巴大师见著这老喇嘛的胸中，有长咒字粒如珠鬘多层围绕成为轮状，字珠明显，大都诵读在心，据说后来宗喀巴大师谒见穹波特巴大师时，说是和他梦中所见一般无二。宗喀巴大师从秋末到第二年夏季都住在夏鲁，在金刚持穹波特巴大师前，听受以瑜伽部大曼陀罗为首的下三部密法。这一清净灌顶法流从此在藏不断，直传至今。并听受鲁亨巴及纳波巴二师法传《胜乐轮》等为首的很多无上瑜伽法门。穹波特巴大师将他所有的密教，如瓶全倾，全注宗喀巴大师心中。那时，宗喀巴大师常时不断供养，对法会僧众也欢喜地服役承事。穹波特巴大师每次传授完毕一种灌顶，都必须说出这一法系某师欢喜地传授给我。在所有法门传毕的时候，他又说：“现在法已有主，我没有悔意了。”
先是一切智布顿大师及穹波特巴大师二人在恭钦．帕峨巴（义为圣光）大师座前，听受《密集金刚》及瑜伽部等大曼陀罗灌顶的时候，据说曾经发生过这样一段故事：有一次法会中，恭钦．帕峨巴说到玛尔巴译师所作的歌颂中“于日出处建大柱”等歌句时，他念诵“于日出处建大柱”句后，自己加上一句“大柱抑是穹波师？”这很明显是指示穹波特巴大师从恭钦．帕峨巴及布顿两位大师前，得到密教法海，这种加持从来没有退失，完全授与宗喀巴大师，能成为利益此间众生的利乐根源的意义而说的。宗喀巴大师自己说：“密法一切成就的主要根本，完全关系于上师心生喜悦，因此，上师在赐予灌顶的一切时间中，上师总是喜悦地赐予的。”这番话是有很大值得深思的价值的。宗喀巴大师从穹波特巴大师座前，听受到的所有法义，他都很好地领会在心里。
那时，巴朗地方的帕巴日寺迎请极乐寺的却季伯瓦大师到寺中驻锡，宗喀巴大师也就前往大师座前，再听受《金刚心释》、《金刚手赞释》、《那若大疏》、《时轮》支分事相等很多要法，以及布顿大师所著的《密集金刚》两派师传的所有解说等不少的法义。宗喀巴大师复迎请夏鲁寺善巧瑜伽的三藏法师绛称扎巴来到帕巴日寺中，共同决择研习所有瑜伽部的舞赞等事相作法，并从此师听受很多密教法义，特别听受了布顿大师所著的《金刚出生大疏》、《瑜伽根本经》、《金刚顶经》、《最胜吉祥经》、《净治恶趣密经》等经，及《本体显现》、《持藏庄严》、《最胜吉祥广释》等许多梵本密经及经释。继后，宗喀巴大师在壬申年的秋季，同喇嘛乌玛巴师徒二人来到前藏嘎栋寺（欢颜寺），继前往拉萨朝拜释迦佛像，供养发愿后，返回嘎栋寺。大师即同多生已来得文殊菩萨摄受而获很高地道果位，此生复从降生即得文殊菩萨摄受常为之说法，现证功德很高的乌玛巴大师一同在嘎栋寺里闭关。在闭关专修的时期中，听受了很多文殊法门，并且对上师即本尊作猛利的祈祷。依本尊近修法，精勤静修。
特别是宗喀巴大师从无量劫来早已具有熟修佛道的修力，以此他对于闻、思、修学所有经论，心中油然生起纯粹是为救度众生而须得修成佛道的这一发心，绝不掺杂一些为此生名利恭敬、眷属圆满、自比他胜等（世间八风）种种的发心。大师每次讲说，语句总是熨贴悦耳，意义总是比他人所说更为殊胜突出，在数量众多的僧伽海会中，每立一自宗见解，他人总是难以推翻，而也不是只用各种方便能驳倒他人为满足，就连类似这样的染污作法一点也没有的。大师他绝不是为了自胜而褒贬他人，以及自作善巧、骄慢自矜地显示自己的智慧，使他人称誉自己等种种的原因而讲说，与及辩论和著作。可以说大师从最初闻思修学起到他圆寂的一生时期，任于何时中，要寻觅出上面所说那样世间作法的话，凡是诚实正直的人士，谁也无法说出。凡是对佛法有一些信仰倾向的人，谁都认为宗喀巴大师没有不正的才智，而不由自主地，认识到大师的一生是最为稀有令人生起敬信的大德史事。
正因为如此，宗喀巴大师决择经论意义，都是如佛那样，依解脱与趣入成佛的一切上下诸道，以及完全如诸大车轨所有教义那样紧记心中来作研究。而且这样做，不是运用一己的聪明利根随顺教理，只就他人的语句来研究，而作为可依的经教，这样的态度，在大师本性中是不存在的。他是依开显佛的经论的大车轨所指示的教理来如理地分析佛经中了不了义，最后运用了义经义极其深细的教理来观察，去求获得定解。如在极渴的痛苦中去寻求饮水那样的心情，去寻求钻研佛经教义。宗喀巴大师曾经亲口这样说：“现在藏中一般大智善知，作为群中英士的人们，对于解释佛经的诸论，只须一阅，不费力地就能清晰想起某种教义在某一论中；对他人宣说，也能使听者很能了解，容易领会在心里。这种功能我是早就有的，但是这种功能是不可靠的。如果用精细的智理很好地观察研究，最初所知道的认为好像都是对的那些东西，多数都归于取消而不成立。以此用精细智理很好地考究，还没有结束这种考究的中间，纵然对于某一教义作出决断，但这也是每入于不真实的方面。”
宗喀巴大师又说：“那时我生起了这样一种心情，想到依圣龙树父子的究竟正见，以及《密集五次第》、与其中极难通达的幻身道次第，通达则能获大义，不通达则易堕邪见险处，以及修空性与无上密道去求得佛果等法，自己还没有真实证得，只不过是知道这些口头句义，对于能开示龙树父子的真实意旨的善知识，不管是在印、藏、尼泊尔，或卫、藏、康等处，知道哪处有这样上师的住处，为了寻觅这样的善知识，哪怕经千辛万苦甚至牺牲生命，我有立刻必须去寻求的猛勇心情。”那时，由喇嘛乌玛巴作传述语言人，宗喀巴大师也就请问文殊菩萨，关于中观正见、显密的差别、无上密道中极其重要诸点、五次第数目决定之理等无量法义。为了决疑从辩驳中以启问教理为主。那时，宗喀巴大师启问文殊菩萨甚深中观等很多显密究竟要道的当中，文殊菩萨对宗喀巴大师宣说了中观应成与自续二派的差别，与及俱生、分别两种我执是怎样执著的我，比量智所破的粗细分别，通达正见的量度，应成派见宗规建立世俗谛的方法等教义中极难研究的最深要义，与及显密两乘共道与不共道的类别，密集五次第的体性，次第数目决定等极难通达的不共要义。宗喀巴大师听后，复对菩萨说：“还没有得到了解。”菩萨叮咛道：“这些法义，可以暂时记录下来，不要忘掉。一、对于上师即本尊殷重祈祷，专修本尊法；二、勤修积资净障二法，以及用智理来细研诸经论等三者合并起来精修，还须得常时精进，一点也不懈怠。再加上我文殊所说的这些教义作增上缘，就能迅速获得通达。”
宗喀巴大师由于有想通达中观正见及密集金刚教义的强烈愿望，他请问菩萨：“寻求能教授这样法义的上师，藏中以谁人为好？”菩萨对他说：“没有比仁达瓦再好的，但是他也不能解决你所有的疑难，只好由乌玛巴来为你作译传，我为你讲说，是再好没有。不过乌玛巴很快须回垛康地区。以此你现在不必讲说，暂行离开世事，依上面谈过的三者合并起来住静专修，很好地精修所缘，不久即可获得通达那些法义。”由于菩萨又说：“关于依哪种法要和经论去研求法义的问题来说，经论是无量的，而且印度所有班智达的著述，不可认为都是丝毫无误的。”以此大师复请问菩萨道：“那么，完全只依月称论师所释龙树菩萨的论义，是否可以认为丝毫没有错误呢？”菩萨答道：“月称论师是上方有一世界中，佛前极具智慧毅力的一位大菩萨，他为光显龙树宗法，如愿受生此间界，他所著释龙树意旨，无论显密都没有丝毫错误，是必须对他生起决定信受的。”
喇嘛乌玛巴在文殊菩萨前，请问宗喀巴大师的夙世本生事记。菩萨说：“在释迦如来住世时，此师受生为印度婆罗门子。那时，他值遇持比丘律仪的菩萨名牟比洛卓（义为胜解智），当即对这位菩萨欢喜承事，听受很多法义。由这位菩萨引导来到释迦如来前，此师得见如来而发大心。当时，以洁白水晶珠鬘一百零八虔诚敬供如来，而发宏愿，是以此因缘种下通达无谬空性正见的种子。现此生圆寂后将往生兜率在至尊弥勒菩萨前，听受无量大乘法义，成为菩萨号‘绛伯领波’（义为吉祥藏）。”宗喀巴大师往生兜率的史事，一切智克主杰请问宗喀巴大师将来如何时，是宗喀巴大师亲口对克主杰说：“我下生将往生兜率，这是我的师长乌玛巴及上师金刚手等很多上师，都异口同声这样说的。”
那时，宗喀巴大师本意是略重讲说弘法，喇嘛乌玛巴也同意宗喀巴大师的意思。因此，乌玛巴复请问菩萨说：“宗喀巴年轻就已经是这样大的才智，能作广大的饶益。如果现在仍然续作讲说广弘事业，对有情与正法是能作大饶益的。在正应当弘说的现在时期中，顿然舍事专修，他人也将对我有异言，以此仍请暂时许宗喀巴广说弘法为宜。”菩萨答道：“哪种能利益佛教和有情，这不是你能知道的。他人对你有异言，也须当忍辱。如不静住专修，不能延寿。利益也只能得到相似的。以此仍然以舍事专修为宜。”
于是宗喀巴大师与喇嘛乌玛巴二人在吉学区的嘎瓦栋寺闭关专修，各住一静室，饮食时共聚一处。在共聚用茶时，由乌玛巴为宗喀巴大师启问菩萨作传述人，大师在菩萨前，听受了很多教法和启问了不少法义。那时，乌玛巴正专修菩萨传授他的“修定所缘”。宗喀巴大师想自己若也殷勤祈祷专修本尊文殊菩萨，所得实益或许较大，即以此种想念向乌玛巴说明。乌玛巴说：“这样作是很可以的。”于是宗喀巴大师昼夜殷勤祈祷专修上师即本尊文殊菩萨。没有经过很多的日期，有一天顿见坛中现起如坛大小圆曼陀罗，如涂上鲜美的蓝色，十分光明莹洁，久看不厌，遍满五色虹霓状的霞光，光中有文殊菩萨，结跏趺坐，身红黄色，极其庄严，久看不厌。大师还没有将情形向乌玛巴说，而乌玛巴反先对宗喀巴大师说：“你好像已见著本尊了。”这样显现的本尊相，宗喀巴大师从此以后，任何时间里，只要宗喀巴大师想见的时候，一作祈祷即刻显现。这是宗喀巴大师秘密地告诉他的得意弟子克主．玛尾利玛（义为善成说日，即克主杰）时说的。此后，宗喀巴大师在本尊文殊菩萨前，听受了文殊菩萨阎曼德迦独勇金刚随缘灌顶，及无上瑜伽等诸密法，内、外、密三种阎摩法王等灌顶和加持，三摩地四灌顶等法。文殊菩萨为宗喀巴大师作独勇金刚灌顶时，现起独勇金刚身相为作灌顶；在作内密两种等灌顶时，文殊菩萨所现独勇金刚，即时变现为双身相而作灌顶；在作荡金却嘉（具誓护法）灌顶时，文殊菩萨即刻现起能怖金刚相，而对阎摩法王嘱咐护教命令。宗喀巴大师又从乌玛巴座前，听受文殊菩萨授与乌玛巴所有供修及诸事相，与观修所缘次第等很多教法。
宗喀巴大师决心专修后，请问菩萨随带哪些侍徒为宜？菩萨指示令带喇嘛绛伯嘉措（义为妙吉祥海）等安多地区四弟子以及前藏四弟