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抵扎什伦布寺后，暂时闭关专修。在当年十一月初五日，由来会僧海大众恭请，登上从一切智根敦主直到第一世班禅洛桑却季绛称之间，所有主持宗喀圣教大德珠联不断常转法轮宝座，而作解救一切人天大众之事业。关于这一段情节班禅自著颂中说：
“本从众善所成身，具足暇满常安乐，未遭修此世福心，如霜摧损解脱果，
得熟宿愿恭敬礼。三宝体性观世音，化身达赖慧贤海，受得梵行禁戒后，
在师座前所承许，粗细制戒诸学处，生起愿于任何时，亦不犯染清净心。
三宝体性一切智，悲德与佛无量光，结为师友慧贤幢，善妙加持住入力，
僧伽大海会众中，大悲观音一切智，示命随机登法座。犹如众敬推人王，
僧会檀越拥受位。”
那时，扎什伦布大寺中发现天花，班禅迁往大菩提宫暂避天花传染。在大菩提宫驻锡期中，经常念诵《经摄要》、《文殊真实名称经》、《菩提道炬论》、《宗喀巴大师所说善愿教语》、《事师五十颂》、《修心军器轮》、《孔雀伏毒》、《至尊弥勒梵冠赞》、《至尊文殊赞》赞云海等四大赞。此外，仍依在扎什伦布寺中常规课诵照旧不断地念诵。班禅在大菩提宫驻期中，内修增长，有一晚上在梦中，见面、手、足俱为足数的能怖金刚全身相，只是足下未踏有生物，及当金却嘉（具誓法王）未跨骑水牛，吉祥天女未乘骡相等许多护法，都如眼见那样的真实，特别是对能怖金刚作了一些吩咐。这一事迹后来班禅一切智洛桑伯敦耶喜说，实际是亲见许多本尊和护法。在那时班禅对住山修行大众有时也传赐正法甘露。等到天花已消，仍返扎什伦布住密宗殿，为密院诸善知识传赐正法甘露。
此后班禅年满十岁壬子年五月初五日，夜梦背诵《大乘宝积经》全文，获得教师洛桑敦真十分欢喜，而向他礼拜。在初八日心中还能浮现起一些颂句如：“噶婆底。三世诸佛尊，一切智摄受，至心恭敬礼……。”又有颂句：“欲界自在诸天神，实设意显供养云，初速受已对行者，违缘尽消顺缘成，兹今所有诸欲愿，无碍如意获成就。”又在初六晚上梦见虚空中出现虹幕，圆幕消去后的中间现出红黄色文殊坐像，心间放出光明，入合在班禅自己的心中。继梦在黎明光景中，在前代班禅洛桑却季绛称肉身塔前供养幢幡、垛玛等诸供物。任运无碍地说出这样的颂句：“我佛转法轮，众生常安乐，如霖降所欲，究竟愿成佛。”又颂：“至尊法王吉祥贤，说修教业诸福善，犹如上弦月增长，祈赐胜共二悉地。”此后，班禅即接见所有大地诸方难以数计的善信僧俗大众，并传赐正法甘露，接受善信所供诸物，每日如常为难以数计的众生传播增上与解脱的种子。
此后班禅意乐研习《释量论》，他将绛央根敦洛桑（义为妙音僧慧贤）所著之《释量论》全文熟记于心中，常往格桑大院同僧众会海一起研习教理，护持宗喀巴大师宗风。中间有一段时期接受绛居嘉补及其侍眷等大善信咸来聚会，恭敬承事。班禅对绛居嘉补及眷属等随其各自所愿传赐《菩提道次第颂》、《菩提道次第导释》、《药师经轨》、《菩提道次第略论》等。并对大王子传《能仁莲容》等正法甘露。那时僧伽会海中也开始对于《释量论》从头渐次传习。班禅对于《释量论》尤为精通无碍，喜广大钻研，他心中能熟记一切智根敦主所著《释量总义理智庄严论》全文。此外，还能熟记绛央默朗伯瓦勒比洛卓（义为妙音愿吉祥善慧）所著名著《释量论大疏》以及一切智根敦主所著《释量论大疏》。有时数日中，前往学院，对于正法教理，座谈勤研。此中《释量总义智严论》一书，是宗喀巴大师到扎喜垛喀时，一切智根敦主在大师前启问关于《量决定论》中难义决疑时记下的笔记，并以在甘丹寺一切智贾曹杰座前启问关于因明诸解答作根据而著出的新论。一切智根敦嘉措（义为僧海）在这一佛教大学院中听受《释量论》时，曾经细阅《释量总义智严论》，及妙音愿所著《释量论大疏》，特别对于《释量论大疏》心生喜悦，大部份能熟记于心中。他赞赏《大疏》说，这是我学因明的教师。
这一佛教大学院中以学《摄类及量学》为主要的原因，这在《噶当法笈》中有颂说：“幢上建教院，达摩甘地师，法幢善建立……。”又一切智根敦主驻锡格迫寺时，在梦中见扎什伦布后面山顶，宗喀巴大师呼唤根敦主对他授记说：“这里将来能弘《释量》法义。”这一佛教大学院中，一切智根敦主中间有一段时期，是根据拉峡噶所作释论等印度方面论师著述，及大疏智理海论等藏方大德所著论著来讲说，获得听众欢喜。善巧师枳默协业（义为无垢友）等诸嫡传大弟子当时也记有笔录，班禅大师自己也作有颂说：
“从肃邪说方象师，法称等传理甘露，若不常涤垢染慧，难见深义何须论。
思考理论教义时，亦多误解将滋生，若仅获立一正宗，但未依量理智力，
成就破立以决疑，仍如泥淖中锭镢，难立稳固正净习。”
这是观察到对于任何见行，如果还未根据理路对所修要义获得决定，那是难入无误的正道。
并有见于具智求获正义诸人应细阅《释量》这一论著的难要，方有大饶益，以此首先刊印《释量总义智严论》、然后渐次将《律经本颂》、《俱舍本颂》、《释量论本颂》、《释量明义论》、《入正理论》等论付梓。
此外，班禅对于许多勤求法义诸人渐次传授经教诵授及随缘灌顶等无量法门。并为使诸善信所供财物功不唐捐，都用于建造许多佛像、佛经、佛塔等，复新建许多奉安佛像经塔的殿堂。为使佛法常住，嘱咐护法诸神对于新建佛像、经、塔，执行守护事业，作有这样的颂文：
“嗡安玛亚底喀，
三世佛父妙吉祥，为调浊世难调众，示现威猛本尊身，受伏许誓嘱作业。
具力速成六臂主，药叉双尊四侍眷，鉴别善恶狱帝主，扎母支及八男女，
肃清教敌热玛底，玛哈嘎拉四臂主，威猛金刚黑双尊，红色命主眷属等。
扎什伦布成大寺，增上净心新建立，佛像经塔诸供物，今托守护勤巡视。
若有仗势来掠夺，暗中盗窃由邪思，取物微尘他去时，神威刹那灭彼命。
利乐生处此大寺，殿堂僧伽及教民，对作害者饮其血，令众获得大乐位。
诚信供养作承事，此诸众生令福寿，迅速获得三身果，愿此说修权威增。”
这一代的班禅是从无量劫以来发大心，特别为在此间藏土弘扬佛教，乘愿而来的一位大德。就凡俗能见之现象来说，他也是主要修行大宝菩提心，总对于一切众生，特别对于北部雪山丛中的藏地众生，不分地区，无宗派成见，均一视同仁，慈悲爱护。以此所有尊卑中庸大众，都把他当作是应供的福田，尽力供养出各自所爱的财物。班禅接受了无量的资财，都用以新建佛像、经、塔，并对一切宗派所有僧伽，经常布施供养。复将一切善行作广大回向，那时他作有这样的回向颂文：
“南无姑如补达菩提萨埵雅。
犹如纯金山庄严，相好德光焰盛炽，释迦等佛菩萨众，敬礼祈助如愿成。
我所塑供佛经塔，供僧施贫等善业，愿以回向自与他。从昔至今修善力，
如地长禾人类中，无上利乐常施与。愿佛圣教教证德，如日光辉遍虚空，
世界不欲发生事，互争等恶咸息灭，贤劫新所喜庆宴，愿诸众生常受用。
如彼大道受众践，负救受苦众生担，重亦忍受菩提心，愿于何时亦不舍。
佛为一切众生故，曾于无数三大劫，舍自身命受用等，以圆二资证菩提，
愿我所行亦同佛。如佛成熟福与慧，圆满伟大诸资粮，离诸过染德齐具，
无上菩提愿速获。获已复将轮回众，精勤咸置于佛位，如是能者胜无等，
愿我速即获成就。”
班禅喇嘛继于己未年六月间，起程前往前藏，在一切智达赖喇嘛座前，供金曼遮，以及如启开虚空宝库无量财物，启请达赖喇嘛传赐所有灌顶、经教、教授等。达赖大师答说：“现在还不是尽量传授所有整个圆满佛法的时候，但须传授常适合观修的诸法。”于是传授班禅以《能仁主侍三尊》、《大悲观音主侍三尊》、《不动明王》、《度母主侍三尊》等有名的“噶当派四尊”随赐灌顶；复传《药师八佛高圣安住观法随赐灌顶》、及从措朴译师传来班智达金伞大师法轨《白色文殊智慧轮随缘灌顶》，由比丘尼伯谟传来《十一面千手千眼大悲观音随缘灌顶》、坝日瓦大师法轨《深绿色摧敌主随缘灌顶》。绛央根却伯珠著册中《伏魔金刚手随缘灌顶》、萨迦派甚深法中著名的《红色救度母随缘灌顶》、圣龙树所著修法及依前辈大德作风之《龙尊王主侍五尊随赐灌顶》、《不动明王随赐灌顶》、符合纳汤巴日热（义为明剑）的作风之《不动护水明王随缘灌顶》、此与亚弄巴．云敦扎喜的作风也符合。又与云敦扎喜作风相合之《白色威猛不动明王随缘灌顶》、绛央清哲（义为妙音悲智）著述中金刚幕明王所说大随求菩萨随缘灌顶，又铙江巴．仁清伯桑（义为宝祥贤）著述中秘密主向萨阿羌．业玛谟释迦伯所说，从金刚幕法所出之《伏魔金刚手随缘灌顶》等法，绛央清哲旺秋著述中《光明母主尊随缘灌顶》，京俄．昂旺却扎著述中之《阿底峡传轨靛青秽积随缘灌顶》、绛央清哲笔录中之《螺色秽积随缘灌顶》、著名之《达嘉师传轨铁剑马头金刚随缘灌顶》，此与旧本相符。阿底峡尊者传来之《马头金刚四麻衣随缘灌顶》、休译师著述中圣观世音亲传阿底峡尊者之《乘龙白色藏拔拉随缘灌顶》、及《黄色藏拔拉与黑色藏拔拉随缘灌顶》、阿阇黎阿坝亚传轨系恰诺松巴所著火神火帜一书中之《顶髻焰随缘灌顶》、成就法海书中所说《红色三面六臂金刚妙音母随缘灌顶》、拉哲朗喀伯桑（义为虚空吉祥贤�