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第二依他起性者，依者依托，他者众缘，起者生也。色心诸法，依托他众缘而生起，故名依他起。所谓众缘，即四缘也。心法通依四缘生，色法依缘增上缘生。故百法中从缘所生之心法心所法色法，及于缘生之色心上所假立之不相应行法等，四位九十四法，皆依他起性。如大论云，谓从众缘所起自性。又三十颂云，依他起自性，分别缘所生。所谓分别者，虚妄分别，谓杂染诸法。无漏有为，虽亦他起摄，然亦有摄于圆成实义，故此中唯说染分依他。或分别者，缘虑之异名。一切染净漏无漏心心所，皆名分别，并能缘虑故。至一切染净色法不相应等，虽不能缘虑，然不离心心所故，亦摄于分别中。缘所生者，众缘所生起之略。此依他起，虽非迷情上所现之妄相，然因缘所生故，唯是无实性之假法，固是假有非实有，如了知其绳，遗于蛇觉，故云如幻假有。此宗安立三性，理兼空有，而以因缘幻有之依他起为染净枢纽，包括全体大用于无余。
第三圆成性者，所谓圆成实，即真如也。圆者圆满，成者成就实者真实。真如具斯三义，故名圆成实。圆满者，显其体周遍，真如一切法无阙减故。成就者，显其体常住，真如不生不灭故。真实者，显其体非虚妄不实，真如诸法实性故。如大论云，谓诸真如，圣智所行，圣智境界。又三十颂云，圆成实于彼，常远离前性。所谓前者，谓遍计所执。此圆成实性，于前所说彼依他起上，常一切时无前遍计所执实我实法，故云常远离前性。即圆成实性者，二空所显真如，而依他法之实性也。如更分析此绳，了知为麻绳觉亦灭，故云理有情无。
百法中六种无为，皆圆成实性。无漏无为，即分依他，具离倒究竟胜用周遍三义，亦得称为圆成实性。言离倒者，即是实义，体非染故。言究竟者，即是成义，能断烦恼法故。言胜用周遍者，即是圆义，能普断一切染法，普缘诸境故。然大论但以五法中如为圆成实，三十颂中亦说初真如名圆成实，非后净分。由前理故，依他起之实性，即不依他缘而施设之圆成实。圆成实之假相，即从他缘所生之依他起。故圆成与依他，非异非不异。若定异，则圆成应非依他之实性，若全不异，则圆成应与依他同是无常，故云非异非不异。
第二节 三无性
三无性者，翻对前三性所立，深密无自性相品，言佛世尊依三种无自性性行（藏本意谓自性是无之性，）之密意说言一切诸法皆无自性。所谓相无自性性生无自性性胜义无自性性。即依前段所明三性，如次安立三无性，如三十颂云，即依此三性，立彼三无性。
第一相无性，此依遍计所执性所立。相者体相，无性者，无自性。遍计所执之体相不过迷情上所现之妄相，体实非有，譬如空华，性相都无。如深密云，此由假名安立为相，非由自相安立为相，是故说名相无自性性。智周于大乘入道次弟章释之云，遍计无其体相，名相无性。而言相者，衣名假立。非是遍计有体相故，方力为相。即以相无自性为初无性，故重言性。余二准知。
第二生无性，此依依他起性所立。依他起性，为众缘所生法，无自然性，故假说无性，非性全无譬如幻像，非有似有。如深密云，此由依他缘力故有，非自然有，（藏本意谓他力故生起，非自性生起，）是故说明生无自性性。次第章释之云，依他不以自然之法而生，名生无性。
第三胜义无性，此依圆成时性所立。真如体胜，故云胜义。此胜义远离前遍计所执我法故假说无性，非性全无，譬如虚空，无相空寂，唯是众色无性所显。如深密云，一切诸法法无我性名为胜义，（藏本此四字属下，意谓此是胜义，而胜义者，即由一切法自性是无之性所显。）亦得名为无自性性，是一切法胜义谛故，无自性性之所显故，由此因缘，名为胜义无自性性。次弟章释之云，真如是无我性，体即胜义而非无性。然因我法二空所显，从彼能显二空为名，亦名无性。深密显扬以净分依他，亦是清净所缘境界，故亦说为胜义无性。识论恐依他胜义无性，滥圆成胜义无性，故颂中但说圆成。
第三节 中道
三性三无性，万有之实相。一切万有上，一一皆有三性三无性二义，是即非有非空之中道。所谓中道者，离有无增减之意。如识论云，远离增减二边，唯识义成，契会中道。述记释之云，言中道者，正智也。理顺正智，故契中道。总有二种，一言诠中道，二离言中道。言诠中道者，寄言语诠显中道之谓，于中又有二重，一三性对望中道，二三性各具中道。初三性对望中道者，依三性对望，非有非空，立中道义。遍计所执，当情现相，体性都无，故非有。依他起性，因缘生法，如幻假有，圆成实性，诸法实性，真空妙有，故非空。如是遍计空，依他圆成有，空有相对，显非有非空之中道。次三性各具中道者，依三性法尔各具非有非空二义，立中道义。即第一遍计所执，情有故非空，理无故非有。第二依他起性，如幻故非有，假有故非空。第三圆成实性，真空故非有，妙有故非空。如是于三性一一各具非有非空二义上谈中道。以上虽有二重，然此宗以三性对望中道为本义。如中边云，虚妄分别有，于此二都无，此中唯有空，于彼亦有此，故说一切法，非空非不空，有无及有故，是则契中道。（藏本作是则为中道）即所取能取之分别，（依他）非全无自性。惟于此分别上，遍计所执二取（遍计）永无。此分别中，但有离所取及能取之空性（圆成。）即离于二取，但有真如。于彼真如中，亦但有此分别，都无二取。识论亦云，我法非有，空识非无，离有离无，故契中道。又义林章云，我法境空，真俗识有，非空非有，中道义立。虽然，无论其为三性相望谈中道，抑生性各别谈中道，毕竟皆藉空有又非空非有等言诠显中道，故称之为言诠中道。至若理智冥合之真胜义谛，为无分别智自内所证，非言诠之所及情识之所测，所谓有无俱非，心言路绝，故称之为离言中道。
第四节 五法三性相摄
五法中前四依他起摄，后一圆成实摄。如大论云，问初自性五法中几所摄。答都非所摄。问第二自性几所摄。答四所摄。问第三自性几所摄，答一所摄。又识论云，谓或有处（谓大论等）说依他起摄彼相名分别正智。圆成实性，摄彼真如。遍计所执，不摄五事。彼说有漏心心所法变似所诠，说名为相。似能诠现，施设为名。能变心等，立为分别。无漏心等，离戏论故，但总名正智，不说能所诠。四从缘生，皆依他摄。识论述三性五法相摄，有四说不同，而取此说。
第四篇 唯识义
所言唯识者，此宗言一切色心诸法，无论为有形为无形，皆阿赖耶等诸识所变。唯者简别义，遮无外境、即遮所执我法离心而有。识者了别义，表有内心，即表因缘法性皆不离心。华严经就集起义言唯心，唯识论就了别义言唯识。或唯心通因果，唯识唯在因位。如义林章云，识者心也，由心集起，彩画为主之根本，故经曰唯心。分别了达之根本，故论称唯识。或经义通因果，总言唯心。论说唯在因，但称唯识。识了别义，在因位中，识用强故，说识为唯，其义无二。述记云，唯言显其二义，一简别义，遮虚妄执，显但有识，无心外境。二决定义，离增减数，略唯决定有此三故，广决定有八种识故。此宗以八识二无我成立唯识义，明法界无我而唯是识，兹分述如下。
第一章 八识
第一节 唯识相
如前所述，此宗言一切诸法，皆阿赖耶等诸识所变，然所变法虽有森罗万象，而能变识唯有三种，即第八识第七识前六识是也。识论如次名之曰异熟能变，思量能变，了别能变。又曰初能变，二能变，三能变。
第一 第八识论
一、三相门
所谓三相者，自相果相因相也。
一、 自相 所谓自相者，自体相也。此识以所谓阿赖耶为自体相。阿赖耶梵语，此云藏，有能藏所藏执藏三义。所谓能藏者，此第八识，能含藏前七识诸法即一切万有之种子于自体中故，以持种义称能藏。犹如库藏能含宝贝。即种子为所藏，此识为能藏。此时种现相望，称现行赖耶为能藏。次所谓所藏者，前七识能熏万有之种子于此识之自体中，此识受前七识诸法之熏，持前七识诸法之种，是诸法依所熏所依处故，以受熏义称所藏。犹如库藏，是宝等所依。即前七识之现行，以能熏义称能藏。第八识之现行，以受熏义称所藏。此时现现相望，称第八识为所藏。次所谓执藏者第七识自无始以来，迷执此识为自内我故，以我爱缘执义称执藏。犹如金银等藏，为人坚守。即第七现行者能执藏，第八现行者所执藏。此亦现现相望，称第八识之现行为执藏。有此三义，故名此识为阿赖耶识。然义虽具三，而正取第三执藏义，名此识曰藏即阿赖耶，我爱执藏过失重故。然此识若至第七识之烦恼障即我爱执藏不现行位，即舍阿赖耶之名。即此识总有三位，一我爱执藏现行位，谓圣位菩萨七地以前二乘有学，及凡位一切异生。此位之第八识，名阿赖耶。无始以来，为第七识爱执为实我实法，我执永不断故。二善恶业果位，谓从无始凡夫位乃至菩萨金刚无间道二乘有余依位。此位之第八识名毗播迦即异熟识，是过去善恶业所感总报无记之异熟果故。三相续执持位，谓从凡夫位乃至佛果尽未来际立乐有情位。此位之第八识名阿陀那，即执持识。能执持一切万有之种子及及五根等不失故。约言之，即菩萨七地以前及二乘有学之第八识，三名并称。菩萨八地以后及二乘无学之第八识，舍阿赖耶之名，但有二名。佛果之第八识，但称阿陀那一名。如是三位皆第八识体，今但取我爱执藏现行位之阿赖耶为自相，是三位中初位故。即此识自相分位虽多，而由阿赖耶有三位中初位三义中执藏义二义，偏说为此识之自相。
二、 果相 此识是能引三界五趣四生总善恶业之异熟果，故以所谓异熟为此识之果相，即有情之总报也。因是善恶果是无记，异因而熟，故名异熟。枢要言真异熟具三义，一业果，二不断，三遍三界。所谓业果者，谓前业所感果。不断者，谓恒时相续。遍三界者，谓遍三界有。伦记亦云，谓阿赖耶一起酬因，始终恒起，遍通三界，得名异熟。即具此三义，唯第八识，故以此第八识为真异熟总报之果体。此识虽有等流果士用果增上果义，但此三果皆通余法，唯异熟果不通余法，故偏说异熟为此识之果相。
三、 因相 此识能持一切漏无漏色心等诸法种子，又能与漏无漏种子力令生起现行法。以能生起现行法之种子即望诸法为因义，摄藏于此识之自体中故，摄用归体，以所谓一切种为此识之因相。此识虽有同类因俱有因相应因能作因义，但此同类等因皆通余法，故今偏说此识所特有持种之功能，为此识之因相。此因相种子义者，万法唯识论之根据，而有为诸法染净缘起之根本也。有漏杂染之流转，依之而起，无漏清净之还灭亦依之而生。是以护法等详分别之。
二、所缘行相门
此门述第八识之能缘所缘，凡心法之作用，不具此二则不成故。