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上任伊始，余秋里便敲开了著名地质学家、时任地质部长的李四光的家门，向他虚心请教解决我国石油问题的计谋。李四光教授对中国有油的肯定答复更坚定了余秋里的信心。第二天，余秋里便驱车直奔中南海，向毛泽东提出：把有限的人力、财力、物力集中起来，使用在最关键的地方，突破一点带动全面。他坚信一定能够找到石油。毛泽东同意他的意见，并鼓励道：“给你上方宝剑，先斩后奏。”得到毛泽东的首肯后，余秋里一声令下，千军万马便开进了东北茫茫荒原，展开了一场震惊中外的石油大会战。当时，大庆还只是一个狩猎
人的小村落，条件十分艰苦，工人们都住在帐篷里。但石油工人在余秋里的领导下，豪情冲天，斗志昂扬，喊出了：“宁肯少活二十年，拼命也要拿下大油田”的口号。1960年4月9日，在石油会战总指挥部召开的一次技术座谈会上，有人汇报了职工思想和工作上存在的一些问题，流露出畏难情绪。余秋里听完，情绪有些激动，大声说道：“如果我们等条件成熟了再上，国家缺油的矛盾就会越来越糟。现在党中央，毛主席在期待着我们，各行各业都在眼巴巴地看着我们，我们能等闲视之吗？”说着说着，他右手一拍桌子，“噌”地站起来，语重心长地对大家说：“前不久有位老大娘跟我讲，你们那个王队长在工地上，饿了啃几口干粮，困极了裹着老羊皮往地上一躺，七天七夜不离开井场，一连五十多个小时没睡觉，他真是个铁人哪！老大娘没想到，她这话准确地概括了王进喜这个人。‘铁人’，正是对王进喜的意志、境界、干劲、性格的高度概括。我们要甩掉石油落后的帽子，不正需要这种精神吗？”余秋里的话引起了代表们的强烈共鸣。于是，会议正式发出了“学习铁人王进喜，人人做铁人”的号召。4月15日，会战指挥部在广场上举行学铁人誓师大会。王进喜披红戴花骑在马上绕场一周，余秋里手拿话筒，亲自带领大家一遍又一遍地高呼：“向铁人学习！”、“人人争做铁人”，掀起了声势浩大的比、学、赶、帮运动。同年7月，在余秋里的建议下，石油部党组又作出了在全油田开展学习王进喜、马德仁、段兴枝、薛国邦、朱洪昌五面红旗的活动。随后这项活动又发展成为学习百面红旗的活动，使大庆形成了“英雄铁人打头阵，马段薛朱紧相跟，比学赶帮争上游，铁人头上出钢人”的争学先进、争当先进的热潮。1963年，大庆会战取得决定性胜利，邓小平激动不已，他给毛泽东报告说：“余秋里这个人就是不信邪。”毛泽东评价说：“余秋里是帅才”。
此后，余秋里又把目光转向华北地区，准备开辟石油工业第二战场。1964年1月，经中央批准，石油部组织了华北石油勘探会战，先后发现并建成了胜利、大港、辽河、任丘、中原等一批油田，为我国的国民经济建设作出了巨大贡献。1964年12月，周恩来总理在全国第三届人大第一次会议上所作的《政府工作报告》中宣布：“我国经济建设、国防建设和人民生活所需要的石油，不论在数量或者品种方面，基本上都可以自给了！”
1964年12月，余秋里任国家计划委员会第一副主任兼秘书长。1965年1月，中央决定成立由余秋里等同志组成的小计委，主持编制了第三个五年计划，被称为“一个有骨有肉的好计划。”第三个五年计划刚开始执行不久，“文化大革命”就开始了。“文革”初期，余秋里被造反派从四川揪斗回北京，让他交待彭德怀和贺龙的问题，遭到了他的严厉驳斥。造反派恼羞成怒，将余秋里非法监禁在卫戍区，逼迫他写交待材料，给他戴高帽游斗。1968年5月的一天，在首都十多万人的游行批斗会上，余秋里仅剩的一只右手被反翦着，脖子上吊着一个硕大的铁牌，两名彪形大汉按住他的头，让他接受声势浩大的群众批判。避居西山的贺龙得知后，更是痛惜地说：“秋里同志革命几十年，出生入死，九死一生，剩了一条胳膊，因为我遭这个罪哟。”所幸的是，“文革”中期，余秋里被解放出来，先后任国家计委副主任、主任。在他主持计委工作期间，协助周恩来总理做了大量艰苦的工作，使遭受严重破坏的国民经济能够继续运转。1975年1月，余秋里任国务院副总理兼国家计划委员会主任。1982年9月，党中央、中央军委任命余秋里担任解放军总政治部主任。在离开军队二十四年之久后，余秋里又重新穿上了军装。邓小平亲自约见他，对他说：“秋里同志，经过‘文革’十年的折腾，军队的现状大不如从前，一些传统被破坏了，政治工作遭到了削弱。军队内部问题很多，派性、文革余毒……编制不合理、机构重叠。你去了总政，要放手干，下大力气，当然，这还得有个过程。”上任后，余秋里在党中央、中央军委的领导下，卓有成效地开展新时期军队政治思想工作，在全面否定“文革”、部队专业化建设、百万大裁军等重大工作中倾注了大量心血，并协助邓小平同志再次进行了新时期军队的整顿工作。1985年百万大裁军后，军队实行干部年轻化、知识化，余秋里与许多老同志一样，开风气之先，主动从总政治部主任的岗位上退下来。1999年2月3日，余秋里在北京病逝。
余秋里同志是中共第九、十、十一、十二届中央委员，第十一、十二届中央政治局委员、书记处书记，原中共中央顾问委员会常委。1955年被授予中将军衔。曾荣获二级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1988年7月被授予中国人民解放军一级红星功勋荣誉勋章。
当毛泽东主席面对余秋里等伤残的开国将军们时，曾感慨地说道：“中国从古到今，有几个独臂将军呢？旧时代是没有的，只有我们的部队才能培养出这样独特的人才啊！”
余秋里同志以做政治思想工作见长，是我军卓越的政治工作领导者。抓典型是余秋里一贯的工作方法，使用起来得心应手，已达到炉火纯青的地步，多次得到毛泽东同志的赞扬。他善于深入基层，发动群众，注意发现先进典型，树立样板，以此来推动工作迅猛发展。战
争年代如此，和平年代亦然。抗日战争时期，在延安开展的大生产和大练兵运动中，余秋里就是创造性地运用这种方法，提倡能者为师，选拔战士中的射击能手、投弹能手、刺杀能手担任教员，开展“官教兵、兵教兵、兵教官、互教互学”的群众性练兵活动，极大地提高了部队训练质量，得到毛泽东及中央军委的赞扬。毛泽东指出，这一练兵方法“是突破历史的新创造”。然而，在解放战争时期开展的新式整军运动中，余秋里的政治思想工作水平又向前迈进了一大步，取得了更为显著的成绩。1947年的冬季整训中，余秋里深入连队、经过艰苦细致的摸底，提出整训应以提高“解放战士”觉悟为重点，开展新旧社会、新旧军队对比的教育，发动战士诉旧社会的苦，诉旧军队的苦，在提高觉悟的基础上，查阶级、查思想、查斗志，进一步提高战斗力。他的建议经旅党委批准后，又亲自深入基层蹲点，总结和推广先进经验，不断把运动引向深入。经过诉苦、三查，纯洁了组织，干部战士的立场更加坚定，斗志更加旺盛，进一步提高了部队战斗力。毛泽东在《评西北大捷兼论解放军的新式整军运动》一文中，对余秋里这一创举给予了充分肯定。同样，解放后，他担任石油部长时，更是为全国人民树立了一个“王铁人”的学习榜样，掀起了一股比、学、赶、帮、超的大生产高潮。正如康世恩同志后来回忆时说的：“余秋里抓的‘学两论’和树王铁人活动，对当时打开会战局面起到了决定性作用。”余秋里还提出了“有条件要上，没有条件创造条件也要上”的口号，在当时确实起到了调动群众创业精神，不等不靠，顽强奋战，克服了一个又一个的困难的作用。余秋里在任石油部长期间，就是通过这种方法带出了一支能征善战、吃苦耐劳的石油开发劲旅，中国石油工业创业史凝聚着他的心血和功勋。
余秋里将军的一生充满传奇色彩，是一部辉煌的战斗史和创业史。