丙戌，时馨削籍。时馨贪黩，初知新喻，调嘉鱼，迁南京大理寺评事。故为敝衣冠，从邹元标讲学，历考功、文选二司。及被劾，请廷质。且曰：「戎政、兵部左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此吕，避察不得，又求少宰不得，遂同谕德刘应秋、大理右少卿江柬之等，诋李三才授赵文炳冀陷太宰而代之。」上怒其渎辨。甲午，逮故浙江海道副使丁此吕。蒋时馨既斥，孙丕扬为衅由此吕，沈思孝以此吕建言不宜察。丕扬遂上此吕访单，贪婪赃迹，虽建言无幸脱理。命逮下狱。对簿之日承服，朱砂床具等累累。丕扬遂与思孝交恶矣。
八月，沈思孝言：「孙丕扬庇属负国。」丕扬乞休，不允。
十一月丁丑，工部员外郎岳元声言：「言官攻言官，大臣攻大臣，不若俱罢之。」
二十四年（丙申，一五九六）八月癸亥，大学士张位乞罢，不许。时吏部尚书孙丕扬乞休，疏二十上。言：「权官坐谋，鹰犬效力，义难再留。」以位党丁此吕、沈思孝也。上责丕扬无大臣体，宜协恭毋相抵牾。
闰八月，吏部尚书孙丕扬、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罢。
二十七年（己亥，一五九九）五月丁巳，以光禄寺卿李三才为都察院右佥都御史，巡抚凤阳。
二十九年（辛丑，一五九九）九月戊午，礼部尚书兼翰林院学士沈鲤、朱赓兼东阁大学士，值文渊阁。时廷推九人，上已点朱国祚、冯琦，而沈一贯密揭二臣年未及艾，曷少需之，先爰立老成者。赓得入。鲤先任礼部，与申时行左，请告，上不许。吏科都给事中陈与郊因疏劾鲤，鲤求去益力。上私语曰：「沈尚书不晓我意。」遂有是命。
三十一年（癸卯，一六０三）夏四月，楚王华奎与宗人华走氐等相讦，章下礼部。初，楚恭王隆庆初，废疾薨，遗腹宫人胡氏孳生子华奎、华璧。或云：内官郭纶，以族人如綍奴产子寿儿，及弟如言妾子尤金梅所出，并入宫，长为华奎，次华璧。仪宾汪若泉尝讦奏，事下抚、按。王妃坚持之，乃寝。华奎既嗣楚，华璧封宣化王。华走氐素强御，忤王。走氐妻又如言女，知其详。走氐遂盟宗人二十九人入奏：「楚先王风痹，不能御内，乃令宫婢胡氏诈为身。临蓐时，抱妃兄王如言子为华奎，又抱妃族王如綍舍人王玉子为华璧，皆出于妻恭人王氏口。王氏，如言女，故知之。二孽皆不宜冒爵。」章入，通政司沈子木持未上。
六月，楚王劾宗人疏亦至。事下部。礼部右侍郎郭正域曰：「王奏华走氐事易竟。华走氐奏王非恭王子，乱皇家世系，事难竟。楚王袭封二十年，何至今始发？而又发于女子骨肉之间？王论华走氐一人，而二十九人同攻王。果有真见，出真情否？王假，则华走氐当别论；王真，则华走氐罪不胜诛。」沈一贯以亲王不当勘，但当体访。正域曰：「正域江夏人，一有偏徇，祸且不测。非勘则楚王迹不白，各宗罪不定。王迹勘，各宗罪，不勘，人于何服！」时正域右宗人，而辅臣沈鲤又右正域。户部尚书赵世卿、仓场尚书谢杰、祭酒黄汝良皆谓王非假。一时阁、部互相龃龉。给事中姚文蔚劾郭正域故王护卫中人，修怨谋陷王。都察院右都御史温纯劾御史于永清、给事姚文蔚，刺及沈一贯。
九月己巳，刑科都给事中杨应文、给事中钱梦皋各劾郭正域，梦皋并及次辅沈鲤。俱不报。上卒以王为真，而正域罢去。寻楚府东安王英燧、武冈王华增、江夏王华暄等，请复勘假王，不听。时票楚事皆朱赓，二沈引嫌不出。
十一月，妖书事起，沈一贯疑郭正域为之。钱梦皋遂直指正域，且及辅臣沈鲤。陕西道御史康丕扬将例转，内监贾忠贞语丕扬，乘妖书可免，丕扬遂起而佐之。后归狱皦生光，得解。
三十三年（乙巳，一六０五）春正月，考察京官。时主察，当属吏部左侍郎杨时乔，辅臣沈一贯惮其方严，请以兵部尚书萧大亨主笔。疏上，上以时乔廉直，竟属之。时乔与都御史温纯力持公道，疏上，留中。
三月辛巳，吏部趋计疏，中旨留被察给事中钱梦皋、御史钱一鲸等。复论：「京察科、道，不称职者甚众，岂皆不肖？必有私意。朕不得无疑。」盖以一贯私人被诘责也。时乔、纯言：「察处科、道，万历二十一年科七人，道七人。二十七年，科五人，道九人。今议处科四人，道七人，皆参众矢公。而圣谕严切，臣等无状，宜罢。」上不问。南京总督粮储尚书王基以拾遗自辨，上特留之。
夏四月，刑科给事中钱梦皋复论楚事，请削前侍郎郭正域籍，并言左都御史温纯党庇。工科给事中钟兆斗例转，亦诬奏纯。纯乞休。大理少卿徐宗浚、吏部都给事中侯庆远、御史孔贞一等皆论梦皋违禁妄辨，吏部左侍郎杨时乔亦言之。俱不报。
五月，侯补职方郎中刘元珍劾「沈一贯偏置私人，蒙上箝下。钱梦皋妄奏求容，士林不齿」。一贯、梦皋皆疏辨。梦皋谓元珍为温纯鹰犬。降一级，调极边。
六月，吏部员外郎贺灿然言：「被察科、道，与温纯皆当去。」南京吏科给事中陈良训，御史萧如松、朱吾弼，各论王基、钱梦皋、钟兆斗必不可留，沈一贯结近侍，阳施阴设。
秋七月，兵部主事庞时雍直攻沈一贯欺罔误国。于是太子太保都察院左都御史温纯致仕，钱梦皋、钟兆斗各避疾，京察始得奏。寻谪贺灿然、庞时雍，夺朱吾弼俸，拾遗南京户部尚书王基免。时有布衣在一贯坐，梦皋戏之曰：「昔之山人，山中之人。今之山人，山外之人。」布衣应声曰：「昔之给事，给黄门事。今之给事，给相门事。」识者噱之。
三十四年（丙午，一六０六）夏六月，吏科给事中陈良训、御史孙居相劾沈一贯奸贪。大学士沈一贯、沈鲤并致仕。一贯连岁乞休，疏八十上，始允。鲤居位四载，尝列天戒民穷十事，书之于牌，每入阁，则拜祝之。或谗鲤为咀咒，上命取观之，曰：「此非咀咒语也。」妖书事起，危甚，赖上知其心，得无恙。及放归，得旨不如一贯之优。各赐金币，鲤半之。出都日，犹有谗其衣红袍阅边者，中官陈矩为解乃已。孙居相夺岁俸，陈良训镌三级调外。
三十五年（丁未，一六０七）五月，以礼部左侍郎李廷机、南京礼部右侍郎叶向高为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。又谕朱赓召旧辅王锡爵。时顾宪成移书向高言：「近日辅相，以模棱为工，贤否圂淆。」引张禹、胡广为戒。廷机故出沈一贯门，人多疑之。给事中王元翰、胡忻、曹于汴、宋一韩，御史陈宗契等，交章劾廷机。廷机故清介，而攻之者诋为辇金奥援，御史叶永盛极辨之。廷机伏阙辞，不允。上下旨切责元瀚等。
秋七月，总督漕运李三才请补大僚，选科、道，用废弃。其论废弃曰：「诸臣祗以议论意见一触当路，永弃不收，总之于皇上无忤。今乃假主威以锢诸臣，又借忤主之名以饰主过。负国负君，莫此为甚。」参政姜士昌赍表入京，奏别遗奸，录遗逸。遗奸指王锡爵、沈一贯。朱赓又曰：「古今称廉相，必称唐杨绾、杜黄裳。然二贤皆推贤好士，惟恐不及。而王安石用之，驱逐诸贤，竟以祸宋。」时李廷机有清名，故士昌规及之。赓、廷机上疏辨，降士昌广西佥事。御史宋焘论救，谪平定州判，加谪士昌兴安典史。
三十六年（戊申，一六０八）五月，礼部主事郑振光劾辅臣朱赓、李廷机大罪十有二，指一贯、赓、廷机为过去、现在、未来三身，布置接受，从风而靡。上以其诬诋，谪普安州判。
九月，先是，王锡爵辞召，手疏言：「皇上于章奏一概留中，特鄙弃之，如禽鸟之音不以入耳，然下以此愈嚣。臣谓君父至尊，必自立于无过之地。请幡然降旨，尽除关税，召还内差，散内库之有余，济边储之不足，天下必欢呼踊跃，以颂圣德。留中章疏，亦自有缓急。如推补九卿，以吏部、都察院为先，庶官以科、道为急。科、道考选久停，与其故裁抑，留不肖，以塞贤者之途，孰若稍疏通，简新进，以决旧日之壅。此今日揽权上策也。」时疏甚密，而都御史李三才钩得之，泄言于众，谓锡爵以台、省为禽兽。于是南京户科给事中段然首论锡爵与朱赓密揭，擅权乱政。不报。起孙丕扬太子少保、吏部尚书。
十月壬戌，起吏部文选郎中顾宪成为南京光禄少卿，辞不至。丙寅，工科给事中何士晋劾锦衣卫左都督王之桢为辅臣爪牙心腹，亟宜显斥。礼科给事中张凤采、刑科都给事中萧近高、给事中张国儒交章纠王锡爵、朱赓。国儒言：「台、省五十余人，共纠朱赓奸状，而尚书赵世卿曲媚之。」俱不报。
十一月壬子，朱赓卒于官。赓性淳谨，同乡沈一贯当国，善调护，故妖书、楚狱，其祸不蔓。赓卒，廷机当首揆，言路益攻之。廷机决计不出，叶向高独相，而攻廷机者未已也，遂移居演象所之尊武庙。乞放，凡五年，至万历四十年，始得请。寒暑闭门无履迹。
三十七年（己酉，一六０九）春二月丙寅，御史郑继芳劾工科右给事中王元翰贪婪不法。元翰亦奏辨，继芳为王锡爵、申时行吐气。初，给事中王绍徽善汤宾尹，营入阁甚急，尝语元翰曰：「公语言妙天下，即一札扬汤君，汤君且为公死，世间如汤君可恃也。」元翰辞焉。绍徽衔之，因嗾继芳摭元翰。
夏四月，吏科纠擅去诸臣。初，工科给事中孙善继拜疏竟去，刘道隆继之，王元翰、顾天峻、李腾芳、陈治则各先后去。命削善继籍，道隆等各降秩。时南北科、道互相攻诋，至不可问。户科给事刘文炳请召邹元标。不报。
十二月乙丑，工部主事邵辅忠论：「总督漕运李三才，结党遍天下。前图枚卜，今图总宪。四岳荐鲧，汉臣谀莽，天下之大可忧也。」时三才需次内台，辅忠首劾之，继以御史徐兆魁，三才奏辨。工科给事中马从龙，御史董兆舒、彭端吾，南京工科给事中金在衡，交章为三才辨。俱不报。三才负才名，初为山东藩臬有声，民歌思之。抚淮十年，方税珰横甚，独能捕其爪牙，以尺棰毙大盗。三才多取多与，收采物情，用财如流水。顾宪成之左右，誉言日至，宪成信之，亦为游扬。三才尝晏宪成，止蔬三四色。厥明，盛陈百味，宪成讶而问之。三才曰：「此偶然耳！昨偶乏，即寥寥，今偶有，故罗列。」宪成以此不疑其绮靡。至是，挟纵横之术，与言者为难，公论诎之。
三十八年（庚戌，一六一０）五月壬子，吏部主事王三善乞勘李三才。不报。前吏部郎中顾宪成遗书叶向高，谓「三才至廉至淡漠，勤学力行，为古醇儒，当行勘以服诸臣心」。时给事中金士衡、段然力保三才，给事中刘时俊、兵部郎中钱宷争之，纷如聚讼。
三十九年（辛亥，一六一一）二月戊子，总督漕运李三才免。
三月，吏部尚书孙丕扬纠御史金明时倡言要挟逃察，命下都察院议处。初，明时巡阙，劾宝坻知县王淑汴，吏部右侍郎王图子也。及临京察，知不免，遂先发攻王图。御史史记事论之，明时奏辨。主事秦聚奎言：「明时论王图，在去年十二月。丕扬论明时，在今考察先一日。而卒之明时挠察之疏，杳乎无闻。大臣结党欺