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但另一方面，文帝在开皇九年（589）灭陈时，曾令陈都建康的城邑宫室荡平耕垦，于石头城置蒋州，使南北朝时代盛极一时的建康佛教顿告衰微。其时诸寺多毁于战火，“钟梵响辍，鸡犬不闻”。因此蒋州奉诚寺慧文等致书智顗，请转达坐镇扬州的晋王杨广予以护持。后来杨广做了皇帝，于大业三年（607）下令沙门致敬王者；更于大业五年（609）令无德的僧尼还俗，寺院按照僧尼的数量保留，其余一概拆毁；一时造成因僧废寺的现象。从这些事实上，可见隋代对于佛教的政策也有限制的一面。
隋代译经，主要译师有北天竺乌场国的那连提耶舍（490—589）。他原在北齐译经，曾因齐亡佛教被毁，而改著俗装。隋兴，应文帝之请，住长安大兴善寺，从开皇二年到五年（582—585），更译出《大庄严法门经》等八部二十三卷。同时又有他的同乡沙门毗尼多流支来长安，于开皇二年译出《大乘方广总持经》、《象头精舍经》。又有中天竺婆罗褂牌湃锬リ^那于开皇二年译出《业报差别经》一卷。
阇那崛多（527—604）原在北周译经，周武帝毁灭佛教时，被迫回国，中途为突厥所留，开皇四年，文帝应昙延等三十余人之请，遣使延请他东来，住在大兴善寺，从事传译。开皇五年到仁寿末年（604），更译出《佛本行集经》、《大方等大集护经》、《大威德陀罗尼经》，并补译《法华经》、《金光明经》的缺品等共三十九部、一百九十二卷。
达摩笈多（？—619）于开皇十年游方到瓜州（今甘肃敦煌县），受请至长安，在大兴善寺和洛阳上林园的翻经馆，从开皇中叶到大业末年共译出《药师如来本愿经》、《起世因本经》、《金刚般若经》、《菩提资粮论》、《摄大乘论释论》等九部四十六卷。以上隋代译师五人，共译出经论等五十九部，二百六十二卷。
中国沙门参预达摩阇那、达摩笈多等的译事者有彦琮（557—610），他记录笈多游历西域各国的见闻，著为《大隋西国传》（已佚）。彦琮谙习梵文，开皇十二年（592）奉召入长安，住兴善寺，重掌翻译。仁寿二年（603），文帝使撰《众经目录》，又将《舍利瑞图经》及《国家祥瑞录》翻译为梵文。大业二年（606），住翻经馆，披阅新由林邑（今越南中部）获得的昆仑书（当时对林邑以南通用文字的总称）佛经，并编撰目录，以备选译。又和裴矩共同修纂《天竺记》。此外他还著有《达摩笈多传》及《辩正论》、《通报论》、《福田论》、《沙门不应拜俗总论》等。又为译诸经作序。彦琮并论定翻译的楷式，有“十条
八备”之说。
前代译经既多，入隋又增新译。文帝在开皇十四年（594）乃命大兴善寺翻经沙门法经等二十人，整理所有译出的经典，撰《众经目录》七卷（通称《法经录》）。此录分《别录》与《总录》。《别录》以大、小乘经、律、论为六门，分作一译、异译、失译、别生、疑惑、伪妄六类；又抄集、传记、著述三门，各分作西域、此方二类；《总录》则统计其部数、卷数。此书是一部有组织而且分类较精的经录。另外，翻经学士费长房，在开皇十七年（597）撰《历代三宝纪》（又称《隋开皇三宝录》）十五卷，通称《长房录》。其内容初为《帝年》，系佛教及重要时事于历朝帝王的年代之下；次为《代录》，列叙各朝代译人所译经典的部数、卷数及其重要事迹；后为大乘、小乘“入藏”经、律、论目录，各以有译、失译分类。此录在现存经录中，内容繁博，误谬也最多。又彦琮等翻经沙
门及学士在仁寿二年奉令撰《众经目录》五卷，分单本（即一译）、重译（即异译，各列大小经律论的目录，附贤圣集传）、别生、疑伪、缺本五类，刊定了当时书写佛经总集的标准，一直影响到后世。
隋代佛教义学的发展及宗派的建立，由于当时全国一统，南北佛教的思想体系得到交光互摄的机会，从而各宗派学说一般都有汇合折衷的趋势。这时期，如北方地论南道派的慧远，南方天台宗的智顗，三论宗的吉藏，都可为其代表。普法宗信行的三阶教也属于这个类型。
慧远（523—592）的主要学说见于所撰《大乘义章》。此书把佛教义学的大纲分作《教法聚》、《义法聚》、《染聚》、《净聚》、《杂聚》（此聚已佚）五类。每类中都是先叙《毗昙》、《成实》，然后归结到《地论》、《涅槃》。他盛弘《十地经论》。此论原系解释《华严经》中的《十地品》，所以他同时也是宗《华严》的。他晚年又列席摄论师昙迁的讲筵，还著了《起信论义疏》，因而他又汲取了《涅槃》、《摄论》及至《起信》的思想，主张《地论》所说的“阿梨耶识”和《楞伽》所说的“如来藏心”、《涅槃》所说“佛性”是一法，称为如来藏自性清净心，从而缘起法界恒沙佛法，是名“真性缘起”或“真识缘起”。这种思想即为后世华严宗智俨、法藏的“法界缘起”学说的张本。
智顗（538—597）是天台宗实际的创立者，他从当时流行的大乘经里举出以《法华经》为中心，而以南北朝佛教的义学为根据，特别是发展了慧文的一心三观说和慧思诸法实相说，提出“圆融三谛”、“一念三千”的新义。一心三观原已发明观境兼备空、假、中三谛，由此更理解到诸法之即空即假即中，一时互具，而成为三谛圆融。诸法实相原以佛的知见为标准，所以见得实相的内容为如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟等，一共十如。在这基础上；更见到十如的互具，又遍于六凡四圣的十法界，更各有五阴、众生、国土三种世间，这样重迭计算，有三千诸法，皆于一念中有
具足之义，此即一念三千。智顗学说，即以此等观法为其修持的指导思想。
吉藏（549—623）由法朗得承罗什、僧肇所传的三论法门，对魏晋南北朝所有的各家学说一一加以批判，特别是破斥当时的成实师等，形成了三论一大宗派。吉藏先后著成《中》、《百》、《十二门论》的注疏及《三论玄义》、《大乘玄义》、《二谛义》等，把《般若》无得、性空的义理发挥无遗。
此外，当南北朝时代之末，《摩诃摩耶经》、《大集月藏经》先后译出。当时产生一种“末法”思想，认为已入末法时代。信行的“三阶教”，便是从这种思想中酝酿而成的。他就时、处、机（人）把佛教分作“三阶”，以为当时到了佛灭一千年以后，又在戒见俱破的世界，多有戒见俱破的颠倒众生，这都到了第三阶时期。此时众生的机类，我见、边见成熟，所以偏学一乘、三乘，或偏念《弥陀》、《法华》，彼此是非，终至犯诽谤罪，永无出离之期。只合依普佛普法的法门，即佛无差别、法无差别、普法普佛、普真普正的佛法。此即信行极力宣传的说教。信行圆寂后不久，开皇二十年（600），朝廷明令禁断三阶教典，不听传行，但信奉其说的依然不绝。
又北地摄论师的兴起，也在隋文帝时代，如昙迁的著述中有《九识章》专篇，他的弟子道英又深会“无相思尘”的大旨，因而《摄论》的学说仍为一般佛教界所讲习。
隋代一般佛教徒的信仰和行持，由于隋文帝偏重定门，曾于长安的西南设置禅定寺，集名德禅师一百二十人，四事供给，以为提倡，遂大开以习禅为重点的风气。特别是昙询（515—599），“每入禅定，七日为期。”真慧（569—615），“创筑禅宇，四众争趋，端居引学，蔚成定市。”志超（571—641），“创立禅林，晓夕勤修。”此外修忏、造像、咒愿、持律等也通行。还有致力于社会事业的，如僧渊（519—602）鉴于渡锦江而溺毙的人很多，在南路架设飞桥。法纯（519—603）微行市里，或代人佣作，或为僧俗洗补衣服，或清除市井的粪秽，或为僧徒劈柴担水，或填治道路。智通（543—611）立孤老寺，以时周
给。慧达（524—610）建大药藏，需者便给。
其次，在家佛教徒信众中，有一种称为“义邑”（又作‘邑会’，由共同出资或出力营造佛像等关系而成立）的信仰团体，还有一种和它类似的“法社”。这是因为隋代复兴佛教，造像的风气凌驾前代，义邑的组织相当发达。义邑的成员有时多到一、二千人。和它相类的法社，则是贵族、达官或在家人士和若干僧尼的团体。故义邑需要有教养较高的“邑师”主持指导，而在法社除“俗讲”等外，则无此需要。义邑与法社都期望往生净土。关于实际修行，则二者重视戒律而外，法社并偏重修禅。
在这时期，还有一种依佛制供设斋食的集会，即所谓“斋会”，在纪念、庆祝、祈愿等时节举行，如文帝于开皇八年（588）昙延圆寂时设千僧斋；既而又于终南山焚化地设三千僧斋。仁寿元年（601）遣名僧送舍利到诸州建塔时，也命诸州僧尼普为舍利设斋等。其次，炀帝为晋王时，于开皇十一年迎请智顗到扬州，为设千僧会，受菩萨戒；智顗于开皇十七年入寂时，遣司马王弘到天台山设千僧斋；又于大业元年智顗的忌日设千僧斋等。此外开皇十四年，武卫将军索和业舍宅为寺时，沙门法藏（548—629）率众精勤行道，设万僧斋。又沙门玄琬（562—636）定于每年二月八日佛诞开讲设斋，通召四众，供养悲田、敬田。又大业中，昆明池北白村的村民，感于沙门普安（？—609）治病的神效，举行
大斋，表示敬念。
在佛教文学艺术方面，隋代运用佛典的理趣、风格及故实入诗文的，有文帝、炀帝、薛道衡、柳顾言、许敬宗、费长房、卢思道等的作品。沙门彦琮、行矩、灵祐、吉藏、智顗、慧影等的文学撰作也都可观。隋代的佛画家，有杨契丹、尉迟跋质那（于田人）、昙摩拙叉（印度沙门）等，而以尉迟跋质那和他的儿子尉迟乙僧为尤著。他们的画法有些类似印度阿旃陀石窟的壁画。隋代佛教的建筑，以文帝所造大兴善寺、东禅定寺，炀帝所造西禅定寺、隆圣寺为最宏伟。特别是东禅定寺“驾塔七层，骇临云际，殿堂高耸，房宇重深，周闾等宫阙，林圃如天苑；举国崇盛，莫有高者”（《续高僧传》卷十八《昙迁传》）。隋代的石窟艺术，也有很大的建造。像灵祐在开皇九年所凿造的那罗延窟为最著名。灵祐经过周武帝的法难，为了预防佛法灭尽，于开皇九年入宝山（属河南安阳县）开凿石
窟。在窟内雕造卢舍那、阿弥陀、弥勒三佛的坐像，并镂刻释迦牟尼佛等三十五佛及过去七佛坐像。又在入口的外壁刻迦毗罗及那罗延神王，并镂刻《叹三宝偈》、《法华》、《胜鬘》、《大集》、《涅槃》等经偈文。更在入口的内壁刻有《大集经。月藏分》及《摩诃摩耶经》等。此外所开凿的石窟，还有山东历城的神通寺千佛岩等。至于云岗、龙门、响堂山、天龙山等石�