，事遂永代，功高开辟，理微称谓，义感朕心。若夫道为身济，犹縻厥爵，况乃诚德俱深，勋冠天人者乎！是用建兹邦国，永祚山河，言念载怀，匪云足报。往钦哉！俾屏余一人，长弼皇晋，流风垂祚，晖烈无穷。其降承嘉策，对扬朕命。」十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征公入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书、徐兗二州刺史如故。表解兗州。先是，遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而返。九月，以敬宣挫退，逊位，不许。乃降为中军将军，开府如故。
初，伪燕王鲜卑慕容德僭号于青州，德死，兄子超袭位，前后数为边患。五年二月，大掠淮北，执阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱略千余家。三月，公抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。四月，舟师发京都，溯淮入泗。五月，至下邳，留船舰辎重，步军进琅邪；所过皆筑城留守。鲜卑梁父、莒城二戍并奔走。慕容超闻王师将至，其大将公孙五楼说超：「宜断据大岘，刈除粟苗，坚壁清野以待之。彼侨军无资，求战不得，旬月之间，折棰以笞之耳。」超不从，曰：「彼远来疲劳，势不能久；但当引令过岘，我以铁骑践之，不忧不破也。岂有预芟苗稼，先自蹙弱邪！」初，公将行，议者以为贼闻大军远出，必不敢战。若不断大岘，当坚守广固，刈粟清野，以绝三军之资，非唯难以有功，将不能自反。公曰：「我揣之熟矣。鲜卑贪，不及远计，进利克获，退惜粟苗。谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固。我一得入岘，则人无退心，驱必死之众，向怀贰之虏，何忧不克！彼不能清野固守，为诸君保之。」公既入岘，举手指天曰：「吾事济矣！」
六月，慕容超遣五楼及广宁王贺赖卢先据临朐城。既闻大军至，留羸老守广固，乃悉出。临朐有巨蔑水，去城四十里，超告五楼曰：「急往据之，晋军得水，则难击也。」五楼驰进。龙骧将军孟龙符领骑居前，奔往争之，五楼乃退。众军步进，有车四千两，分车为两翼，方轨徐行，车悉张幔，御者执槊，又以轻骑为游军。军令严肃，行伍齐整。未及临朐数里，贼铁骑万余，前后交至。公命兗州刺史刘籓、弟并州刺史道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，齐力击之。日向昃，公遣谘议参军檀韶直趋临朐。韶率建威将军向弥、参军胡籓驰往，既日陷城，斩其牙旗，悉虏超辎重。超闻临朐已拔，引众走。公亲鼓之，贼乃大破。超遁还广固。获超马、伪辇、玉玺、豹尾等，送于京师；斩其大将段晖等十余人，其余斩获千计。明日，大军进广固，既屠大城。超退保小城。于是设长围守之，围高三丈，外穿三重堑。停江、淮转输，馆谷于齐土。抚纳降附，华戎欢悦；援才授爵，因而任之。七月，诏加公北青、冀二州刺史。超大将垣遵、遵弟苗并率众归顺。公方治攻具，城上人曰：「汝不得张纲，何能为也。」纲者，超伪尚书郎，其人有巧思。会超遣纲称籓于姚兴，乞师请救。兴伪许之，而实惮公，不敢遣。纲从长安还，泰山太守申宣执送之。乃升纲于楼上，以示城内，城内莫不失色。于是使纲大治攻具。超求救不获，纲反见虏，转忧惧，乃请称籓，求割大岘为界，献马千匹。不听，围之转急。河北居民荷戈负粮至者，日以千数。
录事参军刘穆之，有经略才具，公以为谋主，动止必谘焉。时姚兴遣使告公云：「慕容见与邻好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。」公呼兴使答曰：「语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来！」穆之闻有羌使，驰入，而公发遣已去。以兴所言并答，具语穆之。穆之尤公曰：「常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？」公笑曰：「此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳。」九月，进公太尉、中书监，固让。伪徐州刺史段宏先奔索虏，十月，自河北归顺。
张纲治攻具成，设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备。城上火石弓矢，无所用之。六年二月丁亥，屠广固。超逾城走，征虏贼曹乔胥获之，杀其亡命以下，纳口万余，马二千匹。送超京师，斩于建康市。
公之北伐也，徐道覆仍有窥窬之志，劝卢循乘虚而出，循不从。道覆乃至番禺说循曰：「本住岭外，岂以理极于此，正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而保一日之安，若平齐之后，小息甲养众，不过一二年间，必玺书征君。若刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复将军神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，倾其根本。刘公虽还，无能为也。」循从之，乃率众过岭。是月，寇南康、庐陵、豫章，诸郡守皆委任奔走。于时平齐问未至，既驰使征公。公之初克齐也，欲停镇下邳，清荡河、洛，既而被征使至，即日班师。
镇南将军何无忌与徐道覆战于豫章，败绩，无忌被害，内外震骇。朝廷欲奉乘舆北走就公，寻知贼定未至，人情小安。公至下邳，以船运辎重，自率精锐步归。至山阳，闻无忌被害，则虑京邑失守，乃卷甲兼行，与数十人至淮上，问行旅以朝廷消息。人曰：「贼尚未至，刘公若还，便无所忧也。」公大喜，单船过江，径至京口，众乃大安。四月癸未，公至京师，解严息甲。
抚军将军刘毅抗表南征，公与毅书曰：「吾往习击妖贼，晓其变态，新获奸利，其锋不可轻。宜须装严毕，与弟同举。」又遣毅从弟籓往止之。毅不从，舟师二万，发自姑孰。循之初下也，使道覆向寻阳，自寇湘中诸郡。荆州刺史道规遣军至长沙，为循所败。径至巴陵，将向江陵。道覆闻毅上，驰使报循曰：「毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。」循即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈。公以南籓覆没，表送章绶，诏不听。五月，刘毅败绩于桑落洲，弃船步走，余众不得去者，皆为贼所擒。初，循至寻阳，闻公已还，不信也。既破毅，乃审凯入之问，并相视失色。循欲退还寻阳，进平江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。疑议多日，乃见从。
毅败问至，内外汹扰。于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。贼既破江、豫二镇，战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛。孟昶、诸葛长民惧寇渐逼，欲拥天子过江，公不听，昶固请不止。公曰：「今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我既决矣，卿勿复言！」昶恐其不济，乃为表曰：「臣讳北讨，众并不同，唯臣赞讳行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下。」封表毕，乃仰药而死。
于是大开赏募，投身赴义者，一同登京城之科。发居民治石头城，建牙戒严。时议者谓宜分兵守诸津要。公以为：「贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。」移屯石头，乃栅淮断查浦。既而群贼大至，公策之曰：「贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事，未可量也；若回泊西岸，此成擒耳。」
道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少决，每欲以万全为虑，谓道覆曰：「大军未至，孟昶便望风自裁，大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。」公于时登石头城以望循军，初见引向新亭，公顾左右失色；既而回泊蔡洲。道覆犹欲上，循禁之。自是众军转集，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆守以实众。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。使宁朔将军索邈领鲜卑具装虎班突骑千余匹，皆被练五色，自淮北至于新亭。贼并聚观，咸畏惮之；然犹冀京邑及三吴有应之者。遣十余舰来拔石头栅。公命神弩射之，发辄摧陷，循乃止，不复攻栅。设伏兵于南岸，使羸老悉乘舟舰向白石。公忧其从白石步上，乃率刘毅、诸葛长民北出拒之，留参军徐赤特戍南岸，命坚守勿动。公既去，贼焚查浦步上，赤特军战败，死没有百余人。赤特弃余众，单舸济淮，贼遂率数万屯丹阳郡。公率诸军驰归，众忧贼过，咸谓公当径还拒战，公先分军还石头，众莫之晓。解甲息士，洗浴饮食之，乃出列陈于南塘。以赤特违处分，斩之。命参军诸葛叔度、硃龄石率劲勇士千余人过淮。群贼数千，皆长刀矛钅延，精甲曜日，奋跃争进。龄石所领多鲜卑，善步槊，并结陈以待之。贼短兵弗能抗，死伤者数百人，乃退走。会日暮，众亦归。
刘毅之败，豫州主簿袁兴国反叛，据历阳以应贼。琅邪内史魏顺之遣将谢宝讨斩之。兴国司马袭宝，顺之不救而退，公怒斩之。顺之，咏之之弟也。于是功臣震慑，莫敢不用命。六月，更授公太尉、中书监，加黄钺。受黄钺，余固辞。以司马庾悦为建威将军、江州刺史，自东阳出豫章。七月庚申，群贼自蔡洲南走，还屯寻阳。遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追之。公还东府，大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈。卢循遣其大将荀林寇江陵，桓谦先于江陵奔羌，又自羌入蜀，伪主谯纵以为荆州刺史。谦及谯道福率军二万，出寇江陵，适与林会，相去百余里。荆州刺史道规斩谦于枝江，破林于江津，追至竹町，斩之。初，循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵内史索邈领马军步道援荆州；又遣建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺。江州刺史庾悦至五亩峤，贼遣千余人据断峤道，悦前驱鄱阳太守虞丘进攻破之。公治兵大办。十月，率兗州刺史刘籓、宁朔将军檀韶等舟师南伐。以后将军刘毅监太尉留守府，后事皆委焉。是月，徐道覆率众三万寇江陵。荆州刺史道规又大破之，斩首万余级，道覆走还盆口。初，公之遣索邈也，邈在道为贼所断，道覆败后方达。自循东下，江陵断绝京邑之问，传者皆云已没。及邈至，方知循走。
循初自蔡洲南走，留其亲党范崇民五千人，高舰百余，戍南陵。王仲德等闻大军且至，乃进攻之。十一月，大破崇民军，焚其舟舰，收其散卒。循广州守兵，不以海道为防。是月，建威将军孙季高乘海奄至，而城池峻整，兵犹数千。季高焚贼舟舰，悉力而上，四面攻之，即日屠其城