。十九年二月，追尊简文母会稽太妃郑氏为简文皇帝宣太后，立庙太庙道西。及孝武崩，京兆又迁，如穆帝之世四祧故事。安帝隆安四年，以孝武母简文李太后、帝母宣德陈太后祔于宣郑太后之庙。
元兴三年三月，宗庙神主在寻阳，已立新主于太庙，权告义事。四月，辅国将军何无忌奉送神主还。丙子，百官拜迎于石头。戊寅，入庙。安帝崩，未及禘，而天禄终焉。
宋武帝初受晋命为宋王，建宗庙于彭城，依魏、晋故事，立一庙。初祠高祖开封府君、曾祖武原府君、皇祖东安府君、皇考处士府君、武敬臧后，从诸侯五庙之礼也。既即尊位，及增祠七世右北平府君、六世相国掾府君为七庙。永初初，追尊皇考处士为孝穆皇帝，皇妣赵氏为穆皇后。三年，孝懿萧皇后崩，又祔庙。高祖崩，神主升庙，犹从昭穆之序，如魏、晋之制，虚太祖之位也。庙殿亦不改构，又如晋初之因魏也。文帝元嘉初，追尊所生胡婕妤为章皇太后，立庙西晋宣太后地。孝武昭太后、明帝宣太后并祔章太后庙。
晋元帝太兴三年正月乙卯，诏曰：「吾虽上继世祖，然于怀、愍皇帝，皆北面称臣。今祠太庙，不亲执觞酌，而令有司行事，于情礼不安。可依礼更处。」太常华恆议：「今圣上继武皇帝，宜准汉世祖故事，不亲执觞爵。」又曰：「今上承继武帝，而庙之昭穆，四世而已。前太常贺循、博士傅纯以为惠、怀及愍宜别立庙。然臣愚谓庙室当以客主为限，无拘常数。殷世有二祖三宗，若拘七室，则当祭祢而已。推此论之，宜还复豫章、颍川，全祠七庙之礼。」骠骑长史温峤议：「凡言兄弟不相入庙，既非礼文。且光武奋剑振起，不策名于孝平，豫神其事，以应九世之谶；又古不共庙，故别立焉。今上以策名而言，殊于光武之事，躬奉烝尝，于经既正，于情又安矣。太堂恆欲还二府君以全七世，峤谓是宜。」骠骑将军王导从峤议。峤又曰：「其非子者，可直言皇帝敢告某皇帝。又若以一帝为一世，则不祭祢，反不及庶人。」于是帝从峤议，悉施用之。孙盛《晋春秋》曰：「《阳秋传》云，'臣子一例也'。虽继君位，不以后尊，降废前敬。昔鲁僖上嗣庄公，以友于长幼而升之，为逆。准之古义，明诏是也。」
穆帝永和二年七月，有司奏：「十月殷祭，京兆府君当迁祧室。昔征西、豫章、颍川三府君毁主，中兴之初，权居天府，在庙门之西。咸康中，太常冯怀表续奉还于西储夹室，谓之为祧，疑亦非礼。今京兆迁入，是为四世远祖，长在太祖之上。昔周室太祖世远，故迁有所归。今晋庙宣皇为主，而四祖居之，是屈祖就孙也。殷袷在上，是代太祖也。」领司徒蔡谟议：「四府君宜改筑别室，若未展者，当入就太庙之室。人莫敢卑其祖，文、武不先不窋。殷祭之日，征西东面，处宣皇之上。其后迁庙之主，藏于征西之祧，祭荐不绝。」护军将军冯怀表议：「《礼》，'无庙者，为坛以祭'。可别立室藏之，至殷禘，则祭于坛也。」辅国将军谯王司马无忌等议：「诸儒谓太王王季迁主藏于文、武之祧，如此，府君迁主，宜在宣皇帝庙中。然今无寝室，宜变通而改筑。又殷袷太庙，征西东面。」尚书郎孙绰与无忌议同，曰：「太祖虽位始九五，而道以从暢，赞人爵之尊，笃天伦之道，所以成教本而光百代也。」尚书郎徐禅议：「《礼》，'去祧为坛，去坛为鸑，岁袷则祭之'。今四祖迁主，可藏之石室。有祷则祭于坛鸑。」又遣禅至会稽访处士虞喜。喜答曰：「汉世韦玄成等以毁主瘗于园。魏朝议者云应埋两阶之间。且神主本在太庙，若今别室而祭，则不如永藏。又四君无追号之礼，益明应毁而无祭。」于是抚军将军会稽王司马昱、尚书刘劭等奏：「四祖同居西祧，藏主石室，禘袷乃祭，如先朝旧仪。」时陈留范宣兄子问此礼。宣答曰；「舜庙所祭，皆是庶人。其后世远而毁，不居舜上，不序昭穆。今四君号犹依本，非以功德致礼也。若依虞主之瘗，则犹藏子孙之所；若依夏主之埋，则又非本庙之阶。宜思其变，别筑一室，亲未尽则禘袷，处宣帝之上；亲尽则无缘下就子孙之列。」其后太常刘遐等同蔡谟议。博士张凭议：「或疑陈于太祖者，皆其后毁之主。凭案古义，无别前后之文也。禹不先鲧，则迁主居太祖之上，亦可无疑矣。」
安帝义熙九年四月，将殷祭，诏博议迁毁之礼。大司马琅邪王司马德文议：「泰始之初，虚太祖之位，而缘情流远，上及征西，故世尽则宜毁，而宣皇帝正太祖之位。又汉光武帝移十一帝主于洛邑，则毁主不没，理可推矣。宜从范宣之言，筑别室以居四府君之主，永藏而不祀也。」大司农徐广议：「四府君尝处庙室之首，歆率土之祭。若埋之幽壤，于情理未必咸尽。谓可迁藏西储，以为远祧，而禘飨永绝也。」太尉谘议参军袁豹议：「仍旧无革。殷祠犹及四府君，情理为允。」祠部郎臧焘议：「四府君之主，享祀礼废，则亦神所不依。宜同虞主之瘗埋矣。」时高祖辅晋，与大司马议同。须后殷祀行事改制。
晋孝武帝太元十二年五月壬戌，诏曰：「昔建太庙，每事从俭约，思与率土，致力备礼。又太祖虚位，明堂未建。郊祀，国之大事，而稽古之制阙然。便可详议。」祠部郎徐邈议：「圆丘郊祀，经典无二，宣皇帝尝辨斯义。而检以圣典，爰及中兴，备加研极，以定南北二郊，诚非异学所可轻改也。谓仍旧为安。武皇帝建庙，六世三昭三穆，宣皇帝创基之主，实惟太祖，亲则王考，四庙在上，未及迁世，故权虚东向之位也。兄弟相及，义非二世，故当今庙祀，世数未足，而欲太祖正位，则违事七之义矣。又《礼》曰'庶子王亦禘祖立庙'。盖谓支胤授位，则亲近必复。京兆府君于今六世，宜复立此室，则宣皇未在六世之上，须前世既迁，乃太祖位定尔。京兆迁毁，宜藏主于石室。虽禘袷犹弗及。何者？传称毁主升合乎太祖，升者自下之名，不谓可降尊就卑也。太子太孙阴室四主，储嗣之重，升祔皇祖所配之庙，世远应迁，然后从食之孙，与之俱毁。明堂圆方之制，纲领已举，不宜阙配帝之祀。且王者以天下为家，未必一邦，故周平、光武无废于二京也。周公宗祀文王，汉明配以世祖，自非惟新之考，孰配上帝。」邈又曰：「明堂所配之神，积疑莫辨。按《易》，'殷荐上帝，以配祖考'。祖考同配，则上帝亦为天，而严父之义显。《周礼》，旅上帝者有故，告天与郊祀常礼同用四圭，故并言之。若上帝者五帝，经文何不言祀天旅五帝，祀地旅四望乎？人帝之与天帝，虽天人之通谓，然五方不可言上帝，诸侯不可言大君也。书无全证，而义容彼此，故太始、太康二纪之间，兴废迭用矣。」侍中车胤议同。又曰：「明堂之制，既其难详。且乐主于和，礼主于敬，故质文不同，音器亦殊。既茅茨广厦，不一其度，何必守其形范，而不知弘本顺民乎！九服咸宁，河朔无尘，然后明堂辟雍，可崇而修之。」中书令王珉意与胤同。太常孔汪议：「太始开元，所以上祭四府君，诚以世数尚近，可得飨祠，非若殷、周先世，王迹所因也。向使京兆尔时在七世之外，自当不祭此四王。推此知既毁之后，则殷禘所绝矣。」吏部郎王忱议：「明堂则天象地，仪观之大，宜俟皇居反旧，然后修之。」骠骑将军会稽王司马道子、尚书令谢石意同忱议，于是奉行，一无所改。
晋安帝义熙二年六月，白衣领尚书左仆射孔安国启云：「元兴三年夏，应殷祠。昔年三月，皇舆旋轸。其年四月，便应殷，而太常博士徐乾等议云：'应用孟秋。'台寻校自太和四年相承皆用冬夏，乾等既伏应孟冬，回复追明孟秋非失。御史中丞范泰议：'今虽既祔之后，得以烝尝，而无殷荐之比。太元二十一年十月应殷，烈宗以其年九月崩。至隆安三年，国家大吉，乃修殷事。又礼有丧则废吉祭，祭新主于寝。今不设别寝，既祔，祭于庙。故四时烝尝，以寄追远之思，三年一禘，以习昭穆之序，义本各异。三年丧毕，则合食太祖，遇时则殷，无取于限三十月也。当是内台常以限月成旧。'就如所言，有丧可殷。隆安之初，果以丧而废矣。月数少多，复迟速失中。至于应寝而修，意所未譬。」安国又启：「范泰云：'今既祔，遂祭于庙，故四时烝尝。'如泰此言，殷与烝尝，其本不同。既祔之后，可亲烝尝而不得亲殷也。太常刘瑾云：'章后丧未一周，不应祭。'臣寻升平五年五月，穆皇帝崩，其年七月，山陵，十月，殷。兴宁三年二月，哀皇帝崩，太和元年五月，海西夫人庾氏薨，时为皇后，七月，葬，十月，殷。此在哀皇再周之内，庾夫人既葬之后，二殷策文见在庙。又文皇太后以隆安四年七月崩，陛下追述先旨，躬服重制，五年十月，殷。再周之内，不以废事。今以小君之哀，而泰更谓不得行大礼。臣寻永和十年至今五十余载，用三十月辄殷，皆见于注记，是依礼，五年再殷。而泰所言，非真难臣，乃以圣朝所用，迟速失中。泰为宪司，自应明审是非，群臣所启不允，即当责失奏弹，而愆堕稽停，遂非忘旧。请免泰、瑾官。」丁巳，诏皆白衣领职。于是博士徐乾皆免官。
初，元兴三年四月，不得殷祠进用十月，计常限，则义熙三年冬又当殷；若更起端，则应用来年四月。领司徒王谧、丹阳尹孟昶议：「有非常之庆，必有非常之礼。殷祭旧准不差，盖施于经常尔。至于义熙之庆，经古莫二，虽曰旋幸，理同受命。愚谓理运惟新，于是乎始。宜用四月。」中领军谢混、太常刘瑾议：「殷无定日，考时致敬，且礼意尚简。去年十月祠，虽于日有差，而情典允备，宜仍以为正。」太学博士徐乾议：「三年一袷，五年一禘，经传记籍，不见补殷之文。」员外散骑侍郎领著作郎徐广议：「寻先事，海西公泰和六年十月，殷祠。孝武皇帝宁康二年十月，殷祠。若依常去前三十月，则应用四月也。于时盖当有故，而迁在冬，但未详其事。太元元年十月殷祠，依常三十月，则应用二年四月也。是追计辛未岁十月，来合六十月而再殷。何邵甫注《公羊传》云，袷从先君来，积数为限。'自僖八年至文二年，知为袷祭'。如此，履端居始，承源成流，领会之节，远因宗本也。昔年有故推迁，非其常度。宁康、太元前事可依。虽年有旷近之异，然追计之理同矣。愚谓从复常次者，以推归正之道也。」左丞刘润之等议：「太元元年四月应殷，而礼官堕失，建用十月。本非正期，不应即以失为始也。宜以反初四月为始。当用三年十月。」尚书奏从王谧议，以元年十月为始也。
宋孝武帝孝建元年十二月戊子，有司奏：「依旧今元年十月是殷祠之月，领曹郎范泰参议，依永初三年例，须再周之外殷祭。寻祭再周来二年三月，若以四月殷，则犹在禫内。」下礼官议正。国子助教苏玮生议：「案《礼》，三年丧毕，然后袷于太祖。又云'三年不祭，唯天地社稷，越绋行事'。且不禫即祭，见讥《春秋》。求之古礼，丧服未终，固无祼享之义。自汉文以来，一从权制，宗庙朝聘，