继于七月初间，藏军齐集江塘贡，到了十一日上午茶饮方毕时，顷刻间传来蒙古军马队已跑到噶脱，被杀的人已有千数的消息。大师听获此讯后，即时结束闭关，不顾生命危险，徒步赶快来到敦坝；也就在藏军扎营甲坡山界间，蒙古骑兵第二次开始冲锋的枪林弹雨之中，大师去到拉准藏王（固始汗）之前送上隆重的礼品，殷重地请求息兵。拉准藏王也尊重大师所说，停止骑兵进攻，以此成千上万的官兵生命，得到解救。那时，蒙藏两方都在拉萨誓约并作供养，将统理事宜交与大师，于是大师对双方先发神召牌召集双方，在大昭寺供奉释迦佛像金殿光辉所照之处，郑重发誓不再犯干戈。就这样大师不顾生命危险拯救了色、哲两寺，而使宗喀巴大师教脉不绝得到继续住持下去。想到这些事件因缘，无怪在洛桑却季绛称出世以后，所有住持宗喀巴大师贤善宗风的善巧正直贤士大德，都一致称扬洛桑却季绛称对文殊宗喀圣教来说，是与宗喀巴大师的恩德相媲美的。
那时，由于有情共业及罪恶魔力，总对佛教，特别宗喀圣教的发展发生了极大灾障，以致达赖喇嘛云敦嘉措突然示寂。在寻识转世活佛灵童都发生极大困难的时候，幸赖洛桑却季绛称大师以大量财物，使北部雪山地区的粗恶诸人都获得饱满。对所有发生的战乱都本无亲爱疏憎的平等心，及猛利的慈悲心力从中调和，使双方均消除仇恨，而达成和约。大师解救了许多罪大恶极者的性命，并对这类罪恶粗重的人说业果法门调伏其心。这样大师完全没有为著自利，总为西藏人民一切有情获得安宁，以及僧伽寺院在无乱事的环境中能获得法行增长，特为能寻识达赖喇嘛转世活佛真正灵童的一种方便。大师不顾自己生命危险，作了极大努力，始于壬戌年觅识到达赖喇嘛转世活佛灵童，由诞生地琼杰迎到哲蚌寺中。剃度后，取名为昂旺洛桑嘉措（义为语自在慧贤海，即五世达赖）。渐次大师为做传授沙弥戒的亲教师，令达赖喇嘛受沙弥戒。并先为达赖喇嘛传授长寿灌顶，继传能怖金刚大灌顶及许多护法的随缘灌顶等无量法要。爱护达赖喇嘛如如意大宝而加以培育。
此后于癸亥年，拉萨幻化寺中，因具有五种自然现出圣大悲观音像的殿顶已极腐坏，将有倒塌的危险，大师心中不忍而发心重新修建。关于这一事项大师亲口这样说：“五种自然现出观音圣像的殿顶金已脱尽，因此右边遭到浸蚀，解体散落，木料已腐，殿顶有极大的下塌危险。但是这一神殿十分严厉，喇嘛导师及俗官等谁也不敢去拆动改修。我为圣观自在服役之故，愿舍生命，从根木拆卸来新修，用了好几百驮铜和上千两黄金，才将金殿新修完竣，幸未发生丝毫灾障，经六月之久精造完工，作了开光法事。我想这样做法，培植了西藏共同的安乐，而且也符合先德的事业。”
继后，大师在甲子年，复在扎什伦布新建许多佛殿。此外，还在他管辖的许多寺院中新建了不少的佛像、经塔、供物等，并常时不断地供养承事。俨然如获得虚空宝藏那样，用之不尽，取之不竭地复对北部雪山地区所有一切寺院，广作财法二施来抚育大众，并对各寺中佛像经塔等，作无量供养。总之，大师是常时都在精勤努力，作能使佛教长住世间的方便。洛桑却季绛称大师亲口这样说：“总的说来，我追踪佛子三昆仲（博多瓦、朴穷瓦、懀锻撸┑氖乱刀竦贸删汀９ゴ笊浦恫┒嗤咚担骸蝗耸怯蒙菩琶堑牟莆锢丛煜惴偕眨硪蝗耸怯蒙菩诺牟莆锢葱拗钣睿业纳菩盼锲罚蚴怯美垂┭ご笾凇！酥腥缟浦镀忧钔呤且怨┭鲜θξ鞯摹Ｆ忧钔咚担骸易畛踔荒芄┥沾瘫堑母仕上悖患毯螅ツ芄┥账闹窒懔虾现频那逑闫吮堑南呦悖幌衷谀芄┥粘料慵鞍蚕⑾愕燃浞蚁愕南闫罚⑶矣惺被古渲萍壑地ザ交平鸬拿笙闫防垂！衣迳Ｈ醇剧埔惨怨┭鲜θξ鳌Ｌ乇鹗谴幽暧字钡蕉瘢诘貌坏阶罟笃分始训暮旎ㄊ保痪涂κ裁锥闹阋幌睿群蠊补郝蚝眉盖Я嚼磁渲粕虾妹钕憷垂Ｈ缟浦稇＇哦瓦以修佛殿及佛像经塔为主要供养那般，我也在热振寺、温萨寺、扎什伦布寺等处建立寺外佛塔；又在哲蚌寺及扎什伦布寺建造两座银塔；以及在拉萨修建大悲观音金瓦殿等卫藏各寺中的金瓦、宝顶；温萨寺中的宗喀巴大师像；扎什伦布寺的四尊银铸像；至尊文殊菩萨合金铸像；缎料缀制释迦佛像及许多绘画、浮雕佛像；温萨、格迫、岗金等寺庙也因念及佛教久住关系，房屋碉堡都略加修缮。特别是在扎什伦布寺中新修了密宗殿、三座殿、住室、教律院、香灯寮、缎像供楼，为饶益僧院传流而新建的两座祀龙王处等。又效法善知识博多瓦以承事供养僧伽为主的那样事业，如大师对于卫藏、阿里、妥扪一带所有各宗派寺院的僧伽，最少也作过一次承事供养。对扎什伦布寺三扎仓（义为僧院）、岗金寺两扎仓、伯柯邓洼寺七扎仓、仲扎寺、格迫山寺（增善山寺）、日喀寺、伦珠哲寺等处，施金建立供僧众茶两次或三次的常规。特别是对于扎什伦布寺，由于自己是寺祖一切智根敦主（义为僧成）大师转世的活佛，以此对寺僧伽施金作了长久不断的殊胜供养。又在这种基础上，改规定住寺堪布必须常供八供、七供等供养，使所有喇嘛堪布等在他们事业中，所获尊卑人众的供施财物，都能辗转增上；并只是为供三宝，为利他意义而作回向，使其归自所有的财物，亦能不为自利，而无吝啬地承事僧伽会海而作清净供养。”
以此详阅一切智根敦主大师的史事后，以供养寺院基金，及历次供造佛像经塔，承事供养僧伽的这些方面来看，可以骄傲地说，洛桑却季绛称大师较根敦主大师还要略胜一筹。大师复从讲说、辩论、著作──智者三事之门，对佛所说教法作饶益，对能说者──释迦世尊也做了一些事。并且对这些事业，毫无疲厌地遍游各方，随众生机缘传授与四部密续有关的灌顶、随赐灌顶、讲授显密经教及教授。特别是他作传授具足戒的亲教师时，有这样的言教：“五年的当中，根据有名册记录查算已有千余人的比例来说，到现在显见受戒者决已超过万人。我对传授比丘戒时的所有受戒的弟子们，曾立下愿一切生中作传戒的亲教师事业来饶益大众的誓言。这也是如释迦如来对阿难所说：‘阿难，汝作亲教师及阿阇黎传授出家戒及具足戒，是为如来作事。’以此这一事业，是我最殊胜清净史事。这样看来，对于东从中国直至西方那烂陀，所有信依第二佛陀宗喀巴大师宗规的住持寺主、著名法王、住持密传大师，以及具足三律并勤修生圆二次的瑜伽师们来说，成功地作了法的饶益。总的说来，我的功德是遍及任何宗派，由于我没有丝毫亲爱疏憎门户执见，以此在我座前，如愿饱餐所喜清净甘露法味，各宗各派住持佛教的诸多人士，遍布于卫藏各方隅。并且对于这些人士他们所住大小寺院新建或培修，以及修造佛殿金瓦或金殿，或负责各寺中的经费。我想这些使圣教辗转增上的诸人，也都会景仰我的事业而绍承下去。”
大师对于弘法利生的事业，从来不生疲厌。他冬季赴拉萨主持大愿法会，使宗喀巴大师这一大事业不致衰废，并且成熟难以数计的人天大众。夏季，大师返后藏对以扎什伦布寺为首的后藏诸寺院，由世法与佛法两方面来维护治理，并成熟难以数计的具缘众生。中间有时到妥扪地区去，视察所有寂静山林修行处所。以此他对寂静修行处心生喜悦，而作出这样的歌颂：
“南无姑如呗。
三世诸佛体，具足三恩师，无等释迦尊，灭有怖前礼。
护法住顶处，脱藏交界间，隐地哲孟雄，小国名茅舍。
山川绿宝彩，景色呈媚丽，鲜花如映红，琉璃与纯金。
白螺绿玉色，遍布如虹艳，山巍草原绿，湖碧林园美。
雅音鸟类多，雪山绕如墙，白晶莹澈水，尊卑皆得饮。
上有浮云动，有时降细霖，能除四百病，各色味效药。
遍饰大地土，药根柏冬青，香馥常扑鼻，此如天乐苑。
追踪佛所行，知足来此住。今在此林中，意扰观察时，
现相多稀有，观实无缘空，诸佛意精髓，八万四千要，
诸佛菩萨母，阐此诸导师，境相虽悦意，实义如空花。
昧此诸众生，常受难忍苦，被执魔幻迷，三界母有情。
悟此义可喜，获此道可乐，我虽无此证，但我亲释迦。
佛传甚深道，非仅持句声，证真诸师承，我皆如理依。
藏中诸教主，我皆清净观，离邪谤法染，达教无相违。
我如梦中师，颠倒诸有情，见闻念我者，我常祝善愿。
仗三宝悲力，虚幻比丘我，想定获美果，现死亦无悔。
说此愿众生，远离爱憎垢，亲证一切法，悲智道心要。”
大师由妥扪返藏时，对梁堆地方的一些净信人士，开示有这样的教诫：
“南无上师与三宝，请住于我心莲中，共与不共诸悉地，启请现即赐与我。
有佛出世甚难逢，暇满人身复难获，勿贪现世中安乐，正应希成长久愿。
青春体质虽健旺，亦如虚空现彩虹，命如泡沫易坏灭，应勤正法勿执常。
梵天帝释转轮王，虽拥世间美福乐，难免无间狱火苦，世间安乐何可依。
苦思对自作饶益，应于引路诸上师，以及所有善法财，三学不离依方善。
由徒施海劝请我，周游离世务行者，行乞癫僧名法幢，愿安众生大乐轮。”
又有教诫颂言：
“南无姑如玛哈牟扎雅，一切部主金刚持，三恩上师前敬礼，
一生成佛之方便，示此具相上师前，一心不乱诚启祷，为摄甚深道心要。
因果缘起无欺诳，现如水月世俗性，如寻兔角中利钝，离诸戏论为胜义。
通达二谛区分心，仍持方便菩提心，空性大悲道心要，此为诸法究竟髓。
由修此道而获得，离障功德虚空藏，究竟双运大手印，此即三身之果位。
破除执实之缠缚，一切轮回涅槃法，无实自性之空性，如实通达为胜见。
轮回涅槃性空中，清净理智作观察，不乱澄如湖水心，是为一心安住修。
胜义中离诸戏论，后得应修三行中，随学一切佛子行，是为无过广大行。
修行此道瑜伽者，快哉如春日出现，乐哉歌唱心乐歌，请三宝受我供乐。”
此后，大师去到拉萨主持宏愿大会。当时，在哲蚌寺中，以达赖喇嘛昂旺洛桑嘉措（义为语自在慧贤海）为首的前藏喇嘛活佛、善知识等大都来会。大师对他们传授了文殊法门灌顶、传经、教授等法要。那时，卫藏各寺众大部分都迎请大师到他们各自的寺中，接受供养承事，并请大师传授法要。大师也随到藏中所有的寺中，都广施法雨，不论任何宗派人士一闻大师法语，都心生信解而复请求大师广施正法甘露。特别是布丹方面的各派人士，对大师视如获得瑜伽自在的密勒日巴一样敬信。布丹的桑杰多杰（义为佛金刚）在大师座前，请求传授大手印根本颂释的传承经教，并在师前许下自今以后，我决负起弘扬此法事业的誓言。他对大师生起不变的信仰，而编写了盛赞大师功德的行传。此后有一时间，甘丹寺众请大师最好是作甘丹寺常住寺主，最低的愿望，也盼大师能允暂住甘丹寺中。�