故道，禾尽没，民溺死者众。议者奏迁河南藩省，以避其害。左布政使徐恪力陈不可，乃止。命昂往治之，昂举南京兵部郎中娄性协治。乃筑阳武长堤，以防张秋，引中牟之决以入淮，浚宿州古睢河以达泗，自小河西抵归德饮马池，中径符离桥而南，皆浚而深广之。又疏月河十余，以杀其势，塞决口三十六，由河入汴，汴入睢，睢入泗，泗入淮，以达于海，水患稍息。昂又以河南入淮，非正道，恐不能容，乃复自鱼台历德州至吴桥，修古河堤，又自东平北至兴济凿小河十二道，引水入大清河及古黄河以入海。河口各作石堰，相水盈缩，以时启闭。盖东北分治，而东南主疏云。
五年（壬子，一四九二）秋七月，张秋河决，命工部侍郎陈政督治之。时河溢沛、梁之东，兰阳、郓城诸县皆被其患。复决杨家、金龙等口东注，溃黄陵冈，下张秋堤，入漕河与汶水合而北，行张秋堤，乃遣政往，政寻卒。
六年（癸丑，一四九三）春正月，命浙江左布政司刘大夏为右佥都御史，督治张秋决河。
七年（甲寅，一四九四）春二月，河复决张秋，命平江伯陈锐、太监李兴协同都御史刘大夏督治之。先是，大夏既受命，循河上下千余里，相度形势。乃集山东、河南二省守臣议之。上言：「河流湍悍，张秋乃下流襟喉，未可辄治。治于上流，分道南行，复筑长堤，以御横波，且防大名、山东之患，候其循轨，而后决河可塞也。」疏上，报可。工方兴，而张秋东堤复决九十余丈，夺运河水，尽东流，由东阿旧盐河以入于海。决口阔至九十余丈，讹言沸腾，谓河不可治，宜复元海运，或谓陆挽虽劳无虞。乃复命锐等协治之。
河南巡抚都御史徐恪上言：「臣按地志，黄河旧在汴城北四十里，东经虞城，下达济宁。洪武二十四年，决武原县黑洋山，东经汴城北五里，又南至项城入淮，而故道遂淤。正统十三年，决于张秋之沙湾，东流入海。又决荥泽县，东经汴城，历睢阳，自亳入淮。景泰七年，始塞沙湾之决，而张秋运道复完。以后河势南趋，而汴城之新河又淤。弘治二年以来，渐徙而北，又决金龙口诸处，直趋张秋，横冲会通河，长奔入海，而汴南之新河又淤。百余年间，迁徙数四，千里之内，散逸弥漫。乃者上廑圣衷，特命都御史刘大夏经理，而伏流横溢，功力未竟。议者以黄陵冈之塞口不合，张秋之护堤复坏，遂谓河不可治，至有为海运之说者，得毋以噎而废食哉。夫黄陵冈口不可塞者，非终不可塞也，顾以修筑堤防之功多，疏浚分杀之功少，故湍悍之势不可遽回。今自荥泽县孙家渡口旧河，东经朱仙镇，下至项城县南顿，犹有涓涓之流，计其淤浅，仅二百余年，若疏而浚之，使之由泗入淮，以杀上流之势；又以黄陵冈贾鲁旧河，南经曹县梁进口，下通归德丁家道口，且可以分水势；今梁进口以南，则滔滔无阻，以北则淤塞将平，计其功力之施，仅八十余里，若疏而浚之，使之由徐入淮，以杀下流之势，水势既杀，则决口可塞，运道可完。毋求近功，毋惜小费，毋以小偾败辄阻，幸而成功，则万世之利也。」命下部议行之。山东按察司副使杨茂仁上言：「官多则民扰，治河既委刘大夏，又命李兴、陈锐，事权分而财力匮。且水阴也，其应为宫闱，为四彝，宜戒饬后戚，防御边患。」疏上，兴等切齿之，诬茂仁为妖言，逮系狱。科道交章论救，乃谪同知。茂仁，守陈子也。
夏四月，塞张秋堤，更名安平镇。先，是刘大夏发民丁数万于上流西岸，凿月河三里许，属之旧河，使漕通，不与河争道。乃浚孙家渡口，别开新河一道，导水南行，由中牟至颍州东，入于淮。又浚祥符四府，营县淤河，由陈留至归德，分为二道，一由宿迁小河口，一由亳州涡河会于淮。又于黄陵冈南浚贾鲁旧河四十里，由曹县出徐州，支流既分，水势渐杀，乃筑西长堤，起河南胙城，经滑、长垣、东明、曹、单诸县，尽徐州，长三百六十里，五旬而事竣，费轻功重逾于徐有贞云。玺书褒赏，入为户部右侍郎。始河自清河隙入淮，大夏治之，自宿迁小河入淮，则北三百里矣，已又北三百里，至徐州小浮桥入淮。
九月，加山东参政张缙秩为通政使，代刘大夏理河道。初，大夏治决河委缙调度，及成功，遂升为通政司右通政。时冲决之余，沟防不治，缙相其缓急，以渐修浚。无所遗。又于决口之东，砌石岸数里，以固旧防。又新筑南旺东堤，树柳其上，每岁夏秋水溢，挽卒得分行无阻，至今便之。
武宗正德四年（己巳，一五０九），河决曹、单趋沛，出飞云桥，命工部侍郎崔岩往治。岩发丁夫四万余人，塞垂成，涨溃。代以右侍郎李镗，四月弗成，盗起而罢。
七年（壬申，一五一二）秋九月，以右都御史刘恺总理河道。恺筑大堤，起魏家湾，亘八十余里，至双堌集，都御史赵璜又堤三十里续之，曹、单以宁。
世宗嘉靖七年（戊子，一五二八）春正月，凿新漕，不成。先是，河决曹、单、城武、阳家口、梁靖口、吴士举庄，冲鸡鸣台，沛北皆为巨浸。东溢逾漕，入昭阳湖，沙泥聚壅，运道大阻。刑部尚书胡世宁上言：「运道之塞，河流致之也。请先述治河之说。河自经汴以来，南分二道：其一出荥泽，经中牟、陈、颍，至寿州入淮；其一出祥符，经陈留、睢、亳，至怀远入淮。其东南一道，自归德、宿、虹出宿迁。其北分新旧五道：一自长垣、曹、郓出阳谷，一自曹州双河口出鱼台塌场，一自仪封出徐州小浮桥，一出沛县飞云桥，一出徐沛之间，境山之北溜沟。此六者皆入漕渠而南汇于淮，而今且湮塞矣。止存沛县一河，势合岸狭，不得不溢，所以丰、沛、徐州漫为巨浸，溢入沛北之昭阳，以致运道壅淤。然壅淤既久，势必复决。决而东南，有山限隔，其祸小。决而东北，前宋澶州之决，郡县数十皆灌，祸不可言矣。故今治河，当因故道而分其势也。其阳谷、鱼台二道，势近东北，不可复开。而汴西荥泽孙家渡至寿州一道，决宜常浚，以分上流之势。自汴东南，原出怀远、宿迁、小浮桥、溜沟四道，宜择其便利者，开浚一道，以分下流之势。或恐丰、沛漫流久而北徙，欲修城武以南废堤，至于沛县之北庙道口，以塞新决，而防其北流，此亦一计也。至于运道，臣与李承勋同行拟议，莫若于昭阳湖左，滕、沛、鱼台之中，地名独山、新安社诸处，别开一河，南接留城，北接沙口，阔五六丈，以通二舟之交；来冬冰结船止，更加浚阔，以为运道，此其上策也。」至是，河道都御史盛应期上言：「宜于昭阳湖左，别开新渠，北起姜家口，南至留城一百四十余里，以通漕舟。」其说与世宁合。工部尚书童瑞复议，从之。乃集民夫万人，分标开凿，已而其地居河上流，土皆沙淤，功弗就。应期日夜止宿水次，益卒数万治之，百姓滋怨，言者谓糜财用，劳民力，功必不可成。上怒，夺应期官，归田里，而新渠之议寝焉。以侍郎潘希曾往代，踰年，丰、沛、单三县堤成。
十三年（甲午，一五三四），初，飞云桥之水，北徙鱼台、谷亭，舟行闸面，丰、沛以北，稍远水患。久之，复决赵皮寨，谷亭流绝，而庙道口复淤。议者欲引沁凿卫，置敖仓卫辉，由涡经汴达阳武，陆挽之，始由卫北运，言人人殊。时治河者工部侍郎刘天和，专修复故道，未几河忽自夏邑、太丘等集冲数隙，转东北流，经萧县出小浮桥，下济二洪，赵皮寨寻塞，盖河势南徙。
十九年（庚子，一五四０），河决睢州野鸡冈，经涡入淮，二洪大涸。上命兵部左侍郎王以旗督理。以旗役丁夫七万，开李景高支河一道，引水出徐济洪，八月而成，粮运无阻，上悦，加以旗秩。寻复淤。是时河益南徙，颇便漕。然五河、蒙城、临淮诸州邑，凤、泗之北，祖陵在焉，议者以为忧。
三十一年（壬子，一五五二）秋八月，河决房村，至曲头集，凡决四处，淤四十余里，都御史曾钧役丁夫五万六千有奇，浚之，三阅月而成。
三十七年（戊午，一五五八），河北徙新集淤而为陆二百五十余里，视故道高三丈有奇，河分流弱，离为十一，河南、山东、徐、邳皆苦之。
四十四年（乙丑，一五六五）秋七月，河尽北徙，决沛之飞云桥，横截逆流，东行踰漕，入昭阳湖，泛滥而东，平地水丈余，散漫徐促沙河至二洪，浩渺无际，而河变极矣。初，漕渠左视昭阳湖，其地沮洳，去河不数十里，识者危之。嘉靖初，盛应期督漕，议凿渠湖左以避河患，朝廷从之。鸠工未半，为异议所阻，至是漕湮，以吏部侍郎朱衡出督浚凿。衡与佥都御史潘季驯寻应期所开故道，以为运道之利，无逾于此，疏请凿之，开新河，自南阳达留城百四十一里，浚旧河自留城达境五十三里，役丁夫九万余，八阅月而成，而水始南趋秦沟。
穆宗隆庆元年（丁卯，一五六七）春正月，开广秦沟以通运道。先是，河决沛县，议者请复故道，乃议新集、郭贯楼诸处上源。尚书朱衡言：「古之治河，惟欲避害，今之治河，兼欲资利，河流出境山之北，则闸河淤；出徐州之南，则二洪涸。惟出自境山至徐州小浮桥四十余里间，乃两利而无害。自黄河横流，碣山、郭贯楼支河皆已淤塞，改从华山，分为南北二支，南出秦沟，正在境山以南五里许，此诚运河之利也。惟北出沛，西及飞云桥，逆上鱼台，为患甚大。陛下不忍沛、鱼之民横罹昏垫，欲开故道，臣考之地形，参之舆论，其不可者有五：自新集至两河口，背平原高阜，无尺寸故道可因，郭贯楼至龙沟一带，颇有河形，又系新淤，无可驻足，其不可一也。河流由新集，则商、虞、夏邑受之，由郭贯楼，则萧、砀受之，今改复故道，则鱼、沛之祸复移萧、砀，其不可二也。黄河西注华山，势若建瓴，欲从中凿渠，挽水南向，必当筑坝，为力甚难，其不可三也。旷日持久，役夫三十万，骚动三省，其不可四也。工费数百万，司农告匮，其不可五也。臣以为上源之议可罢，惟广开秦沟，使下流通行，修筑长堤，以防奔溃。」上从之。乃凿旧渠深广之，引鲇鱼诸泉、薛沙诸河，注其中，灞三河口，疏旧河，筑马家桥堤，道之出飞云桥者使尽入秦沟。自留城至赤龙潭，又五十三里，凡为闸八，减水闸二十。为坝十有二，堤三万五千二百八十丈，石堤三十里。已而凿王家口导薛河入赤山湖，凿黄甫导沙河入独山湖，凡为支河八，旱则资以济漕，潦则泄之昭旸湖，运道尽通，是名夏镇河。工成，加衡太子少保，于是河专由秦沟入洪，而河南北诸支河悉并流秦沟。
三年（己巳，一五六九）秋七月，河水溢，自清河抵淮安城西，淤者三十余里。决方、信二坝出海，平地水深丈余，宝应湖堤崩坏，山东莒、郯诸处水溢，从沂河、直河入邳州，人民溺焉。
四年（庚午，一五七０）秋九月，河决邳州，自睢宁白浪浅至宿迁小河口，淤百八十里，溺死漕卒千人，失米二十余万石。总督河道侍郎翁大立言：「迩来黄河之患，不在河南、山东、丰、沛，而专在徐、邳，故欲先开泇河