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2、《瑜伽》的阿赖耶识
《瑜伽师地论》传说为弥勒菩萨所述，这是瑜伽唯识学早期的典籍，其说法与后来无著、世亲以及护法等十大论师还是有很大的差距。上面说过，《深密》的本识思想是以“阿陀那识”为核心的，而到了《瑜伽》却将以阿陀那识为核心的本识说在解释上逐步偏向“阿赖耶识”。这是阿赖耶识在唯识学思想演变并占有主导地位的一个标志。
在《瑜伽》的〈五识身相应地〉和〈意地〉中，说前六识之生具足诸依中，种子依、执受依的解说是很近《深密》的，虽说执受依为阿赖耶识，但这还是同于《深密》。《瑜伽》说前六识的“种子依”，即是“一切种子阿赖耶识”，跟《深密》所说的“一切种子心识”在命名上就略有出入。于此，我们可以得知《瑜伽》的“阿赖耶识”与《深密》的“阿陀那识”异同有以下几点：
（1）《深密》说“阿陀那识”为前六识的生依止；《瑜伽》说“阿赖耶识”为前六识的生依止。
（2）《深密》说“阿陀那识”为“一切种子心识”，是有情的根身和种子的执持者，“阿赖耶识”是但就末那执藏而说；《瑜伽》说“阿赖耶识”是“一切种子识”，为种子的保存者。
（3）《深密》说“阿陀那识”为有情“结生相续”的主体；《瑜伽》说是“阿赖耶识”为有情“结生相续”的主体。＇68＇
从上比较可知，《瑜伽》将“阿赖耶识”赋予了本识的主导地位，这也直接为后来唯识学者将“阿陀那识”解为阿赖耶识的异名起到了决定性的作用。
3、《摄论》的所知依
无论是《深密》所说的“阿陀那识”，还是《瑜伽》解说的“阿赖耶识”，这多是就有情业感而说的，主要还是承原始佛教和部派佛教思想的轨迹，旨在解决有情流转中谁为其主导，谁为其生命相续的联系的问题。而到了无著的《摄论》时，在承《瑜伽》的基础上，解阿陀那识为阿赖耶识的异名，并将以有情为本的业感说扩展到器界的缘起也是阿赖耶识的种子所起的作用，从而建立自性缘起说。所知依，即是认为识所知（缘或认识）的法（境）都是依阿赖耶识所藏之种子生起的现行。《摄论》说：
“此中最初且说所知依即阿赖耶识……无始时来界，一切法等依。由此有诸趣，及涅槃证得。”＇69＇
无性解释说：
“此引阿笈摩，证阿赖耶识名所知依。无始时者，初际无故。界者，因也，即种子也。是谁因种？谓一切法，此唯杂染，非是清净故。后当言多闻熏习所依，非阿赖耶识所摄。如阿赖耶识成种子，如理作意所摄，似法似义所起等。彼一切法等所依者，能任持故非因性故。能任持义，是所依义，非因性义，所依能依性各异故。若不尔者，界声已了无假依言。由此有诸趣及涅槃证得者，如决择处当广分别，谓生杂染等那落迦等，若离阿赖耶识皆不得有等生等。杂染毕竟止息名为涅槃，若离阿赖耶识不应证得。”＇70＇
从无性的释文可知无著所说的“所知”是指一切杂染品法，此一切杂染品法是识认识（知）的对象。为什么说赖耶为杂染法的所依？是因为一切杂染法的种子藏于阿赖耶识中，杂染法的生起就是种子所起的现行，以此可见赖耶并非是直接亲生诸法，所以说“能任持义是所依义，非因性义”。《瑜伽》说一切种子识即阿赖耶识，《摄论》承其说，并对种子与藏识的关系分为果性与因性，依末那执藏为自我来对赖耶进行解说，从而将《深密》的阿陀那识与阿赖耶识的各别解说进行了统一。如说：
“复何缘故，此识说名阿赖耶识？一切有生杂染品法，于此摄藏为果性故；于即此识于彼摄藏为因性故，是故说名阿赖耶识。或诸有情摄藏此识为自我故，是故说名阿赖耶识。”＇71＇
阿赖耶识与诸杂染法从“种现熏生”的道理上说，是互为因果的，也就是赖耶识中的诸法种子生起现行，即赖耶为因，现行为果；当现行谢灭，又转化为种子藏于赖耶识中，那么现行为因，赖耶又为果。此赖耶与现行的因果交递，在《摄论》中的解释原理是“熏习”，如说：
“……此中安立阿赖耶识自相者，谓依一切杂染品法，所有熏习为彼生因，由能摄持种子相应；此中安立阿赖耶识因相者，谓即如是一切种子阿赖耶识，于一切识与彼杂染品类诸法现前为因；此中安立阿赖耶识果相者，谓即依彼杂染品法无始时来所有熏习，阿赖耶识相续而生……何等名为熏习？熏习能诠。何等所诠？谓依彼法俱生俱灭，此中有能生彼因性，是谓所诠。”＇72＇
《摄论》对阿赖耶识作自相、因相、果相的分析，这是它的特色，也是赖耶说的进步。其中安立阿赖耶识果相中，即以“熏习说”来解释现行诸法是怎样转化为种子而藏于赖耶识中的，其熏习又分能熏和所熏二种，赖耶为能熏，诸法为所熏。＇73＇由熏习所成之种子的不同，《摄论》说赖耶差别有三种或四种：
“此阿赖耶识差别云何？……或三种或四种。此中三种者，谓三种差别故，一、名言熏习差别；二我见熏习差别；三、有支熏习差别。四种者，一、引发差别；二、异熟差别；三、缘相差别；四、相貌差别。”＇74＇
三种差别是指所熏习的三种种子，即名言种子、二取（我见）种子、业（有支）种子。四种差别中的引发差别是“新起熏习”＇75＇，指现行法熏习成种藏于赖耶之中（如“行缘识”），此种又随感三界等果（如“取缘有”）。异熟差别主要是指赖耶随有情造作诸业的不同，而感三界苦乐等果。缘相差别主要是指末那执我。相貌差别主要是指赖耶识中的种子有共、不共、无受生种子、有受生种子等差别相。共相是指器世间种子和无受生种子；不共相指各别自种及有受生种子。此中引发差别、异熟差别的种子，多是业（有支）种子所摄；缘相差别的种子，属二取（我见）种子摄；相貌差别的种子，属名言种子摄。阿赖耶识能摄藏此等诸法种子相应，即是其自相。而其因相，即赖耶中诸种随缘生起诸法的现行。依此，《摄论》又立有二种缘起：
“又若略说有二种缘起：一者分别自性缘起；二者分别爱非爱缘起。此中依止阿赖耶识诸法生起，是名分别自性缘起，以能分别种种自性为性故。复有十二有支缘起，是名分别爱非爱缘起，以于善趣、恶趣能分别爱非爱种种自体为缘性故。”＇76＇
此中分别自性缘起乃是指赖耶识中的名言种子随缘生起诸法的现行。因为名言种子又叫等流习气，即赖耶识中自类种子生起自类的现行，其自性决定，而互不混淆。如眼识种生起眼识现行以见色，而不能生起耳识现行以闻声。相反，其余诸法的种子所生起的现行也是如此。分别自性缘起为一切事物（有情界和器世界）生起的根本，而分别爱非爱缘起则为一切事物生起的辅助条件。无论是婆罗门，还是佛教，都认为有情的流转生死和世间的成住坏空，都是随有情业力之所招感的，不过这种业力是属于共业。不共业则是有情随自所作善、不善、无记的种种不同，而感乐、苦、舍诸果。爱非爱缘起即十二有支缘起或业感缘起，“非爱”即是有情随自所作染污有漏诸业而感世间生死的流转之苦（就出世而言，世间之乐亦是苦）；“爱”则是有情随闻佛法修出世清净离染之业，而感出世解脱之乐，即是可“爱”。这种业感缘起只是赖耶识中的业种子生起的现行，并不能直接作诸法生起的亲因，只能作自性缘起的辅助条件，决定诸法生起时的苦乐美丑等。赖耶识中的“二取种子（习气）”是第六、七二识执我、我所而成，其种子的有无，是决定诸法随业生起现行时的清净与否，也是世间与出世间形成的关键所在（即有二取习气则为世间，无则为出世间）。
《摄论》是解释《阿毗达磨大乘经》中〈摄大乘品〉的，＇77＇根据经中颂语“诸法于识藏，识于法亦尔。更互为果性，亦常为因性”，＇78＇而建立“种现熏生”的道理。如论说：
“如阿赖耶识为杂染诸法因，杂染诸法亦为阿赖耶识因。”＇79＇
“阿赖耶识为杂染诸法因”即是《阿毗达磨大乘经》所说的“识于法亦尔”，谓阿赖耶识中的杂染诸法种随缘生起杂染诸法的现行，即赖耶为因，杂染诸法为果。“杂染诸法亦为阿赖耶识因”即《阿毗达磨大乘经》所说的“诸法于识藏”，谓现行杂染诸法转化为种子藏于赖耶识中，即杂染法为因，赖耶为果。如是赖耶与杂染诸法互为因果，辗转相熏相生，从而使一切有情界及器世界相似相续、非断非常地存在着。
《摄论》讲有情八识及诸杂染法相熏相生，而说世间杂染的形成，从而又根据此理讲出世解脱的成立，大倡种子“对治”说。这是原始佛教、部派佛教以及《瑜伽》、《深密》都未述及到的。如《论》说：
“复次，云何一切种子异熟果识为杂染因，复为出世能对治，彼净心种子又出世心，昔未曾习故，彼熏习决定应无，既无熏习从何种生？是故应答：从最清净法界等流、正闻熏习种子所生。”＇80＇
阿赖耶识为一切杂染诸法之因，又能为“出世对治”，也就是通过对佛法的多闻熏习、如理作意等，以实证真如法性，破除二取执，从而熏习、积集清净出世的种子。以此清净种子对治赖耶识中世间杂染法种，使赖耶识无漏清净种“依下品熏习成中品熏习，依中品熏习成上品熏习”。此下中上三品种子是清净无漏的，与赖耶识中杂染法种相违，属“法身种子”，“能对治烦恼缠”、“诸险恶趣”，能对“一切所有恶业朽坏对治”。＇81＇如是此清净法种愈熏愈增，杂染法种便减之又减，直至入金刚喻定时，将赖耶识中微细极微细的烦恼、所知二障种子断除尽净，而成就阿耨多罗三藐三菩提。＇82＇
4、《成唯识》对赖耶说的综合
《解深密经》的“阿陀那识”同样与原始佛教、部派佛教一样，是以有情生命的流转为主题而开展的，阿赖耶识并不是《深密》在“本识论”中的主导思想，只不过是就第七末那识“执藏”而论的。《瑜伽》是将《深密》的阿陀那识与阿赖耶识、一切种子心识合论，在其名义上取阿赖耶识，而不取阿陀那识。不过其思想并未有多大的进步，仍多是就作有情生命联系而说的。“赖耶说”到了《摄论》的时候，大大地发扬了“种子说”，不仅主张赖耶识中的业种子是招感三界苦乐等果的关键，更主张有情以外的器界也同样是赖耶识中的种子所生起的现行（变现）。这样，《摄论》将以有情为本的赖耶说扩演到器界也是依赖耶（的种子）而起的。世间染法是依赖耶而起，而出世净法的种子在未成佛之前，也同样是藏于赖耶识。所以《摄论》又以此建立了种子“对治”说，这也是《深密》、《瑜伽》乃至部派佛教所没有的，这确为《摄论》在“赖耶说”上的一大贡献，将以世间流转为本的“赖耶说”扩展到出世解脱也是不能离开阿赖耶识的，这也算是对《阿毗达磨大乘经》“无始时来界（因义、种子义），一切法等依，由此�