以南寇为忧，疑赵文华言余寇将灭为不实。屡问大学士嵩，嵩曲为营解，上意终不释。文华惧，因言：「余寇指日可灭。督、抚非人，一败涂地，皆因吏部尚书李默恨臣前岁劾其同乡张经，思为报复。臣继论曹邦辅，则嗾给事夏栻、孙浚媒孽臣及胡宗宪，党留邦辅浙直总督，又不用宗宪而用王诰。然则东南涂炭何时可解？陛下宵旰何时可释也？」默因得罪，宜削籍为民，邦辅亦被逮。罢王诰，以宗宪为兵部侍郎兼佥都御史。
夏四月，倭薄温州，同知黄钏驰檄出迎击，被执。倭欲还之，索千金为赎。钏骂之不置，倭怒，磔杀之。江北倭流劫至圌山、山北等港，无为州同知齐恩率舟师迎战，败之，斩首百余级。恩长子尚文，次子嵩，叔仲实，弟宝荣，侄慎、寅、友良、大卿，孙童俱在行间。嵩年十八，骁勇善射，独前追贼至安港，恩等从之。伏发，恩及其家丁钱凤等二十一人力战，皆死之，独嵩、慎、寅三人得脱。贼遂乘胜至金山，杀镇江千户沈宗玉、王世良于江中。
倭率众数千自乍浦入，欲犯杭州。游击将军宗礼帅兵九百御之，逆战于三里桥，分左右翼夹击，三战三捷，获首功七十余级。贼首徐海等皆辟易，称为神兵。会桥陷军溃，礼与镇抚侯槐、何衡，义官霍贯道力战，俱陷阵死之。礼骁勇敢战，所部箭手三千人皆壮士。事闻，赠恤有差。
总督胡宗宪奏：「遣生员蒋洲、胡可愿使倭砦，传谕渠魁，令无犯顺」。从之。已而可愿等还，言「倭渠欲通贡市」。宗宪以闻，下兵部集议，不可，乃止。
倭围巡抚阮鹗于桐乡。初，鹗督学浙江，开武林门纳难民，全活数万人，超擢巡抚。方倭之寇嘉兴也，鹗议主剿，而胡宗宪议主抚，不相能。倭自嘉兴转寇桐乡，氛益锐，去来实徐海、麻叶领之，陈东附焉。东，萨摩王弟书记也。宗宪谋间之，遣辩士说海。海心动，私语桐乡守兵曰：「吾已款督府矣。城东门陈党，善备之。」是夕，海道崇德而西，东方急攻桐乡。宗宪说海缚麻叶，因伪为麻叶书致东，令图海，故达海所。东、海中自疑，始解围去。
五月，御史邵惟忠上言：「倭薄通州，围未解。余众自狼山转掠濒江诸郡县。而瓜、仪为留都门户，镇、常乃漕运咽喉，不可视为缓图。宜大集兵，敕诸臣戮力靖乱。」下兵部议，「请调河南睢、陈及山东八卫，陕西延绥兵及徐、沛募兵，敕遣才望大臣一人总督，以为犄角，保障留都」。帝然之。已命兵部侍郎沈良才矣，严嵩揣知上觉赵文华欺罔，且见谴，乃令文华自以其意请复视师。嵩为言：「良才不胜任，江南人引领俟文华至。」上乃止良才，命文华以工部尚书兼右副都御史总督浙、福、直隶军务。文华既至浙，假监督权凌胁百官，搜括库藏百万计。两浙、江、淮、闽、广所在征兵集饷，留漕粟，除京帑，给鹾课，迫富民脱凶恶，浪授官职。于是外寇未宁，而内忧益甚。
六月，倭入慈溪县，知县柳东伯亡。初，王忬在浙，计城各邑未城者，慈溪士人独持不可。至是，倭众大至，知县不知所御，携印组亡去。残杀民人无算，而缙绅尤甚，始悔失计。东伯失守，当坐死。以无城可凭，削籍为民。省祭官杜槐与其父文明率兵追败倭于王家团。海道刘起宗委槐防余姚、慈溪、定海。未几，与贼遇于白沙。一日三战，杀贼三十余人，斩其一帅，槐被创坠马死。文明别将兵击倭于演武场，斩白眉倭帅一，从七，生擒二。倭惊遁，呼为「杜将军」。已而追至奉化枫树岭，以兵少无继，陷阵死。倭薄海盐，指挥徐行健、程禄，百户方存仁逆战死之。
八月，海寇徐海伏诛。初，胡宗宪以簪珥遗徐海侍女翠翘、绿珠，令日夜说海，缚陈东以报朝廷。海且感，而赵文华方治兵击海，宗宪佯曰：「彼且缚陈东，何战为？」海果赂萨摩王弟缚东以献。于是海势日孤。海自念数有功，又信罗龙文诱，约八月入谒督府于平湖。海先期以数百人冑而入，宗宪、文华、鹗坐堂上，海等叩罪，复谢宗宪。宗宪下堂摩其顶，曰：「朝廷且赦若，慎勿再虞。」厚犒遣之。海既出，知官兵大集，自疑。宗宪使使谕之曰：「官兵防东党，尔毋恐。」海请居东沈庄，陈东居西沈庄。又令东诈为书遗其党，曰：「海约官兵夹剿汝矣。」东党果疑相攻。海令裨将辛五郎归岛，宗宪密遣卢镗计擒之。文华调兵六千既集，移营薄沈庄。督之急，宗宪犹心怜海不欲遽战。文华迫之，宗宪乃下令与总兵俞大猷整师前进。海知事变，掘深堑自守，栅数重，官兵望之不敢入。阮鹗檄趋之，大猷乃从海盐进攻东沈庄，破之。又追击于梁庄，会大风，纵火，诸军鼓噪乘之，贼大溃，斩获一千六百余级，海仓徨溺水死。引出，斩其首。浙、直海寇平。海，故杭之虎跑寺僧，雄海上，称「天差平海大将军」。至是，捷书上，文华皆袭为已有。帝命械系首恶至京正法。时浙东仙居、浙西桐乡二寇略平。其分掠海门者，把总张成败之。江北寇流入常、镇者，总兵徐珏败之，苏、松、宁、绍相继告捷。兵部奏文华功，帝从之，降敕令文华还京。论平倭功，加文华少保，宗宪右都御史，各任一子锦衣千户，余升赏有差。倭俘麻叶、陈东等械系至京，礼、兵部请献俘，从之，群臣俱贺。
时倭略平，惟舟山贼据险结巢未下，官兵环守之不能克。诸狼、土兵俱已遣归，而川、贵兵六千人始至。胡宗宪方留防春汛，隶俞大猷经营舟山之贼。会夜大雪，大猷乃督兵四面攻之。贼悉锐出敌，官军竞进。贼败归，乃以棕蓑卷火掷之，贼四散溃出，斩首一百四十余级，余悉焚死。
三十六年（丁巳，一五五七）冬十一月，海寇汪直伏诛。徐海等既死，汪直复纠众三千余入宁波岑港，大掠四境。汪直，徽人也。宗宪亦徽人，乃以金帛厚赂诱之，云：「若降，吾以若为都督。」置海上通互市，乃迎直母与其子入杭厚抚之。而奏遣生员蒋洲往谕，与之盟。直信之，遂自奋言：「能肃清海波，赎死命。」与其党毛海峰、叶碧川等从蒋洲来杭州。洲至，而直未至，人疑其诈。巡按周斯盛请罢贡罪洲，于是逮洲狱，洲乃陈谕倭始末，及言「直以诚来，其未至，必风阻耳」。已而直果乘巨舟，遣头目数十人随来，泊舟定海。盖初舟实为飓风所损也。宗宪使人招直，直愿见洲，洲方对理。疑其觖望不遣，遣千户夏正质其舟。直素与正善，不疑。遂诣军门请罪，具言自效状。宗宪待以宾礼，使指挥为其馆主，给舆夫出入，复出蔬米酒肉供馈其舟人，日费数百金，且交质为信。因具状闻，请赦之。科臣王国祯力持不可。疏入，上谓「直元凶不可赦」。宗宪乃密檄按察司收直等斩之。论平倭功，加宗宪太子太保，余皆迁赏。然直虽就诛，而三千人皆直死士无所归，益恚恨，复大乱。
三十七年（戊午，一五五八）春二月，倭犯潮州之鮀浦，攻蓬州千户所。佥事万仲分部水陆兵马，东西哨攻之。临敌而哨兵皆溃，领哨千户魏岳、高洪俱死。寻犯福州，巡抚阮鹗不能御，取库银数万两赂之。以新造大舟六艘，俾载而去。
夏四月，倭掠台州临海之三石镇，约数千人，总督胡宗宪击走之。倭攻福清，破之，执知县叶宗文。举人陈见率家僮御贼不克，与训导邬中涵俱骂贼死。
五月，自海口出港，参将尹凤引舟师击之，沈其舟七，斩首六十余级，生擒七人，余众遯去。凤追击东洛外洋，复败之，铳伤及溺水死者甚众，福、兴患少熄。
倭攻惠安，知县林咸乘城御之，攻五昼夜不克，丁壮死者数百人。倭亦失亡相当，乃引去。咸率兵击倭鸭山，乘胜追奔，陷伏中死之。倭分犯同安、长乐、漳、泉诸处。
秋七月，以浙江岑港海寇未平，诏夺总兵俞大猷、参将戚继光职，期一月荡平，命胡宗宪督之。初，宗宪遣毛海峰诱降汪直，直至，下狱，海峰遂与倭目善妙等五百余人烧船登岸，列栅舟山，阻岑港而守。官军四面围之，屡斩获。然海中数苦毒雾，贼凭高死斗，先登者多陷没，新倭复大至。冬十月，岑港倭移巢柯梅，胡宗宪屡督兵讨之，不能克。
兵备副使谷峤捍御海上，屡破倭。制府以捷闻，进山东参政。
三十八年（己未，一五五九）春三月，倭寇自象山河金、缆井诸处焚舟登岸，海道副使谭纶与贼战于马冈，败之，斩首七十级。
总督胡宗宪上言：「舟山残孽，移住柯梅，即共焚巢夜徙，力已穷蹙，势易成擒。而总兵俞大猷、参将黎鹏举邀击不力，纵之南奔，播害闽、广，宜加重治。」上命逮大猷、鹏举至京讯治。时人言籍籍，谓倭之开洋也，宗宪实阴遣之。倭南行泊浯屿，焚掠君民。由是福建人大噪，谓宗宪嫁祸。御史李瑚数其三大罪。瑚与大猷俱福建人。宗宪疑大猷漏言，故委罪以自掩。而大猷不善滑刺，素不为严世蕃所喜，故有是逮。廷臣惜大猷才，共假贷得三千金，馈世蕃，不死，罢职，发大同立功。
夏四月，江北倭趋通州，总兵邓城御之不利，指挥张谷被杀。倭进据白蒲镇，兵备副使刘景韶以游击丘升击白蒲倭于丁堰、如皋、海安，三战三捷。贼谋犯扬州，景韶复督升等以火攻其老营，击败之，焚死二百人。贼逸入潘家庄，尽锐攻之，先后斩首三百余级。初，贼自南沙登岸犯通州，至是剿绝。庙湾倭合众攻淮安，参将曹克新御之，战于姚家荡，自寅至申，大败之，斩首四百七十级。贼遁入姚庄，纵火焚庄，死者二百七十余，贼退入庙湾拒守。刘景韶督兵击倭于印庄，斩首四十级。贼西走，次日复战于新州，贼遁入民家，我兵以火攻之，凡再战，斩首二百六十级，贼悉焚死，无一人脱者。时江北流倭悉殄，惟庙湾据险固守不出。
五月，江北兵攻倭于庙湾，冲其巢，斩首四千。我兵死伤过当，复退守之。时贼营甚固，巡抚李遂以我军鼓战而疲，宜围守之。贼乏食，且水陆断其行道，可收全胜。通政唐顺之以为玩寇，乃自擐甲持矛麾兵以进。屡挑战，贼终不出。遂督兵入险，贼尽锐东西冲，杀伤相当。自是复稍稍出掠，觅舟为走计矣。顺之知失计，乃驾言经略三沙倭南去。踰月，倭困庙湾既久，刘景韶督卒填壕堑逼垒而阵。令水兵载苇焚其舟，复水陆进击。倭潜遁入舟，官兵进据其巢，追奔至瑕子港，斩获颇多。余倭无几，不复能战，乘风开洋而去。
福建新倭大至，多赍攻具。先攻福宁、连江、罗源，流劫各乡。进攻福州不克，移攻福安破之。参将黎鹏举以舟师击倭于海中七星山、屏风屿，斩首六十七级，生擒六十八人。时沿海长乐、福清等境皆有倭舟，广东流倭往来诏安、漳、浦间。浙江舟山倭移舟南来者，尚屯浯屿。福州、漳、泉无地非倭矣。舟山倭屯浯屿经年，至是乃开洋去。其毛海峰者，复移众南岙，建屋而居。永、福倭移舟出梅花洋，参将尹凤击败之。巡按樊献科请趋胡宗宪应援，未及行，巡抚阮鹗往剿之，倭稍创。
六月，倭众别部二十余艘屯崇明三沙，总督胡宗宪檄总兵卢镗帅师攻破之。前后斩首百余，遁去。宗宪以捷闻，兼言唐顺之赞画功，擢佥都御史。
秋七月，三沙倭突犯