原始佛教是主张无我的，犊子部主张补特伽罗我是否就一定违背了佛陀的创教宗旨？佛陀提出无我论，主要是反对外道婆罗门教的离五蕴实有我的主张，认为我不离五蕴，是于五蕴上的假施设我，五蕴无常，所以并不存在不变的实有我。但是，《杂阿含经》也正面提到“我”，说这种“我”“非天……非龙乃至人非人……人与非人等，悉由烦恼生，如是烦恼漏，一切我已舍。……我虽生世间，不为世间着……究竟生死际，故名为佛陀”。这种“我”显然是不同于外道所计我，而是解脱真我，即名为佛。同时，这种真我又不是离五蕴而有，而是寄托于五蕴中，待烦恼断灭，真我显现而成为佛。这样说来，犊子部所说非即蕴非离蕴我，乃至成佛此我常在，似乎也不是完全违背佛陀无我之说。由此，慧远受犊子部影响而提出的神明不灭论，也不是如某些学者所认为的那样完全违背了佛教无我的解脱论宗旨。
慧远的不灭的神明如果代之以佛教的术语，当是指法身。汤用彤先生在《汉魏两晋南北朝佛教史》中就指出：“法身者，圣人成道之神明耳。实则神明不灭，愚智同禀，神之传于形，犹火之传异薪。”“至若体极之圣，绝于万化之表，妙尽有无之境，不疾而速，遂感而应。是以凡圣同具不灭之神。”可见，所谓不灭之神明，实际上与法身是同一的。在众生曰神明，在圣人曰法身。众生由业力情识而受形，受六道轮回之苦，而神受情牵，形为桎梏。一旦断灭情识业力，则法身显现，成就佛果。
可见，慧远之神明不灭之说，实通于佛教中的佛性本有之说。《大般涅槃经》就有众生本有佛性（法身）之说，众生若断无明烦恼，则佛性显现而为法身。后来的中国《大乘起信论》也讲众生本有本觉真如，真如本觉心受无明的驱使，沉沦于生死轮回。一旦断无明，则真如本觉显现，成就佛果。慧远之时，中国尚未流行《大般涅槃经》，更未造出《大乘起信论》。他的神明（法身）不灭之说，实与佛理暗合。这一方面是受到中国传统哲学的影响，另一方面也是受犊子部的补特伽罗我的启发，是对中印哲学思想的一次融合。
这里有一点须待说明，慧远冥神绝境为涅槃之说，是否就是指完全断灭形体，脱离世间而处于神明白存的状态而成就解脱？也就是说，慧远的涅槃解脱论是不是主张离生死而得涅槃？《鸠摩罗什法师大义章》记载了慧远的一段话：
天形莫善于诸根，致用莫妙于神通。……四大既形，
开以五根，五根在用，广以神通。神通既广，随感而应。
……若法身独运，不疾而速。至于会应，群粗必先假器。
假器之大，莫大于神通。故经称如来有诸通慧，通慧则是
一切智海，此乃万流之宗会，法身祥云之所出，运化之功，
功由于兹。不其然乎！不其然乎！若神通乘众器以致
用，用尽敌无器不乘。山
这就是说，成就涅槃佛果并不离脱世间，法身运化，随感而应，必假形体，乘众器而致用。他在《万佛影铭序》中说： ．
法身之运物也，不物物而兆其端，不图终而会其成，
理玄于万化之表，数绝乎无形无名者也。若乃语其筌寄，
则道无不在。
这说明，法身是宇宙唯一的、绝对的精神性本体，它通过感应而借器物显现自身。它与万物之间是体与用、道与器的关系。这也是中国传统哲学中的道在万物的思想的表现。就万物的存在来说，从法身的立场来看，是运化；从物的立场来看，就是感应。无论是运化还是感应，“求之法身，原无二统”。慧远批评时人“咸摹圣体于旷代之外，不悟灵应之在兹，徒知圆化之非形，而动止方其迹”，误以神道玄妙，高不可攀，而强调“神道无方，触象而寄”，圣远乎哉？固即在兹！慧远借用了中国传统哲学中的术语来表达了佛教生死与涅槃不二的思想。
四、禅智双运，昧然忘知
在慧远佛教学说里，反本有两种，一是证体达本，反法性之本，一是去情识之累，反神明之本。法性与神明是什么样的关系呢？其实，法性与神明都是指法身，是一体之两面。法身在物为法性，在有情众生则为神明。犹如后来禅宗在谈论佛性时就说过，佛性在无情之物为法性，在有情众生中则为佛性。在慧远看来，宇宙存在着唯一的、绝对的精神性本体，即法身，或法性。由缘起法无性就可显现唯一的法性，缘起无性故空，但所显法性则实有。如果从法身的高度来看，缘起法实际上就是法性或法身的运化。慧远在和罗什讨论法身的通书中，就表达了这种思想。罗什说法身有三种，一是法性实相理，一是变化身，一是真法身，即无量清净功德无漏所形成的、具有无边法力、无限神通的微细身。慧远对其二种法身能给予理解，但是对第三种真佛法身不能理解。在慧远看来，法性（神明）与世间法是不可分的，单就法性神明本身来看是法身，但法性神明又要“乘众器而致用”，道在万物，运化世间，此即又以运化身而为法身。但是，对于罗什所说的具有无限神通的微妙法身则不能理解，因为按慧远的理解，有形象的事物必是情识业力的产物，佛怎么会执持业力根身呢？虽然罗什对他的疑问做了回答，但除了得到表面上的应酬外，显然没能改变慧远对法身概念的理解。这是因为，神不灭论是慧远一以贯之的思想，如果他真的接受了罗什的法身理论，就会意味着他也接受佛法身（由清净无漏功德形成真佛法身）也是因缘法，也会最终取灭的结论，这就违背了神不灭论的思想宗旨。
接下来的问题是，慧远是用什么样的方法来达到形尽而返本，证得涅槃的呢？佛教修行得解脱的方法主要有戒、定、慧三种。戒是佛家最基本的修行方法，而禅与慧则是直达涅槃的最根本的方法，而且对禅与慧所给予的不同的重视也反映了佛教不同派别对佛教解脱方法所持的不同看法。一般来说，小乘更注重禅定之学，而大乘则更重智慧的解脱。但并不是说大乘就不讲定学。罗什所传译中观般若学就主张禅智双修，但是对禅定之学的理解与小乘不尽相同。佛教初人中土就有小乘禅与大乘禅的传译。安世高翻译了较多小乘禅经，宣扬“安般守意”的禅法（数念出息人息，集中心思，进入禅定，达到明心去垢）。支谶传译大乘禅经，宣扬智慧念佛三昧，以观诸法性空的实相，就是说以空观指导禅观。后来，大乘禅与大乘禅，禅定与智慧走上融合的趋势。慧远的老师道安曾长期研究安世高的禅观之学，同时长期讲般若经典，认为：“安般寄息以成守，四禅寓骸以成定也。寄息故有六阶之差，寓骸故有四级之别。阶差者，损之又损，以至于无为。级别者，忘之又忘，以至于无欲也。”他对禅法总结性的说明是：“执寂以御有，崇本以动末。”说明了禅定之学乃是深造于般若实相之境的重要方法。
慧远继承了道安小乘禅法与般若慧学并重的思想，他曾为小乘禅经《修行方便禅经》作序，说：“是故洗心静乱者，以之研虑；悟彻人微者，以之穷神也。”前者是禅，后者是慧。禅能息心静虑，革除情识之累；慧则契人法性实相，体察运物之妙。而禅智相互为用，“禅非智无以穷其寂，智非禅无以深其照。则禅智之要，照寂之渭，其相济也。照不离寂，智不离照。感则俱游，应必同趣，功玄在于用，交养于万法”，最终达到“垢习凝于无生，形累毕于禅化”的解脱目的。从慧远的整篇序文来看，他理解的禅法既包含了小乘的禅法，又归宗于大乘的禅法，体现了禅智结合的精神。
慧远虽然吸收了小乘禅法，但在他的佛教实践中，主要还是以大乘禅法为主，那就是大乘佛教的念佛三昧。念佛三昧是禅定的十念之一，它的具体法法门有三种，一是称名念佛，就是口念佛名，二是观想念佛，就是静坐人定，观想佛的种种美好形相和功德威神，以及所居佛土和庄严美妙，三是实相念佛，就是洞察佛的法身“非有非无中道实相”之理。慧远修持的是念佛三昧中的观想念佛和实相念佛，而不是后世净土宗的称名念佛。这种念佛三昧既是一种定学，也是一种慧学。他说：
夫称三昧者何？专思寂想之谓也。思专，则专一不
分；想寂，则气虚神朗。气虚，则智恬其照；神朗，则无幽
不彻。
就是说，禅定就是在定中使心思专一而不受情识的干扰，心思定静神明清朗，神明清朗，则可体察法身运化的幽微。这是把三昧视作革除情识，返神明之本的重要方法。那为什么慧远选择念昧三昧定呢？慧远说：
又诸三昧者，其名甚众，功高易进，念佛为先。何者？
穷玄极寂，尊号如来，体神合变，应不以方。故令入斯定
者，昧然忘知，即所缘以成鉴。鉴明则内照交映万像生
焉，非耳目之所暨而闻见行焉。于是睹夫渊凝虚镜之体，
则悟灵相湛一，清明自然；察夫玄音之叩心听，则尘累每
消，滞情融朗。非天下之至妙，孰能与于此哉！
这就是说，在各种各样的三昧中，念佛三昧功德最高，也是易进入极致境界的途径。因为，穷玄体极，与神明合一，与神明俱化，圆应无方的，就叫如来。进入念佛三昧者，昧然忘掉一切知识和欲求，以所缘对象为镜，镜体明净则万像生于镜体之内，这不是由耳目感觉所觉知，然而于镜体中又有耳目闻见之相。于是证见镜体明亮则悟神明湛一常静，清明自然。用念佛三昧体会神明大道之玄音，则情识之累消灭殆尽。由此可知，念佛三昧是获得涅槃的最好的途径。
上述这段话就交代了念佛三昧的特点，即念佛者，不是口念佛之名号，而是观想佛的形象，但是又不是观想佛的三十二相好之相，而是观神明法身圆应无方之妙相。这种念佛三昧既可以称观佛之形相（无相之相，相而无相），又可以称观想佛之实相。在慧远看来，佛无具体的形想，佛之形想既不是三十二相好之相，也不是如中观般若学所说唯十住菩萨所见、由无量功德积聚成的微妙身相，而是以宇宙万物为佛相。凡夫眼中宇宙万物彼此之间有相对待相，或善或恶，或美或丑，或是或非，而圣人眼中宇宙万物无非是佛法身之相。所谓“鉴明则内照交映万像生焉，非耳目之所暨而闻见行焉”，即是指圣人所见之宇宙万像，是圣人神明法身之所显现，非凡夫耳目所见，但圣人所见宇宙万像实际上不异凡夫所见宇宙万像，只是凡夫情识丛生，无法于宇宙万物中体察神明造化之妙，只有圣人“尘累每消，滞情融朗”，体神合变，才能睹见法身运化之神妙。而体神合变，“尘累每消”正是念佛三昧所达到的功效。慧远在庐山创立念佛结社，与同道者共修念佛三昧，以往生极乐神国（净土）。此极乐神国、净土，实际上就是在念佛三昧中所达到的泥洹境界。慧远认为，常修念佛三昧不仅使得今生获证泥洹之境，体会宇宙大道，而且死后可消除情识业力，使神明“独处玄廓之境”，不再沉沦于生死轮回之中，获得最终的解脱。
慧远的冥神绝境的涅槃观，是在中国传统哲学的背景下�