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第二节 所修行
行者所修行，如前所云，对治有漏，熏习无漏，戒定慧三，及四寻思四如实智六度万行，及所对治，皆行所摄。窥基法师，于义林章，集大论识论等之义蕴，立唯识观。更于幽赞，推为观行第一。如幽赞云，知境已，应修正行，一因闻所成，二因思所成，三因修所成。此三虽通福慧二种一功德，然行根本，甚深纲要，胜义易入，应时无等，离诸过者，唯识为最。又云，计所执性，唯虚妄识。依他起性，唯世俗识。圆成实性，唯胜义识。是故诸法皆不离心。观此唯识三性理，有从粗至细五重观法，是曰五重唯识观。于此，五重唯识，是所观。能观唯识之观，别境中慧心所也。故幽赞以闻思修所成妙慧为观体。又义林谓能观唯识以别境慧而为自体。
五重唯识观者，一遗虚存实识，二舍滥留纯识，三摄末归本识，四隐劣显胜识，五遗相证性识。此所谓识，犹言唯识观。第一遗虚存实识，观凡夫遍计所执，皆是龟毛兔角，唯从虚妄分别起，体用都无，应正除遗为空。观依他者诸法之事相，圆成者诸法之理性，皆不离识，应正存留为有。此空有相对之观法。第二舍滥留纯识，虽于第一重观法，观依他圆成，皆不离识。然此内识，有所缘境，有能缘心。相分，境也。后三分，心也。心唯内有，境亦通外，恐滥外境，故舍所缘相分，留能缘心。唯就后三分，观唯识理。此心境相对之观法也。第三摄末归本识，虽于第二重观法，唯识内观。然此识有本有末。所谓本者，心法之自体分。所谓末者，自体分上，有能取见分所取相分二作用。故摄相见末归，归自体本。唯就自体分，观唯识理。此体用相对之观法也。第四隐劣显胜，虽于第三重观法，已观识自体分。然此自体分，有心王，有心所。心王心所，虽俱能变现见相二分。然心是所依，如主。心所是能依，如臣。故心王胜，心所劣，更隐劣心所，显胜心王。唯就心王自体，观唯识理。此王所相对之观法也。第五遗相证性识，虽于第四重观法已观胜心王。然此心王，有事有理。事者，相用。理者，性体。以是更于依他事相，遗而不取。唯就圆成性体，求证唯识理。此事理相对之观法也，兹列表如下。
┌（一）遗虚存实识─（空有相对）┐
├（二）舍滥留纯识─（心相对境）│
五重唯识观├（三）摄末归本识─（体用相对）├相唯识
├（四）隐劣显胜识─（王所相对）┘
└（五）遗相证性灭─（事理相对）─性唯识
五重中，前四重，就依他识相观唯识理，故云相唯识。后一重，就圆成识性观唯识理，故云性唯识。如是从粗至细，展转相推，至第五重，悟唯识妙理总摄一切，遂入理智冥合心境玄会之境界。
第二章 修行之机根
第一节 五种性
一切有情，无始时来，法尔有五种性，一声闻种性，二独觉种性，三菩萨种性，四不定种性，五无性有情。此五，由有情于本有无漏种子，有具不具，而有差别。一声闻种性，唯具修道之结果，决定证罗汉果之生空无漏智种子。二独觉种性，唯具决定证独觉果之生空无漏智种子。此二性有情，唯断烦恼障，证生空理，得自乘果。三菩萨种性，唯具决定证佛果之生法二空无漏智种子。此性有情，断烦恼所知二障，证二空真如，得菩提涅槃二转妙果。四不定种性，具菩萨并独觉声闻三乘无漏种子。此有四类，一具菩萨声闻二性，二具菩萨独觉二性，三具声闻独觉二性，四具声闻独觉菩萨三性。五无性有情，不具三乘无漏种子，唯有有漏种子故，不能断烦恼所知二障，起出世无漏智，得解脱胜果。但修世间善业，受人天有漏果报。庄严说无性有情，有时边毕竟时边二种，此中初是暂时无涅槃法者，后是毕竟无涅槃法者。如庄严云，无般涅槃法者，是无性位。此略有二种，一者时边班涅槃法，二者毕竟无涅槃法。时边涅槃法者，有四种人，一者一向行恶行，二者普断诸善法，三者无解脱分善根，四者善根不具足。毕竟无涅槃法者，无因故，彼无涅槃性。此谓但求生死不乐涅槃人。又楞伽说无性有情有断善阐提大悲阐提二种，此中初是起邪见断善根者，后是菩萨具大悲者。如楞伽云，大慧，此中一阐提，何故于解脱中不生欲乐。大慧，以舍一切善根故，为无始众生起愿故。云何舍一切善根，谓谤菩萨藏，言此非随顺契经调伏解脱之说。作是语时，善根悉断，不入涅槃。云何为无始众生起愿，谓诸菩萨以本愿方便，愿一切众生悉入涅槃，若一众生未涅槃者，我终不入，此亦住一阐提趣。此是无涅槃种性相。大慧菩萨言，世尊此中何者毕竟不入涅槃。佛言，大慧，彼菩萨一阐提，知一切法本来涅槃，毕竟不入，非舍善根。何以故，舍善根一阐提，以佛威力故，或时善根生，所以者何，佛于一切众生无舍时故，是故菩萨一阐提不入涅槃。如是依如枢要，合经及论，阐提有三，一断善根，二大悲，三无性。然此宗所谓无性有情，正指第三毕竟无涅槃法者。
以上五性中，唯菩萨种性与不定种性，得证佛果。独觉声闻二种性，但证二乘无学果。无性有情，永不成佛，是曰五性各别。
第二节 大乘种性
菩萨种性，无始时来，其本识内，法尔具有决定得证佛果之本有无漏种子。而其未发心位，未闻法界等流正法，未修令此无漏种子增长之方便加行，善根未熟，唯住菩萨种子性类差别中，是名本性住种性。既发心后，若不定种性，回心向大后，闻法界等流正法，渐渐修习佛果因行，此闻思修三慧，熏习有漏善种。由此熏习力，令彼法尔无漏种子增长，是名习所成种性。如识论云，何谓大乘二种种性。一本性住种性，谓无始来，依附本识，法尔所得无漏法因。二习所成种性，谓闻法界等流法已，闻所成等熏习所成。伦记谓性种姓习种姓各有二种。如记云，性种姓有二，一是有漏，以此为因，能生见道前七方便行。二是无漏能生见道已去无漏。习种姓亦有二种，一是性种中有漏种子，遇缘引发增长已去，即名习种。从此习种生起见道已去无漏，还即熏种，并名习种。
习所成种性菩萨，又有二种，一者顿机，二者渐顿。顿机者，无始以来，第八阿赖耶识中，唯有菩萨法尔无漏种子，不经声缘二乘，直入菩萨之行位，故名顿悟菩萨，亦名直往菩萨。二渐机者，无始以来，第八阿赖耶识中，并具三乘无漏种子，故先修二乘行，证声闻独觉果，然后回心向大，入菩萨之行位。此渐悟之机类，回心之后，经多劫之修行，除偏执，始入资粮僧祇时分。即初果圣者回心向大者，经八万劫，除偏执，始入大乘初位。二果经六万劫，三果经四万劫，四果经二万劫，独觉经十千劫，始入大乘初位。故名渐悟菩萨，亦名回入菩萨。
顿悟渐悟菩萨，又各有二类，一曰智增菩萨，一曰悲增菩萨。智增者，智慧增上义。此菩萨智慧胜故，断惑证理之自利行多，利生化物之利他行少，故于初地即舍分段，受变易身。悲增者，大悲增上义，此菩萨利生念盛，故七地以前，受分段身，助愿受生，久住生死，利益有情。至第八地，方受变易。于渐悟中，从三四果回心者，欲惑不断，不能再生欲界故，必是智增。从初二果回心者，欲惑未尽故，或成悲增。恐生死故，或成智增。
第三章 入道次第
第一节 五位
菩萨经三大阿僧祇劫，修无量善行，证人法二空，断烦恼所知二障，得菩提涅槃二乘果。其间之阶位，或立四十一位，或立四十二位，或立五十一位，或立五十二位。五十二位者，十信，十住，十行，十回向，十地，等觉，妙觉也。四十二位者，摄十信于初发心住中。慈恩更摄等觉于第十位，立四十一位。识论及对法等论，束为五位。五位者，一资量位，二加行位，三通达位，四修昔位，五究竟位。如对法云，道有五种，谓资量道，加行道，见道，修道，究竟道。如是五种，依道自性及眷属，以显道谛差别。此中初二位者，方便道。第三第四二位，正为无漏圣道。第五究竟位，即佛果。
第一 资粮位
一、总说
第一资粮位，四十一位中十住十行十回向初三十心位也。言资粮者，资益己身之粮，名为资粮。此位深信解唯识理，发固大菩提心，为趣无上正等菩提，具修种种资益己菩提法身之福智行，故名资粮位。所言福智者，六波罗密四摄法四无量等诸胜行中慧为性者，皆名为智。余名为福。菩萨一万行，摄在此二位。此位亦名顺解脱分，言解脱者，所谓涅槃，即所求果。顺者，不违。分者，因义。此位为有情故，勤求解脱，其所修行，不违于果，是果之因，故名顺解脱分。
此位由四种胜因缘力，深信解唯识理，而为能了二取皆空，多住散心修福智二行，少能入定，故于二取随眠即二障种子未能伏灭，令彼不生现行。所言二取者，谓二取之取，即执取能取所取见相分为实有等之取。由此二取现行所熏种子，名彼随眠。二障种子，随逐有情，眠伏第八识中，故名随眠。又二障子，随逐有情，多增过失，如人嗜眠，眠即滋多，故名随眠，即所谓四种胜力者，一因力，谓大乘多闻熏习相续。二善友力，谓己得逢事无量诸佛。三作意力，谓己得一向决定胜解。四资粮力，谓己善积集诸善根等。有此内外四种胜因缘力，深信解唯识性相，修诸胜行，伏粗分别起二障现行。粗分别者，谓分别起中因邪教所起。其因自邪思惟起者，曰细分别。此位多住散心修菩萨行，止观力微，故于细分别起二障现行及彼种子，未能伏灭。
二、十行十住十回向
如前所述，此位中有十住十行十回向三十心。初十住者，菩萨在此位，创安其心，而于六度等行，未殊胜故，但得住名。其中第一发心住，此位菩萨，初发大菩提心，修十信行。所谓十信者，一信心，谓信四谛三宝。二精进心，谓善心勇悍，三业共励。三念心，谓忆念三宝等，不忘菩提心。四慧心，谓正慧。五定心，谓心寂静。六施心，谓乐布施财宝教法等。七戒心，谓三聚净戒无缺。八护心，谓能护持正法，又护余九心，且守护六根门令不起烦恼。九愿心，谓发度断知证四弘法誓愿。十回向心，谓上回向菩提，下回向有情。第二精进等以下九心，其相各异，而俱以信为主，依信发起，故总称十信。第二治地住，此位菩萨，净治三业，大悲及一切有情，能生一切功德，恰如大地能生万物。第三修行住，此位菩萨，修胜理观，起六度妙行。第四生贵住，此位菩萨，从诸贤圣正法中生，种性高贵。第五方便性，此位菩萨，所修善根，皆为救济有情。第六正心住，此位菩萨，于他赞毁，心定不动。第七不退住，此位菩萨，于所闻法，心坚不转。第八童真住，此位菩萨，三业清洁，悟情器二世间，无虚伪，无染著。第九法�