来潮时的一些想法，表示他逐渐从住面色街家中时狭隘的喀尔文模式中解放自己了。他容忍一切以《圣经》为唯一信念尺度的宗教派别，甚至认为教派可能误解《圣经》，出错是人之常情，只要出于勤勉、祝祷和真诚、便会得到上帝的饶恕。可以宽容的教派有路德派、喀尔文派、再浸礼派、阿莱亚斯派、索西奴斯派、阿米纽派，可以允许在一切场合为说明它们的信念而进行辩论，在各自的集会上布道，并著述出版。书否认三位一体，否认耶稣的神性，否认人类的原罪，以唯理论来解释罪恶和得救的教派都得到宽容。容忍的原则完全是为反对复辟而加以阐述的。但是那原则并不建立在政治家认为宗教争执与良好的政府毫不相干的说法上，而是建立在认为宗教错误性质情有可原这一神学说法上的。天主教不在容忍之列，这并不是以政治家认为它缺乏爱国心，而是以神学家认为它盲目崇拜为依据的。本小册子的敌意是专对天主教徒而发的。对一度为他所不能容忍的教会的教长政治竟丝毫没有表示不满。而当时教长政治虽不实施鞭笞，却正以其统一法、集会法，五哩法变本加厉地严惩着不信奉国教的人。牢房里关满了弥尔顿的朋友和教友。在仅仅十三页的这个小册子中，他竟几次呼吁实施信仰英国国教，有一次甚至称之为“我们的教会”，令人觉得不免带有即兴随意性，不脱诗人灵感的因素，以他灵巧善辩的思维，梦笔生花的辞令，只要他觉得必要而又乐意，他出乎良知是可以近乎随心所欲地灵活发议论的。他的思想让有的评论家觉得有时难以整理得井井有条。不过说他临死前是天主教徒，这纯属无嵇之谈，因为他的思想虽然在演变发展中，但是他毕生认为专制与迷信是两大敌人，这丝毫没有变。
重经文，重体会
另一方面，弥尔顿在1655到1660年间为出版界写一篇精心阐述的神学论文《论基督教教义》。全稿七百三十五页，修改完一百九十六页时死神降临。丹尼尔·斯金纳在替他缮写誊清，1674年全稿还在他手上。弥尔顿明知他的著作许多地方不合宗教界占统治地位的见解的口味，只要能通过审查这一关，他还是敢于出版的。斯金纳将这部神学论著连同对外拉丁文书信一起交给荷兰首都一个叫丹尼尔·艾兹维尔的出版商，争取在那儿出书。英国政府获悉后，便出面干预，并通过三一学院院长对该院特别研究生斯金纳施加压力，因而原稿和书信都交给了国务院。可是当时的秘书1678年退职时没有带走信、稿，直到1823年才有人发现它们被存放在旧国家文件局一家印刷所里，《论基督教教义》终于在作者死后一百五十年见了天日。
弥尔顿分门别类借《圣经》语言作标题，却自由阐述，一反正统观念，按自己的见解看待经文，给神学注入生动活泼的生命，使之永世长存。那真理是《失乐园》第十二卷第五一三、四行所说
只有那些书面的记载才纯洁，虽然不只按圣灵的精神来理解。
或如《复乐园》第一卷第四六○——四六四行所说
神如今将生动活泼的圣言送到
人间，传授他的最后意愿，还派他真理的圣灵今后寓居
虔诚的心头，成为内在的圣言
让人们懂得一切必需的真理。
在他感兴趣的论点上他对经文的理解是迥然不同于新教正统观念的。上帝创造物质并非无中生有，而是出于他自身的东西，而死亡在自然进程中则是存在的全部绝灭，这些看法虽然不是公认的，却并非是标新立异。令人惊讶不己的是，因为当时女多于男，从经义，增加人口及保护未婚女子出发，他主张多婚制本身并不有违于道德，尽管它可以是不合时宜的。他有力地证明人的自由意志以反对喀尔文教，与主张圣义、圣子、圣灵三位一体的亚大纳西论相反，他主张圣子低下的身分。他尤其竭力论述有关上帝本性的说法，承认同质而否认永恒不变的代代相传。他是受某种想象力的驾驭的，他的论述充分表示出个人的性格，竭力使圣父、圣子在世间戏剧舞台上扮演不同的角色。他在证明上帝的存在时，认为人有那样的感情，我们说它是天良或良心也罢，说它是良知或良能也罢，它甚至是最坏的人也并非完全没有的，这就是他所指的上帝的观念之一。没有上帝便没有是非善恶可分。他相信原罪和个人的罪恶。堕落是神话，象征人有错误的倾向。跟随罪恶而来的死亡，并非仅仅是人的死亡而巳，首先它是失去良知，即丧失理解的能力。但是他继而坚决认为我们内在还保存一点神圣的形象，没有因这种死亡而完全消失。这就是许多异教徒之所以具有智慧和神的性质的由来。而且人还留有充分行善的意愿，这就剥夺我们一切无所作为的藉口。弥尔顿略而不提的态度是很有意思的。他对不便说得的东西保持沉默。关于奇迹他不能不提，可是只一带而过，在引证中则从没提过一次。赎罪提到了，而耶稣上十字架则几乎没有提，耶稣一生的事绩则默默中过去了。耶稣只是一个神圣的抽象概念。弥尔顿向全世界奉献了“我认为我拥有的最优秀最丰富的东西”。在讨论他早期诗作和小册子时所观察到的大部分弥尔顿的心理素质和冲动都可以见之于
《论基督教教义》，而且它还是《失乐园》和《复乐园》的散文对应物。
饮食有节制
弥尔顿早年的生活习惯一直是要读书到深夜的。丧失视力以后，他改变了作息时间。他晚上九点休息，夏天四点，冬天五点起床每天一开头就要人给他读希伯来文《圣经》，接着便沉思，七点他的人又来他这里，于是便口授诗句，一直到中饭时分，写的跟口授的一样多。然后，他做体操活动，或在花园散步，或在一个器械里摇荡。除谈话外，他唯一的娱乐是音乐。他最爱弹风琴，有时也弹大提琴。他会不时自己唱将起来，或让太太明沙尔唱，她虽不懂音乐，嗓子却很好。然后他上楼进书房听人读到六点，六点后才许可朋友看他，八点以后下楼吃晚饭。
他饮食很有节制，通常吃肉片菜卷，或一些清淡的东西，因为他必须与容易患痛风的体质搏斗。他对食物无所挑剔，只要新鲜易得就行，虽并非滴酒不沾，却很少上口的。晚饭后，抽斗烟丝，喝杯水就上床睡了。即使如第二十首《致劳伦斯先生》十四行诗所建议的，我们将怎样美餐，素净而精良，风味典雅，还有酒，更可以乘兴
听琵琶美妙的奏鸣，听歌喉绕梁，唱三日不绝于耳的意大利曲子？
能鉴贤而不沉溺于这些逸致
闲情，那他就不能算是不聪明。
我们也不难看出弥尔顿朋友的人品和诗人的清教徒本色。
什么时候是他灵感的好时机，似乎捉摸不定，不是由意志指挥的。有时他发觉躺在床上暖和，能促使人创作；有时在花园散步边创作，边删节、润色、接着进屋口授；有时则醒着熬到通宵，却一句也凑不成；有时则不加思索诗行反蜂拥而至，象是有某种冲动狂热一般。在《春的来临》这首挽歌中，弥尔顿说正是春天恢复了他的诗情才力。然而爱·菲利普斯说，“除了从秋分到春分外，他的思绪从来没有畅快地流泻过。”就写《失乐园》时期的情况说，这也许是对的，因为那时候他已改变了二十岁年轻时的情况，或者说，他灵感虽有间歇期，菲利普斯却把季节搞颠倒了。他是晚上创作，白天口授的，歪歪斜斜地坐在靠手椅上，一条腿跨过扶手。他会一气呵成口授四十行，接着又压缩成一半。
挤进西敏寺
弥尔顿常常改变住处，据认为这表示性情不安，借以避免无聊的烦恼。1660年离开法院卫士看守的牢房以后，他在红狮广场附近的霍尔本住了一个很短的时期，从这里又般到杰温街，1663年结婚时又搬到弥林顿那个书商的家里。他最后搬去的是如今叫做班山街的两侧、炮兵广场对过新建街道中的一所房子，一住十二年，直到见上帝。《失乐园》部分是在这里创作，改写定稿的，其后的两部《复乐园》及《斗士参孙》也是在这所房子里全部大功告成的。但是房子已不留下任何遗迹，只能见之于想象中了，虽然附近有条弥尔顿街保留着这一地区与诗人的关系。多塞特郡牧师赖特曾看见约翰·弥尔顿在一间狭窄的卧室一片陈旧暗淡的青色中，坐在一把靠手椅上，着一身干净的黑色衣服，脸色苍白，但形容并不枯槁，手和手指都肿胀，涂着痛风结石。他会在住宅门口坐着晒太阳，眺望炮兵广场，或着灰色粗布衫接待来客。在比较寒冷的日子里，他会在花园里散步，接连好几个钟点。他住的房子他总要有一个花园。
弥尔顿即使在痛风发作时，也会非常愉快而歌唱。痛风一再反复，耗尽了他的抵抗力。1674年11月8日星期日他死于“痛风突然发作”，葬于克里普便门圣吉尔教堂祭坛附近他父亲的墓旁。送葬的有他在伦敦的所有文人学士的名流朋友，自然还有一般老百姓友好的送葬的人流。由于政党的偏见，直到1688年年底玛丽及其丈夫威廉入主伦敦，政变成功英国自由党才正式承认弥尔顿为共和国诗人。但是诗人死后三十多年后西敏寺教堂的院长仍拒绝为约翰·菲利普斯立的石碑刻上碑文，因为其中出现了弥尔顿的名字。直到1737年在维新党权势的鼎盛时期弥尔顿的半身像才挤进了西敏寺诗人之角。令人悲痛的是1790年8月圣吉尔教堂修整时教区当局对质量低劣的棺木有所轻慢，因而诗人的尸骨竟被一散了之。但是他的思想、他的诗作却是与万物同在的，与宇宙永世长存的。
得乎！失乎！
有的评论家从好心出发，叹惜弥尔顿从事革命斗争二十年，卷入无谓的斗争，虚掷青壮年大好年华，浪费才思敏捷的宝贵精力，甚至为革命牺牲视力，得不偿失，只写出了几首十四行诗；认为他大量急风暴雨式的小册子于实际政治影响不大，如果不是因为他反击对他的人身污蔑，被迫作出许多辨白，有助于了解他那样大诗人的生活、思想，因而文以诗传，要不然时过境迁，全命如蜉蝣。言下之意，弥尔顿青少年时期就蓓蕾初绽，不同一般，以他的才华不损耗精力，早就大显身手，写出更多更美的诗作来了
诚然，弥尔顿只写出二十五首十四行诗，其中包括一首短歌一首长调，革命时期每年大致只写出一首，精力全集中到斗争上去了。因而诗作内容也以政治，宗教为主。但是他写得别开生面，很有特色，内容丰富，风格创新，既用来歌功颂德，针砭世事，可以讽刺规谏，怨文兴叹，也能叙事抒情，咏志述怀，表达政治激情，宗教热情等。所以湖上诗人华兹华斯写颂诗说：
……………当一阵阴森
降落到弥尔顿路途的左近，经他的手，这玩艺儿就成了喇叭，由此他奏号
扣人心弦的诗歌——可惜呀，太少！
而且，个人历史的道路决定于他的思想与性格，他有自知之明，立志做诗人，他所受的他那个时代的家庭教育和学校教育使他深信他在《为斯沫克汀纳斯辩护》中所表达的观点：“如果谁今后希望写东西很好地歌颂值得赞美的