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要知道，朱棣篡夺了侄子朱允炆的皇位之后，曾经大开杀戒；他把反对他的人一律称之前朝逆党。不过，他并没有把前朝逆党一律格杀勿论，而是把大多数前朝逆党都关在诏狱里，因为前朝逆党的身份都是公开的。但是为什么在王贵妃死后，朱棣竟然“宁可错杀三千，不可放过一个”呢？这是因为朱棣认为隐蔽的敌人最可怕。他找不到杀死王贵妃的真正凶手，所以他认为谁都可能是凶手，因此只有把可疑的人都杀了，才能把隐藏的凶手杀死。否则，这个凶手的下一个杀人目标就是他。
4）太医院里的惊恐气氛
二吕惨案也涉及太医院。因为既然那两个太监招认是使用砒霜下的毒，那么砒霜来自何处呢？在严刑拷打之下，那两个太监招认是从四个地方弄到了砒霜：一个是工部银匠作坊，另一个是光禄寺，再一个是敬事房，还有一个地方就是太医院的御药房。
得到朱棣批准之后，锦衣卫迅速查抄了工部银匠作坊、光禄寺、敬事房、太医院的御药房，还真的找到了砒霜。由于各个部门的砒霜采购剂量记录、使用剂量记录、剩余剂量记录，三者都不相符，有关人员又说不清楚，于是许多人被逮捕了，然后也被杀头了。
有人说，银匠作坊为什么有砒霜？因为银匠鉴别真假银子需要使用砒霜，真银子碰上砒霜就会变黑。光禄寺为什么有砒霜？因为光禄寺是宫中采购东西的部门，由于宫中有老鼠，因此古人习惯用食物拌上砒霜杀鼠，当然宫中也不例外。敬事房为什么有砒霜？因为敬事房负责配制御赐毒酒，这个毒酒的主要成分就是砒霜。
御药房为什么有砒霜？这就说不清楚了，可能是历代御药房的积存，也可能是某个太医的需要，也可能是别人寄存的。也正是因为御药房的大使、副使、医工、工役说不清楚，因此御药房的人员几乎都被逮捕了。院判也被责打四十脊杖，院使也被太监宣布皇上的口谕，臭骂一顿。
什么叫院使、院判？古代太医院的最高长官叫院史，次官叫院判。一般设有两个院判，一个负责皇室医务，管理各科太医、医官、医工、御药房、宫药局等；另一个院判负责各级政府的医务，管理各王府的良医所、各卫的医官所、各州府的官医局。也就是说，古代太医院相当于现代的卫生部，除了负责给皇族防治疾病之外，也管理政府医院。
不过，古代的太医与现代的首长保健医不同，保健医可以为首长联系医院看病，而太医不能；太医要负责诊断、治疗、康复患病皇族的全过程。更重要的是，保健医可以调动工作，离开首长，而太医不能随便调动；也就是说，一旦当了太医，必须干到老糊涂为止。这种太医终身制，不是为了维持太医的身份，而是为了考查太医的长期疗效；也就是说，只要太医给一个皇族治了病，那么这个皇族再生病，院判就要查阅以前的病历，分析研究是否属于太医治疗的毒副作用。也正是因为这种长期考查太医的制度，使得许多太医长期处于惶恐不安的状态。现如今，更闹得太医院里人心惶惶，谁都害怕给皇族看病。医官们变得谦虚了，再也不敢吹牛了；甚至院使、院判派他们到宫里出差，他们也借故推辞。气得院使、院判责骂他们：“各位医工，尔等吃着皇粮不出差，成何体统？”然而医官们真的不敢进宫门，即便是院使、院判也胆战心惊。
更有甚者，此时太医院招来一片骂声。许多王侯大臣认为，这是太医治死王贵妃引发的祸端。如果太医没有治死王贵妃，那么皇上就不会杀人。甚至有人责骂太医院，为什么看不出来王贵妃、权贵妃是中了砒霜毒呢？为什么不能化解砒霜毒呢？太医院平常不是很有本事吗？其实，是一大群废物！
真是王八好当，气难受！太医想辞职不干？没这么容易！除非父母死了，可以请假。太医想逃跑？也没这么容易！因为全家和举荐官员都会受到牵连！至于小说《红楼梦》里谈到王太医出了医疗事故，卷铺盖跑了，那只是小说而已；但是在现代电视剧《大宅门》里演的白太医出了医疗事故，被逮捕杀头，这是很正常的。
因此，二吕惨案使得太医院的威信扫地。
5）现代医学如何分析王贵妃的死亡
王贵妃是被砒霜毒死的吗？不是！想当初，王贵妃突然感寒发热并且肚子疼，那么现代诊断，可能就是急性扁桃体炎并发腹腔淋巴结炎。常规的治疗方法是抗感染和解热止痛。但是，主治太医给她吃了一剂麻黄细辛附子汤，使用解热的麻黄是正确的，但是没有使用抗感染的药物是个失误，而且使用了有毒的细辛、附子更是个大错误。要知道，细辛属于神经毒物，细辛中毒能够使人意识不清而呼吸麻痹致死；而附子属于心脏毒物，附子中毒能够使人心脏停止跳动。至于有人说，长期煎熬能够解细辛、附子的毒性。错了，这是非常冒险的。
但是王贵妃吃了一剂麻黄细辛附子汤之后，居然说病情有所好转，这是被细辛麻醉的表现。但是她中毒了，因此不想吃饭。由于她的感染没有得到控制，因此出现了毒血症，于是就出现了四肢厥冷及紫绀的休克症状。毒血症所造成的感染性休克，不仅是古代的难题，也是现代临床的难题。因此主治太医使用四逆汤是无济于事的，更何况又使用了毒药附子。于是王贵妃被主治太医治死了。主治太医的错误在于不是根据王贵妃的病情处方，而是迷信了书本。
太医为什么要根据书本开处方呢？要知道，东汉名医张仲景的《伤寒论》，是古代医生治疗时令病的法典；书中叙述的条文是不能违反的。王贵妃的症状属于伤寒少阴病，那么主治太医就必须使用麻黄细辛附子汤；后来属于伤寒厥阴病，那么主治太医就必须使用四逆汤。然而主治太医不知道这些药物是不能用的，因为谁也不会怀疑书本的处方是害人的。
这要是把老百姓治死了，那么医生是理直气壮的。因为医生是按照《伤寒论》治病，没有违反操作规程，所以家属告到哪里也没用。但是主治太医偏偏碰上了皇帝，而皇帝不懂医学，也不管主治太医是否遵守了法典。皇帝的逻辑很简单，你把朕的老婆治死了，你就是废物，你就应当被杀头，让朕出口恶气。
（6）刘纯的思考
自从刘纯治死皇后徐仪华，被贬到南京诏狱负责以囚试医之后，他一直担心这样的问题：如果以囚试医之后，还是治一个死一个，那可怎么办？因此刘纯在《药治通法补遗》里说：“余苦之，若以囚试医之后，仍应手即死，奈何？不可用毒矣。”因此他认为绝对不能再使用有毒的药材，为此他从1410年就开始了以囚试药的工作。
想当初，他曾经与太医院院史商量此事，但是院史不以为然；认为前贤就是使用有毒药材治病的，这叫以毒攻毒。然而1412年，给权贵妃治病的主治太医被灭了三族；1421年，给王贵妃治病的主治太医也被灭了三族。锦衣卫还逮捕了御药房的全部人员，使得太医院里人心惶惶；甚至还造成了3000多人的死亡。院史也慌作一团，于是不知所措的院史经常找刘纯谈心。
这一天，院史又找刘纯来了。谈到皇上错杀三千人之后，刘纯就说谁之罪？院史！因为这不是太监给王贵妃下毒。因为如果王贵妃喝了含有砒霜的茶水，其首先症状是呕吐，而不能若无其事；而慢性砒霜中毒的表现，是没有饥饿感、全身萎黄、爱掉头发、慢性贫血、疲乏无力、皮肤增厚、口鼻爱出血，而不是突然感寒发热并且肚子疼，然后又突然出现了四肢厥冷及紫绀。因此王贵妃的真正死因是急性的细辛、附子中毒，这是主治太医误用了毒药！也正是因为院史掩盖了事实真相，使得皇帝胡思乱想，而把一个简单问题变得复杂化，造成了3000多人的死亡。
院史十分惶恐，因为他早就知道主治太医误用了毒药。不过，既然皇上已经把主治太医杀了，也灭了三族，那么他敷衍塞责就算了，事情到此也该结束了。但是院史万万没有想到，皇上又怀疑这是一个政治案件，竟然如此疯狂杀人。怎么办呢？立即向皇上说明这一切吗？不行，皇上不会原谅欺君之罪；而且如果皇上知道主治太医使用毒药治死了权妃，那么该杀的人就不只是三千。这要涉及太医院的许多职能部门。为了保护更多人的性命，院史只能欺上瞒下。
不过，刘纯和院史回忆历代许多临床失败的病例，都是因为许多太医严格地按照书本去操作。但是为什么按照书本操作，反而把人治死了呢？要知道，许多疾病不是很难治疗的，像王贵妃这个病，使用清热发汗的菊花、麻黄就可以了，为什么一定要使用细辛、附子呢？于是，刘纯和院史越来越怀疑许多书本里的老处方，可能使用了有毒的药物。也正是因为许多太医规规矩矩地按照书本给皇族治病，因此不自觉地使用了毒药，而招来了杀身大祸。
7）不能迷信书本
刘纯与院史细想起来，历史上有许多太医，都是严格按照书本去操作，而糊里糊涂地被革职、责打、流放、杀头、灭三族。例如：
①皇后不育，于是太医按照宋朝名医朱自明《校注妇人良方》的处方，给予妇女养血丸。结果呢，过了三年，皇后还是不育。于是皇帝震怒，就把这个太医杀了。难道说，处方里的艾叶不可疑吗？
②皇子感冒发热惊厥，于是太医按照宋朝《太平惠民和剂局方》的处方，给予牛黄抱龙丸。结果呢，皇子痊愈之后，十分衰弱。于是皇帝震怒，就把这个太医责打80脊杖。难道说，处方里的雄黄、朱砂不可疑吗？
③皇妃拉稀了，于是太医按照汉朝名医张仲景的《伤寒论》的处方，给予附子理中丸。结果呢，过了十天，皇妃还是拉稀，而且越来越瘦。于是皇帝震怒，就把这个太医革职了。难道说，处方里的附子不可疑吗？
④老太妃得了子宫脱垂，于是太医按照宋朝名医吴克潜的《古今医方集成》的处方，给予滋补大力丸。结果呢，过了几天，老太妃突然驾崩了。于是皇帝震怒，就把这个太医杀了，并且抄家、灭三族。难道说，处方里的自然铜、乳香、没药不可疑吗？
⑤藩王得了肝病，于是太医按照元朝名医李东垣《兰室秘藏》的处方，给予龙胆泻肝丸。结果呢，过了半年，藩王死了。于是皇帝震怒，就把这个太医杀了。难道说，处方里的木通不可疑吗？
⑥皇帝的肚子胀，于是太医按照元朝名医罗天益的《卫生宝鉴》的处方，给予木香槟榔丸。结果呢，过了三天，皇帝的肚子还是胀。于是皇帝震怒，就把这个太医责打80脊杖。难道说，处方里的槟榔不可疑吗？
⑦皇帝心烦头疼，于是太医按照宋朝《太平惠民和剂局方》的处方，给予局方至宝丹。结果呢，第二天，皇帝的头还是疼。于是皇帝震怒，就把这个太医革职了。难道说，处方里的朱砂、雄黄不可疑吗？
⑧皇太后腰腿疼，于是太医按照宋朝《太平惠民和剂局方》的处方，给予独活寄生丸。结果呢，过了几天，皇太后疲