文治政府之演进”、“东汉士族之新地位”、“魏晋南北朝之门第”、“田制”、“兵制”、“宗教”、“唐代之政治机构与社会情态”、“北宋士大夫之自觉与变法运动”，以及“唐以下南北经济文化之转移”等各章最为精卓。钱穆对历史问题的研究，鞭辟入里，由小到大，由点到线到面。如田制，他能将西晋占田、北魏均田到唐代的租庸调，由租庸调到两税法，合成一个整体，且对别人不经意的每一个细微末节体现出他的春秋笔法、史学精神。钱穆的许多论断都有重大启发性，能使读者举一反三。如论春秋战国大势云：“文化先进诸国逐次结合，而为文化后进诸国逐次征服；同时文化后进诸国，虽逐次征服先进诸国，而亦逐次为先进诸国所同化。”徵之此前此后，如商灭夏、周灭商、北魏南侵、辽金侵宋、清灭明等，征服者在文化上被征服、被同化的事例，屡见不鲜，而在此过程中，华夏疆域不断扩大，文化亦不断融和统一。总之，《国史大纲》颇多创见独识，不胜枚举。是书出版后，风行全国，成为各大学通用的历史教科书，极大地鼓舞了广大青年学子，激发了他们抗日救亡的热忱。
１９３９年夏，钱穆经香港、上海回苏州侍母，夫人张一贯亦率子女自北平回家。钱先生变换姓名，择居耦园幽僻地，除时或至上海晤吕思勉外，杜门不出。此时习英文，读美人所著世界史，并撰《史记地名考》。该书体裁别出，辞简义尽，将《史记》全书地名，一一考订无遗。钱穆离昆明之前，顾颉刚已与哈佛燕京学社商得专款，在迁到成都的齐鲁大学创办国学研究所，邀钱氏同往开办。１９４０年夏秋之际，钱穆离家入川，经重庆，１０月至成都履任。此期间，迁置嘉定的武汉大学历史系诸生感师资不足，校长王星拱特函请钱先生，获允讲学一月。１９４１年３月莅校，开中国政治制度史与秦汉史两课。在嘉期间，曾应马一浮邀，莅岷江对岸乌尤寺复性书院讲中国史上的政治问题。齐鲁大学国学研究所在成都西北郊崇义桥赖家花园，地僻幽静，为读书佳境。研究员、助理员共十余人，各自钻研。钱穆主政期间，每周六举行讲论会，每月一出旅行，师生彼此交流融洽，共同讨论，对诸生启发很大。当时钱穆应上峰及教育部邀，潜心撰写《清儒学案》。是书于关学最为详备，如对李二曲，据其行事特撰一新年谱，展示二曲一生精神。又有江西宁都七子，挑选其相互讨论《中庸》未发已发问题，条贯叙述。全书约四、五十万字。可惜原稿于教育部复员途中，落入长江之中，仅存序目。书序发表在《图书季刊》上。当时撰著的另一著作为《中国文化史导论》，陆续发表在张其昀、谢幼伟等创办的《思想与时代》上。《导论》系就《国史大纲》所标 之文化意识及其所致意之各环节，作进一步较系统的发挥。该书从中西比较出发，详论中国文化产生、发展、演变的历程，揭示中国文化内在的精神及其独特的发展规律。当时钱穆在《思想与时代》发表的文章，除《导论》诸篇外，其余亦皆有关中国文化，而以宋明理学为多。这是钱穆入蜀以来在思想与撰述方面的一个新转变。钱穆在齐鲁大学授课时，也兼任华西大学的课。１９４３年秋，齐鲁国学所停办，钱氏应邀任教华西大学，兼四川大学教席。是秋与冯友兰、萧公权等应邀去重庆高级训练班讲学，在重庆犯胃病，返回成都之后，病情加重，遵医嘱休养。此时他静心读《朱子语类》，后移居灌县灵岩山寺，读《指月录》。研读之后，他对唐代禅宗最终转归宋明理学这一演变有了较深体悟。
１９４５年抗战胜利。次年钱穆东归故里，闭门著书。曾被邀请去常熟作演讲。是年１０月应邀前往昆明五华书院任教，又兼云南大学课务。教学以中国思想史为主。此时钱穆在省立图书馆研读宋、元、明诸禅师和金、元新道教的著作。１９４８年春，钱氏东返，应无锡富商荣家创办之江南大学聘，任文学院院长。时唐君毅先生也在校，此为二先生论交之始。校舍新建，在县西门外太湖之滨的坡上，风景极佳。钱穆常雇小舟，荡漾湖中，幽闲无极，写成《湖上闲思录》一书。是时又撰成《庄子纂笺》一书，荟萃前人旧说，并成一家言，为近代庄子研究之重要著作。
１９４９年春假，钱穆与唐君毅应广州私立华侨大学聘，由上海同赴广州。在广州，他们二人曾同去番禺化龙乡黄艮庸家看望了熊十力。一日在街头偶遇张其昀，云拟在香港创办学校，坚邀与谢幼伟、崔书琴等共襄其事。及到港，张其昀先期赴台，谢幼伟等继续筹办学校，定名亚洲文商书院，内定钱穆为院长。后因谢幼伟因事赴南洋，崔书琴去台，乃邀唐君毅与张丕介共同效力。亚洲书院于１９４９年１０月开学，夜间上课。１９５０年秋改建新亚书院，校址迁到九龙深水 桂林街，日间上课。书院的宗旨是：“上朔宋明书院讲学精神，并旁采西欧导师制度，以人文主义教育为宗旨，沟通世界东西文化”。新亚以各门课程来完成人物中心，以人物中心来传授各门课程。该院始设文史、哲教、经济、商学四系，后扩充为文理商三学院十二个系。创办时条件十分艰苦，师生多为内地去港人员。钱、唐、张等先生以人文理想精神自励并感染同仁与学生，呕心沥血，创办新亚，亦得到许多同道的支持。教授除初期的钱、唐、张外，稍后有赵冰、吴俊升、任泰、刘百闵、罗香林、张维翰、梁寒操、卫挺生、陈伯庄、程兆熊、杨汝梅等，有的纯尽义务，不取报酬。