倭尽归，与封贡如约。
九月，朝鲜国王李昖疏请许贡保国。上乃切责群臣阻挠封贡，追褫御史郭实等，诏小西飞入朝。时改总督侍郎孙矿新受事，倭使抵京，石星优遇如王公。小西飞等殊扬扬，过阙不下。既集多官面译，要以三事：一、勒倭尽归巢；一、既封不与贡；一、誓无犯朝鲜。倭俱听从，以闻。上复谕于左阙，语加周复，大略如枢部意。
十二月，封议定，命临淮侯李宗城充正使，以都指挥杨方亨副之，同沈惟敬往日本。时礼部议：「日本旧有王，未知存亡。关白或另拟二字，或即以所居岛封之。行长以下，量授指挥衔。」上竟准日本王号，给金印。行长授都督佥事。适谍报熊川岛倭船三十六号，业起行归，石星遂谓封事必可成矣。
二十三年（乙未，一五九五）春正月，辽东都御史李化龙疏倭六可疑、五可虑，谓：「倭不识汉字，恐中间两相欺绐，请从礼部量封秀吉顺化王。罢遣沈惟敬，增募水兵。而清正素不服关白，与行长不相能，可用鲁连谕燕将计间之。」时封使已发，竟不从。
二十四年（丙申，一五九六）春正月，先是，东封之使，久怀观望。至是，始抵釜山。而沈惟敬诡云演礼，同行长先渡海，私奉秀吉蟒玉、翼善冠及地图、《武经》。又驱壮马三百南戈崖，骑从阴献秀吉，取阿里马女，与倭合。李宗城纨绔子，经行之营，所在索货无厌。次对马岛，太守仪智夜饰美女二三人，更番纳行帷中，宗城安之。倭酋数请渡海，不允。仪智妻，行长女也。宗城闻其美，并欲淫之。智怒，不许。适谢周梓侄隆与宗城争道，宗城欲杀之。隆诛其左右，以倭将行刺，宗城惧，弃玺书夜遁。比明失路，自缢于树，追者解之，遂奔庆州。副使杨方亨闻于朝。上震怒，逮问宗城，议战守。会方亨复揭倭情无变，正使自为奸人误耳。上以方亨充使，加惟敬神机营衔副之。廷臣交章请罢封。上切责，下御史曹学程于理，立限渡海。于是惟敬益舞智揣摩，玩大司马股掌矣。
三月，工部郎中岳元声参石星，力主封事有三辱、四耻、五恨、五难。疏入，谪为民。
九月，杨方亨、沈惟敬奉册如日本。平秀吉斋沐三日，郊迎节使，受封，行五拜、三叩头、山呼礼。礼毕，款使者备至。朝鲜王议遣光海君致贺。己而听嬖臣李德馨言，使州判奉白土紬为贺。秀吉怒，语惟敬曰：「若不思二子、三大臣、三都、八道，悉遵天朝约付还。今以卑官微物来贺，辱小邦耶？辱天朝耶？」惟敬慰谕之。秀吉曰：「今留石曼子兵于彼，候天子处分，然后撤还。」翼日，具货物数百种，奉贡遣使，赍表文二通，随册使渡海。至朝鲜，廷议遣使于朝鲜取表文进验。其一谢恩，其一乞天子处分朝鲜。廷议以为饰说云。
二十五年（丁酉，一五九七）春正月，石星请自往朝鲜谕两国就盟罢兵。不许。
二月，再议东征。时封事已坏，而杨方亨诡报「去年从釜山渡海，倭于大版受封，即回和泉州」。然倭责朝鲜三子不往，谢礼又微，仍留釜山如故。谢表后时不发，方亨徒手归。至是，沈惟敬始投表文，案验潦草，前折用丰臣图书，不奉正朔，无人臣礼。而宽奠副总兵马楝报「清正等拥二百艘，屯机张营」，方亨始直吐本末，委罪惟敬，并石星前后手书，进呈御览。上大怒，命逮石星、惟敬按问。以兵部尚书邢玠总督蓟辽。改麻贵为备倭大将军，经理朝鲜。佥都御史杨镐驻天津，申警备。杨汝南、丁应泰赞画军前。
五月，邢玠至辽。行长建楼，清正布种，岛倭窖水，索朝鲜地图，玠遂决意用兵。麻贵望鸭绿东发，所统兵仅万七千人，请济师。玠以朝鲜兵惟闲水战，乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山，陕兵及福建、吴淞水兵，刘綎督川、汉兵六千七百听剿。贵密报候宣、大兵到，乘倭未备，竟掩釜山，则行长擒，清正走。玠以为奇计，乃檄杨元屯南原，吴惟忠屯忠州。
大学士张位请屯田开城、平壤，以资军兴。朝鲜恐中国吞并，以硗确为辞，议遂寝。
六月，倭数千艘先后渡海，分泊釜山、加德、安骨、安窟，放丸如雨，歼朝鲜郡守安弘国。已复往来竹岛，渐逼梁山、熊川。沈惟敬率营兵二百，出入釜山。经略邢玠阳为慰藉，檄杨元袭执之，缚至贵营。惟敬执而倭向导始绝。
七月，倭夺梁山、三浪，遂入庆州，侵闲山。夜袭恭山岛，统制元均风靡，遂失闲山要害。闲山岛在朝鲜西海口，右障南原，为全罗外藩。一失守则沿海无备，天津、登莱皆可扬帆而至。而我水兵三千，甫抵旅顺。闲山破，经略檄守王京西之汉江、大同江，扼倭西下，兼防运道。
八月，清正围南原，乘夜猝攻。守将杨元闻倭至，惊起帐中，乘城跣足而遁。辽人卫杨元西奔，时全州有陈愚衷，忠州有吴惟忠各扼要。而全州去南原仅百里，相犄角。南原告急，愚衷懦不发兵。闻已破，州民争弃城走。麻贵急遣游击牛伯英赴援，与愚衷合兵屯公州。倭遂犯全罗，逼王京。王京为朝鲜八道之中，东隘为鸟岭、忠州，西隘为南原、全州，道相通。自二城失，东西皆倭，我兵单弱，因退守王京，依险汉江。麻贵请于玠，欲弃王京，退守鸭绿江。海防使萧应宫以为不可，自平壤兼程趋王京止之。麻贵发兵守稷山，朝鲜亦调都体察使李元翼由鸟岭出忠清道，遮贼锋。玠既身赴王京，人心始定。玠召参军李应试问计，应试请问朝廷主画云何？玠曰：「阳战阴和，阳剿阴抚。政府八字密画，无泄也。」应试曰：「然则易耳。倭叛，以处分绝望，其不敢杀杨元，犹望处分也。直使人谕之曰『沈惟敬不死』，则退矣。」因请使李大谏于行长、冯仲缨于清正，玠从之。
下石星于法司，并沈惟敬俱坐大辟。
九月，倭至汉江，杨镐遣张贞明持惟敬手书，往责其动兵，有乖静俟处分之实。行长、正成亦尤清正轻举，乃退屯井邑，离王京六百里。清正亦屯退庆尚，离王京四百里。贞明反至中途，为人所刺死。麻贵遂报青山、稷山大捷。萧应宫具揭上曰：「倭以惟敬手书而退，青山、稷山并未接战，何得言功！」玠、镐怒，遂劾应宫恇怯，不亲解惟敬。并逮。
十一月，总督邢玠征兵大集。上发帑金犒军，并赐玠尚方剑，而以御史陈效监其军。玠大会诸将，分三协，左李如梅，右李芳春，中高策，并以副总兵分将。经理杨镐同麻贵率左右协，自忠州鸟岭向东安趋庆州，专攻清正。使李大谏通行长，约勿往援。复遣中协屯宜城，东援庆州，西扼全罗。以余兵会朝鲜，合营由天安、全州、南原而下，大张旗帜，诈攻顺天等处，以牵制行长东援。
十二月，会庆州。麻贵遣黄应旸贿清正约和，而率大兵奄至其营。时倭屯尉山，尉山之南岛山俱不甚高，而城皆依山险，中一江通釜寨，其陆路由彦阳通釜山。贵欲专攻尉山，恐釜倭由彦阳来援，令中协高重、吴惟忠等扼梁山，左协董正谊等赴南原，张疑兵，又遣右协卢继忠兵二千，屯西江口防水路援。
二十三日，乃进攻尉山，游击摆寨以轻骑诱倭入伏，获级四百余。倭尽奔岛山，于前连筑三寨。翼日，游击茅国器统浙兵先登，连破之，获级六百六十一。倭坚壁不出。方力攻山寨时，裨将陈寅身先士卒，冒弹矢勇呼而上，砍栅两重。清正白袍跃马，督倭拒守。至其第三栅垂拔，杨镐遽令国器窃割倭级，战稍解。国器复以李如梅未至，不便首功，遂鸣金收军。诘朝如梅至，攻之不拔。岛山视尉山高，石城新筑，坚甚，我师仰攻多损伤。诸将乃议曰：「倭艰水道，饷难继。第坐困之，清正可不战缚也。」镐等以为然，分兵围十日夜。倭用炮者，从隙发，多命中，弹皆碎铁为之，中多迭伤。然倭亦饥甚，瞰我师稍怠，伪约降缓攻，而冀行长来援。行长亦虑我袭釜营，不敢轻进。乃选锐卒三千，虚张帜蔽江上。朝鲜将李德馨讹报海上倭船扬帆而来，镐不及下令，策马西奔。诸军无统御，皆溃。清正纵兵逐北，军士死者万余，游击卢继忠三千人歼焉。镐、贵奔星州，撤兵还王京，会同邢玠露布，言尉山大捷。诸营上簿书，士卒亡者二万。镐大怒，驳正，止称百余人。赞画丁应太闻尉山之败，惭惋诣镐问后计。镐示以内阁张位、沈一贯手书，并所票未下旨，扬扬功伐，应泰怒，验进退情实，首论位、一贯交结边臣，扶同欺蔽，镐附势煽祸，饰罪张功，及麻贵、李如梅按律悉当斩。并镐驳改阵亡兵马卷册封进。上览之，震怒，欲付法。辅臣赵志皋力救，乃罢镐听勘。因遣给事中徐观澜查勘东征军务。上怒，张位以其密揭荐镐，削籍为民。以天津巡抚万世德代杨镐经理辽左。
二十六年（戊戌，一五九八）春正月，总督邢玠以前役乏水兵无功，乃益募江南水兵，精讲海运，为持久计。
二月，都督陈璘以广兵，刘綎以川兵，邓子龙以浙、直兵先后至。邢玠分兵三协为水陆四路，路置大将。中路李如梅，东路麻贵，西路刘綎，水路陈璘，各守信地，相机行剿。时倭盘据朝鲜七年，没海千余里，亦分三窟。东路则清正据尉山，自去冬攻围，益增筑西生、机张，在在屯兵，而恃釜山为根本。西路则行长据粟林、曳桥，建砦数重，凭顺天城，与南海营相望，负山襟水，最据扼塞。中路则石曼子据泗洲，北恃晋江，南通大海，为东西声援。萨摩州兵剽悍称劲敌，而行长水师番休济饷，往来如驶，尤倭系重。玠惩岛山之失，特于三路外，置水兵一路，约日并进。寻报辽阳警，李如松败没，诏李如梅还赴之。中路以董一元代。
九月，东征将士分道进兵。刘綎进逼行长营，使吴宗道约行长为好会，行长许以五十人往。綎喜，分布诸将，四面设伏。令部将诈为綎，而綎诈为卒，执壶觞侍。令军中曰：「视吾出帐，即放炮围倭，尽歼之。」翼日，行长果率五十骑来。伪綎罄折，迎于帐外。及席，行长顾执壶觞者曰：「此人殊有福。」綎惊愕，置壶觞出。司旗鼓者遽传炮。行长腾跃上马，从骑一字雁列，风剪电掣，旋转格杀。游击王之翰急率黔、苗兵来援，倭已夺路而去。明日，行长遣人谢宴，綎亦遣官谢，谓昨登席放炮，敬客礼也，悞生疑心。行长唯唯，遣使遗綎以巾帼。綎进攻城，夺其桥，斩首九十二。陈璘舟师协堵，击毁倭船百余。行长潜山千余骑扼之，綎不利退，璘亦弃舟走。麻贵至尉山，据险割其粮稻，颇有斩获。倭伪退诱之，贵入其空垒，伏兵起，旗帜蔽空，遂败。董一元进取晋州，乘胜渡江南，连毁永春、昆阳二寨。倭退保泗州老营，鏖战下之，游击卢得功殁于阵。前逼新寨，寨三面临江，一面通陆，引海为濠，海艘泊寨下千计，筑金海、固城为左右翼，中通东阳仓。
十月，董一元遣步兵游击茅国器、彭信古、叶邦荣前攻城，骑兵游击郝三聘、马呈文、师道立、柴登科继之。游击蓝方威攻其东北水门，自辰至未，彭信古用火横击寨门，碎城垛数处，步兵竞前拔栅。忽营中横破，火药发，烟涨天。倭乘势冲杀，固城援倭亦至，郝三聘，马呈文率骑兵先走，遂大溃，奔还晋州。勘科徐观澜奏四路丧败