三月，御史邹鲁诬奏刑部尚书何乔新受馈遗，下狱。先是，乔新每重王恕，不平刘吉，吉衔之。会邹鲁谋升大理寺丞，乔新荐魏绅补之，吉遂嗾鲁有是奏。礼部尚书耿裕上疏禁自宫，从之。
秋八月，吏部尚书王恕恳疏求致仕，不许。恕时有建白，众议谓业已行矣。恕言：「天下事苟未得其当，虽十易之不为害。若谓已行不及改，则古之纳谏如流，岂皆未行乎？」恕遇事敢言，有不合，即引疾求退，上每温诏留之。
九月，大学士刘吉罢。时上欲封张皇后弟伯爵，吉言必尽封周、王二太后家乃可。上恶之，使中官至其家，勒令致仕去。初，吉屡被弹章，仍进秩，人呼为「刘绵花」，谓其愈弹愈起也。或告吉监中老举人为之，吉因奏举人三次不中者，不许会试。至是禁除。
冬十月，命礼部尚书丘浚兼文渊阁大学士。
五年（壬子，一四九二）春二月，右谕德王华上疏，略曰：「每岁经筵，不过三四御，而日讲或间旬月始一行，则缉熙之功，毋乃或间。虽圣德天健，自能干干不息，而宋儒程颐所谓『涵养本源，熏托德性』者，必接贤士大夫之时多，宦官宫妾之时少，后可免于一暴十寒之患。」上嘉纳之。
三月，巡抚保定都御史史琳奏「宦戚假供应夺民园」。诏罢还之。
夏四月，大学士丘浚上疏言时政之弊，大略言：「陛下端身以立本，清心以应务。谨好尚勿流于异端，节财费勿至于耗国，公任用勿失于偏听，禁私谒以肃内政，明义理以绝奸佞，慎俭德以怀永图，勤政务以弘至治。度可以回天灾，消物异，帝王之治可几也。」因拟为二十二条，以为朝廷抑遏奸言，杜塞希求，节财用，重名器之助，凡万余言。上览奏甚悦，以为切中时弊。太监李广以城垣工完，乞恩量加内官俸级，王恕力持不可，止之。
五月，遣廷臣赍内帑银，赈杭、嘉、湖大水。
冬十月，中官传旨，以通政经历高禄为本司参议。吏部尚书王恕、侍郎周经执奏止之。
十一月，停止生员吏典开纳事例，王恕言：「永乐、宣德、正统间，天下亦有灾伤，各边亦有军马，当时未有开纳事例，粮不闻不足，军民不闻困弊。近年以来，遂以此例为长策。既以财进身，岂能以廉律已。欲他日不贪财害民，何由而得乎？」上从之。
六年（癸丑，一四九三）春正月，诏考察官未及三年被黜者，复其官。从大学士丘浚之言也。三月，亢旱，求直言。吏部左侍郎张悦上弭灾五事，并修德、图治二疏。上嘉纳之。
吏部尚书王恕致仕。时大学士丘浚与恕俱阶太子太保。一日内宴，浚以内阁位恕上，恕以已冢宰，不宜居礼部尚书下，颇有言。会太医院判刘文泰援例求进，事下吏部，格不行。文泰讦奏恕变乱选法及不当令人作《大司马王公传》，详述留中之疏。浚谓恕卖直沽名。恕上疏自劾，乃下文泰狱。恕求去益力，诏允之，命乘传归。于是言官交章劾浚媢嫉妨贤，上不听。
秋七月，京师大雨雹，礼部尚书倪岳疏弭灾急务，劝上勤圣学，开言路，止无功之赏，停不急之役，黜奸贪，进忠直，上嘉纳之。
七年（甲寅，一四九四）冬十月，西域进狮子，礼部尚书倪岳言：「狮者外域之兽，真伪不可知。使真，非中国宜畜；非真，无为外域所笑。」诏还之。
八年（乙卯，一四九五）三月，中官传旨命内阁撰《三清乐章》。大学士徐溥等上言：「三清乃邪妄之说，黩于祭祀，时谓勿钦。且设内阁者，实欲其议政事，论经史，弼正得失，奈何阿顺邪说，以取容悦也！」乃止。
十月，诏取番僧领占竹至京，礼部尚书倪岳执奏，给事柴升上言其诞妄，引孟轲、韩愈为证，反复数千言。上读之而悟，诏中止。天下诵之。
十二月，倪岳类奏各处灾异，上令诸廷臣同加修省。先是，四方报灾异，礼部类集，凡岁终一覆，以为故事。岳乃以日月先后，汇分条析，末复援经史，恳切为上言之。户部主事胡爟上疏言：「灾变异常，皆由奸宦杨鹏、李广所致。」不报。
九年（丙辰，一四九六）闰三月，谕德王华日讲文华殿，讲唐李辅国与张后表里用事。时内侍李广方贵幸，招权纳贿。华讽上，上乐闻之，命中官赐食。
六月，兵部尚书马文升请饬武备。
秋八月，大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁疏谏烧炼斋醮。时中官李广以左道被宠，溥等力言其邪妄，引唐宪宗、宋徽宗为戒。上嘉纳之。
冬十月，中使取宝坻港银鱼，并取麻峪山银矿，横索害民。顺天巡抚都御史屠勋疏言不可，诏戒中使，俱止之。
十年（丁巳，一四九七）二月，上屡游后苑，侍讲王鏊侍经筵，讲文王不敢盘于游畋。上悟，纳之。召李广等戒之，曰：「今日讲官所指，盖为若辈，好为之！」竟罢游。
三月，上御文华殿，召大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁议政事，赐茶而退。东阳谓「自天顺末，至今三十余年，尝召内阁，不过数语即退。是日经筵罢，有此召，因得见帝天姿明睿，庙算周详」云。
五月，京师风霾，各省地震，诏求直言，祠祭郎中王云凤上言纳忠言，罢左道、斋醮、采办、传奉诸事。上嘉纳之。
秋八月，上欲施恩后家。外戚张氏有河间赐地四百顷，欲并其旁近民田千余顷得之，且乞亩加税银二分。户部尚书周经言：「河间地多沮洳。比因久旱，贫民即退滩地耕之，遇潦辄没。即欲加税，将贻无穷之害，不可。」疏三四上。后有雄县退滩地，献为东宫庄者，上因经前奏，皆抵之罪。一时贵戚近幸有所陈请，一裁以法，皆敛不得肆。
十一月，诏取太仓银三万两，周经言：「皆系小民脂膏。」上遂止。
十一年（戊午，一四九八）秋七月，以浙江大水，户部尚书周经请停织造，从之。
九月，清宁宫灾，敕群臣修省。大学士李东阳上疏弊政，上嘉纳之。以少监莫英等督京、通仓，周经言其弊，不纳。
冬十月，太监李广有罪自杀。广以左道见宠任，权倾中外。会幼公主痘殇，太皇太后归罪于广。广惧，饮鸩死。上命搜广家，得纳贿簿籍，中言「某送黄米几百石」，「某送白米几千石」。上曰：「广食几何，而多若是？」左右曰：「黄米，金也。白米，银也。」上怒，籍没之。已而太监蔡昭请广祭葬祠额，许之。阁臣言其不可，上命止予祭。
十一月，下诏宽恤天下。议修清宁宫，兵部尚书马文升请发内帑，免征派，停止四川采木之扰。从之。
十二年（己未，一四九九）春正月，给事中杨廉疏：「讲书宜用《大学衍义》」从之。
夏五月，吏部尚书屠镛疏请禁内降，弭灾变，大意言：「天下士事诗书而躬案牍，积数十年不可得。而奔竞之士，或缘技艺蒙幸，如拾芥然，不可以为训。」又曰：「今日之传奉，即汉所谓西邸之爵，唐所谓斜封之官，宋所谓内批之降。陛下当远宗尧、舜，岂可袭末世之弊辙乎？」下所司知之。
六月，刑部侍郎屠勋勘寿宁侯与河间民构田事，直田归民。勋上言：「食禄之家不言利，况母后诞毓之乡，而与小民争尺寸地，臣以为不可。」上嘉纳从之。
秋九月，南京礼部尚书谢绶因灾异率九卿陈时政二十八事，下所司议行之。
冬十一月，清宁宫兴工，诏番僧入宫庆赞，吏部尚书屠镛上疏谏甚剀切，末云：「自今以后，乞杜绝僧道，停止斋醮。崇圣贤之正道，守祖宗之成法。使天下后世有所取则。」上悦，从之。
十三年（庚申，一五００）春正月，上以法司律例繁多，命刑部尚书白昂会九卿大臣删定画一，颁中外行之。大学士刘健上言：「自古愿治之君，必早朝晏罢，日省万机。祖宗黎明视朝，每日奏事二次。迩者视朝太迟，散归或至昏暮，四方朝贡，奚所瞻观？矧今各边启衅，四方荐灾，尤为可虑。怠荒是戒，励精是图，庶可以回天意，慰人心。」上嘉纳之。
二月，命户部侍郎许进往勘河间贵戚田庄。进会巡抚高铨勘之，冤声撼野，至拥州县吏不得行。进遽欲执以复命，铨曰：「若是，固为民至意；万一不测，如民重得罪何！请勘实以闻。上雅爱民，必不忍夺其业以利左右。」进以为然，遂勘实上疏：「系民业，宜予民。」上从之。
三月，给事中曾昂上言，以边方调度日烦，请令诸布政司，公帑积贮及均傜羡余，尽输太仓。户部尚书周经言：「用不足者，盖以织造、赏赉、斋醮、土木之故。若一切节省，自宜少裕。必欲尽括天下之财，岂藏富于民之意乎？」乃止。众皆服其议。
夏五月，吏部尚书屠镛、户部尚书周经各以星变乞致仕，许之。翰林检讨刘瑞上言八事：崇圣德，亲儒臣，严近习，全孝思，旌直言，励士风，畏小民，饬边备。上嘉纳之。
六月，陕西巡抚都御史熊翀得玉玺来献。礼部尚书傅瀚言：「以史传诸书考之，形制、篆刻皆不类，其为赝作无疑。即使非赝，人主受命在德不在玺。」上乃属库藏之。
十四年（辛酉，一五０一）春正月，陕西地震。南京佥都御史林俊上疏历述汉、晋以来，宫闱内寺柄臣之祸。请减斋醮，清役占，汰冗食，止工作，省供应，节赏赐，戒逸欲，远佞幸，亲正人。兵部尚书马文升上言：「祗畏变异，痛加修省。」劝上：「积金帛以备缓急，罢斋醮以省浪费。止传奉之官，禁奏讨之地。将陕西织造绒褐内臣，早取回京，以苏军民之困。」上嘉纳之。礼部尚书傅瀚率九卿疏弭灾、时政三十一事，不报。瀚复言：「民心易感，在结之以恩；天意可回，在应之以实。属者所陈，当如拯救，犹恐不及。而侧听弥月，未赐宸断，何以为理？」疏入，从之。时南北九卿上疏言事，俱报可。
三月，保定抚臣献白鸦以为瑞，礼部尚书傅瀚劾其不当，奏诏斥遣之。秋九月，诏遣中官王端往武当设像修斋，大学士刘健、吏部尚书倪岳、兵部尚书马文升各疏谏，上遽止。
冬十月，改马文升为吏部尚书。
十五年（壬戌，一五０二）正月，大计天下吏。上召马文升至暖阁，谕之曰：「天下觐吏毕集，卿其用心采访，毋纵毋枉，以彰黜陟。」文升顿首曰：「陛下图治若此，宗社福也，敢不仰承。」乃令中贵人掖之下陛。自是，汰不职者二千余人，皆当。
召两广总督刘大夏为兵部尚书。大夏素以安内攘外为已任，命下，人心翕服。先是，大夏在广东、西，一岁再求去，皆不许。既廷谢，上御帷殿，召问之曰：「朕素用卿，而数辞疾何也？」大夏对曰：「臣老且病，今天下民穷财尽，万一不虞，责在兵部。臣自度力不足办，故辞耳。」上默然。居数日，复召问：「征敛俱有当，何至今而独言民穷财尽也？」大夏对曰：「止谓其不尽有常耳，他固未暇论。即臣在广西取铎木，广东市香药，费固以万计。」上曰：「若向者言之，固已停止矣。其他征敛，可一一议革也。」上一日问：「诸卫所卒强勇可用否？」对曰：「向者臣固言民穷，而卒殆甚焉，何以作其锐！」上曰：「在卫有粮戍征有行粮何乃穷也？」对曰：「江南困转漕江北困京操他困又不止此，且所谓月