策妄阿拉布坦是噶尔丹之侄。噶尔丹兴兵与清朝为敌时，他即自立为准噶尔汗，表面上维持着与清朝的臣属关系。到十八世纪初，他的势力强大起来，企图吞并和硕特部，取代其在西藏的统治，进而挟持达赖喇嘛，以控制信奉黄教的蒙古诸部。拉藏汗擒杀桑结嘉错，西藏因达赖喇嘛的废立，人心浮动，形势不稳，正好为实现他的野心提供了机会。
准噶尔军袭扰西藏策妄阿拉布坦用了几年的时间进行侵藏的准备。他先与拉藏汗结成儿女亲家（1714 年），使拉藏汗疏于防范。在此前后，策妄阿拉布坦派人入藏，与三大寺僧人联系，利用拉藏汗所立的意希嘉措得不到广大西藏僧俗人民的公认，大肆宣传拉藏汗破坏黄教，煽动反抗和硕特部统治的情绪。
康熙五十五年（1716），策妄阿拉布坦首先派出一支三百人的队伍偷袭塔尔寺，企图挟持受到蒙藏人民公认的达赖七世·格桑嘉措随准噶尔军进藏。同年年底，派其堂弟策零敦多布率六千人自和阗（今新疆和田）经阿里地区向藏北进发。当这支军队经过阿里时，被阿里地方官康济鼐发现，当即向拉藏汗报告。但拉藏汗毫无思想准备，及至他率军赶到达木，与准军遭遇① 《清圣祖实录》卷227，页24、25。
② 《清圣祖实录》卷253，页7。
后，当即被准军打败。此时，拉藏汗一面派人奏报康熙帝，一面派他手下的一名军官颇罗鼐从速动员卫藏民兵，由拉萨赶往达木。拉藏汗统率的蒙藏联军在达木坚持了两个月，终于支持不住，败退到拉萨。
策零敦多布攻占达木后，稍事休整，于康熙五十六年（1717）十月率军抵达拉萨郊外，受到三大寺僧人的欢迎。接着，准噶尔军开始攻城。因为城内有人接应，拉萨城很快失陷。准噶尔军进城后，洗劫拉萨市民的财物，就是曾经帮助过他们的人也不能幸免。藏族人民此时方知准噶尔军入藏，并不是为了“振兴黄教”。
拉藏汗在准噶尔军入城后固守布达拉宫。十一月初，他率一随从突围，被准军擒杀。他所立的达赖喇嘛意希嘉措被准军废黜，囚禁在布达拉宫对面的药王山上。
直到康熙五十七年初，拉藏汗次子苏尔扎之妻在被准军解往伊犁的途中逃到青海的柴达木，向清朝官员作了报告之后，康熙帝才了解到这次准噶尔部侵藏的详情。他立即决定派军入藏，驱逐准噶尔军队。同年七月，命额伦特、色楞自青海率军七千入藏。但由于两人轻敌，在藏北那曲被策零敦多布的军队包围，坚持月余后，终因给养断绝而全军覆没。
消息传来，朝廷上下震惊。诸王大臣以藏地险远，主张罢兵。康熙帝力排众议，坚持二次用兵。此次进军西藏，事先作了周密的部署，兵分两路，分别自青海、四川出发。四川一路，由噶尔弼、岳钟琪率领；青海一路，由延信率领，而以康熙帝第十四子允禵为抚远大将军，坐镇西宁。两路兵力大约有两万人。康熙帝还令北路军于进军同时，护送格桑嘉措入藏。行前，正式册封格桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”①。
策零敦多布以主要兵力抵抗北路进藏的清军。康熙五十九年八月，延信率军在达木一带与准噶尔军相遇，准军在大败以后逃回伊犁。噶尔弼等率南路军，未遇大的抵抗，于八月先抵拉萨。九月初，北路军统帅延信偕同达赖喇嘛·格桑嘉措也到达拉萨。藏族人民三年来受尽准军的蹂躏，对清军的到来表示了热烈的拥护和欢迎。在清军进藏过程中，各地藏族人民纷纷起义抗击准军，其中阿里的康济鼐、后藏的颇罗鼐、工布的阿尔布巴是几支较大的力量。在清军进军沿途的藏族人民，更是积极踊跃地为清军向导、运输，作出了巨大的努力。
清军驱逐准噶尔军，进入拉萨后，在布达拉宫举行了格桑嘉措的坐床典礼。如前所述，清朝封格桑嘉措为达赖六世，但藏族人民一直认为他是达赖六世·仓央嘉措的转世，是第七世达赖。后来，清朝虽未作公开改正，但在事实上默认了格桑嘉措是达赖七世。
康熙六十年（1721）春，清朝决定改革西藏的行政体制，委任数名噶伦共同处理政务。“噶伦”意为“发布命令的官员”，当时清朝任命抗击准军① 《清圣祖实录》卷287，页12。
有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐等人为噶伦，后来在雍正元年（1723），又增加了颇罗鼐和代表黄教寺院集团的扎尔鼐为噶伦。从此，清朝不再在西藏册封蒙古和硕特部汗王掌政，第巴一职也被废除了。
阿尔布巴事件雍正元年（1723），清朝升任后藏的颇罗鼐和达赖七世的强佐扎尔鼐为噶伦，噶伦增至五人。但是，这五名噶伦间早有矛盾，康济鼐、颇罗鼐同属后藏贵族，又曾联合起义抗击准军，结成一派，阿尔布巴、隆布鼐是前藏人，贵族地位也较高，再加上达赖喇嘛系统的扎尔鼐，结成另一派。新坐床的达赖七世之父索南达杰，也与阿尔布巴等人串通一气。两派之间的斗争日趋激烈。
当时清朝派驻西藏的官员鄂齐了解到这些情况后，曾向雍正帝建议，罢免隆布鼐和扎尔鼎的噶伦职务，除掉阿尔布巴的党羽，然后由皇帝降旨，要达赖七世、康济鼐、阿尔布巴和衷共济，协同办事。为此，清廷于雍正五年初，派出僧格、马腊两人入藏察看，但他们还未到达西藏，阿尔布巴等人就先发制人，于六月发动了政变，杀康济鼐，又发兵往后藏攻打颇罗鼐。颇罗鼐一面集合后藏、阿里的军队，抗击阿尔布巴，一面奏报雍正帝。次年五月，颇罗鼐率后藏军队攻入拉萨，擒阿尔布巴等人，但是他没有对阿尔布巴等人擅作处治，而是请清朝派官入藏决断是非曲直。当时僧格、马腊两人已抵西藏，清朝又派吏部尚书查郎阿入藏。雍正六年（1728）八月，查郎阿会同僧格、马腊审讯阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐三人，以叛逆罪将他们处死。
阿尔布巴事件纯属西藏贵族之间的一场争权夺利斗争。事后，雍正帝决心进一步加强对西藏的治理。鉴于设几名噶伦共同办事已经出现的弊端，而颇罗鼐在担任噶伦及处理后藏事务期间，已经充分显示了他的才干，在平定阿尔布巴变乱时，又表现了对清朝的忠心耿耿，雍正帝遂令颇罗鼐一人总理西藏事务。雍正七年，又晋封他为贝子①。
阿尔布巴事件前，清朝虽已派遣官员驻藏，但未形成定制。雍正六年，清朝正式在西藏设立了“驻藏办事大臣衙门”，派遣驻藏办事大臣。首任大臣即僧格和马腊。
清朝还决定，将康区东部的巴塘、里塘等地划归四川管辖，将康区南部的中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南管辖，又将日喀则以西直到阿里地区赏给班禅管辖。但班禅坚辞不受，后来在驻藏大臣的说服下，才勉强接受了对拉孜、昂仁、彭错林等三个宗的管辖权。
从雍正六年到乾隆十二年（1728～1747），西藏事务由颇罗鼐一人主持。在此期间，西藏社会相对安定，没有发生大的动乱，人民得到了较长时期的① 《清世宗实录》卷76，页14。
休养生息的机会，社会生产也得到了发展。雍正九年，清朝加封颇罗鼐为贝勒、多罗贝勒，乾隆四年（1740）又加封他为郡王①。在清代西藏，颇罗鼐的封爵是最高的。
平定珠尔默特颇罗鼐有二子。乾隆十一年（1746），清帝令颇罗鼐指定一子日后承袭他的封爵。他的长子车布登当时率兵驻防阿里地区，次子珠尔默特那木札勒，精明强干，深得乃父宠爱。颇罗鼐请求由其次子袭封。次年，颇罗鼐病故，清廷即令珠尔默特袭郡王爵。
珠尔默特袭封后，政治野心逐渐暴露。他为了擅权专政，与达赖七世之间的矛盾日益加剧。但珠尔默特知道，达赖七世是清朝册封的，他与达赖七世不和，不会得到清朝的支持，驻藏大臣会把他的动向随时奏报乾隆帝。因此，他对清朝设置驻藏大臣也表示不满。驻藏大臣纪山曾奏告乾隆帝，请将车布登调回拉萨，同珠尔默特协同办事，以分其权。不料事机泄露，乾隆十四年（1749）底，珠尔默特派人将其兄车布登暗害。乾隆帝斥责纪山办事不妥，派傅清、拉布敦为驻藏大臣。其时，珠尔默特正在各处调兵，并与准噶尔部勾结，图谋叛乱。于是傅清、拉布敦立即奏报乾隆帝，请求相机将珠尔默特翦除。
乾隆帝考虑到当时清朝在西藏驻兵不多，谕令傅清、拉布敦谨慎从事。
但形势急转直下，珠尔默特甚至下令阻断驿站的文书往来。傅清、拉布敦决定先发制人。乾隆十五年十月十三日，两人诱杀珠尔默特，但他们亦被珠尔默特的党羽杀害。
事变发生后，达赖七世迅速将杀害驻藏大臣的凶手擒获，平息了这场动乱，同时奏闻清廷。一月后，乾隆帝派出四川总督策楞、提督岳钟琪领兵入藏处理善后，对傅清、拉布敦当机立断的做法给以肯定，还在拉萨为他们立了“双忠祠”。
乾隆帝弘历总结西藏几次动乱的教训，感到西藏距内地过于遥远，置诸噶伦协同办事，彼此间容易发生权力之争，令一人主持政事，又易造成专擅大权。当时西藏黄教寺院集团在经济上的势力已空前强大，仅以俗官主持政事，无法充分反映黄教寺院集团的利益。此次珠尔默特之乱，僧俗两大势力集团间的斗争就是一个重要原因。有鉴于此，清朝决定废除在西藏封王的制度。乾隆十六年，清朝在西藏正式建立噶厦，设置四名噶伦，规定一僧三俗，共同处理日常事务。同时，清朝正式授权达赖七世掌攻。遇有重大事件，噶伦等须事先请示达赖喇嘛和驻藏大臣。自此，西藏黄教“政教合一”的地方政权正式建立。
① 《清世宗实录》卷103，页4；《清高宗实录》卷106，页28。
清朝授权达赖七世掌政，是经过慎重考虑的。达赖七世的掌政和四名噶伦中一名僧官噶伦的设置，不仅使黄教寺院集团的利益在地方政府中有了代表，而且可使僧俗贵族间互相牵制。噶伦遇要事须请示达赖喇嘛和驻藏大臣，这在事实上加强了驻藏大臣的权力，从而也加强了清朝对西藏的治理。清朝又决定，将原来由颇罗鼐管辖的藏北三十九族和达木八旗划归驻藏大臣直接管辖，以加强驻藏大臣的权力。清朝还建议达赖七世设立“译仓”，即秘书处。它既管理达赖的印信，文书，又负责噶厦政府僧官系统的一切事务。西藏地方政府的主要机构，从这时起逐渐完备。
乾隆二十二年，达赖七世圆寂。乾隆帝命令由丹吉林的第穆呼图克图任摄政，在新达赖喇嘛未满十八岁之前主持西藏政务。这是西藏摄政制度的开端。有资格担任摄政的，只是几个地位很高的呼图克图。
清军逐走侵藏廓兵及“藏内善后章程”的订立喜马拉雅山南麓的尼泊尔，历史上一直同西藏有着经济、文化联系。尼泊尔产稻米，居民常来西藏与藏民进行以米易盐的贸易。十八世纪中叶，尼泊尔的廓尔喀族统一了全国，此后，双方关系开始恶化。当时尼泊尔铸造的一种银币在西藏流通，后来成色变差，藏人拒绝使用。乾隆五十三年（1788），噶厦派往聂拉木的官员向尼商多征了捐税。廓尔喀人以此为借口，于当年派兵占据了藏尼�